# TARGET T0317 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0317.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1621 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.162 0.113 0.217 0.363 0.028 0.021 0.061 0.007 0.025 0.003 0.001 2 G 0.046 0.027 0.134 0.027 0.124 0.006 0.079 0.294 0.003 0.259 0.001 3 T 0.167 0.305 0.378 0.064 0.042 0.019 0.005 0.002 0.015 0.004 0.001 4 S 0.217 0.180 0.438 0.056 0.036 0.030 0.014 0.006 0.014 0.007 0.001 5 E 0.256 0.305 0.272 0.078 0.040 0.022 0.007 0.002 0.017 0.001 0.001 6 A 0.191 0.180 0.399 0.084 0.070 0.027 0.014 0.007 0.019 0.008 0.002 7 A 0.042 0.235 0.592 0.008 0.029 0.021 0.007 0.001 0.058 0.002 0.004 8 P 0.035 0.012 0.902 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.008 0.001 0.029 9 P 0.041 0.004 0.902 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.040 10 P 0.217 0.017 0.641 0.017 0.001 0.060 0.002 0.001 0.004 0.001 0.038 11 F 0.486 0.116 0.233 0.087 0.025 0.025 0.009 0.005 0.010 0.002 0.001 12 A 0.551 0.121 0.148 0.099 0.038 0.017 0.009 0.005 0.008 0.003 0.001 13 R 0.449 0.184 0.169 0.117 0.030 0.027 0.006 0.003 0.015 0.001 0.001 14 V 0.249 0.302 0.253 0.105 0.024 0.035 0.005 0.001 0.023 0.001 0.001 15 A 0.067 0.188 0.488 0.003 0.038 0.017 0.006 0.001 0.185 0.007 0.001 16 P 0.641 0.001 0.248 0.018 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 17 A 0.347 0.095 0.128 0.211 0.070 0.020 0.060 0.043 0.020 0.005 0.001 18 L 0.145 0.409 0.286 0.078 0.034 0.025 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 19 F 0.066 0.511 0.225 0.036 0.062 0.052 0.011 0.002 0.035 0.002 0.001 20 I 0.083 0.446 0.260 0.093 0.013 0.044 0.003 0.001 0.055 0.001 0.001 21 G 0.073 0.032 0.097 0.019 0.214 0.005 0.027 0.114 0.004 0.416 0.001 22 N 0.203 0.063 0.135 0.304 0.035 0.098 0.105 0.011 0.036 0.005 0.004 23 A 0.288 0.223 0.324 0.058 0.041 0.032 0.011 0.004 0.017 0.002 0.001 24 R 0.538 0.079 0.248 0.073 0.006 0.038 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 25 A 0.332 0.269 0.195 0.097 0.046 0.021 0.010 0.003 0.023 0.004 0.001 26 A 0.481 0.110 0.238 0.099 0.028 0.016 0.011 0.003 0.011 0.004 0.001 27 G 0.250 0.018 0.070 0.076 0.093 0.005 0.105 0.241 0.004 0.137 0.001 28 A 0.243 0.072 0.291 0.138 0.041 0.129 0.033 0.005 0.039 0.005 0.003 29 T 0.862 0.033 0.061 0.033 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 E 0.976 0.004 0.010 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 L 0.987 0.002 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 L 0.991 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 V 0.989 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 R 0.954 0.006 0.007 0.028 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 A 0.261 0.014 0.039 0.676 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 36 G 0.004 0.001 0.002 0.011 0.002 0.001 0.228 0.739 0.001 0.012 0.001 37 I 0.001 0.214 0.725 0.001 0.013 0.044 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 38 T 0.217 0.113 0.013 0.642 0.009 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 39 L 0.001 0.791 0.016 0.001 0.190 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 40 C 0.001 0.888 0.043 0.001 0.004 0.013 0.001 0.001 0.051 0.001 0.001 41 V 0.005 0.859 0.073 0.001 0.021 0.016 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 42 N 0.008 0.395 0.296 0.006 0.025 0.203 0.005 0.001 0.060 0.001 0.001 43 V 0.054 0.564 0.187 0.081 0.027 0.037 0.001 0.001 0.046 0.001 0.001 44 S 0.092 0.286 0.249 0.062 0.203 0.034 0.022 0.005 0.018 0.028 0.001 45 R 0.248 0.187 0.208 0.205 0.049 0.032 0.036 0.009 0.014 0.008 0.003 46 Q 0.147 0.218 0.294 0.163 0.062 0.039 0.024 0.008 0.036 0.006 0.002 47 Q 0.016 0.187 0.518 0.002 0.033 0.020 0.023 0.001 0.197 0.002 0.002 48 P 0.102 0.003 0.610 0.016 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.256 49 G 0.035 0.029 0.278 0.005 0.197 0.003 0.006 0.072 0.011 0.364 0.001 50 P 0.370 0.016 0.460 0.069 0.003 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 51 R 0.105 0.286 0.403 0.107 0.041 0.023 0.008 0.004 0.022 0.002 0.001 52 A 0.030 0.235 0.588 0.002 0.015 0.012 0.003 0.001 0.113 0.002 0.001 53 P 0.113 0.002 0.839 0.005 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 54 G 0.022 0.006 0.020 0.048 0.026 0.003 0.055 0.803 0.003 0.013 0.001 55 V 0.012 0.362 0.565 0.006 0.018 0.026 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 56 A 0.037 0.710 0.171 0.025 0.019 0.022 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 57 E 0.008 0.792 0.137 0.003 0.027 0.014 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 58 L 0.028 0.637 0.218 0.023 0.034 0.031 0.002 0.001 0.027 0.001 0.001 59 R 0.014 0.494 0.197 0.021 0.124 0.068 0.028 0.002 0.049 0.003 0.001 60 V 0.004 0.659 0.205 0.001 0.018 0.022 0.001 0.001 0.089 0.001 0.001 61 P 0.020 0.036 0.836 0.002 0.001 0.087 0.001 0.001 0.009 0.001 0.009 62 V 0.103 0.423 0.303 0.031 0.036 0.057 0.006 0.001 0.039 0.001 0.001 63 F 0.249 0.189 0.305 0.108 0.035 0.066 0.014 0.006 0.021 0.007 0.002 64 D 0.119 0.165 0.157 0.293 0.057 0.096 0.042 0.006 0.060 0.006 0.001 65 D 0.112 0.168 0.298 0.033 0.120 0.052 0.062 0.005 0.141 0.008 0.002 66 P 0.524 0.009 0.278 0.097 0.002 0.040 0.003 0.005 0.003 0.002 0.036 67 A 0.416 0.086 0.191 0.176 0.034 0.029 0.013 0.013 0.027 0.014 0.001 68 E 0.584 0.044 0.236 0.054 0.025 0.023 0.012 0.005 0.006 0.010 0.002 69 D 0.455 0.020 0.171 0.092 0.019 0.128 0.052 0.013 0.043 0.004 0.004 70 L 0.870 0.004 0.006 0.109 0.001 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 71 L 0.949 0.003 0.009 0.034 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 T 0.937 0.002 0.005 0.045 0.002 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 73 H 0.796 0.003 0.013 0.134 0.002 0.021 0.015 0.003 0.010 0.001 0.001 74 L 0.967 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 E 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 P 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 T 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 C 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 A 0.991 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 M 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 E 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 A 0.966 0.001 0.002 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 A 0.863 0.002 0.007 0.124 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 V 0.750 0.040 0.062 0.083 0.005 0.031 0.007 0.001 0.018 0.001 0.001 86 R 0.598 0.078 0.123 0.127 0.015 0.019 0.015 0.003 0.011 0.010 0.001 87 D 0.413 0.025 0.163 0.306 0.009 0.016 0.050 0.002 0.012 0.002 0.002 88 G 0.016 0.001 0.011 0.067 0.008 0.001 0.139 0.746 0.001 0.010 0.001 89 G 0.015 0.026 0.511 0.009 0.082 0.007 0.030 0.134 0.003 0.182 0.001 90 S 0.052 0.238 0.566 0.056 0.047 0.021 0.003 0.001 0.005 0.003 0.008 91 C 0.002 0.846 0.088 0.002 0.037 0.007 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 92 L 0.004 0.668 0.263 0.001 0.002 0.042 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 93 V 0.006 0.701 0.135 0.003 0.012 0.083 0.001 0.001 0.059 0.001 0.001 94 Y 0.011 0.527 0.169 0.013 0.069 0.108 0.007 0.001 0.093 0.001 0.001 95 C 0.062 0.182 0.404 0.034 0.193 0.078 0.009 0.005 0.016 0.014 0.002 96 K 0.611 0.053 0.037 0.245 0.018 0.013 0.008 0.003 0.005 0.005 0.001 97 N 0.110 0.083 0.128 0.435 0.074 0.011 0.123 0.009 0.022 0.004 0.001 98 G 0.015 0.005 0.029 0.016 0.041 0.003 0.097 0.636 0.001 0.157 0.001 99 R 0.213 0.229 0.209 0.235 0.037 0.035 0.014 0.002 0.023 0.002 0.001 100 S 0.192 0.133 0.207 0.075 0.198 0.014 0.016 0.036 0.005 0.123 0.001 101 R 0.707 0.083 0.062 0.099 0.017 0.013 0.005 0.004 0.007 0.003 0.001 102 S 0.787 0.062 0.086 0.018 0.026 0.004 0.002 0.003 0.003 0.008 0.001 103 A 0.982 0.004 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 A 0.994 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 V 0.996 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 C 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 T 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 A 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 Y 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 L 0.990 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 M 0.986 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 R 0.991 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 H 0.862 0.006 0.005 0.122 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 R 0.227 0.006 0.034 0.709 0.002 0.001 0.018 0.001 0.002 0.001 0.001 115 G 0.004 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.263 0.706 0.001 0.010 0.001 116 H 0.004 0.260 0.642 0.009 0.022 0.047 0.004 0.001 0.012 0.001 0.001 117 S 0.002 0.070 0.810 0.001 0.019 0.083 0.001 0.001 0.011 0.002 0.001 118 L 0.993 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 119 D 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 R 0.995 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 121 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 F 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 M 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 V 0.990 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 K 0.991 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 127 S 0.970 0.002 0.002 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 128 A 0.591 0.011 0.015 0.373 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 129 R 0.106 0.086 0.188 0.007 0.013 0.010 0.025 0.001 0.561 0.002 0.001 130 P 0.673 0.001 0.268 0.023 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 131 V 0.341 0.072 0.119 0.344 0.057 0.021 0.020 0.015 0.007 0.003 0.001 132 A 0.137 0.213 0.314 0.148 0.079 0.044 0.017 0.009 0.028 0.010 0.001 133 E 0.023 0.416 0.266 0.003 0.031 0.029 0.017 0.001 0.214 0.001 0.001 134 P 0.088 0.005 0.854 0.010 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 135 N 0.040 0.174 0.526 0.009 0.126 0.060 0.003 0.001 0.056 0.005 0.001 136 L 0.983 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 137 G 0.988 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 138 F 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 139 W 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 140 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 141 Q 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 142 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 143 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 144 K 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 145 Y 0.982 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 146 E 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 147 Q 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 148 T 0.983 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 149 L 0.967 0.001 0.003 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 150 Q 0.970 0.004 0.005 0.016 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 151 A 0.936 0.005 0.016 0.036 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 152 Q 0.590 0.022 0.050 0.313 0.006 0.005 0.005 0.001 0.006 0.001 0.001 153 A 0.392 0.059 0.171 0.141 0.031 0.018 0.123 0.041 0.014 0.009 0.001 154 I 0.340 0.156 0.232 0.175 0.012 0.049 0.016 0.001 0.016 0.001 0.001 155 L 0.031 0.276 0.427 0.005 0.027 0.025 0.008 0.001 0.199 0.001 0.001 156 P 0.157 0.006 0.733 0.010 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 157 R 0.222 0.167 0.364 0.122 0.031 0.052 0.008 0.006 0.024 0.001 0.003 158 E 0.053 0.189 0.546 0.007 0.061 0.017 0.010 0.002 0.105 0.009 0.001 159 P 0.179 0.011 0.703 0.024 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 160 I 0.185 0.251 0.313 0.152 0.031 0.049 0.002 0.002 0.014 0.001 0.001 161 D 0.019 0.164 0.407 0.021 0.036 0.111 0.015 0.001 0.224 0.003 0.001 162 P 0.571 0.017 0.251 0.113 0.005 0.021 0.004 0.005 0.005 0.003 0.006 163 E 0.609 0.036 0.094 0.194 0.016 0.010 0.011 0.018 0.006 0.006 0.001