# TARGET T0317 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t3c1-near-backbone-11-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0317.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1621 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.131 0.094 0.041 0.095 0.099 0.107 0.132 0.113 0.087 0.060 0.042 2 G 0.265 0.190 0.062 0.120 0.100 0.080 0.065 0.047 0.038 0.020 0.013 3 T 0.157 0.114 0.064 0.167 0.138 0.107 0.097 0.054 0.050 0.032 0.021 4 S 0.127 0.080 0.068 0.121 0.109 0.105 0.132 0.074 0.076 0.061 0.045 5 E 0.078 0.102 0.057 0.197 0.140 0.114 0.128 0.075 0.053 0.035 0.021 6 A 0.018 0.021 0.018 0.032 0.041 0.065 0.132 0.161 0.178 0.183 0.151 7 A 0.087 0.116 0.053 0.155 0.133 0.120 0.115 0.083 0.062 0.042 0.032 8 P 0.177 0.125 0.073 0.148 0.125 0.100 0.086 0.055 0.055 0.036 0.020 9 P 0.126 0.072 0.031 0.105 0.104 0.101 0.135 0.092 0.095 0.078 0.061 10 P 0.094 0.102 0.028 0.115 0.107 0.105 0.141 0.106 0.096 0.063 0.043 11 F 0.039 0.038 0.025 0.071 0.074 0.086 0.147 0.130 0.147 0.132 0.112 12 A 0.187 0.112 0.100 0.158 0.120 0.091 0.088 0.048 0.043 0.030 0.022 13 R 0.134 0.135 0.076 0.194 0.135 0.099 0.100 0.051 0.039 0.024 0.014 14 V 0.063 0.074 0.026 0.070 0.075 0.088 0.159 0.144 0.124 0.102 0.075 15 A 0.143 0.142 0.038 0.132 0.124 0.111 0.111 0.081 0.058 0.035 0.023 16 P 0.339 0.180 0.114 0.154 0.103 0.054 0.026 0.013 0.011 0.005 0.002 17 A 0.158 0.079 0.055 0.143 0.142 0.125 0.125 0.068 0.054 0.033 0.017 18 L 0.020 0.022 0.017 0.048 0.059 0.083 0.172 0.148 0.170 0.141 0.119 19 F 0.012 0.025 0.038 0.071 0.068 0.086 0.166 0.154 0.149 0.130 0.100 20 I 0.019 0.032 0.071 0.098 0.107 0.119 0.156 0.134 0.103 0.093 0.068 21 G 0.050 0.056 0.053 0.091 0.099 0.118 0.148 0.129 0.120 0.082 0.053 22 N 0.098 0.110 0.041 0.160 0.141 0.116 0.121 0.083 0.069 0.039 0.022 23 A 0.055 0.029 0.017 0.042 0.049 0.068 0.138 0.124 0.176 0.166 0.137 24 R 0.160 0.173 0.083 0.232 0.147 0.087 0.063 0.025 0.017 0.008 0.004 25 A 0.059 0.064 0.070 0.121 0.100 0.108 0.179 0.104 0.091 0.066 0.037 26 A 0.132 0.083 0.071 0.126 0.109 0.105 0.144 0.090 0.064 0.046 0.030 27 G 0.211 0.196 0.126 0.169 0.099 0.076 0.061 0.030 0.019 0.009 0.004 28 A 0.086 0.190 0.102 0.149 0.125 0.110 0.104 0.064 0.039 0.021 0.010 29 T 0.117 0.084 0.048 0.130 0.141 0.153 0.161 0.077 0.052 0.024 0.013 30 E 0.406 0.111 0.204 0.142 0.072 0.033 0.017 0.007 0.005 0.002 0.001 31 L 0.036 0.046 0.070 0.197 0.162 0.154 0.200 0.080 0.033 0.016 0.006 32 L 0.002 0.003 0.018 0.007 0.009 0.018 0.073 0.104 0.213 0.271 0.282 33 V 0.015 0.052 0.168 0.203 0.190 0.159 0.141 0.040 0.018 0.010 0.004 34 R 0.063 0.096 0.525 0.157 0.082 0.044 0.018 0.009 0.004 0.002 0.001 35 A 0.053 0.030 0.028 0.052 0.068 0.147 0.268 0.186 0.093 0.050 0.026 36 G 0.256 0.294 0.085 0.132 0.090 0.058 0.036 0.027 0.015 0.005 0.002 37 I 0.009 0.009 0.012 0.021 0.034 0.068 0.145 0.149 0.196 0.189 0.167 38 T 0.096 0.132 0.147 0.256 0.184 0.098 0.051 0.018 0.011 0.005 0.003 39 L 0.004 0.010 0.016 0.067 0.074 0.104 0.248 0.157 0.135 0.118 0.066 40 C 0.003 0.005 0.013 0.024 0.026 0.030 0.078 0.125 0.189 0.249 0.258 41 V 0.002 0.002 0.004 0.008 0.016 0.038 0.120 0.179 0.257 0.222 0.152 42 N 0.021 0.057 0.137 0.225 0.189 0.118 0.097 0.067 0.044 0.028 0.018 43 V 0.003 0.004 0.005 0.010 0.017 0.034 0.119 0.140 0.219 0.230 0.219 44 S 0.143 0.109 0.045 0.130 0.114 0.087 0.116 0.093 0.077 0.052 0.035 45 R 0.182 0.151 0.066 0.165 0.116 0.092 0.098 0.048 0.039 0.025 0.016 46 Q 0.340 0.211 0.055 0.128 0.104 0.066 0.047 0.024 0.015 0.007 0.003 47 Q 0.337 0.142 0.031 0.099 0.086 0.073 0.085 0.058 0.046 0.026 0.016 48 P 0.429 0.188 0.058 0.113 0.081 0.052 0.036 0.020 0.014 0.006 0.004 49 G 0.281 0.155 0.078 0.144 0.111 0.078 0.065 0.038 0.026 0.014 0.008 50 P 0.137 0.104 0.061 0.109 0.103 0.103 0.131 0.086 0.072 0.052 0.043 51 R 0.168 0.205 0.080 0.198 0.122 0.082 0.068 0.036 0.022 0.012 0.007 52 A 0.160 0.116 0.067 0.123 0.114 0.109 0.108 0.079 0.059 0.040 0.023 53 P 0.256 0.171 0.064 0.144 0.115 0.091 0.065 0.041 0.029 0.015 0.008 54 G 0.191 0.151 0.059 0.151 0.131 0.104 0.080 0.057 0.044 0.021 0.009 55 V 0.025 0.022 0.018 0.042 0.056 0.079 0.142 0.141 0.165 0.158 0.152 56 A 0.055 0.094 0.063 0.186 0.148 0.123 0.135 0.079 0.058 0.035 0.023 57 E 0.014 0.022 0.046 0.089 0.085 0.090 0.148 0.116 0.132 0.143 0.114 58 L 0.018 0.023 0.031 0.064 0.073 0.093 0.176 0.133 0.143 0.142 0.104 59 R 0.045 0.069 0.050 0.169 0.160 0.135 0.128 0.103 0.073 0.046 0.021 60 V 0.005 0.005 0.005 0.010 0.019 0.040 0.097 0.152 0.216 0.241 0.211 61 P 0.137 0.143 0.053 0.189 0.154 0.106 0.082 0.060 0.041 0.022 0.015 62 V 0.019 0.014 0.011 0.023 0.029 0.042 0.094 0.108 0.193 0.231 0.237 63 F 0.122 0.142 0.037 0.149 0.135 0.106 0.114 0.069 0.055 0.037 0.034 64 D 0.096 0.085 0.027 0.111 0.089 0.089 0.142 0.098 0.108 0.087 0.068 65 D 0.284 0.152 0.043 0.128 0.102 0.077 0.073 0.048 0.040 0.030 0.022 66 P 0.297 0.224 0.045 0.137 0.096 0.067 0.054 0.032 0.027 0.014 0.008 67 A 0.125 0.088 0.026 0.095 0.098 0.102 0.143 0.101 0.095 0.072 0.056 68 E 0.301 0.148 0.063 0.145 0.108 0.075 0.066 0.036 0.029 0.017 0.011 69 D 0.173 0.149 0.102 0.194 0.127 0.089 0.076 0.037 0.028 0.016 0.008 70 L 0.043 0.062 0.043 0.083 0.088 0.103 0.163 0.136 0.119 0.094 0.064 71 L 0.057 0.046 0.035 0.098 0.118 0.138 0.187 0.121 0.099 0.062 0.040 72 T 0.291 0.127 0.219 0.197 0.075 0.040 0.025 0.011 0.008 0.004 0.002 73 H 0.018 0.070 0.041 0.108 0.138 0.155 0.200 0.124 0.076 0.047 0.024 74 L 0.005 0.011 0.007 0.019 0.026 0.059 0.157 0.180 0.220 0.169 0.147 75 E 0.145 0.081 0.119 0.233 0.176 0.113 0.072 0.032 0.018 0.009 0.003 76 P 0.074 0.085 0.157 0.265 0.192 0.120 0.065 0.027 0.009 0.003 0.001 77 T 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.005 0.026 0.079 0.260 0.314 0.310 78 C 0.001 0.001 0.003 0.009 0.038 0.124 0.300 0.218 0.160 0.094 0.053 79 A 0.013 0.024 0.668 0.187 0.061 0.025 0.012 0.005 0.003 0.002 0.001 80 A 0.001 0.003 0.013 0.055 0.100 0.222 0.397 0.156 0.036 0.014 0.004 81 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.024 0.174 0.353 0.442 82 E 0.004 0.008 0.067 0.113 0.264 0.254 0.220 0.044 0.015 0.008 0.002 83 A 0.010 0.022 0.701 0.150 0.058 0.032 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 84 A 0.002 0.002 0.024 0.015 0.018 0.052 0.273 0.161 0.195 0.143 0.114 85 V 0.017 0.025 0.037 0.041 0.052 0.102 0.321 0.172 0.108 0.083 0.041 86 R 0.053 0.104 0.505 0.198 0.070 0.032 0.023 0.008 0.004 0.003 0.002 87 D 0.252 0.226 0.171 0.134 0.096 0.069 0.037 0.012 0.003 0.001 0.001 88 G 0.619 0.173 0.044 0.057 0.039 0.026 0.016 0.012 0.009 0.003 0.001 89 G 0.298 0.102 0.031 0.090 0.109 0.123 0.109 0.058 0.046 0.020 0.013 90 S 0.070 0.101 0.093 0.212 0.200 0.132 0.090 0.045 0.034 0.015 0.008 91 C 0.001 0.001 0.005 0.012 0.018 0.034 0.132 0.138 0.186 0.223 0.251 92 L 0.001 0.002 0.013 0.024 0.037 0.053 0.128 0.189 0.186 0.188 0.179 93 V 0.001 0.001 0.006 0.006 0.009 0.016 0.058 0.127 0.234 0.281 0.263 94 Y 0.001 0.003 0.013 0.020 0.036 0.050 0.109 0.175 0.212 0.197 0.184 95 C 0.001 0.002 0.004 0.009 0.016 0.033 0.097 0.135 0.249 0.237 0.217 96 K 0.049 0.072 0.062 0.160 0.152 0.137 0.146 0.085 0.069 0.041 0.027 97 N 0.027 0.035 0.019 0.079 0.087 0.124 0.216 0.141 0.120 0.090 0.062 98 G 0.066 0.053 0.027 0.066 0.065 0.078 0.133 0.122 0.147 0.130 0.113 99 R 0.062 0.069 0.032 0.121 0.120 0.133 0.171 0.102 0.084 0.060 0.045 100 S 0.053 0.071 0.058 0.122 0.115 0.115 0.136 0.093 0.096 0.079 0.061 101 R 0.014 0.024 0.015 0.079 0.094 0.124 0.213 0.132 0.118 0.100 0.086 102 S 0.010 0.021 0.017 0.075 0.082 0.097 0.164 0.135 0.156 0.138 0.104 103 A 0.001 0.003 0.004 0.026 0.043 0.070 0.170 0.150 0.184 0.181 0.167 104 A 0.001 0.001 0.002 0.013 0.028 0.047 0.142 0.164 0.216 0.202 0.185 105 V 0.001 0.001 0.001 0.007 0.014 0.022 0.093 0.149 0.230 0.237 0.247 106 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.034 0.116 0.237 0.297 0.305 107 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.032 0.124 0.267 0.265 0.302 108 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.036 0.111 0.285 0.264 0.292 109 Y 0.001 0.001 0.007 0.014 0.041 0.078 0.236 0.265 0.182 0.105 0.071 110 L 0.001 0.001 0.003 0.004 0.006 0.014 0.080 0.135 0.256 0.250 0.252 111 M 0.001 0.001 0.008 0.008 0.016 0.034 0.141 0.160 0.221 0.219 0.193 112 R 0.012 0.027 0.072 0.144 0.138 0.147 0.240 0.097 0.061 0.041 0.021 113 H 0.046 0.061 0.127 0.145 0.120 0.148 0.182 0.074 0.050 0.030 0.017 114 R 0.055 0.081 0.045 0.115 0.097 0.126 0.239 0.107 0.070 0.042 0.023 115 G 0.307 0.153 0.086 0.144 0.105 0.075 0.066 0.033 0.018 0.009 0.003 116 H 0.370 0.095 0.086 0.099 0.073 0.075 0.080 0.052 0.034 0.021 0.014 117 S 0.122 0.411 0.087 0.152 0.114 0.063 0.029 0.014 0.006 0.002 0.001 118 L 0.005 0.008 0.007 0.018 0.023 0.052 0.153 0.146 0.199 0.189 0.199 119 D 0.280 0.121 0.134 0.202 0.147 0.068 0.031 0.010 0.005 0.002 0.001 120 R 0.062 0.076 0.158 0.350 0.173 0.100 0.054 0.018 0.006 0.002 0.001 121 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.006 0.031 0.079 0.224 0.323 0.330 122 F 0.001 0.002 0.009 0.017 0.048 0.132 0.290 0.209 0.153 0.094 0.045 123 Q 0.007 0.020 0.687 0.140 0.068 0.038 0.021 0.009 0.005 0.003 0.001 124 M 0.002 0.007 0.043 0.079 0.113 0.221 0.343 0.132 0.038 0.017 0.006 125 V 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.024 0.063 0.231 0.343 0.330 126 K 0.011 0.021 0.081 0.119 0.181 0.198 0.231 0.077 0.041 0.028 0.012 127 S 0.022 0.053 0.496 0.179 0.092 0.065 0.047 0.019 0.013 0.009 0.004 128 A 0.020 0.030 0.051 0.092 0.096 0.153 0.284 0.130 0.076 0.045 0.023 129 R 0.037 0.028 0.022 0.043 0.045 0.074 0.180 0.167 0.161 0.146 0.098 130 P 0.137 0.105 0.119 0.161 0.119 0.100 0.100 0.060 0.047 0.032 0.020 131 V 0.101 0.120 0.084 0.151 0.140 0.120 0.115 0.071 0.048 0.030 0.019 132 A 0.076 0.052 0.022 0.057 0.063 0.076 0.137 0.131 0.157 0.123 0.105 133 E 0.320 0.150 0.056 0.151 0.095 0.067 0.062 0.035 0.030 0.019 0.015 134 P 0.144 0.187 0.064 0.159 0.118 0.095 0.094 0.050 0.043 0.027 0.018 135 N 0.112 0.169 0.046 0.141 0.118 0.107 0.119 0.077 0.057 0.034 0.021 136 L 0.162 0.082 0.033 0.117 0.110 0.120 0.139 0.092 0.073 0.045 0.027 137 G 0.350 0.174 0.133 0.181 0.087 0.042 0.018 0.008 0.004 0.002 0.001 138 F 0.004 0.020 0.019 0.042 0.059 0.090 0.179 0.169 0.183 0.143 0.091 139 W 0.002 0.004 0.009 0.022 0.036 0.081 0.202 0.162 0.200 0.154 0.127 140 A 0.027 0.028 0.288 0.233 0.138 0.102 0.098 0.041 0.024 0.015 0.005 141 Q 0.001 0.014 0.058 0.126 0.156 0.203 0.248 0.130 0.040 0.018 0.006 142 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.044 0.214 0.331 0.396 143 Q 0.008 0.011 0.080 0.086 0.170 0.205 0.251 0.106 0.047 0.029 0.008 144 K 0.009 0.039 0.533 0.208 0.101 0.062 0.030 0.011 0.005 0.002 0.001 145 Y 0.001 0.003 0.014 0.009 0.013 0.050 0.213 0.201 0.227 0.163 0.106 146 E 0.012 0.025 0.044 0.073 0.093 0.153 0.283 0.137 0.090 0.062 0.025 147 Q 0.041 0.054 0.558 0.174 0.073 0.049 0.032 0.009 0.006 0.003 0.001 148 T 0.033 0.053 0.214 0.200 0.145 0.150 0.147 0.038 0.013 0.005 0.002 149 L 0.010 0.010 0.027 0.019 0.019 0.045 0.172 0.172 0.215 0.194 0.118 150 Q 0.043 0.087 0.213 0.203 0.148 0.120 0.112 0.036 0.020 0.013 0.006 151 A 0.056 0.094 0.368 0.190 0.104 0.075 0.063 0.023 0.013 0.009 0.003 152 Q 0.125 0.084 0.158 0.165 0.123 0.113 0.128 0.049 0.030 0.017 0.008 153 A 0.223 0.117 0.119 0.146 0.095 0.089 0.105 0.047 0.033 0.018 0.007 154 I 0.122 0.101 0.129 0.143 0.111 0.098 0.117 0.075 0.052 0.035 0.018 155 L 0.069 0.088 0.075 0.101 0.101 0.113 0.162 0.117 0.078 0.055 0.041 156 P 0.212 0.187 0.106 0.166 0.114 0.077 0.059 0.036 0.023 0.013 0.007 157 R 0.316 0.129 0.074 0.136 0.112 0.077 0.063 0.036 0.029 0.018 0.010 158 E 0.401 0.141 0.052 0.122 0.090 0.063 0.057 0.029 0.025 0.013 0.008 159 P 0.188 0.141 0.047 0.148 0.107 0.086 0.107 0.066 0.053 0.034 0.023 160 I 0.126 0.117 0.046 0.097 0.095 0.097 0.137 0.109 0.078 0.056 0.042 161 D 0.317 0.245 0.079 0.154 0.089 0.049 0.031 0.019 0.010 0.005 0.003 162 P 0.485 0.188 0.054 0.092 0.073 0.046 0.026 0.016 0.011 0.005 0.002 163 E 0.507 0.177 0.037 0.090 0.071 0.045 0.030 0.019 0.014 0.006 0.003