# TARGET T0316 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1034 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.033 0.003 0.002 0.012 0.089 0.067 0.119 0.007 0.001 0.078 0.589 2 S 0.068 0.002 0.001 0.004 0.008 0.011 0.077 0.002 0.001 0.035 0.791 3 D 0.148 0.001 0.001 0.004 0.005 0.007 0.082 0.005 0.001 0.045 0.701 4 N 0.097 0.001 0.001 0.006 0.002 0.004 0.110 0.002 0.001 0.051 0.726 5 S 0.022 0.001 0.001 0.007 0.003 0.005 0.129 0.001 0.001 0.021 0.809 6 K 0.006 0.001 0.001 0.022 0.017 0.013 0.176 0.002 0.001 0.015 0.748 7 T 0.004 0.002 0.001 0.200 0.043 0.037 0.127 0.001 0.001 0.039 0.546 8 R 0.001 0.001 0.001 0.664 0.050 0.066 0.034 0.001 0.001 0.056 0.129 9 V 0.001 0.001 0.001 0.788 0.040 0.034 0.014 0.001 0.001 0.032 0.092 10 V 0.001 0.001 0.001 0.942 0.023 0.010 0.003 0.001 0.001 0.011 0.011 11 V 0.001 0.001 0.001 0.943 0.014 0.010 0.004 0.001 0.001 0.014 0.014 12 G 0.002 0.001 0.001 0.889 0.014 0.029 0.013 0.001 0.001 0.020 0.033 13 M 0.019 0.002 0.001 0.560 0.014 0.063 0.091 0.001 0.001 0.067 0.183 14 S 0.056 0.013 0.001 0.227 0.023 0.064 0.174 0.002 0.002 0.109 0.329 15 G 0.032 0.064 0.001 0.083 0.018 0.036 0.229 0.003 0.002 0.101 0.431 16 G 0.070 0.231 0.002 0.020 0.019 0.025 0.159 0.004 0.002 0.153 0.315 17 V 0.042 0.459 0.001 0.010 0.007 0.013 0.085 0.009 0.001 0.124 0.250 18 D 0.009 0.200 0.001 0.001 0.002 0.003 0.020 0.001 0.001 0.715 0.048 19 S 0.002 0.907 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.071 0.013 20 S 0.003 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.015 0.009 21 V 0.001 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.005 22 T 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 23 A 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 24 L 0.006 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.017 0.006 25 L 0.012 0.767 0.012 0.001 0.001 0.001 0.013 0.003 0.006 0.141 0.043 26 L 0.022 0.019 0.522 0.001 0.001 0.001 0.008 0.007 0.271 0.123 0.027 27 K 0.773 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.024 0.013 0.005 0.047 0.126 28 E 0.036 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.036 0.001 0.002 0.015 0.906 29 Q 0.010 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.075 0.001 0.001 0.006 0.904 30 G 0.001 0.001 0.001 0.009 0.007 0.022 0.162 0.002 0.001 0.021 0.775 31 Y 0.007 0.001 0.001 0.020 0.013 0.019 0.102 0.001 0.001 0.068 0.768 32 D 0.002 0.001 0.001 0.551 0.059 0.117 0.046 0.001 0.001 0.076 0.148 33 V 0.001 0.001 0.001 0.253 0.035 0.079 0.055 0.001 0.001 0.049 0.527 34 I 0.001 0.001 0.001 0.641 0.145 0.160 0.007 0.001 0.001 0.027 0.020 35 G 0.001 0.001 0.001 0.514 0.121 0.158 0.014 0.001 0.001 0.063 0.130 36 I 0.001 0.001 0.001 0.557 0.201 0.173 0.007 0.001 0.001 0.021 0.042 37 F 0.003 0.001 0.001 0.430 0.113 0.238 0.034 0.001 0.001 0.062 0.119 38 M 0.011 0.001 0.001 0.193 0.312 0.222 0.040 0.001 0.001 0.070 0.151 39 K 0.011 0.001 0.001 0.175 0.106 0.235 0.122 0.003 0.001 0.060 0.287 40 N 0.155 0.005 0.002 0.079 0.037 0.055 0.133 0.002 0.002 0.095 0.434 41 W 0.030 0.002 0.002 0.055 0.024 0.051 0.164 0.005 0.001 0.074 0.591 42 D 0.045 0.004 0.001 0.021 0.008 0.017 0.147 0.003 0.001 0.061 0.692 43 D 0.140 0.007 0.002 0.024 0.017 0.022 0.136 0.002 0.001 0.091 0.557 44 T 0.006 0.001 0.001 0.010 0.008 0.017 0.178 0.002 0.001 0.045 0.731 45 D 0.150 0.005 0.002 0.008 0.010 0.016 0.137 0.004 0.002 0.055 0.611 46 E 0.171 0.006 0.001 0.011 0.008 0.014 0.153 0.011 0.001 0.141 0.482 47 N 0.037 0.005 0.001 0.007 0.005 0.014 0.183 0.002 0.001 0.058 0.688 48 G 0.015 0.005 0.001 0.041 0.034 0.121 0.163 0.004 0.001 0.088 0.526 49 V 0.017 0.003 0.001 0.025 0.056 0.075 0.155 0.001 0.001 0.066 0.601 50 C 0.004 0.003 0.001 0.042 0.114 0.153 0.140 0.001 0.001 0.037 0.504 51 T 0.080 0.039 0.001 0.032 0.043 0.063 0.130 0.005 0.001 0.086 0.520 52 A 0.152 0.161 0.002 0.013 0.012 0.016 0.106 0.021 0.001 0.084 0.434 53 T 0.143 0.204 0.003 0.008 0.004 0.007 0.081 0.006 0.001 0.085 0.458 54 E 0.021 0.283 0.004 0.011 0.005 0.008 0.076 0.004 0.001 0.122 0.465 55 D 0.023 0.806 0.001 0.001 0.002 0.002 0.014 0.006 0.001 0.057 0.087 56 Y 0.015 0.938 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.018 0.023 57 K 0.010 0.913 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.042 0.026 58 D 0.002 0.947 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.028 0.017 59 V 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 60 V 0.002 0.939 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.010 61 A 0.003 0.960 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.019 0.012 62 V 0.012 0.907 0.007 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.003 0.043 0.017 63 A 0.004 0.007 0.461 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.488 0.028 0.007 64 D 0.853 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.005 0.001 0.011 0.109 65 Q 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.001 0.002 0.020 0.913 66 I 0.015 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.131 0.001 0.001 0.010 0.837 67 G 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.006 0.120 0.001 0.001 0.017 0.843 68 I 0.007 0.002 0.001 0.021 0.021 0.013 0.173 0.002 0.001 0.072 0.689 69 P 0.003 0.003 0.001 0.582 0.026 0.074 0.046 0.001 0.001 0.099 0.166 70 Y 0.003 0.004 0.001 0.240 0.036 0.090 0.053 0.001 0.001 0.044 0.529 71 Y 0.001 0.003 0.001 0.610 0.137 0.091 0.025 0.001 0.001 0.020 0.112 72 S 0.011 0.012 0.001 0.308 0.093 0.090 0.053 0.002 0.001 0.048 0.382 73 V 0.006 0.013 0.001 0.282 0.058 0.055 0.062 0.004 0.001 0.048 0.471 74 N 0.079 0.428 0.005 0.051 0.010 0.013 0.065 0.007 0.004 0.111 0.228 75 F 0.034 0.770 0.015 0.008 0.004 0.003 0.016 0.008 0.003 0.033 0.107 76 E 0.024 0.872 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.012 0.001 0.007 0.072 77 K 0.042 0.798 0.002 0.001 0.002 0.002 0.007 0.004 0.001 0.057 0.083 78 E 0.014 0.770 0.012 0.002 0.001 0.001 0.014 0.005 0.005 0.106 0.070 79 Y 0.105 0.623 0.038 0.002 0.002 0.002 0.020 0.026 0.012 0.072 0.098 80 W 0.185 0.465 0.011 0.003 0.002 0.004 0.031 0.015 0.006 0.054 0.223 81 D 0.111 0.300 0.005 0.006 0.002 0.006 0.065 0.004 0.002 0.044 0.454 82 R 0.057 0.310 0.011 0.016 0.003 0.009 0.077 0.006 0.003 0.044 0.464 83 V 0.091 0.305 0.010 0.011 0.006 0.010 0.088 0.014 0.004 0.049 0.410 84 F 0.152 0.389 0.002 0.012 0.007 0.012 0.061 0.015 0.001 0.024 0.325 85 E 0.096 0.278 0.002 0.015 0.006 0.014 0.061 0.004 0.001 0.027 0.497 86 Y 0.030 0.309 0.010 0.027 0.016 0.026 0.110 0.004 0.003 0.042 0.423 87 F 0.018 0.600 0.006 0.014 0.009 0.008 0.038 0.006 0.002 0.010 0.292 88 L 0.088 0.854 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.017 0.001 0.002 0.030 89 A 0.019 0.817 0.003 0.003 0.002 0.003 0.012 0.003 0.001 0.026 0.112 90 E 0.015 0.198 0.441 0.002 0.003 0.006 0.017 0.002 0.130 0.066 0.119 91 Y 0.684 0.041 0.013 0.001 0.006 0.006 0.016 0.046 0.005 0.070 0.110 92 R 0.363 0.005 0.001 0.002 0.002 0.004 0.025 0.010 0.002 0.044 0.542 93 A 0.026 0.003 0.001 0.009 0.001 0.003 0.046 0.001 0.001 0.008 0.904 94 G 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 0.020 0.066 0.001 0.001 0.011 0.887 95 R 0.008 0.001 0.001 0.003 0.021 0.010 0.110 0.001 0.001 0.024 0.823 96 T 0.020 0.001 0.001 0.038 0.024 0.020 0.167 0.003 0.001 0.047 0.679 97 P 0.099 0.019 0.001 0.020 0.003 0.006 0.128 0.004 0.001 0.032 0.689 98 N 0.278 0.086 0.002 0.027 0.006 0.010 0.140 0.025 0.001 0.039 0.387 99 P 0.058 0.089 0.002 0.037 0.008 0.017 0.127 0.010 0.001 0.036 0.614 100 D 0.101 0.081 0.006 0.064 0.028 0.059 0.108 0.005 0.002 0.077 0.468 101 V 0.085 0.261 0.003 0.059 0.051 0.060 0.082 0.008 0.001 0.070 0.319 102 M 0.197 0.253 0.009 0.026 0.037 0.055 0.076 0.006 0.004 0.035 0.303 103 C 0.046 0.398 0.003 0.037 0.042 0.066 0.064 0.007 0.001 0.020 0.316 104 N 0.042 0.467 0.002 0.010 0.021 0.036 0.063 0.005 0.001 0.080 0.274 105 K 0.011 0.784 0.002 0.009 0.018 0.016 0.025 0.005 0.001 0.040 0.090 106 E 0.009 0.873 0.001 0.005 0.004 0.011 0.010 0.001 0.001 0.031 0.056 107 I 0.004 0.825 0.002 0.007 0.009 0.008 0.007 0.001 0.001 0.098 0.038 108 K 0.001 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.007 109 F 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 110 K 0.002 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.003 111 A 0.001 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.022 0.005 112 F 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 L 0.006 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.004 114 D 0.001 0.103 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.878 0.012 115 Y 0.013 0.676 0.029 0.001 0.001 0.001 0.017 0.006 0.011 0.206 0.041 116 A 0.070 0.017 0.522 0.001 0.001 0.001 0.005 0.028 0.270 0.050 0.037 117 I 0.653 0.022 0.002 0.001 0.001 0.001 0.027 0.006 0.003 0.024 0.262 118 T 0.023 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.001 0.001 0.005 0.925 119 L 0.011 0.012 0.007 0.008 0.001 0.001 0.113 0.002 0.001 0.020 0.824 120 G 0.026 0.018 0.001 0.019 0.007 0.007 0.208 0.006 0.001 0.037 0.670 121 A 0.015 0.032 0.001 0.065 0.008 0.009 0.104 0.002 0.001 0.043 0.721 122 D 0.007 0.022 0.001 0.522 0.023 0.032 0.062 0.002 0.001 0.180 0.149 123 Y 0.004 0.009 0.001 0.711 0.022 0.043 0.030 0.001 0.001 0.077 0.101 124 V 0.004 0.004 0.001 0.789 0.047 0.042 0.018 0.001 0.001 0.029 0.065 125 A 0.011 0.004 0.001 0.656 0.051 0.069 0.033 0.001 0.001 0.026 0.147 126 T 0.052 0.021 0.002 0.281 0.048 0.114 0.086 0.005 0.002 0.047 0.343 127 G 0.144 0.038 0.006 0.059 0.044 0.079 0.128 0.005 0.007 0.034 0.456 128 H 0.032 0.039 0.003 0.024 0.084 0.117 0.111 0.011 0.002 0.015 0.561 129 Y 0.270 0.213 0.003 0.010 0.043 0.064 0.063 0.014 0.002 0.019 0.300 130 A 0.135 0.150 0.010 0.019 0.065 0.077 0.063 0.011 0.003 0.038 0.429 131 R 0.037 0.104 0.011 0.011 0.045 0.112 0.076 0.006 0.004 0.031 0.564 132 V 0.138 0.069 0.011 0.016 0.105 0.161 0.063 0.014 0.003 0.073 0.350 133 A 0.156 0.017 0.006 0.018 0.034 0.057 0.067 0.005 0.003 0.057 0.581 134 R 0.053 0.003 0.001 0.013 0.039 0.057 0.065 0.002 0.001 0.030 0.736 135 D 0.016 0.002 0.001 0.006 0.016 0.022 0.063 0.001 0.001 0.014 0.859 136 E 0.013 0.001 0.001 0.004 0.021 0.020 0.104 0.008 0.001 0.018 0.812 137 D 0.065 0.006 0.001 0.008 0.020 0.018 0.129 0.008 0.001 0.040 0.706