# TARGET T0316 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 340 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.140 0.191 0.063 0.036 0.236 0.021 0.020 0.050 0.067 0.113 0.064 2 S 0.115 0.236 0.088 0.023 0.221 0.010 0.017 0.041 0.052 0.126 0.071 3 D 0.087 0.322 0.217 0.034 0.157 0.012 0.014 0.035 0.043 0.046 0.031 4 N 0.033 0.304 0.317 0.060 0.120 0.017 0.011 0.064 0.044 0.019 0.011 5 S 0.010 0.025 0.014 0.022 0.022 0.082 0.266 0.300 0.226 0.028 0.005 6 K 0.096 0.034 0.020 0.015 0.074 0.006 0.010 0.020 0.079 0.459 0.188 7 T 0.073 0.403 0.064 0.015 0.325 0.018 0.033 0.010 0.010 0.026 0.022 8 R 0.230 0.076 0.006 0.002 0.650 0.002 0.004 0.003 0.002 0.004 0.022 9 V 0.221 0.026 0.001 0.001 0.737 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 10 V 0.259 0.005 0.001 0.001 0.710 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.020 11 V 0.162 0.056 0.003 0.001 0.751 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 12 G 0.439 0.021 0.002 0.001 0.348 0.001 0.001 0.003 0.003 0.017 0.166 13 M 0.182 0.036 0.013 0.024 0.112 0.048 0.057 0.038 0.056 0.274 0.161 14 S 0.027 0.211 0.129 0.155 0.090 0.064 0.064 0.056 0.074 0.108 0.023 15 G 0.027 0.053 0.069 0.194 0.038 0.135 0.063 0.049 0.071 0.226 0.076 16 G 0.016 0.073 0.249 0.174 0.037 0.061 0.025 0.078 0.095 0.154 0.039 17 V 0.029 0.147 0.060 0.005 0.070 0.006 0.020 0.359 0.230 0.060 0.015 18 D 0.016 0.034 0.016 0.003 0.029 0.002 0.012 0.567 0.255 0.058 0.008 19 S 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.005 0.787 0.191 0.008 0.001 20 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.930 0.060 0.002 0.001 21 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.969 0.028 0.001 0.001 22 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.958 0.039 0.002 0.001 23 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.958 0.041 0.001 0.001 24 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.020 0.001 0.001 25 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.975 0.022 0.001 0.001 26 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.957 0.035 0.003 0.001 27 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.894 0.088 0.004 0.001 28 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.075 0.843 0.066 0.007 0.001 29 Q 0.001 0.579 0.338 0.009 0.024 0.004 0.012 0.021 0.006 0.004 0.001 30 G 0.075 0.016 0.006 0.007 0.016 0.004 0.006 0.013 0.021 0.463 0.374 31 Y 0.078 0.436 0.083 0.005 0.292 0.005 0.006 0.022 0.026 0.024 0.023 32 D 0.206 0.151 0.031 0.006 0.389 0.008 0.015 0.035 0.036 0.045 0.078 33 V 0.502 0.066 0.011 0.003 0.284 0.003 0.002 0.008 0.008 0.017 0.097 34 I 0.021 0.031 0.016 0.098 0.052 0.264 0.382 0.077 0.022 0.030 0.007 35 G 0.227 0.123 0.066 0.026 0.425 0.003 0.003 0.017 0.011 0.046 0.054 36 I 0.314 0.094 0.012 0.007 0.514 0.007 0.005 0.011 0.004 0.006 0.026 37 F 0.250 0.102 0.023 0.008 0.513 0.010 0.010 0.009 0.003 0.011 0.062 38 M 0.298 0.139 0.022 0.007 0.385 0.005 0.007 0.023 0.013 0.017 0.084 39 K 0.149 0.124 0.036 0.043 0.249 0.066 0.081 0.072 0.049 0.067 0.066 40 N 0.223 0.122 0.045 0.023 0.304 0.018 0.020 0.036 0.028 0.069 0.113 41 W 0.094 0.178 0.061 0.043 0.216 0.023 0.040 0.110 0.095 0.094 0.047 42 D 0.119 0.169 0.082 0.044 0.180 0.024 0.046 0.092 0.071 0.112 0.060 43 D 0.077 0.184 0.080 0.031 0.165 0.027 0.047 0.130 0.115 0.102 0.042 44 T 0.066 0.126 0.101 0.059 0.105 0.053 0.081 0.129 0.105 0.125 0.052 45 D 0.067 0.149 0.107 0.069 0.108 0.045 0.058 0.120 0.106 0.121 0.048 46 E 0.046 0.086 0.095 0.095 0.070 0.065 0.063 0.118 0.104 0.196 0.061 47 N 0.049 0.175 0.099 0.081 0.104 0.062 0.079 0.107 0.080 0.124 0.039 48 G 0.055 0.092 0.091 0.109 0.088 0.058 0.054 0.093 0.079 0.206 0.074 49 V 0.063 0.150 0.146 0.075 0.121 0.044 0.041 0.094 0.083 0.125 0.058 50 C 0.114 0.218 0.134 0.025 0.191 0.013 0.020 0.075 0.047 0.078 0.086 51 T 0.066 0.262 0.128 0.024 0.158 0.013 0.016 0.107 0.087 0.100 0.038 52 A 0.035 0.200 0.105 0.017 0.093 0.014 0.023 0.295 0.143 0.060 0.016 53 T 0.012 0.029 0.012 0.005 0.019 0.008 0.026 0.551 0.226 0.096 0.015 54 E 0.007 0.050 0.014 0.003 0.024 0.005 0.027 0.633 0.154 0.075 0.009 55 D 0.015 0.102 0.044 0.003 0.029 0.002 0.006 0.589 0.116 0.084 0.010 56 Y 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.851 0.130 0.007 0.001 57 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.938 0.046 0.001 0.001 58 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.946 0.039 0.010 0.001 59 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.921 0.071 0.007 0.001 60 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.952 0.043 0.001 0.001 61 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.964 0.029 0.002 0.001 62 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.943 0.051 0.003 0.001 63 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.919 0.072 0.004 0.001 64 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.041 0.843 0.111 0.001 0.001 65 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.158 0.709 0.118 0.009 0.001 66 I 0.002 0.832 0.113 0.001 0.049 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 G 0.169 0.003 0.002 0.005 0.020 0.002 0.003 0.002 0.010 0.223 0.561 68 I 0.041 0.581 0.091 0.004 0.259 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.010 69 P 0.187 0.091 0.017 0.030 0.431 0.031 0.060 0.017 0.014 0.026 0.095 70 Y 0.357 0.085 0.014 0.005 0.483 0.005 0.003 0.005 0.008 0.008 0.028 71 Y 0.100 0.141 0.010 0.002 0.696 0.002 0.006 0.009 0.004 0.010 0.020 72 S 0.383 0.029 0.003 0.001 0.530 0.001 0.001 0.004 0.001 0.007 0.042 73 V 0.082 0.223 0.041 0.020 0.461 0.054 0.030 0.020 0.007 0.022 0.039 74 N 0.309 0.119 0.039 0.002 0.423 0.001 0.001 0.005 0.002 0.005 0.094 75 F 0.013 0.012 0.005 0.003 0.020 0.002 0.004 0.388 0.436 0.102 0.016 76 E 0.003 0.034 0.008 0.006 0.010 0.010 0.038 0.697 0.180 0.013 0.001 77 K 0.004 0.007 0.002 0.002 0.012 0.005 0.029 0.776 0.141 0.020 0.003 78 E 0.003 0.003 0.004 0.003 0.003 0.009 0.039 0.755 0.113 0.057 0.009 79 Y 0.014 0.014 0.005 0.001 0.013 0.001 0.006 0.678 0.149 0.097 0.020 80 W 0.001 0.008 0.002 0.001 0.003 0.002 0.010 0.788 0.172 0.013 0.001 81 D 0.001 0.011 0.004 0.002 0.006 0.004 0.068 0.789 0.104 0.010 0.001 82 R 0.002 0.003 0.002 0.002 0.003 0.009 0.099 0.716 0.103 0.058 0.003 83 V 0.010 0.009 0.002 0.001 0.010 0.002 0.021 0.783 0.117 0.035 0.010 84 F 0.004 0.005 0.003 0.004 0.004 0.007 0.011 0.655 0.206 0.091 0.010 85 E 0.001 0.014 0.014 0.005 0.005 0.003 0.010 0.854 0.090 0.005 0.001 86 Y 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.917 0.067 0.005 0.001 87 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.905 0.077 0.010 0.001 88 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.870 0.117 0.006 0.001 89 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.896 0.082 0.002 0.001 90 E 0.001 0.004 0.002 0.001 0.004 0.003 0.045 0.846 0.078 0.015 0.001 91 Y 0.018 0.008 0.005 0.002 0.015 0.003 0.033 0.652 0.187 0.058 0.019 92 R 0.007 0.009 0.007 0.011 0.008 0.027 0.084 0.648 0.137 0.056 0.007 93 A 0.004 0.437 0.155 0.049 0.040 0.034 0.103 0.112 0.026 0.037 0.003 94 G 0.038 0.038 0.047 0.040 0.029 0.019 0.015 0.033 0.043 0.518 0.180 95 R 0.098 0.218 0.108 0.034 0.154 0.022 0.052 0.095 0.084 0.087 0.047 96 T 0.028 0.379 0.290 0.034 0.149 0.011 0.016 0.034 0.023 0.026 0.011 97 P 0.077 0.207 0.130 0.054 0.138 0.062 0.071 0.067 0.051 0.085 0.059 98 N 0.088 0.275 0.169 0.011 0.339 0.006 0.011 0.036 0.022 0.023 0.020 99 P 0.063 0.283 0.115 0.013 0.159 0.007 0.011 0.112 0.108 0.087 0.043 100 D 0.111 0.082 0.019 0.004 0.284 0.007 0.026 0.264 0.147 0.038 0.017 101 V 0.044 0.060 0.019 0.006 0.067 0.009 0.033 0.460 0.204 0.072 0.026 102 M 0.054 0.055 0.030 0.014 0.082 0.029 0.134 0.416 0.075 0.084 0.027 103 C 0.032 0.065 0.044 0.065 0.046 0.089 0.101 0.303 0.124 0.105 0.027 104 N 0.040 0.117 0.062 0.056 0.076 0.023 0.024 0.208 0.165 0.180 0.048 105 K 0.025 0.038 0.017 0.011 0.052 0.018 0.073 0.442 0.178 0.127 0.020 106 E 0.120 0.160 0.033 0.005 0.219 0.006 0.035 0.205 0.092 0.086 0.039 107 I 0.107 0.291 0.028 0.008 0.373 0.017 0.022 0.092 0.026 0.013 0.024 108 K 0.193 0.191 0.071 0.009 0.225 0.004 0.008 0.059 0.025 0.080 0.136 109 F 0.028 0.067 0.054 0.021 0.057 0.006 0.005 0.432 0.253 0.057 0.020 110 K 0.002 0.018 0.007 0.008 0.006 0.007 0.013 0.804 0.129 0.005 0.002 111 A 0.001 0.007 0.002 0.001 0.003 0.002 0.016 0.898 0.059 0.010 0.001 112 F 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.854 0.087 0.049 0.002 113 L 0.002 0.009 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.881 0.093 0.007 0.001 114 D 0.001 0.006 0.002 0.001 0.002 0.001 0.010 0.889 0.081 0.007 0.001 115 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.861 0.114 0.013 0.001 116 A 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.859 0.112 0.014 0.003 117 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.026 0.772 0.196 0.003 0.001 118 T 0.001 0.003 0.001 0.002 0.002 0.003 0.035 0.603 0.281 0.066 0.001 119 L 0.001 0.687 0.265 0.001 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 G 0.149 0.006 0.003 0.002 0.015 0.001 0.001 0.002 0.007 0.287 0.526 121 A 0.246 0.148 0.005 0.001 0.514 0.001 0.001 0.002 0.006 0.012 0.066 122 D 0.022 0.009 0.003 0.101 0.062 0.209 0.358 0.143 0.047 0.029 0.016 123 Y 0.336 0.049 0.004 0.002 0.542 0.002 0.006 0.018 0.009 0.020 0.013 124 V 0.307 0.043 0.002 0.004 0.599 0.006 0.005 0.008 0.001 0.002 0.022 125 A 0.353 0.017 0.007 0.004 0.357 0.004 0.004 0.006 0.002 0.035 0.211 126 T 0.057 0.237 0.132 0.120 0.158 0.023 0.057 0.033 0.020 0.104 0.060 127 G 0.124 0.090 0.070 0.095 0.126 0.036 0.027 0.044 0.037 0.179 0.171 128 H 0.078 0.150 0.050 0.033 0.169 0.062 0.081 0.182 0.104 0.059 0.032 129 Y 0.299 0.065 0.015 0.005 0.327 0.006 0.022 0.091 0.045 0.058 0.068 130 A 0.297 0.126 0.015 0.012 0.322 0.024 0.021 0.074 0.037 0.027 0.045 131 R 0.147 0.158 0.038 0.014 0.390 0.023 0.035 0.083 0.033 0.040 0.039 132 V 0.399 0.053 0.010 0.004 0.287 0.007 0.013 0.039 0.021 0.056 0.110 133 A 0.088 0.348 0.118 0.023 0.319 0.014 0.014 0.029 0.010 0.015 0.022 134 R 0.141 0.261 0.049 0.012 0.296 0.015 0.020 0.076 0.029 0.046 0.054 135 D 0.116 0.189 0.250 0.044 0.127 0.028 0.032 0.103 0.047 0.026 0.036 136 E 0.015 0.026 0.076 0.138 0.018 0.134 0.111 0.289 0.133 0.048 0.012 137 D 0.012 0.357 0.196 0.160 0.048 0.045 0.051 0.063 0.027 0.033 0.008 138 G 0.027 0.030 0.028 0.034 0.031 0.012 0.009 0.033 0.034 0.584 0.178 139 T 0.111 0.322 0.079 0.013 0.304 0.013 0.024 0.046 0.027 0.035 0.026 140 V 0.318 0.148 0.030 0.008 0.386 0.005 0.007 0.021 0.010 0.012 0.055 141 H 0.137 0.277 0.065 0.023 0.359 0.023 0.028 0.037 0.014 0.012 0.024 142 M 0.444 0.068 0.014 0.004 0.357 0.004 0.005 0.019 0.011 0.011 0.063 143 L 0.138 0.169 0.076 0.037 0.302 0.051 0.040 0.062 0.041 0.036 0.048 144 R 0.208 0.178 0.051 0.020 0.306 0.010 0.012 0.032 0.029 0.078 0.078 145 G 0.092 0.245 0.102 0.026 0.276 0.015 0.022 0.084 0.046 0.056 0.035 146 V 0.091 0.215 0.060 0.020 0.196 0.035 0.068 0.083 0.046 0.117 0.069 147 D 0.298 0.082 0.028 0.004 0.492 0.002 0.002 0.018 0.015 0.014 0.046 148 N 0.008 0.026 0.016 0.016 0.016 0.021 0.046 0.453 0.332 0.060 0.006 149 G 0.019 0.070 0.041 0.018 0.045 0.027 0.116 0.382 0.116 0.153 0.012 150 K 0.025 0.110 0.040 0.015 0.048 0.022 0.041 0.415 0.135 0.117 0.032 151 D 0.102 0.055 0.026 0.006 0.104 0.006 0.017 0.393 0.116 0.109 0.066 152 Q 0.031 0.049 0.017 0.004 0.049 0.004 0.011 0.590 0.166 0.066 0.014 153 T 0.029 0.047 0.009 0.003 0.065 0.005 0.029 0.690 0.103 0.014 0.006 154 Y 0.034 0.036 0.011 0.015 0.071 0.017 0.041 0.637 0.098 0.030 0.011 155 F 0.063 0.035 0.013 0.005 0.123 0.008 0.034 0.587 0.081 0.031 0.020 156 L 0.073 0.022 0.005 0.011 0.070 0.028 0.031 0.415 0.199 0.108 0.036 157 S 0.026 0.133 0.073 0.029 0.116 0.032 0.070 0.352 0.117 0.037 0.014 158 Q 0.101 0.106 0.026 0.006 0.089 0.006 0.027 0.078 0.062 0.411 0.087 159 L 0.015 0.530 0.269 0.012 0.115 0.007 0.014 0.016 0.006 0.010 0.005 160 S 0.023 0.691 0.214 0.003 0.044 0.001 0.001 0.009 0.003 0.004 0.008 161 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.004 0.683 0.292 0.008 0.001 162 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.859 0.120 0.005 0.002 163 Q 0.002 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.007 0.683 0.141 0.154 0.002 164 L 0.004 0.005 0.001 0.001 0.006 0.001 0.005 0.735 0.203 0.038 0.002 165 Q 0.002 0.007 0.002 0.003 0.006 0.002 0.024 0.708 0.233 0.011 0.002 166 K 0.003 0.005 0.003 0.005 0.008 0.016 0.089 0.612 0.173 0.083 0.003 167 T 0.039 0.026 0.008 0.003 0.063 0.004 0.085 0.476 0.167 0.109 0.020 168 M 0.079 0.044 0.015 0.008 0.100 0.011 0.048 0.240 0.171 0.235 0.048 169 F 0.043 0.288 0.147 0.028 0.177 0.023 0.046 0.147 0.049 0.031 0.019 170 P 0.060 0.103 0.082 0.027 0.099 0.028 0.090 0.295 0.126 0.061 0.028 171 L 0.020 0.053 0.045 0.070 0.038 0.070 0.131 0.217 0.179 0.159 0.019 172 G 0.013 0.134 0.101 0.139 0.051 0.079 0.060 0.148 0.122 0.136 0.018 173 H 0.060 0.047 0.026 0.010 0.060 0.009 0.016 0.060 0.111 0.487 0.115 174 L 0.055 0.336 0.118 0.010 0.183 0.009 0.014 0.076 0.070 0.090 0.039 175 E 0.035 0.490 0.236 0.010 0.089 0.003 0.005 0.037 0.021 0.053 0.022 176 K 0.034 0.126 0.048 0.006 0.105 0.003 0.006 0.446 0.181 0.033 0.011 177 P 0.002 0.007 0.002 0.002 0.005 0.005 0.010 0.845 0.117 0.004 0.001 178 E 0.002 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.929 0.049 0.008 0.001 179 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.915 0.058 0.024 0.001 180 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.951 0.040 0.003 0.001 181 R 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.964 0.028 0.001 0.001 182 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.958 0.036 0.002 0.001 183 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.937 0.053 0.005 0.001 184 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.860 0.115 0.004 0.001 185 E 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.033 0.814 0.124 0.019 0.001 186 A 0.001 0.716 0.268 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 187 G 0.051 0.005 0.002 0.003 0.009 0.001 0.001 0.003 0.006 0.526 0.395 188 L 0.070 0.412 0.101 0.007 0.278 0.006 0.006 0.025 0.020 0.044 0.031 189 S 0.134 0.190 0.040 0.023 0.308 0.013 0.020 0.086 0.052 0.038 0.096 190 T 0.172 0.163 0.079 0.016 0.243 0.015 0.016 0.078 0.113 0.070 0.035 191 A 0.073 0.186 0.048 0.015 0.193 0.013 0.069 0.227 0.115 0.040 0.021 192 K 0.086 0.187 0.126 0.024 0.151 0.012 0.034 0.053 0.053 0.206 0.067 193 K 0.055 0.421 0.222 0.023 0.193 0.004 0.006 0.029 0.021 0.013 0.013 194 K 0.014 0.037 0.023 0.030 0.028 0.060 0.099 0.342 0.319 0.036 0.012 195 D 0.044 0.050 0.024 0.015 0.047 0.016 0.049 0.145 0.279 0.279 0.050 196 S 0.177 0.057 0.012 0.007 0.157 0.010 0.026 0.057 0.088 0.298 0.111 197 T 0.088 0.232 0.073 0.039 0.191 0.036 0.032 0.059 0.085 0.111 0.055 198 G 0.095 0.067 0.102 0.160 0.130 0.016 0.009 0.044 0.063 0.196 0.119 199 I 0.217 0.179 0.021 0.005 0.480 0.002 0.004 0.025 0.014 0.021 0.032 200 C 0.117 0.139 0.024 0.004 0.630 0.004 0.014 0.024 0.010 0.015 0.020 201 F 0.264 0.143 0.036 0.004 0.462 0.001 0.001 0.007 0.003 0.015 0.063 202 I 0.131 0.207 0.072 0.030 0.298 0.022 0.029 0.047 0.025 0.067 0.071 203 G 0.047 0.249 0.270 0.087 0.133 0.033 0.029 0.059 0.030 0.041 0.021 204 E 0.026 0.069 0.055 0.066 0.052 0.082 0.166 0.240 0.121 0.094 0.028 205 K 0.032 0.100 0.098 0.084 0.064 0.058 0.047 0.096 0.092 0.261 0.068