# TARGET T0317 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0317.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1764 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.308 0.150 0.150 0.128 0.109 0.063 0.038 0.024 0.015 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 2 G 0.331 0.150 0.124 0.123 0.110 0.068 0.037 0.025 0.016 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 3 T 0.228 0.147 0.139 0.155 0.135 0.073 0.048 0.033 0.021 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 4 S 0.251 0.121 0.106 0.130 0.114 0.098 0.066 0.052 0.028 0.019 0.009 0.003 0.001 0.001 5 E 0.204 0.137 0.138 0.138 0.141 0.090 0.061 0.041 0.024 0.012 0.008 0.003 0.001 0.001 6 A 0.067 0.035 0.047 0.087 0.123 0.158 0.140 0.124 0.081 0.073 0.035 0.018 0.009 0.003 7 A 0.111 0.096 0.105 0.149 0.144 0.135 0.104 0.059 0.042 0.024 0.017 0.009 0.003 0.002 8 P 0.142 0.090 0.103 0.118 0.125 0.118 0.096 0.072 0.053 0.037 0.028 0.012 0.004 0.002 9 P 0.142 0.099 0.105 0.126 0.132 0.116 0.092 0.071 0.051 0.031 0.019 0.009 0.004 0.002 10 P 0.103 0.092 0.104 0.137 0.146 0.130 0.096 0.075 0.052 0.032 0.019 0.008 0.003 0.002 11 F 0.056 0.044 0.059 0.097 0.147 0.162 0.136 0.106 0.091 0.058 0.025 0.012 0.005 0.002 12 A 0.174 0.127 0.122 0.158 0.126 0.107 0.073 0.041 0.030 0.019 0.015 0.005 0.002 0.001 13 R 0.222 0.177 0.169 0.139 0.107 0.067 0.050 0.029 0.021 0.008 0.007 0.002 0.001 0.001 14 V 0.066 0.049 0.072 0.107 0.142 0.166 0.140 0.131 0.062 0.037 0.018 0.007 0.003 0.001 15 A 0.130 0.128 0.148 0.140 0.150 0.108 0.078 0.059 0.030 0.015 0.008 0.004 0.002 0.001 16 P 0.199 0.125 0.123 0.139 0.139 0.088 0.068 0.048 0.029 0.024 0.010 0.005 0.002 0.001 17 A 0.095 0.096 0.119 0.144 0.171 0.127 0.093 0.054 0.046 0.028 0.016 0.007 0.002 0.002 18 L 0.040 0.029 0.040 0.072 0.103 0.149 0.138 0.123 0.106 0.085 0.060 0.029 0.016 0.007 19 F 0.046 0.042 0.051 0.102 0.119 0.137 0.151 0.113 0.090 0.059 0.045 0.028 0.010 0.007 20 I 0.036 0.024 0.032 0.049 0.071 0.109 0.110 0.144 0.132 0.107 0.101 0.053 0.025 0.008 21 G 0.091 0.058 0.062 0.086 0.097 0.110 0.103 0.108 0.093 0.070 0.058 0.038 0.019 0.007 22 N 0.108 0.091 0.096 0.117 0.124 0.102 0.097 0.081 0.074 0.047 0.034 0.018 0.006 0.004 23 A 0.079 0.056 0.068 0.097 0.119 0.141 0.126 0.095 0.089 0.064 0.040 0.016 0.007 0.003 24 R 0.178 0.163 0.156 0.145 0.113 0.088 0.068 0.039 0.025 0.011 0.010 0.003 0.001 0.001 25 A 0.147 0.115 0.131 0.135 0.144 0.128 0.087 0.050 0.031 0.017 0.009 0.003 0.001 0.001 26 A 0.166 0.111 0.118 0.136 0.159 0.119 0.088 0.051 0.029 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 27 G 0.270 0.185 0.158 0.137 0.103 0.063 0.041 0.024 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 28 A 0.347 0.173 0.153 0.112 0.096 0.053 0.031 0.015 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 29 T 0.195 0.113 0.139 0.170 0.152 0.098 0.059 0.034 0.020 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 30 E 0.493 0.195 0.119 0.080 0.053 0.028 0.015 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 31 L 0.239 0.157 0.153 0.161 0.135 0.070 0.040 0.025 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 32 L 0.097 0.064 0.088 0.143 0.185 0.157 0.114 0.091 0.037 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 33 V 0.223 0.173 0.164 0.175 0.125 0.068 0.036 0.019 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 34 R 0.370 0.196 0.150 0.114 0.083 0.040 0.021 0.010 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 35 A 0.095 0.088 0.121 0.189 0.171 0.151 0.083 0.047 0.025 0.017 0.008 0.002 0.001 0.001 36 G 0.138 0.151 0.154 0.151 0.140 0.102 0.072 0.047 0.027 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 37 I 0.011 0.018 0.030 0.084 0.150 0.177 0.146 0.134 0.091 0.092 0.040 0.015 0.010 0.004 38 T 0.019 0.031 0.043 0.084 0.100 0.122 0.172 0.130 0.125 0.071 0.056 0.027 0.011 0.009 39 L 0.003 0.003 0.008 0.016 0.030 0.061 0.079 0.120 0.162 0.179 0.178 0.083 0.046 0.031 40 C 0.001 0.001 0.002 0.005 0.014 0.023 0.041 0.086 0.123 0.147 0.183 0.194 0.117 0.062 41 V 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.012 0.032 0.072 0.105 0.170 0.228 0.185 0.126 0.058 42 N 0.002 0.004 0.007 0.017 0.032 0.047 0.085 0.176 0.174 0.157 0.143 0.084 0.040 0.035 43 V 0.002 0.002 0.003 0.007 0.016 0.036 0.050 0.111 0.141 0.191 0.201 0.134 0.075 0.029 44 S 0.010 0.021 0.031 0.087 0.125 0.128 0.147 0.145 0.145 0.092 0.037 0.019 0.007 0.005 45 R 0.046 0.072 0.086 0.136 0.150 0.144 0.116 0.088 0.076 0.045 0.029 0.009 0.003 0.002 46 Q 0.208 0.198 0.177 0.131 0.110 0.073 0.044 0.026 0.020 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 47 Q 0.216 0.187 0.169 0.149 0.117 0.068 0.042 0.025 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 48 P 0.400 0.186 0.160 0.094 0.079 0.040 0.020 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 49 G 0.467 0.167 0.137 0.092 0.071 0.031 0.016 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 50 P 0.374 0.155 0.119 0.120 0.104 0.057 0.034 0.019 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 51 R 0.347 0.179 0.138 0.119 0.096 0.055 0.032 0.018 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 52 A 0.349 0.158 0.145 0.117 0.097 0.058 0.035 0.020 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 53 P 0.222 0.117 0.124 0.145 0.138 0.102 0.062 0.041 0.023 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 54 G 0.118 0.090 0.100 0.140 0.162 0.127 0.090 0.073 0.047 0.030 0.014 0.006 0.002 0.001 55 V 0.049 0.045 0.058 0.108 0.136 0.155 0.133 0.120 0.075 0.068 0.031 0.014 0.006 0.002 56 A 0.117 0.098 0.102 0.131 0.118 0.110 0.094 0.067 0.057 0.044 0.038 0.016 0.006 0.004 57 E 0.037 0.037 0.057 0.079 0.107 0.122 0.126 0.118 0.112 0.085 0.067 0.034 0.012 0.007 58 L 0.015 0.012 0.017 0.032 0.049 0.086 0.108 0.174 0.146 0.143 0.111 0.062 0.033 0.011 59 R 0.021 0.031 0.042 0.070 0.092 0.095 0.118 0.167 0.125 0.098 0.070 0.044 0.018 0.012 60 V 0.015 0.011 0.015 0.027 0.041 0.071 0.083 0.145 0.151 0.187 0.124 0.080 0.036 0.013 61 P 0.030 0.040 0.054 0.091 0.119 0.116 0.125 0.129 0.118 0.077 0.051 0.030 0.012 0.008 62 V 0.024 0.027 0.036 0.070 0.091 0.130 0.133 0.135 0.121 0.107 0.075 0.033 0.012 0.006 63 F 0.068 0.084 0.108 0.133 0.149 0.150 0.109 0.079 0.060 0.029 0.019 0.008 0.003 0.002 64 D 0.151 0.126 0.127 0.143 0.152 0.105 0.069 0.052 0.037 0.021 0.012 0.004 0.002 0.001 65 D 0.243 0.169 0.152 0.147 0.122 0.068 0.041 0.026 0.018 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 66 P 0.318 0.188 0.147 0.127 0.090 0.058 0.031 0.018 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 67 A 0.251 0.153 0.149 0.143 0.127 0.080 0.045 0.024 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 68 E 0.496 0.200 0.121 0.081 0.049 0.026 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 D 0.419 0.237 0.152 0.084 0.054 0.028 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 L 0.077 0.060 0.082 0.135 0.201 0.174 0.120 0.081 0.046 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 71 L 0.109 0.122 0.151 0.183 0.168 0.121 0.075 0.038 0.017 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 72 T 0.531 0.252 0.113 0.051 0.026 0.013 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 H 0.063 0.082 0.123 0.174 0.194 0.159 0.115 0.060 0.020 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 74 L 0.010 0.012 0.031 0.064 0.138 0.220 0.256 0.164 0.070 0.025 0.007 0.002 0.001 0.001 75 E 0.236 0.257 0.213 0.128 0.087 0.044 0.021 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 P 0.180 0.248 0.220 0.153 0.105 0.053 0.023 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 77 T 0.005 0.007 0.016 0.061 0.129 0.213 0.250 0.216 0.081 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 78 C 0.009 0.030 0.079 0.170 0.229 0.209 0.156 0.069 0.032 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 79 A 0.485 0.317 0.131 0.036 0.017 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 A 0.019 0.046 0.098 0.211 0.234 0.179 0.132 0.063 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 81 M 0.004 0.006 0.019 0.057 0.121 0.194 0.295 0.175 0.099 0.025 0.003 0.001 0.001 0.001 82 E 0.214 0.275 0.215 0.146 0.085 0.038 0.016 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 A 0.463 0.274 0.163 0.057 0.026 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 A 0.043 0.039 0.084 0.189 0.276 0.193 0.103 0.054 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 85 V 0.092 0.119 0.196 0.230 0.199 0.088 0.048 0.017 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 86 R 0.519 0.210 0.104 0.094 0.041 0.020 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 D 0.363 0.314 0.158 0.105 0.037 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 G 0.279 0.293 0.190 0.105 0.059 0.038 0.018 0.010 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 89 G 0.043 0.090 0.108 0.132 0.209 0.176 0.120 0.060 0.032 0.012 0.011 0.002 0.002 0.001 90 S 0.005 0.010 0.022 0.049 0.114 0.175 0.206 0.162 0.099 0.064 0.058 0.017 0.013 0.008 91 C 0.002 0.002 0.004 0.008 0.019 0.042 0.066 0.066 0.124 0.149 0.202 0.181 0.081 0.055 92 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.012 0.030 0.071 0.124 0.153 0.215 0.237 0.099 0.048 93 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.014 0.064 0.112 0.160 0.220 0.242 0.130 0.046 94 Y 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 0.017 0.038 0.145 0.162 0.205 0.169 0.135 0.072 0.041 95 C 0.003 0.003 0.005 0.009 0.020 0.041 0.057 0.136 0.161 0.220 0.150 0.102 0.057 0.035 96 K 0.017 0.035 0.052 0.092 0.138 0.125 0.122 0.113 0.128 0.090 0.042 0.024 0.009 0.013 97 N 0.019 0.041 0.058 0.103 0.126 0.161 0.151 0.118 0.102 0.066 0.033 0.013 0.005 0.004 98 G 0.025 0.065 0.081 0.137 0.159 0.175 0.140 0.112 0.064 0.024 0.012 0.004 0.002 0.001 99 R 0.029 0.080 0.109 0.166 0.160 0.141 0.121 0.107 0.047 0.023 0.010 0.003 0.002 0.001 100 S 0.043 0.071 0.094 0.113 0.150 0.146 0.138 0.113 0.071 0.032 0.016 0.007 0.004 0.002 101 R 0.018 0.027 0.048 0.075 0.116 0.155 0.169 0.144 0.100 0.068 0.044 0.017 0.012 0.006 102 S 0.011 0.011 0.022 0.043 0.076 0.114 0.150 0.123 0.131 0.102 0.090 0.062 0.037 0.028 103 A 0.005 0.003 0.006 0.012 0.020 0.041 0.079 0.108 0.164 0.154 0.150 0.124 0.089 0.044 104 A 0.003 0.002 0.004 0.007 0.014 0.028 0.064 0.119 0.155 0.163 0.160 0.134 0.097 0.051 105 V 0.002 0.001 0.002 0.005 0.008 0.021 0.046 0.101 0.135 0.172 0.207 0.133 0.106 0.060 106 C 0.002 0.002 0.003 0.007 0.014 0.032 0.067 0.103 0.169 0.176 0.153 0.142 0.074 0.058 107 T 0.001 0.002 0.003 0.007 0.017 0.039 0.083 0.210 0.212 0.174 0.127 0.063 0.039 0.022 108 A 0.003 0.006 0.010 0.019 0.045 0.093 0.118 0.222 0.177 0.143 0.073 0.046 0.028 0.016 109 Y 0.008 0.021 0.033 0.069 0.133 0.138 0.140 0.191 0.113 0.099 0.028 0.015 0.007 0.006 110 L 0.007 0.014 0.027 0.078 0.143 0.160 0.185 0.192 0.098 0.066 0.016 0.008 0.002 0.002 111 M 0.016 0.021 0.044 0.097 0.143 0.191 0.190 0.152 0.087 0.042 0.010 0.004 0.002 0.001 112 R 0.104 0.121 0.142 0.189 0.172 0.118 0.074 0.042 0.025 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 113 H 0.210 0.157 0.143 0.174 0.140 0.083 0.042 0.022 0.019 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 114 R 0.262 0.171 0.152 0.164 0.116 0.070 0.034 0.015 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 115 G 0.427 0.213 0.176 0.080 0.053 0.027 0.012 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 H 0.462 0.163 0.120 0.108 0.078 0.039 0.016 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 117 S 0.313 0.233 0.170 0.119 0.084 0.043 0.022 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 118 L 0.026 0.022 0.039 0.093 0.190 0.222 0.172 0.128 0.075 0.026 0.006 0.001 0.001 0.001 119 D 0.255 0.271 0.199 0.135 0.080 0.035 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 R 0.345 0.332 0.189 0.071 0.039 0.015 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 121 A 0.006 0.009 0.018 0.082 0.150 0.222 0.245 0.199 0.054 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 122 F 0.005 0.018 0.060 0.170 0.230 0.215 0.175 0.068 0.040 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 123 Q 0.589 0.298 0.083 0.018 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 M 0.044 0.105 0.206 0.246 0.200 0.101 0.067 0.026 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 125 V 0.007 0.007 0.024 0.072 0.170 0.228 0.271 0.139 0.064 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 126 K 0.163 0.179 0.225 0.197 0.139 0.056 0.024 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 127 S 0.738 0.159 0.059 0.025 0.009 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 128 A 0.116 0.127 0.138 0.194 0.211 0.116 0.048 0.023 0.014 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 129 R 0.082 0.087 0.118 0.150 0.182 0.138 0.110 0.075 0.033 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 130 P 0.217 0.094 0.087 0.111 0.127 0.128 0.088 0.066 0.041 0.023 0.012 0.005 0.002 0.001 131 V 0.101 0.070 0.089 0.139 0.161 0.133 0.100 0.078 0.053 0.033 0.023 0.012 0.005 0.002 132 A 0.083 0.036 0.044 0.077 0.110 0.137 0.115 0.100 0.101 0.096 0.046 0.037 0.015 0.005 133 E 0.127 0.108 0.117 0.164 0.149 0.109 0.087 0.059 0.041 0.019 0.011 0.006 0.002 0.001 134 P 0.163 0.084 0.090 0.127 0.117 0.142 0.096 0.055 0.047 0.033 0.028 0.011 0.004 0.002 135 N 0.150 0.121 0.138 0.145 0.160 0.119 0.075 0.037 0.032 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 136 L 0.218 0.144 0.127 0.151 0.135 0.086 0.054 0.040 0.022 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 137 G 0.266 0.196 0.172 0.129 0.096 0.064 0.038 0.021 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 138 F 0.047 0.035 0.049 0.095 0.159 0.178 0.150 0.132 0.093 0.039 0.016 0.004 0.002 0.001 139 W 0.061 0.086 0.123 0.178 0.193 0.153 0.104 0.054 0.025 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 140 A 0.473 0.235 0.133 0.065 0.041 0.022 0.013 0.009 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 141 Q 0.057 0.061 0.087 0.173 0.194 0.164 0.134 0.079 0.029 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 142 L 0.016 0.017 0.037 0.079 0.146 0.197 0.202 0.134 0.114 0.041 0.012 0.003 0.001 0.001 143 Q 0.277 0.215 0.163 0.151 0.093 0.051 0.027 0.013 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 144 K 0.448 0.248 0.157 0.070 0.039 0.018 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 145 Y 0.042 0.037 0.067 0.153 0.221 0.211 0.142 0.075 0.033 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 146 E 0.149 0.153 0.205 0.182 0.151 0.076 0.047 0.020 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 147 Q 0.702 0.159 0.068 0.036 0.019 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 148 T 0.360 0.218 0.162 0.123 0.080 0.032 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 149 L 0.110 0.061 0.109 0.158 0.216 0.155 0.097 0.056 0.023 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 150 Q 0.378 0.182 0.155 0.119 0.086 0.042 0.021 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 151 A 0.625 0.151 0.084 0.063 0.039 0.019 0.010 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 152 Q 0.361 0.203 0.145 0.127 0.091 0.037 0.018 0.008 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 153 A 0.260 0.130 0.143 0.139 0.130 0.090 0.050 0.033 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 154 I 0.225 0.108 0.114 0.145 0.163 0.105 0.062 0.039 0.020 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 155 L 0.171 0.090 0.104 0.162 0.166 0.117 0.072 0.057 0.028 0.021 0.007 0.003 0.001 0.001 156 P 0.281 0.135 0.113 0.147 0.131 0.077 0.045 0.031 0.020 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 157 R 0.234 0.130 0.138 0.162 0.133 0.077 0.049 0.035 0.022 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 158 E 0.333 0.141 0.127 0.131 0.105 0.078 0.039 0.022 0.012 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 159 P 0.456 0.167 0.136 0.101 0.073 0.033 0.017 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 160 I 0.337 0.124 0.117 0.150 0.125 0.072 0.037 0.020 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 161 D 0.458 0.181 0.121 0.107 0.073 0.032 0.014 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 162 P 0.507 0.166 0.125 0.095 0.053 0.027 0.014 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 163 E 0.639 0.182 0.091 0.042 0.024 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001