# TARGET T0317 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0317.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1764 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.016 0.006 0.005 0.066 0.095 0.813 2 G 0.020 0.010 0.006 0.040 0.125 0.798 3 T 0.027 0.010 0.058 0.076 0.233 0.596 4 S 0.059 0.014 0.217 0.106 0.249 0.354 5 E 0.080 0.019 0.271 0.104 0.270 0.257 6 A 0.070 0.029 0.122 0.083 0.288 0.408 7 A 0.043 0.019 0.027 0.034 0.302 0.575 8 P 0.023 0.010 0.012 0.015 0.252 0.690 9 P 0.030 0.015 0.012 0.013 0.244 0.685 10 P 0.044 0.026 0.027 0.020 0.342 0.540 11 F 0.055 0.020 0.172 0.084 0.348 0.321 12 A 0.156 0.010 0.212 0.118 0.285 0.218 13 R 0.312 0.015 0.165 0.103 0.226 0.179 14 V 0.366 0.071 0.043 0.068 0.164 0.288 15 A 0.226 0.024 0.023 0.021 0.548 0.158 16 P 0.077 0.004 0.083 0.033 0.685 0.118 17 A 0.096 0.005 0.106 0.043 0.645 0.105 18 L 0.537 0.027 0.044 0.031 0.301 0.059 19 F 0.706 0.023 0.008 0.035 0.093 0.136 20 I 0.732 0.035 0.006 0.042 0.088 0.098 21 G 0.358 0.012 0.009 0.060 0.279 0.282 22 N 0.156 0.007 0.021 0.092 0.373 0.352 23 A 0.149 0.020 0.080 0.242 0.311 0.197 24 R 0.117 0.023 0.092 0.316 0.248 0.203 25 A 0.079 0.010 0.115 0.298 0.285 0.213 26 A 0.046 0.006 0.111 0.442 0.216 0.178 27 G 0.022 0.009 0.072 0.504 0.174 0.219 28 A 0.013 0.008 0.038 0.739 0.079 0.123 29 T 0.004 0.001 0.017 0.902 0.028 0.049 30 E 0.002 0.001 0.010 0.965 0.014 0.007 31 L 0.001 0.001 0.007 0.979 0.008 0.004 32 L 0.001 0.001 0.007 0.983 0.007 0.002 33 V 0.001 0.001 0.014 0.978 0.004 0.002 34 R 0.001 0.001 0.013 0.980 0.004 0.002 35 A 0.001 0.001 0.016 0.961 0.005 0.018 36 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.986 37 I 0.135 0.005 0.002 0.002 0.070 0.787 38 T 0.628 0.001 0.001 0.001 0.049 0.320 39 L 0.981 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 40 C 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 41 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 42 N 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 43 V 0.915 0.002 0.001 0.001 0.013 0.068 44 S 0.589 0.005 0.003 0.003 0.124 0.277 45 R 0.254 0.010 0.015 0.008 0.275 0.438 46 Q 0.141 0.021 0.020 0.011 0.320 0.487 47 Q 0.081 0.026 0.017 0.011 0.434 0.431 48 P 0.031 0.022 0.015 0.011 0.347 0.573 49 G 0.019 0.016 0.009 0.004 0.340 0.612 50 P 0.020 0.018 0.026 0.007 0.358 0.571 51 R 0.030 0.024 0.022 0.009 0.292 0.624 52 A 0.042 0.016 0.019 0.006 0.401 0.515 53 P 0.053 0.004 0.020 0.010 0.340 0.573 54 G 0.243 0.028 0.018 0.008 0.254 0.450 55 V 0.671 0.017 0.006 0.005 0.110 0.192 56 A 0.852 0.003 0.004 0.003 0.030 0.108 57 E 0.959 0.002 0.001 0.001 0.008 0.029 58 L 0.957 0.002 0.001 0.001 0.007 0.031 59 R 0.893 0.005 0.001 0.002 0.018 0.081 60 V 0.488 0.009 0.002 0.002 0.056 0.445 61 P 0.280 0.009 0.004 0.001 0.139 0.566 62 V 0.151 0.027 0.036 0.004 0.336 0.447 63 F 0.062 0.034 0.051 0.006 0.437 0.411 64 D 0.034 0.020 0.055 0.011 0.544 0.336 65 D 0.012 0.014 0.043 0.025 0.616 0.291 66 P 0.011 0.016 0.082 0.083 0.490 0.318 67 A 0.011 0.020 0.136 0.136 0.488 0.209 68 E 0.004 0.006 0.247 0.272 0.344 0.126 69 D 0.005 0.012 0.199 0.326 0.310 0.147 70 L 0.003 0.006 0.233 0.513 0.171 0.074 71 L 0.004 0.003 0.205 0.547 0.159 0.081 72 T 0.002 0.002 0.253 0.560 0.138 0.044 73 H 0.003 0.003 0.145 0.671 0.114 0.065 74 L 0.001 0.001 0.029 0.895 0.043 0.031 75 E 0.001 0.001 0.020 0.936 0.027 0.016 76 P 0.001 0.001 0.019 0.946 0.022 0.011 77 T 0.001 0.001 0.008 0.981 0.007 0.003 78 C 0.001 0.001 0.003 0.987 0.007 0.003 79 A 0.001 0.001 0.002 0.993 0.004 0.001 80 A 0.001 0.001 0.002 0.991 0.005 0.002 81 M 0.001 0.001 0.002 0.990 0.005 0.003 82 E 0.001 0.001 0.004 0.990 0.004 0.001 83 A 0.001 0.001 0.003 0.988 0.005 0.003 84 A 0.001 0.001 0.004 0.975 0.006 0.014 85 V 0.001 0.002 0.008 0.956 0.015 0.018 86 R 0.002 0.001 0.013 0.912 0.056 0.017 87 D 0.003 0.001 0.017 0.734 0.134 0.111 88 G 0.002 0.001 0.003 0.010 0.225 0.760 89 G 0.016 0.001 0.001 0.001 0.163 0.819 90 S 0.331 0.003 0.001 0.001 0.068 0.598 91 C 0.930 0.003 0.001 0.001 0.009 0.058 92 L 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 93 V 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 94 Y 0.943 0.002 0.001 0.001 0.012 0.042 95 C 0.574 0.005 0.003 0.002 0.166 0.250 96 K 0.136 0.006 0.018 0.005 0.514 0.322 97 N 0.070 0.026 0.044 0.023 0.589 0.248 98 G 0.045 0.019 0.080 0.025 0.602 0.228 99 R 0.075 0.018 0.125 0.122 0.441 0.221 100 S 0.057 0.028 0.073 0.167 0.195 0.480 101 R 0.009 0.007 0.030 0.905 0.026 0.023 102 S 0.005 0.002 0.005 0.952 0.014 0.022 103 A 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.002 104 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 105 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 106 C 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 107 T 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 108 A 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 109 Y 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.001 110 L 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.002 111 M 0.001 0.001 0.004 0.988 0.005 0.003 112 R 0.001 0.001 0.003 0.989 0.005 0.003 113 H 0.001 0.001 0.003 0.972 0.017 0.007 114 R 0.001 0.001 0.007 0.771 0.093 0.127 115 G 0.001 0.001 0.001 0.005 0.115 0.878 116 H 0.009 0.013 0.002 0.002 0.127 0.848 117 S 0.009 0.009 0.001 0.003 0.029 0.950 118 L 0.001 0.001 0.015 0.975 0.004 0.006 119 D 0.001 0.001 0.007 0.989 0.002 0.001 120 R 0.001 0.001 0.009 0.988 0.002 0.001 121 A 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 122 F 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 123 Q 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 124 M 0.001 0.001 0.002 0.994 0.003 0.001 125 V 0.001 0.001 0.003 0.990 0.005 0.001 126 K 0.001 0.001 0.005 0.982 0.010 0.001 127 S 0.001 0.001 0.005 0.967 0.018 0.009 128 A 0.001 0.002 0.008 0.771 0.055 0.164 129 R 0.004 0.008 0.030 0.159 0.378 0.421 130 P 0.006 0.004 0.152 0.064 0.526 0.249 131 V 0.020 0.016 0.232 0.038 0.526 0.168 132 A 0.054 0.047 0.160 0.062 0.440 0.237 133 E 0.047 0.042 0.035 0.045 0.336 0.495 134 P 0.025 0.025 0.012 0.054 0.257 0.626 135 N 0.010 0.008 0.007 0.074 0.234 0.666 136 L 0.001 0.001 0.020 0.922 0.044 0.014 137 G 0.001 0.001 0.020 0.934 0.035 0.010 138 F 0.001 0.001 0.005 0.990 0.004 0.001 139 W 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 140 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 141 Q 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 142 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 143 Q 0.001 0.001 0.002 0.994 0.003 0.001 144 K 0.001 0.001 0.002 0.986 0.006 0.004 145 Y 0.001 0.001 0.002 0.970 0.009 0.016 146 E 0.001 0.001 0.003 0.975 0.009 0.011 147 Q 0.001 0.001 0.003 0.983 0.008 0.005 148 T 0.001 0.001 0.004 0.974 0.011 0.010 149 L 0.001 0.001 0.006 0.959 0.015 0.018 150 Q 0.002 0.001 0.011 0.943 0.023 0.020 151 A 0.003 0.001 0.017 0.890 0.043 0.047 152 Q 0.006 0.001 0.026 0.683 0.097 0.186 153 A 0.026 0.007 0.033 0.293 0.187 0.454 154 I 0.053 0.021 0.035 0.159 0.192 0.540 155 L 0.061 0.025 0.034 0.098 0.229 0.551 156 P 0.040 0.017 0.023 0.060 0.239 0.621 157 R 0.026 0.011 0.027 0.033 0.257 0.646 158 E 0.026 0.009 0.015 0.014 0.257 0.678 159 P 0.036 0.012 0.026 0.016 0.305 0.604 160 I 0.040 0.029 0.017 0.013 0.171 0.730 161 D 0.032 0.017 0.008 0.007 0.186 0.750 162 P 0.012 0.007 0.010 0.018 0.131 0.822 163 E 0.003 0.001 0.001 0.007 0.050 0.938