# TARGET T0316 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t3c1-near-backbone-11-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23.7232 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.113 0.076 0.053 0.102 0.098 0.109 0.165 0.107 0.085 0.057 0.036 2 S 0.311 0.177 0.105 0.137 0.093 0.063 0.052 0.027 0.020 0.010 0.006 3 D 0.262 0.182 0.099 0.150 0.103 0.075 0.062 0.031 0.020 0.010 0.005 4 N 0.332 0.205 0.089 0.124 0.087 0.061 0.048 0.027 0.015 0.008 0.004 5 S 0.233 0.206 0.059 0.137 0.109 0.086 0.075 0.046 0.028 0.014 0.008 6 K 0.260 0.192 0.096 0.164 0.119 0.080 0.042 0.021 0.015 0.006 0.003 7 T 0.065 0.061 0.059 0.143 0.142 0.153 0.160 0.080 0.069 0.043 0.025 8 R 0.011 0.025 0.028 0.132 0.167 0.187 0.217 0.113 0.064 0.036 0.019 9 V 0.001 0.001 0.003 0.005 0.008 0.016 0.066 0.113 0.212 0.282 0.295 10 V 0.001 0.001 0.006 0.013 0.028 0.047 0.129 0.207 0.204 0.194 0.171 11 V 0.001 0.001 0.004 0.004 0.008 0.012 0.043 0.101 0.227 0.284 0.317 12 G 0.001 0.001 0.005 0.006 0.015 0.026 0.080 0.146 0.236 0.237 0.249 13 M 0.001 0.002 0.004 0.010 0.018 0.031 0.095 0.165 0.236 0.224 0.215 14 S 0.003 0.006 0.009 0.022 0.036 0.064 0.142 0.166 0.203 0.175 0.174 15 G 0.020 0.033 0.022 0.083 0.106 0.135 0.183 0.135 0.130 0.087 0.064 16 G 0.018 0.021 0.014 0.062 0.073 0.101 0.170 0.126 0.161 0.136 0.120 17 V 0.007 0.010 0.006 0.038 0.049 0.077 0.192 0.143 0.165 0.158 0.157 18 D 0.003 0.009 0.009 0.043 0.055 0.067 0.157 0.150 0.165 0.174 0.169 19 S 0.001 0.002 0.004 0.009 0.016 0.029 0.085 0.122 0.212 0.250 0.272 20 S 0.004 0.006 0.013 0.044 0.065 0.086 0.164 0.166 0.185 0.144 0.123 21 V 0.001 0.002 0.005 0.021 0.038 0.056 0.162 0.180 0.200 0.184 0.150 22 T 0.001 0.001 0.003 0.007 0.014 0.023 0.074 0.144 0.258 0.246 0.229 23 A 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 0.019 0.076 0.128 0.261 0.253 0.248 24 L 0.003 0.006 0.039 0.068 0.113 0.129 0.232 0.181 0.114 0.075 0.039 25 L 0.001 0.002 0.010 0.026 0.040 0.067 0.215 0.207 0.198 0.143 0.092 26 L 0.001 0.001 0.006 0.002 0.003 0.007 0.034 0.073 0.227 0.322 0.325 27 K 0.005 0.019 0.055 0.108 0.175 0.203 0.262 0.090 0.045 0.028 0.010 28 E 0.025 0.058 0.270 0.176 0.116 0.120 0.116 0.051 0.034 0.023 0.011 29 Q 0.038 0.054 0.051 0.116 0.104 0.155 0.281 0.106 0.053 0.029 0.014 30 G 0.244 0.156 0.102 0.133 0.089 0.076 0.079 0.055 0.038 0.022 0.008 31 Y 0.052 0.028 0.034 0.051 0.070 0.116 0.190 0.139 0.128 0.106 0.086 32 D 0.133 0.248 0.117 0.244 0.139 0.066 0.032 0.013 0.006 0.002 0.001 33 V 0.002 0.003 0.004 0.009 0.012 0.025 0.083 0.105 0.186 0.268 0.303 34 I 0.052 0.076 0.043 0.137 0.147 0.140 0.151 0.099 0.073 0.047 0.035 35 G 0.028 0.039 0.049 0.157 0.138 0.135 0.148 0.105 0.102 0.065 0.034 36 I 0.003 0.005 0.007 0.019 0.032 0.051 0.126 0.159 0.190 0.212 0.195 37 F 0.006 0.013 0.010 0.048 0.054 0.062 0.136 0.174 0.206 0.162 0.127 38 M 0.002 0.002 0.008 0.010 0.015 0.024 0.069 0.102 0.204 0.278 0.286 39 K 0.030 0.052 0.078 0.196 0.209 0.156 0.144 0.064 0.038 0.021 0.012 40 N 0.011 0.015 0.022 0.049 0.047 0.062 0.150 0.143 0.188 0.185 0.128 41 W 0.030 0.027 0.017 0.046 0.062 0.088 0.184 0.164 0.154 0.128 0.101 42 D 0.162 0.162 0.083 0.171 0.116 0.088 0.089 0.052 0.040 0.024 0.014 43 D 0.191 0.130 0.064 0.131 0.121 0.103 0.108 0.061 0.043 0.029 0.019 44 T 0.452 0.196 0.041 0.097 0.071 0.048 0.040 0.024 0.018 0.009 0.005 45 D 0.371 0.201 0.041 0.114 0.083 0.060 0.054 0.031 0.024 0.013 0.009 46 E 0.306 0.208 0.049 0.131 0.102 0.068 0.057 0.034 0.022 0.013 0.008 47 N 0.268 0.161 0.057 0.138 0.111 0.084 0.070 0.045 0.035 0.020 0.012 48 G 0.227 0.144 0.086 0.154 0.125 0.097 0.071 0.039 0.032 0.016 0.009 49 V 0.084 0.068 0.064 0.145 0.131 0.123 0.142 0.087 0.075 0.051 0.031 50 C 0.032 0.030 0.030 0.065 0.072 0.099 0.184 0.162 0.139 0.110 0.077 51 T 0.037 0.076 0.072 0.129 0.104 0.106 0.139 0.118 0.096 0.068 0.054 52 A 0.042 0.073 0.065 0.110 0.104 0.115 0.158 0.115 0.100 0.071 0.047 53 T 0.231 0.115 0.083 0.174 0.144 0.094 0.073 0.036 0.027 0.015 0.007 54 E 0.360 0.139 0.089 0.161 0.087 0.064 0.052 0.022 0.016 0.008 0.003 55 D 0.052 0.182 0.062 0.140 0.129 0.122 0.128 0.091 0.057 0.027 0.011 56 Y 0.006 0.009 0.009 0.023 0.040 0.092 0.228 0.189 0.170 0.130 0.104 57 K 0.258 0.108 0.303 0.203 0.078 0.031 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 58 D 0.015 0.051 0.089 0.209 0.209 0.183 0.152 0.058 0.022 0.009 0.003 59 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.005 0.031 0.071 0.221 0.307 0.360 60 V 0.005 0.010 0.030 0.092 0.194 0.250 0.264 0.086 0.041 0.021 0.007 61 A 0.014 0.029 0.625 0.173 0.078 0.040 0.022 0.011 0.005 0.003 0.001 62 V 0.001 0.002 0.009 0.018 0.026 0.057 0.242 0.231 0.190 0.136 0.088 63 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.006 0.039 0.101 0.225 0.314 0.309 64 D 0.012 0.048 0.264 0.306 0.189 0.091 0.062 0.015 0.008 0.004 0.002 65 Q 0.036 0.060 0.262 0.179 0.155 0.134 0.094 0.045 0.020 0.011 0.004 66 I 0.007 0.005 0.004 0.009 0.014 0.037 0.146 0.188 0.231 0.206 0.154 67 G 0.247 0.298 0.058 0.168 0.105 0.060 0.029 0.022 0.009 0.003 0.001 68 I 0.003 0.003 0.003 0.004 0.012 0.030 0.072 0.144 0.213 0.251 0.266 69 P 0.246 0.311 0.058 0.202 0.109 0.045 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 70 Y 0.017 0.012 0.009 0.039 0.037 0.051 0.124 0.101 0.186 0.221 0.203 71 Y 0.054 0.083 0.036 0.113 0.111 0.100 0.144 0.105 0.100 0.085 0.069 72 S 0.015 0.032 0.022 0.115 0.095 0.118 0.203 0.141 0.130 0.081 0.047 73 V 0.045 0.029 0.059 0.066 0.077 0.097 0.144 0.141 0.137 0.126 0.081 74 N 0.140 0.158 0.110 0.262 0.128 0.083 0.065 0.028 0.016 0.007 0.003 75 F 0.008 0.025 0.018 0.027 0.032 0.057 0.147 0.156 0.204 0.190 0.136 76 E 0.060 0.111 0.060 0.166 0.176 0.163 0.147 0.059 0.033 0.016 0.008 77 K 0.327 0.118 0.239 0.177 0.079 0.036 0.015 0.005 0.003 0.001 0.001 78 E 0.167 0.086 0.152 0.223 0.131 0.110 0.087 0.029 0.011 0.004 0.001 79 Y 0.002 0.009 0.016 0.012 0.014 0.032 0.123 0.163 0.251 0.221 0.155 80 W 0.003 0.013 0.054 0.071 0.123 0.219 0.284 0.111 0.064 0.040 0.018 81 D 0.032 0.035 0.707 0.139 0.052 0.023 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 82 R 0.023 0.029 0.101 0.208 0.156 0.194 0.216 0.057 0.012 0.004 0.001 83 V 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.027 0.076 0.229 0.326 0.333 84 F 0.003 0.009 0.031 0.045 0.103 0.195 0.293 0.160 0.087 0.050 0.024 85 E 0.031 0.045 0.725 0.124 0.049 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 86 Y 0.019 0.019 0.055 0.107 0.125 0.213 0.298 0.103 0.038 0.016 0.007 87 F 0.004 0.007 0.009 0.010 0.009 0.017 0.085 0.148 0.263 0.249 0.200 88 L 0.005 0.012 0.036 0.064 0.096 0.147 0.275 0.146 0.098 0.075 0.046 89 A 0.055 0.061 0.587 0.150 0.079 0.037 0.018 0.006 0.004 0.002 0.001 90 E 0.059 0.074 0.128 0.239 0.178 0.152 0.113 0.037 0.014 0.005 0.001 91 Y 0.003 0.003 0.005 0.005 0.007 0.019 0.096 0.129 0.226 0.263 0.243 92 R 0.050 0.086 0.114 0.212 0.166 0.127 0.140 0.051 0.027 0.017 0.009 93 A 0.077 0.106 0.364 0.183 0.109 0.069 0.044 0.024 0.013 0.008 0.003 94 G 0.139 0.085 0.094 0.100 0.108 0.126 0.135 0.092 0.064 0.036 0.021 95 R 0.203 0.138 0.036 0.105 0.094 0.102 0.112 0.088 0.066 0.035 0.020 96 T 0.098 0.090 0.046 0.094 0.101 0.102 0.118 0.108 0.105 0.079 0.060 97 P 0.126 0.131 0.063 0.151 0.124 0.110 0.107 0.069 0.055 0.035 0.029 98 N 0.092 0.083 0.045 0.136 0.120 0.116 0.121 0.087 0.088 0.064 0.047 99 P 0.032 0.039 0.020 0.071 0.079 0.096 0.156 0.130 0.147 0.127 0.102 100 D 0.033 0.042 0.025 0.103 0.096 0.103 0.156 0.122 0.129 0.103 0.086 101 V 0.027 0.023 0.028 0.058 0.063 0.077 0.147 0.126 0.171 0.158 0.123 102 M 0.083 0.091 0.090 0.188 0.139 0.104 0.115 0.070 0.056 0.038 0.026 103 C 0.016 0.024 0.017 0.043 0.048 0.071 0.169 0.149 0.174 0.157 0.131 104 N 0.117 0.146 0.079 0.145 0.126 0.106 0.106 0.068 0.054 0.033 0.021 105 K 0.151 0.125 0.086 0.181 0.136 0.113 0.100 0.046 0.035 0.018 0.009 106 E 0.327 0.121 0.112 0.136 0.113 0.080 0.054 0.026 0.018 0.008 0.003 107 I 0.054 0.043 0.038 0.095 0.075 0.103 0.210 0.134 0.110 0.080 0.058 108 K 0.019 0.076 0.088 0.098 0.103 0.118 0.163 0.120 0.103 0.069 0.042 109 F 0.008 0.018 0.052 0.083 0.090 0.142 0.237 0.127 0.106 0.083 0.054 110 K 0.139 0.086 0.275 0.219 0.136 0.080 0.041 0.013 0.007 0.003 0.001 111 A 0.023 0.031 0.052 0.147 0.115 0.147 0.243 0.122 0.067 0.038 0.015 112 F 0.001 0.004 0.010 0.009 0.010 0.019 0.074 0.126 0.235 0.273 0.238 113 L 0.003 0.007 0.026 0.046 0.092 0.169 0.276 0.156 0.113 0.075 0.037 114 D 0.040 0.055 0.593 0.168 0.084 0.036 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 115 Y 0.004 0.008 0.018 0.067 0.084 0.153 0.373 0.162 0.075 0.039 0.018 116 A 0.002 0.002 0.008 0.004 0.004 0.007 0.038 0.072 0.204 0.306 0.352 117 I 0.013 0.028 0.103 0.139 0.162 0.173 0.227 0.075 0.041 0.026 0.012 118 T 0.048 0.096 0.544 0.145 0.083 0.044 0.020 0.011 0.006 0.003 0.001 119 L 0.014 0.013 0.010 0.027 0.045 0.120 0.282 0.210 0.134 0.086 0.059 120 G 0.321 0.285 0.079 0.126 0.077 0.045 0.027 0.020 0.013 0.005 0.002 121 A 0.013 0.012 0.012 0.031 0.045 0.083 0.168 0.136 0.171 0.167 0.163 122 D 0.094 0.119 0.094 0.204 0.182 0.127 0.088 0.039 0.029 0.014 0.010 123 Y 0.003 0.005 0.009 0.042 0.048 0.074 0.200 0.144 0.173 0.171 0.132 124 V 0.003 0.005 0.014 0.027 0.033 0.040 0.099 0.138 0.182 0.226 0.233 125 A 0.001 0.002 0.005 0.009 0.015 0.027 0.089 0.151 0.233 0.246 0.222 126 T 0.004 0.012 0.030 0.048 0.071 0.088 0.138 0.161 0.173 0.151 0.125 127 G 0.006 0.010 0.016 0.039 0.061 0.100 0.170 0.149 0.198 0.141 0.110 128 H 0.014 0.019 0.018 0.063 0.076 0.097 0.189 0.149 0.158 0.126 0.091 129 Y 0.008 0.016 0.013 0.064 0.075 0.093 0.201 0.162 0.153 0.124 0.092 130 A 0.003 0.003 0.008 0.012 0.015 0.025 0.078 0.109 0.213 0.262 0.271 131 R 0.021 0.034 0.057 0.130 0.148 0.141 0.193 0.107 0.080 0.055 0.035 132 V 0.019 0.025 0.062 0.097 0.092 0.100 0.186 0.114 0.126 0.107 0.071 133 A 0.064 0.045 0.063 0.104 0.099 0.110 0.196 0.104 0.094 0.072 0.048 134 R 0.137 0.133 0.080 0.169 0.113 0.097 0.127 0.062 0.043 0.025 0.013 135 D 0.173 0.143 0.086 0.121 0.102 0.093 0.118 0.068 0.045 0.030 0.020 136 E 0.397 0.232 0.055 0.118 0.077 0.049 0.037 0.019 0.009 0.004 0.002 137 D 0.600 0.198 0.054 0.068 0.042 0.020 0.009 0.005 0.003 0.001 0.001 138 G 0.294 0.177 0.049 0.105 0.111 0.093 0.074 0.043 0.031 0.015 0.008 139 T 0.164 0.144 0.058 0.174 0.155 0.124 0.085 0.045 0.031 0.013 0.006 140 V 0.021 0.019 0.041 0.066 0.076 0.107 0.183 0.149 0.146 0.114 0.078 141 H 0.010 0.031 0.065 0.167 0.161 0.148 0.182 0.114 0.059 0.038 0.024 142 M 0.001 0.001 0.006 0.006 0.007 0.013 0.051 0.087 0.210 0.308 0.311 143 L 0.009 0.012 0.049 0.068 0.098 0.116 0.196 0.153 0.129 0.106 0.064 144 R 0.020 0.035 0.086 0.155 0.142 0.137 0.170 0.105 0.080 0.048 0.023 145 G 0.020 0.016 0.028 0.031 0.038 0.063 0.141 0.144 0.196 0.175 0.148 146 V 0.115 0.133 0.047 0.141 0.119 0.108 0.141 0.085 0.057 0.033 0.021 147 D 0.192 0.154 0.074 0.114 0.095 0.084 0.099 0.069 0.055 0.039 0.026 148 N 0.385 0.200 0.050 0.125 0.098 0.064 0.040 0.019 0.011 0.005 0.003 149 G 0.528 0.188 0.055 0.080 0.056 0.036 0.022 0.014 0.013 0.005 0.002 150 K 0.138 0.086 0.034 0.123 0.118 0.126 0.147 0.081 0.067 0.045 0.035 151 D 0.069 0.100 0.072 0.139 0.118 0.118 0.145 0.084 0.074 0.049 0.034 152 Q 0.010 0.030 0.043 0.119 0.112 0.132 0.200 0.122 0.095 0.081 0.057 153 T 0.019 0.023 0.054 0.078 0.082 0.112 0.166 0.134 0.142 0.114 0.075 154 Y 0.011 0.015 0.029 0.090 0.106 0.128 0.210 0.146 0.121 0.089 0.056 155 F 0.005 0.011 0.019 0.043 0.048 0.059 0.148 0.164 0.191 0.181 0.133 156 L 0.002 0.003 0.009 0.013 0.020 0.031 0.088 0.129 0.231 0.245 0.228 157 S 0.029 0.030 0.104 0.115 0.131 0.131 0.186 0.101 0.088 0.055 0.029 158 Q 0.070 0.077 0.155 0.234 0.152 0.107 0.103 0.052 0.028 0.016 0.006 159 L 0.010 0.014 0.010 0.018 0.027 0.064 0.181 0.205 0.204 0.154 0.115 160 S 0.076 0.324 0.081 0.153 0.105 0.090 0.074 0.051 0.029 0.012 0.006 161 Q 0.097 0.091 0.084 0.202 0.203 0.162 0.103 0.030 0.017 0.008 0.003 162 E 0.593 0.089 0.159 0.091 0.039 0.017 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 163 Q 0.022 0.052 0.034 0.178 0.152 0.164 0.232 0.102 0.043 0.016 0.005 164 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.006 0.036 0.086 0.197 0.318 0.353 165 Q 0.008 0.037 0.216 0.257 0.230 0.139 0.080 0.019 0.007 0.005 0.002 166 K 0.025 0.049 0.537 0.190 0.092 0.061 0.027 0.011 0.005 0.003 0.001 167 T 0.004 0.003 0.011 0.015 0.021 0.050 0.207 0.168 0.203 0.182 0.135 168 M 0.047 0.043 0.027 0.068 0.075 0.110 0.202 0.182 0.126 0.081 0.040 169 F 0.015 0.025 0.077 0.060 0.068 0.081 0.120 0.137 0.156 0.146 0.115 170 P 0.113 0.177 0.122 0.197 0.129 0.098 0.083 0.041 0.020 0.011 0.008 171 L 0.062 0.043 0.015 0.056 0.061 0.075 0.135 0.125 0.160 0.147 0.122 172 G 0.385 0.185 0.049 0.122 0.084 0.054 0.048 0.025 0.024 0.014 0.009 173 H 0.280 0.161 0.046 0.196 0.123 0.073 0.059 0.028 0.019 0.010 0.005 174 L 0.177 0.081 0.035 0.062 0.066 0.088 0.126 0.116 0.110 0.081 0.058 175 E 0.099 0.350 0.071 0.187 0.107 0.072 0.052 0.031 0.018 0.008 0.005 176 K 0.046 0.056 0.038 0.094 0.110 0.153 0.209 0.114 0.087 0.056 0.036 177 P 0.476 0.124 0.128 0.146 0.067 0.030 0.016 0.007 0.004 0.002 0.001 178 E 0.077 0.121 0.067 0.264 0.188 0.141 0.096 0.031 0.010 0.003 0.001 179 V 0.001 0.002 0.006 0.004 0.005 0.011 0.046 0.093 0.238 0.306 0.288 180 R 0.007 0.015 0.052 0.101 0.186 0.240 0.249 0.078 0.040 0.022 0.009 181 R 0.020 0.039 0.629 0.177 0.068 0.036 0.018 0.007 0.004 0.002 0.001 182 L 0.002 0.005 0.029 0.042 0.054 0.115 0.325 0.196 0.115 0.076 0.041 183 A 0.003 0.003 0.012 0.006 0.009 0.023 0.103 0.163 0.254 0.254 0.172