# TARGET T0316 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1909 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.025 0.010 0.007 0.007 0.118 0.832 2 S 0.082 0.018 0.033 0.032 0.190 0.646 3 D 0.046 0.023 0.084 0.033 0.287 0.526 4 N 0.033 0.032 0.158 0.033 0.494 0.249 5 S 0.033 0.012 0.147 0.018 0.581 0.210 6 K 0.033 0.003 0.072 0.008 0.643 0.240 7 T 0.152 0.006 0.020 0.003 0.513 0.306 8 R 0.822 0.005 0.001 0.001 0.058 0.113 9 V 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 10 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 G 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 13 M 0.936 0.001 0.001 0.001 0.009 0.053 14 S 0.619 0.004 0.001 0.001 0.084 0.290 15 G 0.156 0.012 0.003 0.005 0.230 0.593 16 G 0.035 0.010 0.007 0.012 0.417 0.519 17 V 0.013 0.027 0.018 0.265 0.322 0.355 18 D 0.004 0.010 0.020 0.463 0.172 0.331 19 S 0.001 0.001 0.005 0.969 0.014 0.011 20 S 0.001 0.001 0.003 0.985 0.006 0.005 21 V 0.001 0.001 0.003 0.995 0.002 0.001 22 T 0.001 0.001 0.004 0.994 0.001 0.001 23 A 0.001 0.001 0.002 0.998 0.001 0.001 24 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 25 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 26 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 27 K 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 28 E 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 29 Q 0.001 0.001 0.002 0.972 0.007 0.019 30 G 0.001 0.001 0.001 0.006 0.033 0.960 31 Y 0.006 0.001 0.002 0.001 0.056 0.934 32 D 0.390 0.007 0.004 0.001 0.087 0.511 33 V 0.921 0.003 0.002 0.001 0.015 0.059 34 I 0.980 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 35 G 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 36 I 0.971 0.001 0.001 0.002 0.004 0.022 37 F 0.878 0.003 0.002 0.006 0.016 0.096 38 M 0.623 0.004 0.007 0.007 0.056 0.303 39 K 0.543 0.008 0.020 0.010 0.122 0.296 40 N 0.392 0.017 0.036 0.028 0.233 0.294 41 W 0.242 0.018 0.042 0.051 0.381 0.265 42 D 0.193 0.013 0.053 0.070 0.438 0.233 43 D 0.128 0.051 0.060 0.158 0.423 0.181 44 T 0.078 0.031 0.051 0.077 0.594 0.170 45 D 0.037 0.024 0.149 0.056 0.571 0.163 46 E 0.029 0.018 0.218 0.052 0.534 0.149 47 N 0.018 0.009 0.159 0.038 0.614 0.162 48 G 0.021 0.005 0.014 0.002 0.495 0.463 49 V 0.114 0.092 0.013 0.006 0.281 0.494 50 C 0.129 0.121 0.009 0.008 0.261 0.471 51 T 0.071 0.032 0.019 0.014 0.403 0.461 52 A 0.029 0.008 0.057 0.044 0.445 0.417 53 T 0.021 0.009 0.188 0.097 0.394 0.291 54 E 0.023 0.023 0.146 0.243 0.338 0.228 55 D 0.018 0.012 0.049 0.274 0.156 0.491 56 Y 0.001 0.001 0.012 0.973 0.007 0.007 57 K 0.001 0.001 0.007 0.983 0.005 0.003 58 D 0.001 0.001 0.005 0.988 0.004 0.002 59 V 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.002 60 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 61 A 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 62 V 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 63 A 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 64 D 0.001 0.001 0.010 0.984 0.003 0.002 65 Q 0.001 0.001 0.018 0.964 0.006 0.011 66 I 0.002 0.001 0.024 0.844 0.016 0.113 67 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.987 68 I 0.030 0.001 0.001 0.001 0.027 0.941 69 P 0.263 0.001 0.001 0.001 0.042 0.694 70 Y 0.875 0.004 0.001 0.001 0.015 0.106 71 Y 0.961 0.002 0.001 0.001 0.006 0.030 72 S 0.978 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 73 V 0.856 0.004 0.001 0.001 0.010 0.130 74 N 0.246 0.004 0.001 0.002 0.052 0.696 75 F 0.033 0.002 0.035 0.508 0.155 0.266 76 E 0.014 0.001 0.064 0.711 0.148 0.062 77 K 0.009 0.001 0.083 0.741 0.146 0.021 78 E 0.011 0.003 0.041 0.814 0.092 0.040 79 Y 0.010 0.005 0.031 0.868 0.058 0.028 80 W 0.009 0.002 0.018 0.902 0.039 0.031 81 D 0.009 0.001 0.014 0.889 0.033 0.055 82 R 0.006 0.001 0.008 0.949 0.017 0.020 83 V 0.008 0.001 0.006 0.955 0.014 0.016 84 F 0.010 0.001 0.007 0.957 0.010 0.016 85 E 0.009 0.001 0.016 0.958 0.007 0.010 86 Y 0.017 0.001 0.032 0.922 0.010 0.018 87 F 0.016 0.002 0.019 0.913 0.011 0.038 88 L 0.007 0.001 0.009 0.953 0.008 0.023 89 A 0.005 0.001 0.022 0.957 0.009 0.008 90 E 0.003 0.001 0.012 0.973 0.009 0.004 91 Y 0.002 0.001 0.011 0.969 0.015 0.003 92 R 0.001 0.001 0.008 0.954 0.026 0.010 93 A 0.001 0.001 0.011 0.901 0.046 0.041 94 G 0.003 0.003 0.013 0.124 0.205 0.651 95 R 0.003 0.003 0.001 0.002 0.072 0.919 96 T 0.022 0.022 0.003 0.004 0.144 0.806 97 P 0.018 0.020 0.005 0.008 0.231 0.719 98 N 0.015 0.017 0.029 0.032 0.371 0.536 99 P 0.034 0.012 0.081 0.110 0.376 0.387 100 D 0.038 0.014 0.159 0.195 0.331 0.263 101 V 0.032 0.018 0.150 0.354 0.267 0.179 102 M 0.041 0.027 0.098 0.271 0.317 0.246 103 C 0.039 0.016 0.083 0.387 0.268 0.207 104 N 0.024 0.008 0.057 0.496 0.226 0.189 105 K 0.025 0.003 0.059 0.601 0.175 0.136 106 E 0.040 0.005 0.047 0.693 0.118 0.097 107 I 0.047 0.010 0.025 0.769 0.075 0.075 108 K 0.041 0.008 0.020 0.742 0.043 0.146 109 F 0.012 0.001 0.020 0.898 0.019 0.049 110 K 0.007 0.001 0.025 0.915 0.024 0.029 111 A 0.002 0.001 0.023 0.962 0.008 0.006 112 F 0.001 0.001 0.008 0.984 0.003 0.004 113 L 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.002 114 D 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.002 115 Y 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 116 A 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 117 I 0.001 0.001 0.004 0.993 0.002 0.001 118 T 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.002 119 L 0.001 0.001 0.002 0.963 0.004 0.030 120 G 0.001 0.001 0.001 0.010 0.015 0.974 121 A 0.014 0.006 0.007 0.044 0.194 0.735 122 D 0.092 0.003 0.010 0.020 0.273 0.601 123 Y 0.794 0.013 0.010 0.027 0.068 0.088 124 V 0.938 0.006 0.002 0.019 0.018 0.018 125 A 0.928 0.003 0.003 0.027 0.016 0.023 126 T 0.636 0.007 0.006 0.106 0.062 0.182 127 G 0.229 0.005 0.032 0.056 0.186 0.492 128 H 0.234 0.016 0.066 0.081 0.238 0.365 129 Y 0.176 0.037 0.080 0.055 0.435 0.216 130 A 0.070 0.019 0.063 0.115 0.498 0.235 131 R 0.035 0.009 0.063 0.103 0.498 0.290 132 V 0.036 0.015 0.090 0.113 0.528 0.217 133 A 0.054 0.030 0.075 0.120 0.456 0.265 134 R 0.091 0.051 0.096 0.090 0.398 0.275 135 D 0.106 0.038 0.045 0.063 0.444 0.306 136 E 0.112 0.025 0.037 0.090 0.503 0.234 137 D 0.108 0.012 0.036 0.110 0.481 0.253 138 G 0.093 0.010 0.029 0.238 0.427 0.204 139 T 0.214 0.013 0.026 0.378 0.243 0.125 140 V 0.287 0.015 0.019 0.508 0.085 0.087 141 H 0.296 0.014 0.017 0.545 0.058 0.071 142 M 0.202 0.007 0.033 0.637 0.051 0.070 143 L 0.158 0.007 0.040 0.632 0.075 0.088 144 R 0.116 0.008 0.064 0.575 0.131 0.107 145 G 0.098 0.014 0.077 0.400 0.207 0.204 146 V 0.079 0.013 0.142 0.423 0.217 0.127 147 D 0.061 0.014 0.151 0.329 0.281 0.164 148 N 0.026 0.011 0.139 0.392 0.285 0.147 149 G 0.024 0.014 0.103 0.154 0.504 0.201 150 K 0.018 0.008 0.168 0.204 0.432 0.170 151 D 0.021 0.013 0.124 0.225 0.435 0.182 152 Q 0.029 0.015 0.111 0.322 0.351 0.171 153 T 0.037 0.014 0.107 0.376 0.266 0.200 154 Y 0.047 0.020 0.119 0.381 0.272 0.161 155 F 0.070 0.024 0.106 0.314 0.263 0.223 156 L 0.074 0.020 0.209 0.276 0.256 0.165 157 S 0.071 0.010 0.240 0.213 0.288 0.178 158 Q 0.069 0.012 0.219 0.178 0.286 0.236 159 L 0.070 0.049 0.046 0.116 0.290 0.429 160 S 0.042 0.019 0.025 0.107 0.321 0.485 161 Q 0.003 0.001 0.238 0.621 0.104 0.033 162 E 0.008 0.001 0.231 0.628 0.116 0.017 163 Q 0.020 0.004 0.255 0.504 0.190 0.026 164 L 0.070 0.007 0.067 0.452 0.184 0.220 165 Q 0.264 0.015 0.045 0.272 0.159 0.246 166 K 0.584 0.007 0.020 0.133 0.101 0.155 167 T 0.801 0.008 0.007 0.074 0.028 0.082 168 M 0.760 0.025 0.005 0.082 0.028 0.100 169 F 0.573 0.011 0.012 0.047 0.081 0.277 170 P 0.282 0.012 0.031 0.052 0.185 0.438 171 L 0.122 0.020 0.183 0.043 0.442 0.190 172 G 0.065 0.010 0.202 0.027 0.506 0.190 173 H 0.032 0.008 0.225 0.022 0.494 0.220 174 L 0.034 0.053 0.023 0.025 0.360 0.504 175 E 0.012 0.011 0.002 0.027 0.055 0.894 176 K 0.001 0.001 0.009 0.984 0.003 0.004 177 P 0.001 0.001 0.005 0.993 0.001 0.001 178 E 0.001 0.001 0.005 0.994 0.001 0.001 179 V 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 180 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 181 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 182 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 183 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 184 E 0.001 0.001 0.003 0.997 0.001 0.001 185 E 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 186 A 0.001 0.001 0.003 0.986 0.001 0.011 187 G 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.987 188 L 0.002 0.003 0.001 0.001 0.022 0.972 189 S 0.030 0.007 0.008 0.002 0.129 0.825 190 T 0.043 0.014 0.163 0.012 0.343 0.425 191 A 0.074 0.018 0.298 0.022 0.334 0.255 192 K 0.134 0.025 0.274 0.032 0.315 0.220 193 K 0.097 0.033 0.059 0.024 0.490 0.296 194 K 0.044 0.024 0.045 0.018 0.516 0.354 195 D 0.038 0.021 0.031 0.012 0.589 0.310 196 S 0.047 0.027 0.031 0.014 0.677 0.204 197 T 0.069 0.025 0.035 0.016 0.512 0.344 198 G 0.140 0.024 0.049 0.023 0.460 0.303 199 I 0.219 0.025 0.090 0.044 0.353 0.269 200 C 0.371 0.048 0.066 0.050 0.225 0.240 201 F 0.401 0.054 0.051 0.046 0.231 0.217 202 I 0.240 0.057 0.026 0.056 0.301 0.320 203 G 0.103 0.020 0.033 0.072 0.442 0.329 204 E 0.045 0.009 0.173 0.221 0.372 0.180 205 K 0.029 0.011 0.234 0.286 0.306 0.134 206 N 0.026 0.019 0.182 0.349 0.277 0.147 207 F 0.010 0.005 0.117 0.732 0.076 0.060 208 K 0.012 0.003 0.105 0.783 0.063 0.035 209 N 0.011 0.002 0.158 0.689 0.107 0.032 210 F 0.015 0.007 0.100 0.780 0.062 0.035 211 L 0.011 0.004 0.104 0.804 0.054 0.023 212 S 0.004 0.001 0.114 0.805 0.048 0.028 213 N 0.003 0.001 0.125 0.747 0.066 0.059 214 Y 0.009 0.009 0.160 0.507 0.179 0.137 215 L 0.016 0.010 0.094 0.187 0.355 0.338 216 P 0.014 0.007 0.128 0.192 0.389 0.270 217 A 0.022 0.017 0.076 0.120 0.349 0.415 218 Q 0.019 0.012 0.021 0.017 0.542 0.389 219 P 0.009 0.004 0.083 0.036 0.536 0.332 220 G 0.031 0.007 0.075 0.030 0.512 0.345 221 R 0.168 0.018 0.081 0.037 0.443 0.252 222 M 0.460 0.015 0.033 0.050 0.143 0.299 223 M 0.687 0.021 0.015 0.042 0.065 0.169 224 T 0.682 0.018 0.008 0.046 0.110 0.137 225 V 0.482 0.014 0.010 0.049 0.210 0.235 226 D 0.215 0.010 0.012 0.044 0.379 0.340 227 G 0.169 0.013 0.018 0.039 0.399 0.363 228 R 0.182 0.026 0.023 0.055 0.237 0.478 229 D 0.188 0.033 0.035 0.077 0.259 0.409 230 M 0.109 0.020 0.106 0.236 0.292 0.236 231 G 0.127 0.014 0.114 0.149 0.345 0.250 232 E 0.097 0.010 0.256 0.210 0.302 0.125 233 H 0.098 0.016 0.191 0.191 0.314 0.190 234 A 0.063 0.008 0.168 0.175 0.358 0.227 235 G 0.096 0.008 0.044 0.030 0.322 0.499 236 L 0.294 0.011 0.022 0.016 0.236 0.421 237 M 0.626 0.007 0.011 0.008 0.101 0.248 238 Y 0.917 0.006 0.003 0.005 0.021 0.048 239 Y 0.942 0.003 0.002 0.004 0.014 0.035 240 T 0.946 0.003 0.002 0.004 0.013 0.032 241 I 0.884 0.005 0.007 0.013 0.026 0.066 242 G 0.720 0.008 0.021 0.017 0.082 0.152 243 Q 0.588 0.017 0.053 0.023 0.188 0.131 244 R 0.319 0.021 0.056 0.025 0.381 0.197 245 G 0.155 0.010 0.050 0.020 0.537 0.227 246 G 0.169 0.013 0.023 0.006 0.430 0.358 247 L 0.317 0.054 0.024 0.007 0.237 0.361 248 G 0.335 0.045 0.021 0.005 0.243 0.350 249 I 0.294 0.030 0.020 0.007 0.274 0.375 250 G 0.280 0.037 0.014 0.006 0.285 0.378 251 G 0.298 0.042 0.021 0.009 0.311 0.319 252 Q 0.209 0.045 0.024 0.013 0.395 0.313 253 H 0.158 0.042 0.028 0.008 0.453 0.312 254 G 0.137 0.028 0.031 0.012 0.450 0.342 255 G 0.112 0.032 0.043 0.011 0.368 0.435 256 D 0.075 0.022 0.037 0.019 0.421 0.426 257 N 0.028 0.017 0.196 0.162 0.347 0.250 258 A 0.047 0.010 0.105 0.189 0.403 0.246 259 P 0.070 0.010 0.158 0.171 0.404 0.187 260 W 0.168 0.026 0.111 0.206 0.216 0.273 261 F 0.296 0.045 0.084 0.194 0.157 0.225 262 R 0.381 0.025 0.058 0.146 0.140 0.250 263 Y 0.372 0.018 0.023 0.057 0.166 0.364 264 R 0.273 0.020 0.017 0.036 0.222 0.432 265 Q 0.197 0.017 0.011 0.006 0.376 0.393 266 P 0.089 0.007 0.028 0.006 0.480 0.390 267 D 0.113 0.009 0.028 0.004 0.396 0.449 268 S 0.418 0.027 0.015 0.004 0.253 0.283 269 K 0.551 0.006 0.003 0.003 0.118 0.318 270 V 0.892 0.003 0.002 0.002 0.027 0.074 271 T 0.962 0.002 0.001 0.002 0.011 0.023 272 V 0.969 0.002 0.001 0.002 0.008 0.019 273 H 0.912 0.004 0.001 0.002 0.024 0.057 274 V 0.647 0.007 0.003 0.002 0.149 0.191 275 K 0.193 0.009 0.017 0.005 0.486 0.289 276 G 0.064 0.012 0.045 0.007 0.673 0.199 277 E 0.061 0.007 0.088 0.014 0.689 0.140 278 K 0.147 0.007 0.046 0.024 0.487 0.288 279 T 0.494 0.012 0.017 0.023 0.205 0.250 280 E 0.747 0.007 0.007 0.029 0.064 0.146 281 V 0.905 0.003 0.005 0.026 0.021 0.041 282 I 0.927 0.004 0.003 0.022 0.016 0.028 283 F 0.890 0.004 0.002 0.015 0.030 0.059 284 A 0.614 0.007 0.004 0.020 0.105 0.250 285 E 0.226 0.005 0.011 0.020 0.326 0.412 286 P 0.129 0.006 0.084 0.080 0.469 0.233 287 Q 0.221 0.016 0.141 0.107 0.355 0.160 288 R 0.417 0.010 0.117 0.118 0.235 0.103 289 A 0.627 0.010 0.036 0.076 0.104 0.146 290 I 0.698 0.028 0.012 0.039 0.089 0.134 291 T 0.496 0.023 0.007 0.018 0.414 0.042 292 P 0.133 0.004 0.003 0.006 0.785 0.068 293 G 0.053 0.002 0.004 0.003 0.852 0.086 294 Q 0.737 0.014 0.001 0.001 0.192 0.055 295 A 0.933 0.002 0.001 0.001 0.014 0.049 296 V 0.988 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 297 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 298 F 0.993 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 299 Y 0.954 0.001 0.001 0.001 0.033 0.011 300 D 0.418 0.003 0.001 0.003 0.465 0.110 301 G 0.085 0.004 0.004 0.002 0.806 0.099 302 E 0.211 0.009 0.010 0.001 0.573 0.196 303 E 0.786 0.018 0.007 0.001 0.107 0.081 304 C 0.929 0.012 0.002 0.001 0.030 0.026 305 L 0.918 0.009 0.002 0.001 0.029 0.041 306 G 0.730 0.005 0.004 0.002 0.115 0.144 307 G 0.455 0.003 0.006 0.005 0.233 0.298 308 G 0.492 0.008 0.008 0.006 0.168 0.318 309 L 0.668 0.053 0.010 0.010 0.080 0.178 310 I 0.552 0.041 0.026 0.023 0.196 0.161 311 D 0.316 0.017 0.073 0.052 0.335 0.206 312 N 0.208 0.009 0.170 0.045 0.422 0.146 313 A 0.253 0.026 0.092 0.046 0.436 0.147 314 Y 0.239 0.035 0.048 0.035 0.438 0.205 315 R 0.186 0.040 0.024 0.030 0.451 0.270 316 D 0.109 0.011 0.018 0.024 0.519 0.319 317 G 0.118 0.005 0.102 0.051 0.538 0.186 318 Q 0.332 0.012 0.134 0.064 0.270 0.188 319 V 0.553 0.032 0.089 0.068 0.151 0.107 320 C 0.594 0.013 0.019 0.036 0.132 0.205 321 Q 0.514 0.019 0.010 0.031 0.123 0.301 322 Y 0.395 0.033 0.007 0.026 0.123 0.415 323 I 0.216 0.020 0.006 0.022 0.161 0.574