# TARGET T0316 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1276 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.636 0.227 0.085 0.038 0.012 0.002 0.001 2 S 0.636 0.251 0.080 0.027 0.006 0.001 0.001 3 D 0.647 0.224 0.087 0.035 0.006 0.001 0.001 4 N 0.666 0.227 0.075 0.026 0.005 0.001 0.001 5 S 0.666 0.242 0.074 0.017 0.002 0.001 0.001 6 K 0.268 0.441 0.225 0.060 0.006 0.001 0.001 7 T 0.034 0.309 0.361 0.237 0.056 0.004 0.001 8 R 0.001 0.003 0.036 0.285 0.532 0.140 0.003 9 V 0.001 0.001 0.001 0.009 0.111 0.687 0.192 10 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.286 0.696 11 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.053 0.945 12 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.956 13 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.115 0.875 14 S 0.001 0.001 0.001 0.012 0.072 0.317 0.598 15 G 0.001 0.002 0.009 0.042 0.141 0.419 0.386 16 G 0.001 0.006 0.025 0.100 0.268 0.415 0.185 17 V 0.001 0.006 0.026 0.103 0.263 0.395 0.207 18 D 0.001 0.001 0.003 0.011 0.052 0.342 0.590 19 S 0.001 0.001 0.003 0.009 0.038 0.221 0.727 20 S 0.001 0.001 0.004 0.018 0.079 0.291 0.607 21 V 0.001 0.001 0.001 0.006 0.047 0.259 0.687 22 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.148 0.844 23 A 0.001 0.001 0.001 0.006 0.044 0.297 0.652 24 L 0.001 0.003 0.019 0.070 0.194 0.408 0.305 25 L 0.001 0.001 0.008 0.071 0.291 0.513 0.116 26 L 0.001 0.001 0.002 0.020 0.161 0.690 0.126 27 K 0.003 0.060 0.227 0.418 0.248 0.041 0.001 28 E 0.141 0.471 0.285 0.082 0.018 0.002 0.001 29 Q 0.081 0.263 0.372 0.228 0.051 0.006 0.001 30 G 0.327 0.411 0.167 0.071 0.020 0.004 0.001 31 Y 0.014 0.063 0.201 0.362 0.298 0.060 0.002 32 D 0.070 0.272 0.302 0.228 0.097 0.028 0.003 33 V 0.002 0.006 0.018 0.071 0.236 0.526 0.141 34 I 0.001 0.002 0.012 0.056 0.197 0.479 0.254 35 G 0.001 0.002 0.009 0.029 0.097 0.352 0.511 36 I 0.001 0.001 0.002 0.005 0.028 0.228 0.737 37 F 0.001 0.001 0.003 0.016 0.075 0.285 0.620 38 M 0.001 0.002 0.005 0.020 0.084 0.329 0.560 39 K 0.002 0.014 0.042 0.141 0.273 0.363 0.166 40 N 0.005 0.028 0.069 0.150 0.252 0.344 0.153 41 W 0.007 0.027 0.065 0.188 0.324 0.316 0.073 42 D 0.150 0.208 0.201 0.202 0.142 0.079 0.018 43 D 0.189 0.250 0.222 0.199 0.097 0.038 0.006 44 T 0.487 0.265 0.131 0.071 0.033 0.012 0.002 45 D 0.376 0.248 0.186 0.122 0.051 0.014 0.002 46 E 0.522 0.267 0.120 0.057 0.024 0.009 0.002 47 N 0.329 0.261 0.186 0.120 0.068 0.029 0.006 48 G 0.292 0.209 0.184 0.165 0.102 0.042 0.007 49 V 0.179 0.202 0.177 0.179 0.147 0.097 0.019 50 C 0.049 0.076 0.144 0.254 0.290 0.159 0.029 51 T 0.095 0.223 0.269 0.229 0.130 0.048 0.007 52 A 0.101 0.259 0.287 0.220 0.100 0.030 0.003 53 T 0.515 0.269 0.122 0.059 0.027 0.007 0.001 54 E 0.513 0.348 0.105 0.026 0.006 0.001 0.001 55 D 0.103 0.212 0.248 0.283 0.130 0.024 0.001 56 Y 0.011 0.083 0.247 0.409 0.212 0.038 0.001 57 K 0.286 0.536 0.151 0.024 0.004 0.001 0.001 58 D 0.023 0.174 0.399 0.318 0.077 0.008 0.001 59 V 0.001 0.001 0.007 0.079 0.449 0.447 0.016 60 V 0.005 0.097 0.370 0.393 0.119 0.015 0.001 61 A 0.103 0.639 0.211 0.041 0.005 0.001 0.001 62 V 0.004 0.028 0.124 0.397 0.366 0.081 0.001 63 A 0.005 0.022 0.102 0.327 0.435 0.106 0.002 64 D 0.320 0.508 0.146 0.024 0.002 0.001 0.001 65 Q 0.383 0.410 0.161 0.041 0.005 0.001 0.001 66 I 0.013 0.054 0.171 0.355 0.315 0.089 0.003 67 G 0.173 0.415 0.260 0.113 0.032 0.008 0.001 68 I 0.024 0.047 0.126 0.289 0.374 0.131 0.009 69 P 0.082 0.306 0.335 0.187 0.067 0.021 0.003 70 Y 0.019 0.044 0.079 0.180 0.342 0.303 0.033 71 Y 0.025 0.077 0.165 0.278 0.289 0.148 0.017 72 S 0.022 0.085 0.150 0.252 0.279 0.189 0.023 73 V 0.023 0.059 0.119 0.256 0.298 0.217 0.029 74 N 0.060 0.284 0.295 0.212 0.099 0.043 0.007 75 F 0.010 0.031 0.099 0.288 0.381 0.179 0.012 76 E 0.200 0.385 0.246 0.116 0.042 0.010 0.001 77 K 0.497 0.333 0.121 0.037 0.009 0.002 0.001 78 E 0.252 0.412 0.229 0.081 0.020 0.005 0.001 79 Y 0.029 0.083 0.173 0.332 0.299 0.081 0.003 80 W 0.046 0.124 0.239 0.339 0.203 0.046 0.002 81 D 0.341 0.426 0.169 0.051 0.011 0.002 0.001 82 R 0.132 0.267 0.302 0.213 0.072 0.014 0.001 83 V 0.018 0.025 0.056 0.175 0.377 0.327 0.021 84 F 0.019 0.062 0.176 0.340 0.286 0.109 0.009 85 E 0.223 0.404 0.230 0.100 0.032 0.010 0.001 86 Y 0.037 0.121 0.220 0.300 0.218 0.095 0.009 87 F 0.013 0.026 0.063 0.178 0.345 0.333 0.042 88 L 0.041 0.136 0.235 0.274 0.211 0.092 0.011 89 A 0.260 0.351 0.217 0.112 0.043 0.014 0.003 90 E 0.173 0.289 0.214 0.164 0.096 0.054 0.010 91 Y 0.048 0.102 0.194 0.301 0.245 0.102 0.007 92 R 0.169 0.267 0.252 0.189 0.096 0.025 0.003 93 A 0.465 0.272 0.149 0.077 0.028 0.007 0.001 94 G 0.488 0.244 0.122 0.078 0.042 0.022 0.004 95 R 0.198 0.204 0.206 0.198 0.127 0.059 0.009 96 T 0.173 0.195 0.200 0.204 0.142 0.071 0.015 97 P 0.121 0.103 0.118 0.182 0.221 0.202 0.051 98 N 0.145 0.146 0.157 0.166 0.159 0.160 0.067 99 P 0.099 0.097 0.119 0.162 0.175 0.215 0.133 100 D 0.088 0.086 0.101 0.147 0.178 0.215 0.185 101 V 0.080 0.084 0.088 0.127 0.163 0.265 0.192 102 M 0.118 0.108 0.099 0.121 0.155 0.207 0.192 103 C 0.060 0.069 0.106 0.175 0.217 0.233 0.140 104 N 0.099 0.156 0.169 0.187 0.167 0.151 0.070 105 K 0.068 0.170 0.216 0.233 0.183 0.102 0.029 106 E 0.143 0.335 0.240 0.148 0.085 0.042 0.007 107 I 0.014 0.034 0.095 0.226 0.360 0.236 0.035 108 K 0.011 0.056 0.112 0.198 0.270 0.292 0.060 109 F 0.002 0.012 0.031 0.120 0.317 0.452 0.066 110 K 0.019 0.149 0.314 0.309 0.160 0.043 0.006 111 A 0.001 0.014 0.098 0.262 0.386 0.218 0.021 112 F 0.001 0.001 0.001 0.004 0.066 0.585 0.343 113 L 0.001 0.013 0.089 0.348 0.363 0.173 0.014 114 D 0.006 0.216 0.423 0.266 0.073 0.014 0.001 115 Y 0.001 0.005 0.040 0.259 0.453 0.232 0.011 116 A 0.001 0.002 0.010 0.092 0.436 0.420 0.039 117 I 0.024 0.317 0.396 0.201 0.054 0.007 0.001 118 T 0.166 0.479 0.240 0.093 0.020 0.002 0.001 119 L 0.006 0.078 0.281 0.404 0.201 0.029 0.001 120 G 0.046 0.391 0.361 0.161 0.034 0.006 0.001 121 A 0.001 0.005 0.022 0.141 0.482 0.328 0.023 122 D 0.003 0.027 0.120 0.342 0.369 0.125 0.015 123 Y 0.001 0.001 0.004 0.023 0.123 0.611 0.238 124 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.242 0.742 125 A 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 0.158 0.817 126 T 0.001 0.001 0.001 0.004 0.025 0.164 0.806 127 G 0.001 0.001 0.004 0.023 0.102 0.373 0.496 128 H 0.001 0.012 0.042 0.129 0.258 0.389 0.168 129 Y 0.006 0.023 0.051 0.122 0.277 0.386 0.136 130 A 0.067 0.085 0.132 0.213 0.260 0.207 0.037 131 R 0.145 0.195 0.212 0.193 0.140 0.094 0.021 132 V 0.152 0.174 0.186 0.214 0.163 0.094 0.017 133 A 0.193 0.165 0.163 0.185 0.169 0.109 0.016 134 R 0.403 0.261 0.167 0.112 0.045 0.012 0.001 135 D 0.741 0.183 0.052 0.018 0.004 0.001 0.001 136 E 0.857 0.110 0.025 0.007 0.002 0.001 0.001 137 D 0.810 0.132 0.041 0.013 0.003 0.001 0.001