# TARGET T0316 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1903 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.214 0.155 0.281 0.180 0.034 0.055 0.034 0.006 0.035 0.003 0.002 2 S 0.251 0.326 0.294 0.034 0.040 0.020 0.005 0.002 0.021 0.005 0.001 3 D 0.312 0.087 0.314 0.148 0.006 0.085 0.015 0.003 0.026 0.002 0.003 4 N 0.167 0.202 0.206 0.246 0.026 0.046 0.028 0.005 0.071 0.002 0.001 5 S 0.153 0.051 0.190 0.172 0.060 0.037 0.215 0.041 0.016 0.063 0.001 6 K 0.148 0.054 0.080 0.388 0.043 0.020 0.159 0.090 0.009 0.009 0.001 7 T 0.043 0.450 0.271 0.129 0.066 0.015 0.009 0.003 0.014 0.001 0.001 8 R 0.004 0.560 0.327 0.007 0.066 0.017 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 9 V 0.001 0.843 0.118 0.001 0.021 0.007 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 10 V 0.001 0.776 0.188 0.001 0.006 0.016 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 11 V 0.001 0.840 0.110 0.001 0.005 0.028 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 12 G 0.002 0.786 0.105 0.001 0.034 0.041 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 13 M 0.015 0.650 0.165 0.018 0.076 0.043 0.003 0.001 0.028 0.001 0.001 14 S 0.019 0.322 0.155 0.026 0.418 0.022 0.007 0.002 0.013 0.015 0.001 15 G 0.082 0.060 0.138 0.221 0.223 0.017 0.067 0.053 0.025 0.112 0.002 16 G 0.072 0.034 0.303 0.024 0.168 0.022 0.026 0.075 0.010 0.258 0.008 17 V 0.769 0.021 0.025 0.143 0.004 0.015 0.010 0.005 0.004 0.004 0.001 18 D 0.775 0.020 0.055 0.078 0.011 0.022 0.017 0.004 0.008 0.008 0.001 19 S 0.980 0.002 0.007 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 S 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 L 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 K 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 E 0.945 0.001 0.003 0.049 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 Q 0.245 0.002 0.018 0.732 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 30 G 0.009 0.001 0.003 0.006 0.002 0.001 0.180 0.771 0.001 0.028 0.001 31 Y 0.047 0.171 0.645 0.040 0.039 0.035 0.008 0.001 0.008 0.004 0.001 32 D 0.065 0.173 0.379 0.119 0.027 0.155 0.048 0.005 0.028 0.001 0.002 33 V 0.010 0.630 0.281 0.003 0.025 0.034 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 34 I 0.113 0.625 0.088 0.084 0.025 0.028 0.002 0.001 0.034 0.001 0.001 35 G 0.010 0.471 0.242 0.004 0.252 0.010 0.002 0.001 0.005 0.002 0.001 36 I 0.007 0.866 0.041 0.002 0.055 0.008 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 37 F 0.012 0.664 0.189 0.006 0.029 0.057 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 38 M 0.046 0.542 0.193 0.027 0.078 0.062 0.004 0.001 0.042 0.002 0.001 39 K 0.085 0.467 0.216 0.029 0.076 0.066 0.015 0.002 0.040 0.003 0.001 40 N 0.098 0.243 0.215 0.094 0.060 0.108 0.088 0.004 0.082 0.003 0.006 41 W 0.196 0.277 0.236 0.092 0.102 0.043 0.013 0.007 0.025 0.006 0.003 42 D 0.238 0.224 0.172 0.131 0.067 0.074 0.032 0.012 0.037 0.012 0.001 43 D 0.261 0.191 0.134 0.234 0.052 0.047 0.026 0.009 0.039 0.006 0.001 44 T 0.180 0.120 0.156 0.224 0.032 0.136 0.057 0.008 0.080 0.005 0.001 45 D 0.394 0.057 0.131 0.195 0.021 0.060 0.091 0.012 0.028 0.009 0.001 46 E 0.572 0.031 0.050 0.234 0.008 0.027 0.049 0.012 0.010 0.003 0.002 47 N 0.223 0.035 0.068 0.590 0.010 0.008 0.051 0.006 0.009 0.001 0.001 48 G 0.068 0.010 0.062 0.048 0.042 0.004 0.225 0.443 0.002 0.093 0.001 49 V 0.318 0.248 0.234 0.137 0.023 0.019 0.006 0.001 0.013 0.001 0.001 50 C 0.237 0.160 0.350 0.109 0.031 0.058 0.022 0.006 0.019 0.007 0.001 51 T 0.165 0.237 0.288 0.169 0.059 0.036 0.017 0.004 0.022 0.003 0.001 52 A 0.194 0.175 0.412 0.050 0.094 0.019 0.012 0.008 0.013 0.024 0.001 53 T 0.522 0.087 0.211 0.082 0.038 0.026 0.009 0.007 0.010 0.006 0.002 54 E 0.787 0.024 0.067 0.070 0.021 0.005 0.009 0.009 0.003 0.005 0.001 55 D 0.610 0.031 0.152 0.077 0.017 0.054 0.009 0.003 0.035 0.009 0.001 56 Y 0.978 0.001 0.002 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 K 0.989 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 D 0.980 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 V 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 D 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 Q 0.987 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 I 0.122 0.001 0.003 0.875 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 G 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.559 0.434 0.001 0.002 0.001 68 I 0.001 0.291 0.652 0.001 0.005 0.022 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 69 P 0.008 0.009 0.854 0.001 0.001 0.116 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 70 Y 0.025 0.644 0.164 0.015 0.096 0.025 0.002 0.001 0.026 0.001 0.001 71 Y 0.010 0.821 0.065 0.004 0.047 0.021 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 72 S 0.012 0.430 0.470 0.008 0.012 0.054 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 73 V 0.028 0.717 0.108 0.016 0.059 0.035 0.001 0.001 0.036 0.001 0.001 74 N 0.013 0.126 0.389 0.011 0.040 0.308 0.013 0.001 0.097 0.003 0.001 75 F 0.698 0.029 0.037 0.180 0.009 0.021 0.012 0.003 0.010 0.001 0.001 76 E 0.764 0.043 0.091 0.072 0.006 0.009 0.004 0.002 0.005 0.003 0.001 77 K 0.903 0.010 0.020 0.041 0.004 0.005 0.010 0.003 0.003 0.001 0.001 78 E 0.924 0.008 0.021 0.032 0.003 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 79 Y 0.921 0.005 0.007 0.052 0.002 0.004 0.003 0.002 0.003 0.002 0.001 80 W 0.969 0.003 0.007 0.015 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 81 D 0.978 0.002 0.004 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 R 0.935 0.003 0.004 0.048 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 83 V 0.938 0.004 0.004 0.049 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 F 0.927 0.013 0.017 0.031 0.002 0.004 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 85 E 0.953 0.006 0.009 0.020 0.003 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 86 Y 0.947 0.005 0.008 0.035 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 F 0.927 0.008 0.011 0.043 0.001 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 88 L 0.950 0.008 0.019 0.013 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 89 A 0.970 0.003 0.011 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 E 0.910 0.005 0.010 0.067 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 91 Y 0.753 0.024 0.057 0.141 0.005 0.008 0.005 0.001 0.005 0.001 0.001 92 R 0.695 0.052 0.067 0.097 0.009 0.018 0.039 0.006 0.014 0.004 0.001 93 A 0.250 0.048 0.186 0.418 0.014 0.012 0.052 0.005 0.013 0.004 0.001 94 G 0.025 0.003 0.017 0.023 0.017 0.001 0.160 0.703 0.001 0.051 0.001 95 R 0.134 0.242 0.341 0.171 0.030 0.049 0.013 0.003 0.014 0.002 0.001 96 T 0.005 0.321 0.424 0.001 0.031 0.017 0.009 0.001 0.190 0.001 0.001 97 P 0.399 0.004 0.459 0.023 0.001 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 98 N 0.037 0.174 0.373 0.021 0.066 0.087 0.010 0.001 0.230 0.001 0.001 99 P 0.611 0.019 0.277 0.057 0.001 0.021 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 100 D 0.507 0.073 0.188 0.146 0.020 0.029 0.008 0.009 0.018 0.003 0.001 101 V 0.395 0.258 0.171 0.075 0.034 0.031 0.005 0.003 0.025 0.001 0.001 102 M 0.497 0.072 0.267 0.088 0.005 0.047 0.009 0.002 0.010 0.002 0.001 103 C 0.450 0.098 0.146 0.166 0.047 0.021 0.027 0.013 0.018 0.014 0.001 104 N 0.560 0.017 0.132 0.070 0.023 0.029 0.097 0.037 0.008 0.027 0.001 105 K 0.927 0.005 0.012 0.037 0.001 0.004 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 106 E 0.948 0.008 0.008 0.030 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 I 0.965 0.013 0.007 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 K 0.981 0.005 0.004 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 F 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 K 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 A 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 F 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 D 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 Y 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 117 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 118 T 0.989 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 119 L 0.253 0.001 0.005 0.740 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.194 0.799 0.001 0.004 0.001 121 A 0.003 0.028 0.915 0.001 0.005 0.046 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 D 0.753 0.001 0.003 0.243 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 Y 0.006 0.622 0.008 0.002 0.357 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 124 V 0.022 0.892 0.039 0.002 0.004 0.012 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 125 A 0.064 0.638 0.111 0.012 0.080 0.056 0.001 0.001 0.038 0.001 0.001 126 T 0.113 0.547 0.091 0.058 0.088 0.050 0.004 0.001 0.046 0.002 0.001 127 G 0.255 0.138 0.170 0.069 0.205 0.031 0.030 0.042 0.014 0.044 0.002 128 H 0.437 0.221 0.118 0.107 0.056 0.026 0.016 0.001 0.012 0.004 0.001 129 Y 0.384 0.190 0.185 0.099 0.035 0.054 0.020 0.006 0.021 0.003 0.001 130 A 0.673 0.106 0.104 0.032 0.031 0.015 0.016 0.005 0.010 0.007 0.001 131 R 0.835 0.027 0.040 0.052 0.008 0.015 0.011 0.005 0.005 0.001 0.001 132 V 0.821 0.042 0.035 0.072 0.006 0.012 0.005 0.001 0.007 0.001 0.001 133 A 0.739 0.074 0.054 0.090 0.011 0.015 0.005 0.001 0.008 0.001 0.001 134 R 0.729 0.077 0.071 0.083 0.016 0.011 0.006 0.002 0.004 0.001 0.001 135 D 0.503 0.055 0.089 0.271 0.024 0.019 0.017 0.008 0.011 0.002 0.001 136 E 0.353 0.172 0.152 0.153 0.062 0.025 0.017 0.009 0.043 0.014 0.001 137 D 0.409 0.026 0.099 0.261 0.010 0.018 0.147 0.005 0.019 0.004 0.001 138 G 0.228 0.006 0.050 0.102 0.025 0.005 0.091 0.406 0.001 0.087 0.001 139 T 0.547 0.116 0.137 0.144 0.015 0.020 0.007 0.004 0.009 0.002 0.001 140 V 0.451 0.213 0.170 0.068 0.028 0.024 0.015 0.002 0.024 0.004 0.001 141 H 0.556 0.122 0.188 0.049 0.012 0.043 0.011 0.001 0.015 0.001 0.001 142 M 0.567 0.114 0.136 0.114 0.020 0.026 0.010 0.002 0.010 0.001 0.001 143 L 0.477 0.167 0.151 0.121 0.023 0.031 0.012 0.003 0.014 0.001 0.001 144 R 0.288 0.131 0.148 0.208 0.096 0.009 0.057 0.026 0.024 0.013 0.001 145 G 0.196 0.031 0.197 0.038 0.095 0.008 0.038 0.179 0.003 0.211 0.002 146 V 0.521 0.169 0.176 0.074 0.027 0.013 0.004 0.002 0.008 0.006 0.001 147 D 0.519 0.077 0.129 0.139 0.018 0.046 0.037 0.005 0.022 0.007 0.001 148 N 0.422 0.041 0.118 0.281 0.018 0.015 0.082 0.008 0.012 0.003 0.001 149 G 0.239 0.016 0.094 0.143 0.032 0.011 0.130 0.286 0.005 0.043 0.001 150 K 0.382 0.159 0.343 0.032 0.020 0.020 0.010 0.001 0.028 0.004 0.001 151 D 0.403 0.030 0.390 0.090 0.005 0.046 0.018 0.004 0.006 0.002 0.005 152 Q 0.349 0.124 0.170 0.167 0.048 0.032 0.064 0.019 0.021 0.004 0.001 153 T 0.308 0.272 0.195 0.149 0.037 0.020 0.005 0.002 0.011 0.001 0.001 154 Y 0.287 0.264 0.192 0.060 0.082 0.031 0.026 0.006 0.043 0.008 0.001 155 F 0.305 0.199 0.308 0.061 0.031 0.063 0.006 0.002 0.020 0.002 0.002 156 L 0.450 0.156 0.138 0.181 0.011 0.038 0.006 0.001 0.017 0.001 0.001 157 S 0.430 0.153 0.188 0.055 0.095 0.013 0.024 0.010 0.016 0.017 0.001 158 Q 0.370 0.058 0.210 0.160 0.017 0.082 0.056 0.010 0.028 0.003 0.005 159 L 0.243 0.210 0.353 0.113 0.020 0.033 0.007 0.001 0.019 0.001 0.001 160 S 0.196 0.126 0.475 0.046 0.036 0.069 0.012 0.004 0.024 0.012 0.001 161 Q 0.865 0.012 0.027 0.068 0.005 0.005 0.008 0.004 0.002 0.003 0.001 162 E 0.857 0.006 0.019 0.085 0.003 0.004 0.013 0.009 0.002 0.002 0.001 163 Q 0.742 0.013 0.027 0.189 0.003 0.007 0.010 0.001 0.006 0.001 0.001 164 L 0.625 0.028 0.096 0.153 0.006 0.029 0.046 0.005 0.007 0.002 0.001 165 Q 0.576 0.121 0.154 0.080 0.026 0.015 0.013 0.004 0.008 0.002 0.001 166 K 0.593 0.114 0.181 0.042 0.024 0.019 0.013 0.003 0.010 0.001 0.001 167 T 0.587 0.207 0.107 0.059 0.013 0.016 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 168 M 0.436 0.213 0.164 0.105 0.012 0.040 0.005 0.001 0.025 0.001 0.001 169 F 0.207 0.286 0.251 0.003 0.046 0.010 0.015 0.001 0.170 0.010 0.001 170 P 0.547 0.004 0.324 0.006 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.093 171 L 0.392 0.032 0.203 0.309 0.004 0.032 0.013 0.003 0.009 0.001 0.003 172 G 0.172 0.033 0.094 0.096 0.094 0.004 0.148 0.247 0.003 0.110 0.001 173 H 0.094 0.072 0.117 0.354 0.026 0.078 0.214 0.016 0.025 0.003 0.001 174 L 0.006 0.371 0.526 0.011 0.033 0.030 0.007 0.001 0.015 0.001 0.001 175 E 0.003 0.073 0.815 0.003 0.008 0.087 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 176 K 0.730 0.040 0.176 0.003 0.020 0.009 0.001 0.001 0.015 0.005 0.001 177 P 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 178 E 0.994 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 179 V 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 180 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 181 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 182 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 183 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 184 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 185 E 0.990 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 186 A 0.184 0.001 0.003 0.812 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 187 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.579 0.417 0.001 0.001 0.001 188 L 0.008 0.166 0.753 0.007 0.003 0.056 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 189 S 0.086 0.131 0.600 0.058 0.025 0.087 0.005 0.001 0.005 0.001 0.002 190 T 0.067 0.615 0.106 0.050 0.120 0.013 0.002 0.001 0.025 0.001 0.001 191 A 0.132 0.397 0.284 0.034 0.083 0.033 0.005 0.003 0.026 0.002 0.001 192 K 0.163 0.364 0.191 0.149 0.047 0.050 0.004 0.001 0.029 0.001 0.001 193 K 0.037 0.368 0.420 0.015 0.070 0.027 0.009 0.001 0.050 0.002 0.001 194 K 0.132 0.118 0.642 0.033 0.011 0.040 0.002 0.002 0.012 0.002 0.006 195 D 0.063 0.188 0.471 0.036 0.128 0.046 0.014 0.003 0.036 0.013 0.001 196 S 0.507 0.033 0.092 0.241 0.027 0.030 0.030 0.019 0.008 0.008 0.003 197 T 0.259 0.131 0.132 0.413 0.037 0.006 0.007 0.004 0.010 0.002 0.001 198 G 0.098 0.027 0.168 0.064 0.147 0.007 0.063 0.214 0.008 0.204 0.001 199 I 0.158 0.220 0.455 0.074 0.036 0.032 0.005 0.002 0.011 0.003 0.005 200 C 0.117 0.412 0.231 0.092 0.077 0.030 0.009 0.003 0.023 0.004 0.001 201 F 0.104 0.314 0.284 0.086 0.091 0.048 0.026 0.009 0.029 0.007 0.001 202 I 0.108 0.380 0.259 0.131 0.048 0.023 0.010 0.002 0.037 0.002 0.001 203 G 0.054 0.032 0.087 0.020 0.158 0.005 0.035 0.171 0.003 0.435 0.001 204 E 0.161 0.160 0.255 0.236 0.045 0.050 0.042 0.008 0.035 0.005 0.003 205 K 0.193 0.139 0.232 0.119 0.089 0.020 0.088 0.058 0.015 0.046 0.001