# TARGET T0316 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2446 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.005 0.002 0.001 0.004 0.036 0.953 2 S 0.053 0.019 0.007 0.012 0.148 0.762 3 D 0.029 0.016 0.055 0.025 0.425 0.449 4 N 0.016 0.007 0.180 0.020 0.645 0.131 5 S 0.019 0.002 0.209 0.017 0.636 0.116 6 K 0.029 0.002 0.061 0.009 0.592 0.308 7 T 0.172 0.009 0.007 0.001 0.329 0.481 8 R 0.678 0.003 0.001 0.001 0.070 0.249 9 V 0.974 0.001 0.001 0.001 0.004 0.021 10 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 G 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 13 M 0.953 0.001 0.001 0.001 0.007 0.039 14 S 0.548 0.005 0.001 0.001 0.073 0.371 15 G 0.091 0.006 0.003 0.003 0.156 0.741 16 G 0.029 0.008 0.005 0.010 0.186 0.762 17 V 0.021 0.025 0.017 0.182 0.236 0.518 18 D 0.015 0.016 0.014 0.335 0.174 0.445 19 S 0.004 0.002 0.006 0.913 0.030 0.045 20 S 0.002 0.001 0.002 0.973 0.009 0.013 21 V 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.002 22 T 0.002 0.001 0.003 0.991 0.003 0.001 23 A 0.001 0.001 0.004 0.992 0.003 0.001 24 L 0.001 0.001 0.003 0.992 0.004 0.001 25 L 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 26 L 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 27 K 0.001 0.001 0.003 0.993 0.003 0.001 28 E 0.001 0.001 0.002 0.992 0.004 0.002 29 Q 0.001 0.001 0.004 0.965 0.007 0.023 30 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.982 31 Y 0.010 0.001 0.001 0.001 0.068 0.920 32 D 0.292 0.003 0.001 0.001 0.093 0.611 33 V 0.930 0.002 0.001 0.001 0.008 0.060 34 I 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 35 G 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 36 I 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 37 F 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 38 M 0.897 0.002 0.001 0.001 0.013 0.087 39 K 0.570 0.005 0.002 0.001 0.098 0.325 40 N 0.321 0.016 0.015 0.011 0.226 0.411 41 W 0.157 0.022 0.061 0.037 0.372 0.352 42 D 0.147 0.033 0.134 0.070 0.426 0.190 43 D 0.087 0.022 0.146 0.089 0.479 0.176 44 T 0.064 0.041 0.101 0.085 0.532 0.177 45 D 0.034 0.014 0.121 0.063 0.713 0.054 46 E 0.018 0.006 0.127 0.052 0.742 0.055 47 N 0.012 0.007 0.109 0.057 0.736 0.079 48 G 0.046 0.015 0.038 0.014 0.758 0.130 49 V 0.106 0.050 0.028 0.031 0.346 0.439 50 C 0.171 0.127 0.027 0.052 0.247 0.377 51 T 0.135 0.036 0.024 0.063 0.306 0.437 52 A 0.047 0.010 0.030 0.148 0.306 0.460 53 T 0.024 0.007 0.045 0.426 0.240 0.258 54 E 0.032 0.011 0.058 0.556 0.194 0.149 55 D 0.031 0.017 0.048 0.500 0.168 0.236 56 Y 0.002 0.001 0.024 0.923 0.026 0.024 57 K 0.001 0.001 0.017 0.953 0.017 0.011 58 D 0.001 0.001 0.016 0.958 0.018 0.007 59 V 0.001 0.001 0.005 0.986 0.005 0.004 60 V 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 61 A 0.001 0.001 0.003 0.992 0.004 0.002 62 V 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.002 63 A 0.001 0.001 0.004 0.991 0.004 0.001 64 D 0.001 0.001 0.009 0.985 0.005 0.002 65 Q 0.001 0.001 0.008 0.973 0.009 0.009 66 I 0.001 0.001 0.009 0.899 0.013 0.078 67 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.993 68 I 0.010 0.001 0.001 0.001 0.026 0.963 69 P 0.134 0.001 0.001 0.001 0.072 0.792 70 Y 0.848 0.007 0.001 0.001 0.025 0.119 71 Y 0.961 0.001 0.001 0.001 0.007 0.031 72 S 0.977 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 73 V 0.886 0.003 0.001 0.002 0.010 0.098 74 N 0.466 0.007 0.002 0.004 0.092 0.429 75 F 0.073 0.004 0.042 0.136 0.210 0.534 76 E 0.027 0.004 0.057 0.313 0.222 0.378 77 K 0.004 0.001 0.162 0.671 0.128 0.034 78 E 0.003 0.001 0.086 0.793 0.083 0.034 79 Y 0.003 0.001 0.076 0.834 0.064 0.022 80 W 0.004 0.001 0.044 0.887 0.042 0.022 81 D 0.006 0.001 0.046 0.857 0.054 0.036 82 R 0.007 0.001 0.032 0.874 0.054 0.032 83 V 0.009 0.002 0.017 0.900 0.036 0.036 84 F 0.011 0.001 0.019 0.901 0.030 0.038 85 E 0.006 0.001 0.023 0.935 0.016 0.021 86 Y 0.006 0.001 0.016 0.953 0.010 0.014 87 F 0.005 0.002 0.009 0.956 0.010 0.019 88 L 0.004 0.001 0.008 0.962 0.010 0.015 89 A 0.003 0.001 0.015 0.961 0.010 0.010 90 E 0.002 0.001 0.014 0.960 0.013 0.010 91 Y 0.002 0.001 0.017 0.942 0.022 0.017 92 R 0.001 0.002 0.016 0.909 0.045 0.026 93 A 0.001 0.001 0.018 0.843 0.065 0.071 94 G 0.003 0.002 0.015 0.066 0.230 0.684 95 R 0.006 0.004 0.004 0.006 0.193 0.787 96 T 0.027 0.031 0.005 0.010 0.224 0.703 97 P 0.023 0.034 0.009 0.029 0.208 0.697 98 N 0.024 0.013 0.009 0.036 0.285 0.633 99 P 0.031 0.006 0.046 0.270 0.281 0.366 100 D 0.040 0.010 0.060 0.401 0.231 0.259 101 V 0.053 0.013 0.083 0.508 0.216 0.128 102 M 0.069 0.013 0.089 0.417 0.244 0.167 103 C 0.044 0.011 0.063 0.503 0.227 0.152 104 N 0.032 0.004 0.046 0.491 0.248 0.180 105 K 0.023 0.002 0.047 0.662 0.152 0.115 106 E 0.028 0.004 0.027 0.801 0.069 0.071 107 I 0.037 0.004 0.024 0.836 0.049 0.051 108 K 0.036 0.004 0.013 0.859 0.024 0.064 109 F 0.011 0.001 0.007 0.941 0.011 0.030 110 K 0.004 0.001 0.006 0.964 0.010 0.016 111 A 0.001 0.001 0.009 0.977 0.008 0.004 112 F 0.001 0.001 0.007 0.984 0.005 0.002 113 L 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.001 114 D 0.001 0.001 0.003 0.990 0.004 0.002 115 Y 0.001 0.001 0.002 0.990 0.004 0.004 116 A 0.001 0.001 0.003 0.992 0.004 0.001 117 I 0.001 0.001 0.004 0.992 0.003 0.001 118 T 0.001 0.001 0.002 0.992 0.004 0.002 119 L 0.001 0.001 0.003 0.967 0.005 0.024 120 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.990 121 A 0.010 0.002 0.002 0.001 0.110 0.875 122 D 0.085 0.001 0.003 0.001 0.188 0.722 123 Y 0.898 0.006 0.001 0.001 0.023 0.071 124 V 0.987 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 125 A 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 126 T 0.938 0.002 0.001 0.005 0.013 0.041 127 G 0.717 0.003 0.004 0.005 0.108 0.162 128 H 0.500 0.007 0.017 0.018 0.185 0.273 129 Y 0.263 0.026 0.054 0.048 0.329 0.280 130 A 0.332 0.015 0.062 0.098 0.295 0.198 131 R 0.304 0.020 0.046 0.099 0.197 0.334 132 V 0.319 0.048 0.071 0.151 0.227 0.184 133 A 0.208 0.016 0.080 0.125 0.352 0.219 134 R 0.131 0.017 0.120 0.095 0.420 0.216 135 D 0.113 0.028 0.141 0.078 0.477 0.163 136 E 0.067 0.016 0.133 0.091 0.540 0.153 137 D 0.053 0.006 0.091 0.114 0.580 0.155 138 G 0.073 0.009 0.067 0.095 0.528 0.228 139 T 0.153 0.032 0.081 0.107 0.333 0.294 140 V 0.226 0.045 0.159 0.130 0.232 0.208 141 H 0.222 0.027 0.159 0.164 0.230 0.198 142 M 0.235 0.027 0.109 0.188 0.252 0.190 143 L 0.204 0.030 0.060 0.234 0.267 0.205 144 R 0.132 0.016 0.034 0.145 0.394 0.279 145 G 0.066 0.013 0.047 0.114 0.456 0.304 146 V 0.055 0.032 0.075 0.126 0.437 0.276 147 D 0.032 0.017 0.110 0.172 0.468 0.201 148 N 0.019 0.008 0.133 0.241 0.434 0.165 149 G 0.032 0.011 0.186 0.227 0.396 0.149 150 K 0.043 0.009 0.162 0.318 0.320 0.149 151 D 0.049 0.013 0.119 0.328 0.279 0.212 152 Q 0.082 0.023 0.067 0.333 0.245 0.249 153 T 0.109 0.017 0.067 0.352 0.212 0.245 154 Y 0.094 0.009 0.107 0.426 0.191 0.173 155 F 0.128 0.014 0.099 0.421 0.165 0.173 156 L 0.115 0.013 0.107 0.387 0.196 0.182 157 S 0.099 0.006 0.080 0.387 0.195 0.233 158 Q 0.091 0.007 0.081 0.492 0.164 0.165 159 L 0.084 0.013 0.044 0.456 0.175 0.228 160 S 0.054 0.011 0.020 0.393 0.159 0.363 161 Q 0.007 0.001 0.059 0.831 0.062 0.041 162 E 0.009 0.001 0.065 0.817 0.078 0.029 163 Q 0.022 0.001 0.082 0.693 0.158 0.043 164 L 0.070 0.006 0.052 0.545 0.152 0.176 165 Q 0.168 0.012 0.041 0.454 0.118 0.207 166 K 0.262 0.004 0.032 0.288 0.130 0.284 167 T 0.454 0.010 0.015 0.277 0.055 0.189 168 M 0.601 0.028 0.006 0.166 0.040 0.159 169 F 0.548 0.015 0.017 0.106 0.068 0.247 170 P 0.349 0.019 0.028 0.084 0.139 0.381 171 L 0.155 0.018 0.157 0.060 0.489 0.121 172 G 0.060 0.010 0.155 0.046 0.596 0.134 173 H 0.022 0.008 0.199 0.038 0.580 0.152 174 L 0.039 0.051 0.023 0.021 0.520 0.345 175 E 0.019 0.019 0.003 0.024 0.090 0.846 176 K 0.001 0.001 0.037 0.925 0.020 0.018 177 P 0.001 0.001 0.024 0.964 0.009 0.003 178 E 0.001 0.001 0.025 0.969 0.004 0.001 179 V 0.001 0.001 0.006 0.991 0.002 0.001 180 R 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 181 R 0.001 0.001 0.003 0.993 0.003 0.001 182 L 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 183 A 0.001 0.001 0.003 0.994 0.003 0.001 184 E 0.001 0.001 0.005 0.991 0.003 0.001 185 E 0.001 0.001 0.003 0.993 0.003 0.001 186 A 0.001 0.001 0.003 0.980 0.003 0.013 187 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.993 188 L 0.003 0.003 0.001 0.001 0.031 0.962 189 S 0.038 0.011 0.006 0.002 0.118 0.825 190 T 0.136 0.034 0.061 0.011 0.222 0.537 191 A 0.201 0.010 0.124 0.032 0.233 0.400 192 K 0.269 0.012 0.111 0.036 0.232 0.339 193 K 0.249 0.036 0.048 0.033 0.296 0.338 194 K 0.140 0.050 0.040 0.028 0.399 0.344 195 D 0.078 0.028 0.036 0.024 0.488 0.346 196 S 0.043 0.015 0.041 0.017 0.619 0.266 197 T 0.050 0.017 0.048 0.022 0.556 0.307 198 G 0.070 0.014 0.037 0.020 0.527 0.333 199 I 0.171 0.020 0.047 0.042 0.412 0.309 200 C 0.348 0.036 0.031 0.058 0.203 0.324 201 F 0.478 0.030 0.029 0.055 0.164 0.244 202 I 0.385 0.032 0.020 0.049 0.134 0.381 203 G 0.238 0.016 0.013 0.024 0.203 0.506 204 E 0.082 0.011 0.012 0.034 0.175 0.686 205 K 0.009 0.001 0.001 0.004 0.047 0.939