# TARGET T0316 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1903 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.028 0.009 0.005 0.007 0.100 0.852 2 S 0.103 0.020 0.019 0.025 0.160 0.674 3 D 0.069 0.025 0.055 0.026 0.274 0.552 4 N 0.058 0.039 0.129 0.030 0.450 0.294 5 S 0.055 0.016 0.120 0.015 0.592 0.202 6 K 0.048 0.003 0.064 0.007 0.646 0.231 7 T 0.161 0.005 0.019 0.003 0.516 0.296 8 R 0.826 0.005 0.001 0.001 0.068 0.100 9 V 0.988 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 10 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 G 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 13 M 0.941 0.001 0.001 0.001 0.009 0.049 14 S 0.641 0.004 0.001 0.001 0.082 0.271 15 G 0.170 0.011 0.003 0.004 0.234 0.577 16 G 0.040 0.010 0.007 0.009 0.456 0.478 17 V 0.015 0.033 0.015 0.168 0.377 0.392 18 D 0.005 0.011 0.015 0.327 0.210 0.431 19 S 0.001 0.001 0.004 0.966 0.015 0.013 20 S 0.001 0.001 0.003 0.985 0.006 0.006 21 V 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 22 T 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 23 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 24 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 25 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 26 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 27 K 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 28 E 0.001 0.001 0.002 0.993 0.004 0.001 29 Q 0.001 0.001 0.003 0.962 0.012 0.023 30 G 0.001 0.001 0.002 0.016 0.071 0.910 31 Y 0.007 0.002 0.004 0.001 0.096 0.891 32 D 0.281 0.009 0.008 0.001 0.134 0.567 33 V 0.809 0.006 0.006 0.001 0.041 0.137 34 I 0.921 0.002 0.002 0.001 0.017 0.058 35 G 0.977 0.001 0.001 0.001 0.005 0.016 36 I 0.968 0.001 0.001 0.002 0.005 0.024 37 F 0.940 0.001 0.001 0.003 0.010 0.046 38 M 0.876 0.002 0.002 0.003 0.018 0.099 39 K 0.854 0.003 0.004 0.003 0.035 0.101 40 N 0.745 0.006 0.008 0.010 0.082 0.148 41 W 0.563 0.012 0.015 0.017 0.175 0.218 42 D 0.460 0.012 0.023 0.029 0.266 0.210 43 D 0.295 0.045 0.044 0.083 0.323 0.210 44 T 0.150 0.029 0.053 0.050 0.520 0.200 45 D 0.078 0.021 0.160 0.048 0.521 0.172 46 E 0.050 0.014 0.182 0.049 0.525 0.181 47 N 0.027 0.010 0.123 0.043 0.593 0.204 48 G 0.033 0.007 0.016 0.005 0.475 0.464 49 V 0.132 0.076 0.018 0.011 0.309 0.454 50 C 0.129 0.092 0.016 0.016 0.286 0.461 51 T 0.088 0.036 0.027 0.023 0.376 0.450 52 A 0.039 0.009 0.043 0.042 0.411 0.457 53 T 0.027 0.010 0.087 0.082 0.407 0.388 54 E 0.028 0.027 0.083 0.258 0.336 0.268 55 D 0.023 0.014 0.028 0.283 0.141 0.511 56 Y 0.001 0.001 0.010 0.977 0.006 0.006 57 K 0.001 0.001 0.007 0.986 0.004 0.003 58 D 0.001 0.001 0.005 0.991 0.002 0.001 59 V 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 60 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 61 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 62 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 63 A 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 64 D 0.001 0.001 0.009 0.986 0.003 0.002 65 Q 0.001 0.001 0.016 0.968 0.005 0.009 66 I 0.001 0.001 0.022 0.854 0.015 0.107 67 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.988 68 I 0.030 0.001 0.001 0.001 0.027 0.941 69 P 0.269 0.001 0.001 0.001 0.041 0.688 70 Y 0.874 0.004 0.001 0.001 0.015 0.106 71 Y 0.958 0.002 0.001 0.001 0.007 0.033 72 S 0.976 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 73 V 0.850 0.003 0.001 0.001 0.010 0.135 74 N 0.250 0.004 0.001 0.002 0.042 0.702 75 F 0.027 0.001 0.038 0.714 0.086 0.134 76 E 0.015 0.001 0.079 0.754 0.102 0.049 77 K 0.009 0.001 0.100 0.763 0.110 0.016 78 E 0.014 0.003 0.055 0.800 0.087 0.041 79 Y 0.008 0.004 0.032 0.893 0.041 0.023 80 W 0.005 0.001 0.020 0.932 0.025 0.017 81 D 0.005 0.001 0.023 0.894 0.035 0.042 82 R 0.007 0.001 0.023 0.912 0.030 0.027 83 V 0.012 0.003 0.016 0.903 0.035 0.031 84 F 0.012 0.002 0.017 0.907 0.026 0.036 85 E 0.011 0.001 0.031 0.890 0.028 0.039 86 Y 0.012 0.001 0.038 0.889 0.023 0.037 87 F 0.014 0.004 0.023 0.874 0.023 0.061 88 L 0.006 0.002 0.014 0.924 0.016 0.037 89 A 0.003 0.001 0.038 0.938 0.012 0.009 90 E 0.002 0.001 0.021 0.963 0.010 0.004 91 Y 0.002 0.001 0.024 0.953 0.019 0.003 92 R 0.002 0.002 0.014 0.929 0.036 0.016 93 A 0.001 0.001 0.017 0.866 0.059 0.056 94 G 0.004 0.004 0.016 0.122 0.216 0.639 95 R 0.003 0.003 0.001 0.002 0.068 0.923 96 T 0.018 0.019 0.002 0.003 0.130 0.827 97 P 0.015 0.021 0.004 0.007 0.209 0.745 98 N 0.013 0.018 0.023 0.023 0.369 0.554 99 P 0.032 0.012 0.068 0.080 0.407 0.400 100 D 0.041 0.012 0.144 0.146 0.360 0.297 101 V 0.044 0.025 0.121 0.285 0.296 0.230 102 M 0.050 0.032 0.072 0.207 0.308 0.331 103 C 0.042 0.020 0.071 0.303 0.274 0.290 104 N 0.022 0.009 0.065 0.464 0.237 0.203 105 K 0.015 0.002 0.074 0.656 0.153 0.100 106 E 0.022 0.003 0.064 0.727 0.110 0.074 107 I 0.029 0.007 0.029 0.819 0.061 0.054 108 K 0.029 0.006 0.021 0.800 0.036 0.107 109 F 0.010 0.001 0.018 0.909 0.018 0.044 110 K 0.006 0.001 0.020 0.927 0.021 0.025 111 A 0.002 0.001 0.020 0.965 0.007 0.005 112 F 0.001 0.001 0.008 0.984 0.003 0.003 113 L 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.002 114 D 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 115 Y 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 116 A 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 117 I 0.001 0.001 0.004 0.993 0.002 0.001 118 T 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.002 119 L 0.001 0.001 0.003 0.963 0.005 0.030 120 G 0.001 0.001 0.001 0.010 0.017 0.971 121 A 0.014 0.006 0.007 0.039 0.203 0.731 122 D 0.097 0.003 0.010 0.017 0.275 0.599 123 Y 0.804 0.012 0.008 0.022 0.067 0.086 124 V 0.944 0.005 0.002 0.016 0.017 0.017 125 A 0.940 0.003 0.002 0.021 0.013 0.021 126 T 0.692 0.006 0.005 0.078 0.054 0.165 127 G 0.258 0.004 0.020 0.038 0.169 0.510 128 H 0.250 0.018 0.044 0.065 0.216 0.406 129 Y 0.199 0.037 0.066 0.051 0.365 0.282 130 A 0.070 0.009 0.130 0.170 0.417 0.203 131 R 0.047 0.008 0.137 0.167 0.421 0.218 132 V 0.048 0.026 0.188 0.183 0.425 0.130 133 A 0.068 0.034 0.117 0.162 0.408 0.210 134 R 0.102 0.037 0.112 0.123 0.415 0.211 135 D 0.091 0.030 0.071 0.101 0.483 0.224 136 E 0.075 0.021 0.052 0.094 0.571 0.187 137 D 0.050 0.011 0.046 0.088 0.603 0.202 138 G 0.051 0.010 0.060 0.155 0.534 0.191 139 T 0.144 0.033 0.050 0.252 0.327 0.194 140 V 0.203 0.023 0.052 0.319 0.198 0.205 141 H 0.222 0.022 0.055 0.338 0.170 0.192 142 M 0.280 0.027 0.056 0.317 0.159 0.161 143 L 0.233 0.025 0.047 0.288 0.220 0.187 144 R 0.122 0.019 0.039 0.245 0.313 0.262 145 G 0.072 0.014 0.059 0.118 0.439 0.298 146 V 0.059 0.020 0.176 0.133 0.389 0.224 147 D 0.048 0.022 0.185 0.150 0.402 0.193 148 N 0.019 0.012 0.175 0.230 0.375 0.189 149 G 0.012 0.011 0.069 0.134 0.366 0.408 150 K 0.011 0.008 0.231 0.272 0.349 0.130 151 D 0.020 0.009 0.195 0.269 0.368 0.139 152 Q 0.031 0.009 0.221 0.311 0.289 0.138 153 T 0.082 0.020 0.123 0.349 0.233 0.192 154 Y 0.147 0.017 0.104 0.343 0.180 0.209 155 F 0.185 0.017 0.076 0.398 0.148 0.176 156 L 0.226 0.020 0.107 0.362 0.136 0.149 157 S 0.188 0.013 0.123 0.322 0.163 0.192 158 Q 0.109 0.010 0.124 0.218 0.217 0.322 159 L 0.063 0.030 0.037 0.107 0.234 0.528 160 S 0.052 0.020 0.022 0.098 0.299 0.508 161 Q 0.005 0.001 0.219 0.584 0.134 0.057 162 E 0.008 0.001 0.191 0.663 0.115 0.021 163 Q 0.024 0.005 0.198 0.563 0.182 0.029 164 L 0.061 0.007 0.058 0.590 0.137 0.148 165 Q 0.177 0.013 0.049 0.456 0.125 0.180 166 K 0.347 0.006 0.036 0.350 0.110 0.151 167 T 0.488 0.010 0.017 0.310 0.051 0.124 168 M 0.430 0.032 0.011 0.325 0.051 0.151 169 F 0.330 0.014 0.022 0.161 0.122 0.352 170 P 0.173 0.011 0.043 0.150 0.225 0.398 171 L 0.105 0.021 0.159 0.082 0.453 0.180 172 G 0.068 0.011 0.153 0.041 0.504 0.223 173 H 0.037 0.010 0.148 0.029 0.481 0.296 174 L 0.037 0.052 0.018 0.028 0.325 0.540 175 E 0.012 0.010 0.002 0.023 0.047 0.906 176 K 0.001 0.001 0.009 0.985 0.003 0.003 177 P 0.001 0.001 0.005 0.994 0.001 0.001 178 E 0.001 0.001 0.004 0.995 0.001 0.001 179 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 180 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 181 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 182 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 183 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 184 E 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 185 E 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 186 A 0.001 0.001 0.002 0.983 0.001 0.013 187 G 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.988 188 L 0.003 0.003 0.001 0.001 0.023 0.971 189 S 0.044 0.006 0.008 0.002 0.117 0.823 190 T 0.090 0.013 0.073 0.014 0.267 0.544 191 A 0.185 0.021 0.140 0.034 0.280 0.340 192 K 0.341 0.023 0.115 0.046 0.211 0.264 193 K 0.290 0.027 0.043 0.041 0.261 0.338 194 K 0.157 0.025 0.031 0.030 0.324 0.433 195 D 0.086 0.015 0.025 0.015 0.437 0.421 196 S 0.073 0.020 0.035 0.022 0.540 0.309 197 T 0.089 0.021 0.029 0.021 0.457 0.382 198 G 0.162 0.015 0.029 0.019 0.412 0.363 199 I 0.320 0.019 0.040 0.032 0.252 0.337 200 C 0.510 0.043 0.035 0.044 0.145 0.223 201 F 0.535 0.032 0.028 0.028 0.179 0.199 202 I 0.342 0.026 0.014 0.021 0.262 0.335 203 G 0.156 0.017 0.015 0.015 0.358 0.439 204 E 0.099 0.025 0.013 0.019 0.283 0.561 205 K 0.060 0.013 0.006 0.011 0.171 0.738