# TARGET T0317 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0317.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1764 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.799 0.140 0.040 0.015 0.005 0.001 0.001 2 G 0.651 0.213 0.089 0.035 0.010 0.002 0.001 3 T 0.563 0.247 0.118 0.052 0.016 0.003 0.001 4 S 0.465 0.257 0.143 0.085 0.038 0.011 0.001 5 E 0.313 0.288 0.209 0.120 0.052 0.015 0.002 6 A 0.185 0.133 0.166 0.220 0.192 0.092 0.012 7 A 0.233 0.235 0.217 0.170 0.096 0.043 0.006 8 P 0.262 0.248 0.196 0.155 0.089 0.042 0.007 9 P 0.268 0.237 0.206 0.168 0.082 0.033 0.006 10 P 0.265 0.227 0.197 0.171 0.097 0.037 0.006 11 F 0.131 0.121 0.131 0.191 0.216 0.174 0.038 12 A 0.148 0.190 0.192 0.203 0.152 0.094 0.021 13 R 0.161 0.249 0.218 0.175 0.110 0.066 0.021 14 V 0.054 0.073 0.103 0.201 0.274 0.239 0.056 15 A 0.059 0.121 0.171 0.232 0.215 0.163 0.039 16 P 0.138 0.209 0.195 0.178 0.131 0.101 0.048 17 A 0.057 0.111 0.165 0.222 0.212 0.177 0.056 18 L 0.018 0.023 0.040 0.100 0.218 0.400 0.201 19 F 0.021 0.044 0.082 0.144 0.210 0.329 0.171 20 I 0.037 0.045 0.056 0.091 0.161 0.335 0.275 21 G 0.087 0.091 0.105 0.162 0.203 0.232 0.120 22 N 0.094 0.133 0.161 0.195 0.188 0.163 0.065 23 A 0.096 0.105 0.125 0.187 0.217 0.205 0.067 24 R 0.151 0.189 0.177 0.185 0.153 0.112 0.032 25 A 0.100 0.161 0.182 0.209 0.183 0.133 0.032 26 A 0.201 0.212 0.190 0.180 0.133 0.070 0.013 27 G 0.170 0.233 0.240 0.191 0.106 0.050 0.010 28 A 0.232 0.240 0.188 0.152 0.108 0.068 0.013 29 T 0.125 0.205 0.246 0.233 0.135 0.050 0.005 30 E 0.430 0.360 0.129 0.055 0.019 0.006 0.001 31 L 0.061 0.194 0.271 0.283 0.143 0.045 0.003 32 L 0.019 0.040 0.092 0.278 0.395 0.170 0.005 33 V 0.180 0.368 0.271 0.142 0.034 0.004 0.001 34 R 0.522 0.347 0.098 0.027 0.005 0.001 0.001 35 A 0.054 0.224 0.324 0.274 0.106 0.018 0.001 36 G 0.076 0.301 0.334 0.219 0.062 0.007 0.001 37 I 0.001 0.010 0.041 0.171 0.425 0.334 0.018 38 T 0.004 0.067 0.205 0.352 0.247 0.107 0.018 39 L 0.001 0.001 0.012 0.063 0.244 0.556 0.123 40 C 0.001 0.002 0.007 0.022 0.096 0.528 0.346 41 V 0.001 0.001 0.004 0.018 0.091 0.411 0.474 42 N 0.001 0.005 0.023 0.064 0.167 0.421 0.320 43 V 0.001 0.001 0.004 0.026 0.167 0.498 0.303 44 S 0.010 0.061 0.148 0.267 0.284 0.205 0.025 45 R 0.043 0.181 0.276 0.280 0.165 0.050 0.005 46 Q 0.334 0.340 0.186 0.097 0.034 0.008 0.001 47 Q 0.344 0.277 0.206 0.120 0.042 0.011 0.001 48 P 0.557 0.258 0.113 0.050 0.017 0.004 0.001 49 G 0.493 0.275 0.135 0.068 0.024 0.005 0.001 50 P 0.456 0.236 0.160 0.101 0.038 0.009 0.001 51 R 0.488 0.282 0.136 0.067 0.021 0.005 0.001 52 A 0.341 0.257 0.201 0.132 0.053 0.015 0.002 53 P 0.477 0.268 0.137 0.075 0.031 0.010 0.001 54 G 0.165 0.213 0.220 0.213 0.130 0.053 0.006 55 V 0.054 0.099 0.153 0.256 0.256 0.161 0.022 56 A 0.089 0.176 0.194 0.230 0.184 0.103 0.023 57 E 0.038 0.099 0.160 0.235 0.233 0.192 0.044 58 L 0.015 0.037 0.082 0.191 0.302 0.312 0.061 59 R 0.018 0.072 0.160 0.243 0.245 0.213 0.050 60 V 0.017 0.038 0.067 0.140 0.260 0.356 0.122 61 P 0.049 0.144 0.205 0.241 0.189 0.135 0.039 62 V 0.019 0.029 0.055 0.151 0.301 0.355 0.089 63 F 0.087 0.178 0.225 0.242 0.164 0.089 0.015 64 D 0.130 0.187 0.193 0.218 0.166 0.093 0.013 65 D 0.148 0.185 0.220 0.227 0.148 0.064 0.009 66 P 0.298 0.291 0.201 0.134 0.056 0.017 0.002 67 A 0.146 0.223 0.234 0.220 0.125 0.047 0.004 68 E 0.296 0.277 0.189 0.138 0.071 0.026 0.004 69 D 0.244 0.338 0.235 0.124 0.044 0.013 0.002 70 L 0.034 0.086 0.172 0.300 0.280 0.122 0.006 71 L 0.047 0.175 0.276 0.299 0.154 0.046 0.003 72 T 0.211 0.476 0.203 0.073 0.027 0.009 0.002 73 H 0.008 0.060 0.184 0.349 0.284 0.108 0.007 74 L 0.001 0.002 0.010 0.076 0.360 0.496 0.055 75 E 0.012 0.146 0.406 0.320 0.097 0.018 0.001 76 P 0.018 0.151 0.341 0.334 0.127 0.028 0.001 77 T 0.001 0.002 0.004 0.020 0.174 0.665 0.135 78 C 0.001 0.004 0.037 0.209 0.428 0.304 0.017 79 A 0.016 0.292 0.439 0.191 0.050 0.012 0.001 80 A 0.002 0.016 0.120 0.403 0.360 0.094 0.004 81 M 0.001 0.001 0.002 0.021 0.214 0.658 0.104 82 E 0.015 0.141 0.355 0.341 0.130 0.017 0.001 83 A 0.052 0.403 0.336 0.164 0.039 0.006 0.001 84 A 0.003 0.038 0.149 0.432 0.307 0.070 0.001 85 V 0.013 0.117 0.313 0.410 0.135 0.013 0.001 86 R 0.567 0.354 0.065 0.012 0.001 0.001 0.001 87 D 0.561 0.306 0.097 0.031 0.005 0.001 0.001 88 G 0.488 0.456 0.052 0.005 0.001 0.001 0.001 89 G 0.002 0.055 0.271 0.486 0.175 0.011 0.001 90 S 0.001 0.015 0.101 0.337 0.446 0.098 0.003 91 C 0.001 0.001 0.002 0.010 0.101 0.726 0.161 92 L 0.001 0.001 0.001 0.007 0.046 0.416 0.529 93 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.208 0.770 94 Y 0.001 0.001 0.001 0.004 0.030 0.239 0.725 95 C 0.001 0.002 0.006 0.036 0.156 0.425 0.374 96 K 0.005 0.057 0.137 0.234 0.248 0.217 0.101 97 N 0.019 0.075 0.123 0.200 0.255 0.247 0.080 98 G 0.022 0.075 0.147 0.218 0.243 0.242 0.053 99 R 0.028 0.077 0.128 0.200 0.255 0.239 0.073 100 S 0.025 0.059 0.077 0.128 0.204 0.325 0.182 101 R 0.007 0.018 0.035 0.080 0.196 0.375 0.289 102 S 0.004 0.012 0.023 0.057 0.164 0.326 0.414 103 A 0.002 0.006 0.015 0.041 0.088 0.233 0.616 104 A 0.001 0.003 0.006 0.013 0.031 0.145 0.801 105 V 0.001 0.001 0.002 0.010 0.039 0.166 0.782 106 C 0.001 0.001 0.001 0.005 0.025 0.158 0.811 107 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.106 0.884 108 A 0.001 0.001 0.001 0.005 0.027 0.236 0.731 109 Y 0.001 0.002 0.007 0.033 0.144 0.456 0.358 110 L 0.001 0.002 0.008 0.044 0.201 0.556 0.189 111 M 0.001 0.003 0.011 0.060 0.257 0.580 0.087 112 R 0.007 0.076 0.206 0.363 0.279 0.067 0.002 113 H 0.059 0.243 0.324 0.264 0.097 0.012 0.001 114 R 0.136 0.346 0.303 0.165 0.043 0.007 0.001 115 G 0.472 0.372 0.112 0.035 0.007 0.001 0.001 116 H 0.092 0.175 0.252 0.276 0.168 0.036 0.001 117 S 0.114 0.442 0.297 0.113 0.029 0.004 0.001 118 L 0.005 0.022 0.087 0.288 0.414 0.176 0.008 119 D 0.068 0.303 0.354 0.198 0.064 0.012 0.001 120 R 0.036 0.332 0.401 0.183 0.042 0.006 0.001 121 A 0.005 0.011 0.027 0.139 0.423 0.376 0.019 122 F 0.005 0.043 0.161 0.361 0.328 0.099 0.003 123 Q 0.094 0.490 0.300 0.093 0.019 0.005 0.001 124 M 0.010 0.081 0.295 0.412 0.170 0.030 0.001 125 V 0.003 0.009 0.022 0.113 0.368 0.435 0.049 126 K 0.041 0.217 0.308 0.266 0.130 0.035 0.002 127 S 0.320 0.392 0.173 0.081 0.024 0.008 0.001 128 A 0.085 0.201 0.283 0.267 0.119 0.041 0.004 129 R 0.103 0.179 0.241 0.244 0.152 0.071 0.009 130 P 0.316 0.264 0.161 0.120 0.085 0.045 0.010 131 V 0.190 0.238 0.208 0.176 0.112 0.062 0.014 132 A 0.093 0.103 0.133 0.209 0.237 0.182 0.043 133 E 0.174 0.246 0.229 0.179 0.104 0.053 0.015 134 P 0.134 0.173 0.201 0.229 0.163 0.083 0.017 135 N 0.143 0.222 0.222 0.195 0.121 0.077 0.021 136 L 0.186 0.220 0.207 0.192 0.126 0.059 0.011 137 G 0.089 0.213 0.250 0.240 0.145 0.056 0.008 138 F 0.007 0.014 0.025 0.086 0.269 0.481 0.118 139 W 0.005 0.024 0.078 0.229 0.347 0.277 0.040 140 A 0.012 0.137 0.311 0.303 0.169 0.061 0.007 141 Q 0.002 0.006 0.031 0.155 0.379 0.372 0.056 142 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.052 0.533 0.410 143 Q 0.005 0.034 0.174 0.399 0.281 0.100 0.007 144 K 0.009 0.146 0.379 0.323 0.114 0.027 0.001 145 Y 0.001 0.004 0.015 0.104 0.392 0.441 0.042 146 E 0.007 0.032 0.104 0.288 0.377 0.181 0.011 147 Q 0.196 0.462 0.245 0.080 0.014 0.002 0.001 148 T 0.093 0.325 0.340 0.190 0.045 0.006 0.001 149 L 0.030 0.089 0.196 0.362 0.253 0.068 0.002 150 Q 0.304 0.348 0.209 0.102 0.031 0.006 0.001 151 A 0.665 0.223 0.071 0.031 0.009 0.002 0.001 152 Q 0.465 0.306 0.147 0.063 0.017 0.003 0.001 153 A 0.327 0.295 0.212 0.121 0.039 0.007 0.001 154 I 0.402 0.244 0.175 0.118 0.048 0.011 0.001 155 L 0.318 0.210 0.184 0.166 0.094 0.026 0.001 156 P 0.515 0.240 0.135 0.074 0.028 0.007 0.001 157 R 0.620 0.228 0.092 0.043 0.014 0.003 0.001 158 E 0.544 0.234 0.132 0.065 0.020 0.004 0.001 159 P 0.628 0.213 0.095 0.045 0.014 0.003 0.001 160 I 0.568 0.213 0.125 0.069 0.021 0.004 0.001 161 D 0.651 0.221 0.086 0.033 0.007 0.001 0.001 162 P 0.740 0.170 0.058 0.024 0.007 0.001 0.001 163 E 0.832 0.115 0.034 0.014 0.004 0.001 0.001