# TARGET T0317 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0317.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 733 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.091 0.172 0.120 0.071 0.183 0.033 0.036 0.078 0.059 0.102 0.054 2 G 0.100 0.141 0.129 0.084 0.175 0.035 0.024 0.067 0.052 0.118 0.074 3 T 0.171 0.163 0.051 0.017 0.265 0.016 0.023 0.087 0.074 0.075 0.059 4 S 0.138 0.127 0.054 0.015 0.241 0.009 0.018 0.114 0.102 0.117 0.064 5 E 0.083 0.157 0.086 0.032 0.157 0.018 0.036 0.156 0.126 0.109 0.040 6 A 0.054 0.229 0.143 0.032 0.153 0.016 0.032 0.139 0.092 0.081 0.030 7 A 0.063 0.240 0.158 0.021 0.155 0.015 0.047 0.147 0.071 0.057 0.025 8 P 0.057 0.254 0.182 0.027 0.154 0.016 0.042 0.122 0.063 0.061 0.022 9 P 0.046 0.236 0.148 0.037 0.117 0.045 0.086 0.141 0.068 0.055 0.023 10 P 0.083 0.291 0.135 0.021 0.204 0.011 0.018 0.060 0.046 0.088 0.042 11 F 0.212 0.103 0.021 0.006 0.276 0.005 0.013 0.105 0.122 0.067 0.069 12 A 0.049 0.215 0.064 0.014 0.179 0.022 0.047 0.206 0.152 0.037 0.013 13 R 0.167 0.144 0.030 0.006 0.214 0.006 0.028 0.153 0.090 0.096 0.066 14 V 0.121 0.171 0.109 0.057 0.154 0.038 0.035 0.060 0.043 0.144 0.068 15 A 0.052 0.290 0.234 0.107 0.141 0.017 0.011 0.066 0.039 0.021 0.023 16 P 0.002 0.006 0.006 0.034 0.003 0.120 0.308 0.336 0.158 0.026 0.002 17 A 0.032 0.077 0.055 0.021 0.066 0.006 0.035 0.159 0.177 0.328 0.044 18 L 0.198 0.152 0.012 0.003 0.493 0.005 0.012 0.028 0.028 0.029 0.038 19 F 0.275 0.069 0.022 0.006 0.519 0.004 0.010 0.015 0.006 0.014 0.059 20 I 0.099 0.137 0.053 0.073 0.163 0.053 0.077 0.077 0.056 0.131 0.081 21 G 0.018 0.130 0.124 0.306 0.058 0.101 0.063 0.061 0.053 0.067 0.019 22 N 0.094 0.104 0.076 0.022 0.096 0.015 0.023 0.073 0.112 0.253 0.131 23 A 0.038 0.278 0.176 0.025 0.110 0.010 0.014 0.114 0.115 0.073 0.045 24 R 0.044 0.092 0.043 0.016 0.070 0.028 0.055 0.338 0.200 0.079 0.035 25 A 0.035 0.134 0.060 0.008 0.084 0.004 0.014 0.235 0.233 0.170 0.023 26 A 0.019 0.040 0.008 0.003 0.043 0.006 0.020 0.453 0.324 0.075 0.010 27 G 0.009 0.079 0.020 0.006 0.029 0.012 0.050 0.599 0.142 0.046 0.009 28 A 0.129 0.040 0.015 0.002 0.072 0.003 0.005 0.319 0.100 0.230 0.086 29 T 0.008 0.009 0.001 0.001 0.021 0.001 0.002 0.715 0.213 0.024 0.005 30 E 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.900 0.082 0.004 0.001 31 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.921 0.065 0.007 0.001 32 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.938 0.046 0.007 0.001 33 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.844 0.126 0.003 0.001 34 R 0.001 0.006 0.002 0.004 0.002 0.006 0.062 0.741 0.154 0.021 0.001 35 A 0.001 0.699 0.264 0.002 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 36 G 0.140 0.007 0.003 0.002 0.022 0.001 0.001 0.004 0.008 0.308 0.505 37 I 0.198 0.279 0.017 0.002 0.428 0.001 0.001 0.002 0.002 0.014 0.056 38 T 0.070 0.040 0.009 0.115 0.210 0.233 0.258 0.026 0.007 0.011 0.021 39 L 0.171 0.139 0.017 0.003 0.657 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 40 C 0.281 0.032 0.001 0.001 0.674 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 41 V 0.157 0.057 0.005 0.001 0.703 0.006 0.005 0.002 0.001 0.007 0.055 42 N 0.343 0.075 0.015 0.002 0.467 0.001 0.002 0.002 0.001 0.005 0.089 43 V 0.207 0.072 0.018 0.014 0.196 0.019 0.020 0.053 0.063 0.207 0.132 44 S 0.058 0.359 0.176 0.074 0.187 0.019 0.018 0.030 0.025 0.030 0.024 45 R 0.057 0.135 0.080 0.052 0.121 0.032 0.056 0.169 0.163 0.105 0.032 46 Q 0.048 0.134 0.128 0.041 0.084 0.035 0.090 0.148 0.106 0.134 0.052 47 Q 0.097 0.214 0.129 0.028 0.181 0.019 0.027 0.108 0.079 0.076 0.042 48 P 0.055 0.192 0.109 0.035 0.126 0.041 0.072 0.165 0.110 0.066 0.029 49 G 0.085 0.172 0.099 0.024 0.189 0.018 0.032 0.144 0.112 0.089 0.037 50 P 0.080 0.145 0.087 0.022 0.134 0.020 0.053 0.180 0.132 0.106 0.041 51 R 0.123 0.158 0.098 0.026 0.178 0.022 0.040 0.124 0.085 0.096 0.050 52 A 0.058 0.144 0.111 0.070 0.111 0.054 0.070 0.175 0.103 0.074 0.029 53 P 0.031 0.087 0.080 0.104 0.057 0.084 0.128 0.158 0.106 0.137 0.028 54 G 0.071 0.107 0.083 0.071 0.107 0.031 0.037 0.085 0.086 0.244 0.078 55 V 0.236 0.159 0.027 0.006 0.399 0.004 0.007 0.023 0.022 0.048 0.069 56 A 0.148 0.180 0.044 0.019 0.458 0.019 0.028 0.030 0.019 0.025 0.029 57 E 0.395 0.070 0.012 0.004 0.407 0.003 0.004 0.011 0.008 0.016 0.069 58 L 0.124 0.243 0.041 0.018 0.443 0.021 0.020 0.025 0.015 0.021 0.030 59 R 0.320 0.094 0.025 0.004 0.353 0.002 0.004 0.010 0.011 0.061 0.115 60 V 0.067 0.403 0.173 0.023 0.278 0.008 0.008 0.010 0.007 0.009 0.015 61 P 0.109 0.398 0.117 0.009 0.287 0.004 0.005 0.013 0.009 0.015 0.033 62 V 0.097 0.144 0.058 0.019 0.171 0.022 0.049 0.156 0.172 0.071 0.041 63 F 0.043 0.145 0.108 0.032 0.111 0.031 0.064 0.213 0.148 0.080 0.026 64 D 0.069 0.094 0.036 0.023 0.111 0.031 0.078 0.132 0.138 0.232 0.056 65 D 0.059 0.180 0.101 0.031 0.169 0.014 0.021 0.104 0.135 0.146 0.040 66 P 0.020 0.090 0.044 0.027 0.056 0.025 0.060 0.223 0.251 0.177 0.027 67 A 0.107 0.108 0.045 0.006 0.189 0.007 0.026 0.151 0.156 0.160 0.044 68 E 0.021 0.247 0.148 0.022 0.070 0.024 0.039 0.213 0.144 0.052 0.021 69 D 0.074 0.158 0.041 0.003 0.156 0.004 0.024 0.245 0.126 0.104 0.064 70 L 0.012 0.037 0.018 0.003 0.024 0.001 0.003 0.412 0.368 0.112 0.010 71 L 0.002 0.005 0.001 0.001 0.006 0.001 0.010 0.720 0.244 0.009 0.001 72 T 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.034 0.819 0.132 0.006 0.001 73 H 0.003 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.018 0.597 0.155 0.213 0.005 74 L 0.005 0.007 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 0.738 0.190 0.043 0.006 75 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.904 0.084 0.001 0.001 76 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.929 0.056 0.006 0.001 77 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.914 0.078 0.005 0.001 78 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.947 0.050 0.001 0.001 79 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.973 0.024 0.001 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.967 0.027 0.003 0.001 81 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.941 0.055 0.002 0.001 82 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.941 0.051 0.002 0.001 83 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.939 0.047 0.006 0.001 84 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 0.910 0.064 0.007 0.001 85 V 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.032 0.751 0.190 0.014 0.003 86 R 0.004 0.008 0.004 0.004 0.004 0.007 0.066 0.680 0.162 0.058 0.004 87 D 0.002 0.511 0.359 0.019 0.026 0.011 0.030 0.027 0.008 0.007 0.001 88 G 0.059 0.074 0.045 0.042 0.027 0.013 0.012 0.012 0.018 0.405 0.294 89 G 0.031 0.290 0.174 0.111 0.090 0.052 0.051 0.025 0.032 0.108 0.037 90 S 0.180 0.135 0.008 0.003 0.628 0.002 0.003 0.004 0.003 0.006 0.028 91 C 0.148 0.075 0.003 0.001 0.761 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 92 L 0.292 0.015 0.001 0.001 0.670 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 93 V 0.247 0.053 0.005 0.001 0.649 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.038 94 Y 0.301 0.097 0.017 0.004 0.466 0.004 0.004 0.004 0.003 0.016 0.084 95 C 0.258 0.181 0.087 0.019 0.244 0.013 0.016 0.027 0.028 0.040 0.088 96 K 0.058 0.060 0.054 0.092 0.061 0.106 0.142 0.120 0.133 0.117 0.058 97 N 0.016 0.285 0.147 0.168 0.062 0.073 0.083 0.058 0.045 0.048 0.014 98 G 0.036 0.036 0.042 0.072 0.036 0.047 0.023 0.049 0.074 0.444 0.141 99 R 0.080 0.162 0.079 0.044 0.114 0.067 0.064 0.113 0.112 0.125 0.039 100 S 0.051 0.207 0.223 0.049 0.124 0.025 0.030 0.125 0.055 0.079 0.033 101 R 0.008 0.029 0.025 0.007 0.014 0.008 0.024 0.585 0.235 0.057 0.009 102 S 0.001 0.004 0.003 0.001 0.002 0.001 0.003 0.781 0.199 0.007 0.001 103 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.874 0.125 0.001 0.001 104 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.947 0.052 0.001 0.001 105 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.957 0.042 0.001 0.001 106 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.025 0.001 0.001 107 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.964 0.034 0.001 0.001 108 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.951 0.045 0.001 0.001 109 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.963 0.028 0.001 0.001 110 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.935 0.058 0.001 0.001 111 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.034 0.895 0.063 0.003 0.001 112 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.088 0.776 0.112 0.018 0.002 113 H 0.005 0.016 0.001 0.003 0.007 0.025 0.292 0.476 0.108 0.064 0.004 114 R 0.005 0.545 0.145 0.018 0.077 0.056 0.064 0.036 0.031 0.021 0.002 115 G 0.096 0.004 0.002 0.002 0.008 0.002 0.003 0.003 0.011 0.496 0.373 116 H 0.014 0.591 0.243 0.004 0.133 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.004 117 S 0.005 0.731 0.231 0.003 0.023 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 118 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.710 0.271 0.008 0.001 119 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.944 0.052 0.001 0.001 120 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.954 0.038 0.004 0.001 121 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.961 0.036 0.002 0.001 122 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.951 0.046 0.001 0.001 123 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.958 0.038 0.001 0.001 124 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.944 0.047 0.003 0.001 125 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.815 0.165 0.011 0.001 126 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.044 0.729 0.202 0.016 0.001 127 S 0.002 0.009 0.003 0.003 0.006 0.005 0.171 0.600 0.115 0.084 0.003 128 A 0.016 0.058 0.033 0.013 0.039 0.050 0.329 0.208 0.138 0.106 0.010 129 R 0.178 0.236 0.088 0.010 0.241 0.003 0.011 0.038 0.038 0.056 0.100 130 P 0.034 0.135 0.048 0.027 0.104 0.057 0.086 0.176 0.242 0.067 0.023 131 V 0.067 0.097 0.033 0.007 0.205 0.008 0.024 0.106 0.217 0.201 0.035 132 A 0.140 0.101 0.029 0.007 0.251 0.014 0.043 0.051 0.097 0.170 0.098 133 E 0.129 0.268 0.090 0.006 0.357 0.002 0.006 0.015 0.018 0.058 0.051 134 P 0.034 0.360 0.164 0.020 0.162 0.021 0.035 0.039 0.037 0.103 0.024 135 N 0.066 0.430 0.186 0.005 0.289 0.001 0.001 0.005 0.003 0.005 0.010 136 L 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.006 0.012 0.642 0.314 0.015 0.002 137 G 0.002 0.007 0.004 0.001 0.004 0.001 0.010 0.850 0.089 0.032 0.003 138 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.907 0.074 0.015 0.001 139 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.963 0.033 0.001 0.001 140 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.960 0.034 0.001 0.001 141 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.952 0.041 0.004 0.001 142 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.939 0.055 0.003 0.001 143 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.947 0.042 0.002 0.001 144 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.951 0.033 0.008 0.001 145 Y 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.921 0.065 0.006 0.001 146 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.911 0.076 0.004 0.001 147 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.903 0.070 0.007 0.001 148 T 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.022 0.903 0.051 0.011 0.001 149 L 0.008 0.008 0.002 0.001 0.009 0.003 0.024 0.765 0.132 0.042 0.007 150 Q 0.007 0.023 0.015 0.010 0.012 0.014 0.052 0.658 0.151 0.052 0.006 151 A 0.007 0.118 0.047 0.030 0.028 0.027 0.145 0.457 0.091 0.045 0.004 152 Q 0.031 0.127 0.061 0.026 0.057 0.027 0.075 0.136 0.083 0.322 0.055 153 A 0.148 0.127 0.045 0.014 0.187 0.011 0.023 0.083 0.055 0.174 0.133 154 I 0.150 0.170 0.055 0.017 0.261 0.015 0.026 0.109 0.068 0.077 0.052 155 L 0.079 0.302 0.142 0.031 0.233 0.015 0.019 0.070 0.039 0.042 0.027 156 P 0.097 0.277 0.119 0.013 0.248 0.009 0.019 0.089 0.052 0.045 0.032 157 R 0.128 0.175 0.104 0.016 0.223 0.011 0.025 0.106 0.087 0.076 0.047 158 E 0.068 0.260 0.181 0.031 0.191 0.016 0.034 0.096 0.055 0.043 0.025 159 P 0.066 0.280 0.163 0.021 0.177 0.015 0.035 0.118 0.060 0.042 0.023 160 I 0.063 0.280 0.204 0.031 0.150 0.021 0.030 0.090 0.051 0.050 0.030 161 D 0.088 0.219 0.113 0.027 0.194 0.023 0.040 0.130 0.082 0.048 0.035 162 P 0.051 0.118 0.089 0.032 0.097 0.022 0.036 0.203 0.191 0.123 0.038 163 E 0.047 0.124 0.066 0.023 0.098 0.026 0.069 0.252 0.152 0.114 0.029