# TARGET T0316 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1034 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.093 0.014 0.012 0.025 0.056 0.070 0.038 0.005 0.001 0.003 0.685 2 S 0.024 0.003 0.004 0.018 0.041 0.047 0.062 0.002 0.001 0.002 0.798 3 D 0.030 0.002 0.002 0.015 0.025 0.034 0.102 0.001 0.001 0.004 0.785 4 N 0.038 0.002 0.001 0.012 0.016 0.020 0.166 0.001 0.001 0.007 0.737 5 S 0.115 0.003 0.001 0.006 0.007 0.008 0.258 0.001 0.001 0.023 0.579 6 K 0.302 0.003 0.003 0.012 0.007 0.007 0.163 0.001 0.001 0.043 0.459 7 T 0.196 0.001 0.014 0.054 0.042 0.030 0.258 0.001 0.001 0.037 0.368 8 R 0.028 0.001 0.026 0.276 0.173 0.161 0.127 0.001 0.001 0.011 0.198 9 V 0.001 0.001 0.001 0.457 0.241 0.278 0.010 0.001 0.001 0.001 0.012 10 V 0.001 0.001 0.001 0.590 0.188 0.215 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 11 V 0.001 0.001 0.001 0.682 0.138 0.175 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 12 G 0.001 0.001 0.001 0.847 0.054 0.094 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 13 M 0.001 0.001 0.001 0.830 0.065 0.091 0.005 0.001 0.001 0.001 0.009 14 S 0.001 0.001 0.001 0.566 0.106 0.213 0.034 0.001 0.001 0.002 0.077 15 G 0.004 0.001 0.001 0.188 0.041 0.122 0.167 0.001 0.001 0.009 0.467 16 G 0.035 0.002 0.002 0.040 0.013 0.021 0.301 0.001 0.001 0.027 0.558 17 V 0.079 0.010 0.042 0.024 0.006 0.015 0.311 0.001 0.001 0.015 0.498 18 D 0.014 0.021 0.002 0.019 0.006 0.014 0.205 0.001 0.001 0.002 0.716 19 S 0.040 0.041 0.001 0.005 0.002 0.003 0.076 0.001 0.001 0.003 0.828 20 S 0.016 0.141 0.001 0.001 0.001 0.001 0.114 0.001 0.001 0.001 0.726 21 V 0.005 0.341 0.001 0.001 0.001 0.001 0.237 0.002 0.001 0.002 0.411 22 T 0.003 0.917 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.001 0.001 0.002 0.039 23 A 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 24 L 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 L 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 L 0.004 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 K 0.003 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.002 28 E 0.101 0.866 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.016 29 Q 0.072 0.543 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.330 0.001 0.001 0.047 30 G 0.549 0.054 0.017 0.002 0.001 0.001 0.002 0.267 0.001 0.002 0.106 31 Y 0.004 0.001 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 32 D 0.004 0.001 0.016 0.465 0.058 0.051 0.084 0.001 0.001 0.001 0.321 33 V 0.011 0.001 0.009 0.355 0.018 0.029 0.023 0.001 0.001 0.001 0.552 34 I 0.001 0.001 0.001 0.855 0.056 0.075 0.008 0.001 0.001 0.001 0.006 35 G 0.002 0.001 0.001 0.665 0.045 0.081 0.022 0.001 0.001 0.001 0.183 36 I 0.001 0.001 0.001 0.826 0.075 0.087 0.003 0.001 0.001 0.001 0.008 37 F 0.001 0.001 0.001 0.484 0.136 0.251 0.027 0.001 0.001 0.001 0.097 38 M 0.002 0.002 0.001 0.324 0.218 0.331 0.018 0.001 0.001 0.002 0.101 39 K 0.002 0.003 0.001 0.150 0.189 0.479 0.045 0.001 0.001 0.003 0.128 40 N 0.018 0.007 0.002 0.065 0.145 0.268 0.084 0.002 0.001 0.008 0.399 41 W 0.031 0.012 0.008 0.055 0.121 0.183 0.066 0.002 0.001 0.007 0.514 42 D 0.022 0.010 0.002 0.030 0.113 0.180 0.124 0.002 0.001 0.007 0.510 43 D 0.105 0.013 0.003 0.015 0.062 0.076 0.128 0.003 0.001 0.013 0.583 44 T 0.121 0.031 0.004 0.016 0.051 0.059 0.150 0.003 0.001 0.011 0.553 45 D 0.111 0.031 0.004 0.012 0.039 0.038 0.322 0.003 0.001 0.023 0.417 46 E 0.153 0.040 0.009 0.008 0.016 0.020 0.285 0.002 0.001 0.032 0.436 47 N 0.109 0.058 0.008 0.011 0.019 0.026 0.305 0.003 0.001 0.027 0.433 48 G 0.178 0.037 0.008 0.012 0.030 0.030 0.342 0.005 0.001 0.043 0.316 49 V 0.165 0.059 0.036 0.017 0.032 0.060 0.238 0.003 0.001 0.019 0.370 50 C 0.038 0.051 0.010 0.038 0.075 0.144 0.124 0.004 0.001 0.005 0.512 51 T 0.070 0.033 0.004 0.031 0.078 0.140 0.095 0.003 0.001 0.006 0.540 52 A 0.049 0.020 0.004 0.010 0.016 0.030 0.055 0.002 0.001 0.003 0.811 53 T 0.065 0.030 0.003 0.018 0.010 0.020 0.201 0.004 0.001 0.009 0.639 54 E 0.110 0.026 0.005 0.009 0.004 0.006 0.293 0.002 0.001 0.016 0.529 55 D 0.127 0.078 0.004 0.008 0.003 0.006 0.454 0.004 0.001 0.010 0.305 56 Y 0.132 0.215 0.006 0.011 0.002 0.004 0.136 0.005 0.001 0.011 0.478 57 K 0.021 0.398 0.002 0.003 0.001 0.002 0.178 0.001 0.001 0.003 0.392 58 D 0.038 0.428 0.001 0.001 0.001 0.001 0.114 0.006 0.001 0.001 0.410 59 V 0.016 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.022 60 V 0.006 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.011 61 A 0.003 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 62 V 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 63 A 0.008 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 D 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 65 Q 0.031 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.008 66 I 0.091 0.823 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.001 0.001 0.006 67 G 0.378 0.066 0.027 0.001 0.001 0.001 0.003 0.462 0.001 0.002 0.062 68 I 0.002 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 69 P 0.001 0.001 0.004 0.018 0.002 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.965 70 Y 0.006 0.001 0.007 0.163 0.006 0.011 0.036 0.001 0.001 0.001 0.769 71 Y 0.017 0.001 0.001 0.755 0.025 0.037 0.061 0.001 0.001 0.003 0.100 72 S 0.022 0.001 0.001 0.500 0.011 0.018 0.044 0.001 0.001 0.003 0.400 73 V 0.005 0.001 0.001 0.862 0.012 0.027 0.027 0.001 0.001 0.001 0.064 74 N 0.016 0.003 0.001 0.366 0.018 0.038 0.195 0.001 0.001 0.004 0.360 75 F 0.015 0.007 0.002 0.116 0.015 0.029 0.086 0.001 0.001 0.005 0.725 76 E 0.013 0.018 0.001 0.046 0.022 0.066 0.362 0.001 0.001 0.006 0.466 77 K 0.061 0.061 0.001 0.011 0.007 0.015 0.179 0.001 0.001 0.010 0.655 78 E 0.135 0.364 0.001 0.002 0.003 0.003 0.059 0.002 0.001 0.002 0.430 79 Y 0.110 0.652 0.002 0.002 0.006 0.009 0.054 0.005 0.001 0.005 0.154 80 W 0.055 0.830 0.006 0.002 0.003 0.009 0.010 0.003 0.001 0.001 0.081 81 D 0.023 0.800 0.001 0.001 0.002 0.006 0.006 0.008 0.001 0.001 0.152 82 R 0.110 0.752 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.014 0.001 0.001 0.114 83 V 0.117 0.768 0.009 0.002 0.002 0.003 0.006 0.017 0.001 0.001 0.076 84 F 0.039 0.824 0.023 0.008 0.007 0.013 0.008 0.008 0.001 0.001 0.069 85 E 0.038 0.665 0.004 0.011 0.005 0.019 0.015 0.010 0.001 0.001 0.233 86 Y 0.104 0.507 0.007 0.007 0.004 0.005 0.006 0.007 0.001 0.001 0.354 87 F 0.105 0.645 0.006 0.009 0.004 0.009 0.024 0.007 0.001 0.001 0.189 88 L 0.031 0.569 0.009 0.015 0.007 0.025 0.053 0.005 0.001 0.001 0.285 89 A 0.020 0.541 0.001 0.005 0.004 0.004 0.015 0.002 0.001 0.001 0.407 90 E 0.102 0.697 0.001 0.003 0.004 0.007 0.027 0.005 0.001 0.001 0.154 91 Y 0.076 0.779 0.003 0.002 0.003 0.007 0.013 0.007 0.001 0.001 0.108 92 R 0.101 0.747 0.012 0.001 0.002 0.004 0.008 0.003 0.001 0.001 0.120 93 A 0.066 0.632 0.004 0.004 0.009 0.015 0.014 0.028 0.001 0.001 0.228 94 G 0.343 0.083 0.002 0.005 0.009 0.003 0.009 0.178 0.001 0.001 0.367 95 R 0.307 0.026 0.551 0.003 0.001 0.001 0.012 0.004 0.001 0.004 0.090 96 T 0.025 0.006 0.032 0.074 0.049 0.040 0.192 0.013 0.001 0.001 0.568 97 P 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.989 98 N 0.014 0.001 0.001 0.114 0.020 0.040 0.459 0.001 0.001 0.004 0.349 99 P 0.037 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.003 0.937 100 D 0.034 0.002 0.001 0.146 0.010 0.014 0.266 0.001 0.001 0.004 0.526 101 V 0.193 0.003 0.001 0.094 0.008 0.016 0.132 0.001 0.001 0.015 0.538 102 M 0.060 0.040 0.001 0.221 0.022 0.038 0.216 0.001 0.001 0.005 0.395 103 C 0.084 0.059 0.003 0.063 0.020 0.052 0.226 0.001 0.001 0.009 0.482 104 N 0.074 0.220 0.003 0.066 0.017 0.051 0.122 0.002 0.001 0.006 0.442 105 K 0.043 0.220 0.002 0.007 0.007 0.009 0.084 0.002 0.001 0.003 0.624 106 E 0.075 0.430 0.003 0.005 0.004 0.010 0.138 0.004 0.001 0.006 0.324 107 I 0.047 0.672 0.004 0.003 0.003 0.004 0.042 0.004 0.001 0.002 0.219 108 K 0.029 0.866 0.003 0.001 0.001 0.003 0.023 0.002 0.001 0.001 0.071 109 F 0.013 0.933 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.043 110 K 0.007 0.920 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.067 111 A 0.017 0.934 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.039 112 F 0.003 0.983 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 113 L 0.004 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.005 114 D 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 115 Y 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 116 A 0.006 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 117 I 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 118 T 0.023 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.008 119 L 0.090 0.744 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.145 0.001 0.001 0.018 120 G 0.642 0.086 0.024 0.001 0.001 0.001 0.004 0.178 0.001 0.003 0.062 121 A 0.001 0.001 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 122 D 0.004 0.004 0.007 0.336 0.061 0.055 0.067 0.004 0.001 0.001 0.461 123 Y 0.056 0.003 0.009 0.530 0.019 0.021 0.029 0.001 0.001 0.003 0.330 124 V 0.005 0.011 0.001 0.642 0.044 0.091 0.071 0.001 0.001 0.001 0.134 125 A 0.004 0.004 0.001 0.834 0.039 0.055 0.022 0.001 0.001 0.001 0.040 126 T 0.010 0.021 0.001 0.538 0.041 0.081 0.071 0.001 0.001 0.003 0.234 127 G 0.053 0.022 0.003 0.347 0.086 0.103 0.055 0.003 0.001 0.011 0.318 128 H 0.046 0.035 0.007 0.089 0.037 0.078 0.321 0.002 0.001 0.014 0.371 129 Y 0.042 0.024 0.006 0.055 0.044 0.084 0.172 0.003 0.001 0.014 0.556 130 A 0.066 0.099 0.013 0.053 0.050 0.104 0.123 0.002 0.001 0.009 0.480 131 R 0.061 0.134 0.003 0.028 0.046 0.104 0.088 0.005 0.001 0.011 0.521 132 V 0.225 0.199 0.009 0.012 0.036 0.055 0.041 0.006 0.001 0.005 0.412 133 A 0.134 0.236 0.006 0.020 0.075 0.075 0.026 0.013 0.001 0.003 0.412 134 R 0.106 0.170 0.009 0.029 0.111 0.177 0.049 0.013 0.001 0.005 0.332 135 D 0.100 0.120 0.010 0.031 0.101 0.135 0.087 0.017 0.001 0.004 0.395 136 E 0.113 0.080 0.013 0.027 0.038 0.056 0.102 0.010 0.001 0.008 0.550 137 D 0.121 0.031 0.007 0.011 0.014 0.019 0.351 0.007 0.001 0.018 0.421