# TARGET T0317 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0317.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1621 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.003 0.001 0.001 0.003 0.004 0.005 0.985 2 G 0.023 0.015 0.005 0.022 0.007 0.049 0.879 3 T 0.055 0.018 0.015 0.031 0.082 0.028 0.771 4 S 0.132 0.009 0.057 0.039 0.118 0.080 0.565 5 E 0.193 0.021 0.070 0.051 0.181 0.067 0.417 6 A 0.146 0.028 0.019 0.016 0.152 0.034 0.604 7 A 0.066 0.026 0.006 0.005 0.174 0.034 0.689 8 P 0.033 0.036 0.006 0.004 0.125 0.043 0.754 9 P 0.031 0.012 0.005 0.004 0.177 0.027 0.744 10 P 0.043 0.042 0.017 0.015 0.085 0.058 0.740 11 F 0.061 0.024 0.188 0.098 0.077 0.081 0.471 12 A 0.076 0.013 0.347 0.127 0.108 0.100 0.229 13 R 0.146 0.014 0.327 0.168 0.084 0.111 0.150 14 V 0.301 0.044 0.085 0.101 0.153 0.070 0.246 15 A 0.166 0.014 0.027 0.019 0.122 0.022 0.630 16 P 0.090 0.005 0.118 0.061 0.150 0.381 0.195 17 A 0.235 0.011 0.119 0.059 0.118 0.360 0.097 18 L 0.596 0.020 0.045 0.038 0.058 0.060 0.183 19 F 0.747 0.034 0.014 0.037 0.022 0.028 0.120 20 I 0.659 0.026 0.016 0.044 0.047 0.056 0.152 21 G 0.261 0.011 0.016 0.024 0.213 0.211 0.264 22 N 0.167 0.014 0.014 0.023 0.247 0.129 0.406 23 A 0.180 0.026 0.045 0.096 0.176 0.085 0.391 24 R 0.160 0.022 0.088 0.161 0.098 0.103 0.368 25 A 0.167 0.027 0.118 0.202 0.087 0.116 0.283 26 A 0.088 0.015 0.112 0.239 0.093 0.224 0.230 27 G 0.058 0.009 0.060 0.229 0.115 0.337 0.193 28 A 0.085 0.012 0.037 0.295 0.100 0.119 0.351 29 T 0.031 0.003 0.019 0.719 0.041 0.032 0.156 30 E 0.006 0.001 0.008 0.907 0.014 0.018 0.045 31 L 0.004 0.001 0.005 0.964 0.005 0.007 0.014 32 L 0.006 0.001 0.006 0.971 0.005 0.007 0.005 33 V 0.006 0.001 0.007 0.962 0.003 0.015 0.005 34 R 0.011 0.001 0.011 0.870 0.016 0.079 0.012 35 A 0.003 0.001 0.003 0.224 0.030 0.731 0.009 36 G 0.006 0.001 0.001 0.004 0.019 0.943 0.027 37 I 0.114 0.003 0.001 0.001 0.009 0.001 0.873 38 T 0.721 0.001 0.001 0.001 0.113 0.001 0.162 39 L 0.989 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 40 C 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 41 V 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 42 N 0.961 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.035 43 V 0.661 0.002 0.001 0.001 0.019 0.008 0.307 44 S 0.366 0.009 0.004 0.003 0.139 0.031 0.447 45 R 0.184 0.030 0.014 0.006 0.246 0.126 0.395 46 Q 0.084 0.013 0.020 0.005 0.320 0.150 0.407 47 Q 0.035 0.015 0.009 0.003 0.448 0.034 0.456 48 P 0.035 0.022 0.014 0.004 0.194 0.146 0.585 49 G 0.034 0.026 0.024 0.003 0.178 0.096 0.639 50 P 0.071 0.020 0.066 0.011 0.169 0.188 0.476 51 R 0.092 0.043 0.103 0.012 0.161 0.192 0.398 52 A 0.134 0.022 0.036 0.003 0.237 0.021 0.547 53 P 0.096 0.005 0.050 0.004 0.230 0.259 0.357 54 G 0.369 0.009 0.039 0.003 0.124 0.326 0.130 55 V 0.731 0.009 0.005 0.001 0.021 0.006 0.228 56 A 0.922 0.004 0.002 0.001 0.007 0.002 0.063 57 E 0.982 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 58 L 0.946 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.045 59 R 0.852 0.003 0.001 0.001 0.039 0.007 0.098 60 V 0.584 0.012 0.001 0.001 0.082 0.005 0.314 61 P 0.405 0.033 0.001 0.001 0.051 0.011 0.497 62 V 0.119 0.030 0.020 0.004 0.119 0.083 0.624 63 F 0.054 0.020 0.038 0.009 0.193 0.279 0.407 64 D 0.026 0.021 0.034 0.015 0.316 0.218 0.370 65 D 0.012 0.018 0.013 0.010 0.512 0.088 0.347 66 P 0.018 0.022 0.031 0.047 0.362 0.172 0.348 67 A 0.027 0.030 0.080 0.223 0.214 0.127 0.299 68 E 0.015 0.011 0.117 0.410 0.102 0.095 0.252 69 D 0.014 0.017 0.187 0.398 0.059 0.119 0.207 70 L 0.012 0.008 0.257 0.433 0.048 0.131 0.110 71 L 0.010 0.003 0.252 0.505 0.034 0.108 0.088 72 T 0.006 0.003 0.154 0.601 0.056 0.134 0.045 73 H 0.005 0.005 0.080 0.679 0.042 0.131 0.058 74 L 0.001 0.002 0.007 0.939 0.011 0.016 0.024 75 E 0.001 0.001 0.003 0.991 0.001 0.002 0.003 76 P 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.003 0.001 77 T 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.003 0.001 78 C 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 79 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.008 0.001 81 M 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.008 0.002 82 E 0.001 0.001 0.003 0.983 0.001 0.011 0.001 83 A 0.001 0.001 0.005 0.958 0.001 0.033 0.002 84 A 0.002 0.001 0.010 0.929 0.003 0.048 0.008 85 V 0.008 0.008 0.020 0.814 0.029 0.068 0.053 86 R 0.018 0.004 0.041 0.573 0.071 0.194 0.100 87 D 0.005 0.001 0.025 0.118 0.071 0.755 0.025 88 G 0.004 0.001 0.008 0.002 0.077 0.865 0.044 89 G 0.040 0.001 0.001 0.001 0.229 0.043 0.684 90 S 0.566 0.005 0.001 0.001 0.067 0.010 0.352 91 C 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 92 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 93 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 Y 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 95 C 0.556 0.002 0.003 0.001 0.025 0.012 0.401 96 K 0.116 0.007 0.021 0.002 0.284 0.190 0.380 97 N 0.052 0.027 0.056 0.007 0.307 0.366 0.186 98 G 0.038 0.009 0.067 0.018 0.299 0.387 0.183 99 R 0.042 0.017 0.068 0.055 0.272 0.239 0.307 100 S 0.044 0.027 0.079 0.188 0.167 0.296 0.198 101 R 0.031 0.011 0.051 0.489 0.071 0.193 0.154 102 S 0.018 0.004 0.018 0.837 0.015 0.038 0.070 103 A 0.005 0.001 0.006 0.971 0.002 0.006 0.010 104 A 0.002 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 105 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 106 C 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 107 T 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 108 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 109 Y 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 110 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 111 M 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 112 R 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.007 0.001 113 H 0.001 0.001 0.002 0.919 0.004 0.072 0.002 114 R 0.001 0.001 0.002 0.207 0.010 0.778 0.003 115 G 0.001 0.001 0.001 0.005 0.033 0.906 0.054 116 H 0.006 0.011 0.001 0.001 0.173 0.003 0.805 117 S 0.016 0.055 0.001 0.002 0.019 0.001 0.907 118 L 0.001 0.001 0.015 0.980 0.001 0.004 0.001 119 D 0.001 0.001 0.011 0.987 0.001 0.002 0.001 120 R 0.001 0.001 0.012 0.986 0.001 0.001 0.001 121 A 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.002 0.001 122 F 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 123 Q 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.004 0.001 124 M 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 125 V 0.001 0.001 0.002 0.983 0.001 0.012 0.002 126 K 0.001 0.001 0.010 0.958 0.002 0.027 0.001 127 S 0.001 0.001 0.018 0.782 0.004 0.192 0.004 128 A 0.001 0.001 0.027 0.533 0.036 0.369 0.033 129 R 0.007 0.006 0.009 0.047 0.364 0.039 0.529 130 P 0.016 0.010 0.061 0.042 0.112 0.249 0.509 131 V 0.060 0.016 0.087 0.035 0.230 0.296 0.275 132 A 0.171 0.018 0.034 0.031 0.226 0.066 0.453 133 E 0.198 0.024 0.010 0.028 0.094 0.040 0.607 134 P 0.083 0.042 0.003 0.026 0.120 0.019 0.707 135 N 0.014 0.007 0.001 0.029 0.057 0.005 0.888 136 L 0.001 0.001 0.004 0.970 0.005 0.019 0.002 137 G 0.001 0.001 0.003 0.978 0.002 0.015 0.002 138 F 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.002 0.002 139 W 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 140 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 141 Q 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 142 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 143 Q 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 144 K 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.008 0.001 145 Y 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.009 0.002 146 E 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.002 147 Q 0.001 0.001 0.002 0.983 0.001 0.012 0.002 148 T 0.001 0.001 0.003 0.975 0.001 0.018 0.003 149 L 0.001 0.001 0.005 0.950 0.004 0.031 0.008 150 Q 0.003 0.001 0.015 0.871 0.011 0.078 0.020 151 A 0.005 0.001 0.031 0.744 0.021 0.165 0.032 152 Q 0.008 0.002 0.045 0.561 0.047 0.254 0.081 153 A 0.020 0.010 0.036 0.229 0.169 0.226 0.309 154 I 0.049 0.022 0.029 0.081 0.195 0.132 0.491 155 L 0.047 0.027 0.009 0.013 0.198 0.031 0.674 156 P 0.038 0.024 0.008 0.006 0.094 0.054 0.778 157 R 0.027 0.023 0.019 0.008 0.182 0.076 0.665 158 E 0.021 0.013 0.010 0.004 0.253 0.023 0.675 159 P 0.015 0.011 0.014 0.006 0.102 0.054 0.799 160 I 0.018 0.031 0.020 0.008 0.223 0.059 0.640 161 D 0.014 0.011 0.010 0.005 0.223 0.033 0.704 162 P 0.006 0.008 0.035 0.017 0.039 0.100 0.795 163 E 0.002 0.001 0.005 0.002 0.009 0.004 0.977