# TARGET T0316 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23.7232 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.100 0.016 0.010 0.024 0.057 0.074 0.047 0.004 0.001 0.004 0.663 2 S 0.038 0.005 0.005 0.022 0.066 0.080 0.082 0.002 0.001 0.004 0.696 3 D 0.038 0.003 0.002 0.016 0.040 0.047 0.131 0.001 0.001 0.005 0.717 4 N 0.041 0.004 0.001 0.012 0.021 0.025 0.143 0.001 0.001 0.008 0.743 5 S 0.096 0.005 0.001 0.006 0.013 0.013 0.333 0.001 0.001 0.028 0.504 6 K 0.314 0.005 0.003 0.010 0.010 0.010 0.211 0.001 0.001 0.058 0.377 7 T 0.319 0.005 0.022 0.045 0.052 0.042 0.204 0.001 0.001 0.051 0.259 8 R 0.025 0.001 0.029 0.249 0.258 0.211 0.109 0.001 0.001 0.009 0.109 9 V 0.001 0.001 0.002 0.285 0.315 0.370 0.010 0.001 0.001 0.001 0.017 10 V 0.001 0.001 0.001 0.420 0.254 0.323 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 11 V 0.001 0.001 0.001 0.513 0.202 0.277 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 12 G 0.001 0.001 0.001 0.745 0.094 0.158 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 13 M 0.001 0.001 0.001 0.750 0.093 0.137 0.006 0.001 0.001 0.001 0.013 14 S 0.001 0.001 0.001 0.498 0.129 0.248 0.032 0.001 0.001 0.002 0.090 15 G 0.003 0.001 0.001 0.147 0.043 0.135 0.166 0.001 0.001 0.009 0.494 16 G 0.040 0.002 0.003 0.048 0.018 0.028 0.273 0.001 0.001 0.030 0.557 17 V 0.080 0.010 0.048 0.027 0.008 0.016 0.310 0.001 0.001 0.014 0.486 18 D 0.013 0.020 0.003 0.025 0.007 0.017 0.207 0.001 0.001 0.002 0.704 19 S 0.040 0.037 0.001 0.009 0.004 0.005 0.088 0.001 0.001 0.004 0.812 20 S 0.017 0.115 0.001 0.001 0.001 0.001 0.157 0.001 0.001 0.002 0.706 21 V 0.006 0.309 0.001 0.001 0.001 0.001 0.220 0.002 0.001 0.003 0.458 22 T 0.003 0.895 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.001 0.001 0.002 0.054 23 A 0.001 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.005 24 L 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 25 L 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 L 0.003 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 K 0.004 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.003 28 E 0.050 0.928 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.010 29 Q 0.052 0.743 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.164 0.001 0.001 0.034 30 G 0.532 0.130 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.230 0.001 0.001 0.088 31 Y 0.010 0.007 0.937 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 32 D 0.006 0.013 0.017 0.234 0.052 0.041 0.081 0.006 0.001 0.001 0.552 33 V 0.041 0.009 0.013 0.173 0.012 0.021 0.020 0.001 0.001 0.002 0.709 34 I 0.004 0.019 0.001 0.626 0.093 0.164 0.038 0.001 0.001 0.001 0.054 35 G 0.017 0.024 0.001 0.264 0.053 0.104 0.078 0.001 0.001 0.005 0.454 36 I 0.027 0.034 0.001 0.554 0.123 0.163 0.016 0.001 0.001 0.002 0.078 37 F 0.010 0.041 0.002 0.260 0.176 0.316 0.036 0.002 0.001 0.003 0.155 38 M 0.013 0.034 0.002 0.170 0.228 0.358 0.025 0.003 0.001 0.003 0.163 39 K 0.022 0.036 0.004 0.104 0.163 0.405 0.047 0.006 0.001 0.004 0.209 40 N 0.081 0.040 0.010 0.049 0.105 0.158 0.072 0.015 0.001 0.008 0.463 41 W 0.079 0.023 0.034 0.047 0.102 0.150 0.085 0.006 0.001 0.010 0.464 42 D 0.026 0.006 0.007 0.023 0.091 0.109 0.135 0.003 0.001 0.005 0.594 43 D 0.042 0.003 0.005 0.015 0.046 0.047 0.084 0.001 0.001 0.006 0.750 44 T 0.059 0.006 0.002 0.017 0.046 0.055 0.274 0.001 0.001 0.012 0.527 45 D 0.112 0.011 0.002 0.012 0.025 0.024 0.384 0.001 0.001 0.031 0.398 46 E 0.188 0.026 0.003 0.010 0.011 0.014 0.358 0.002 0.001 0.044 0.345 47 N 0.241 0.030 0.006 0.012 0.011 0.014 0.355 0.003 0.001 0.059 0.269 48 G 0.247 0.025 0.013 0.016 0.021 0.020 0.341 0.003 0.001 0.048 0.267 49 V 0.095 0.024 0.050 0.023 0.037 0.063 0.252 0.001 0.001 0.017 0.438 50 C 0.014 0.017 0.005 0.046 0.089 0.195 0.189 0.001 0.001 0.003 0.441 51 T 0.020 0.014 0.002 0.035 0.096 0.190 0.079 0.001 0.001 0.003 0.561 52 A 0.040 0.036 0.002 0.028 0.073 0.161 0.123 0.001 0.001 0.005 0.531 53 T 0.075 0.062 0.002 0.030 0.033 0.071 0.195 0.004 0.001 0.009 0.519 54 E 0.069 0.067 0.004 0.021 0.012 0.018 0.162 0.003 0.001 0.010 0.634 55 D 0.086 0.079 0.004 0.008 0.006 0.010 0.432 0.004 0.001 0.014 0.357 56 Y 0.139 0.230 0.012 0.014 0.005 0.009 0.154 0.007 0.001 0.014 0.418 57 K 0.024 0.466 0.003 0.006 0.003 0.005 0.129 0.002 0.001 0.004 0.357 58 D 0.052 0.434 0.001 0.001 0.001 0.002 0.114 0.007 0.001 0.002 0.387 59 V 0.023 0.933 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.033 60 V 0.008 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.016 61 A 0.005 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.024 62 V 0.005 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.013 63 A 0.011 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 64 D 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 65 Q 0.047 0.906 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 0.019 66 I 0.131 0.806 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.001 0.001 0.010 67 G 0.309 0.124 0.041 0.002 0.002 0.002 0.007 0.399 0.001 0.003 0.113 68 I 0.015 0.004 0.950 0.003 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.022 69 P 0.001 0.001 0.003 0.011 0.002 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.976 70 Y 0.014 0.001 0.008 0.186 0.018 0.034 0.058 0.001 0.001 0.003 0.678 71 Y 0.057 0.002 0.001 0.485 0.042 0.059 0.087 0.001 0.001 0.005 0.262 72 S 0.042 0.006 0.001 0.398 0.022 0.038 0.058 0.001 0.001 0.003 0.430 73 V 0.012 0.005 0.001 0.692 0.030 0.063 0.058 0.001 0.001 0.002 0.137 74 N 0.029 0.008 0.001 0.260 0.024 0.046 0.238 0.001 0.001 0.005 0.389 75 F 0.014 0.009 0.003 0.060 0.010 0.019 0.064 0.001 0.001 0.003 0.817 76 E 0.015 0.021 0.001 0.040 0.020 0.065 0.359 0.001 0.001 0.007 0.469 77 K 0.089 0.067 0.001 0.010 0.006 0.017 0.203 0.002 0.001 0.012 0.593 78 E 0.137 0.407 0.001 0.003 0.004 0.003 0.035 0.002 0.001 0.001 0.406 79 Y 0.110 0.677 0.002 0.002 0.005 0.007 0.033 0.003 0.001 0.003 0.156 80 W 0.052 0.808 0.006 0.002 0.004 0.013 0.012 0.003 0.001 0.001 0.099 81 D 0.030 0.803 0.002 0.002 0.003 0.008 0.007 0.007 0.001 0.001 0.138 82 R 0.102 0.750 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.012 0.001 0.001 0.125 83 V 0.113 0.758 0.012 0.002 0.002 0.003 0.008 0.009 0.001 0.001 0.093 84 F 0.032 0.820 0.021 0.010 0.006 0.017 0.012 0.005 0.001 0.001 0.075 85 E 0.022 0.730 0.002 0.011 0.003 0.018 0.013 0.006 0.001 0.001 0.193 86 Y 0.041 0.602 0.002 0.002 0.001 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.342 87 F 0.051 0.816 0.002 0.002 0.001 0.003 0.013 0.004 0.001 0.001 0.107 88 L 0.016 0.815 0.003 0.003 0.002 0.007 0.026 0.004 0.001 0.001 0.125 89 A 0.009 0.875 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.105 90 E 0.032 0.922 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.038 91 Y 0.027 0.933 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.029 92 R 0.067 0.862 0.021 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.042 93 A 0.046 0.766 0.009 0.002 0.008 0.009 0.010 0.059 0.001 0.001 0.090 94 G 0.412 0.127 0.005 0.005 0.005 0.002 0.006 0.216 0.001 0.003 0.221 95 R 0.133 0.020 0.765 0.003 0.001 0.001 0.007 0.005 0.001 0.003 0.062 96 T 0.030 0.007 0.042 0.111 0.052 0.040 0.156 0.026 0.001 0.002 0.534 97 P 0.001 0.001 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 98 N 0.013 0.001 0.001 0.132 0.023 0.046 0.439 0.001 0.001 0.005 0.341 99 P 0.035 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.003 0.939 100 D 0.032 0.001 0.001 0.149 0.012 0.015 0.270 0.001 0.001 0.004 0.517 101 V 0.208 0.002 0.001 0.097 0.011 0.019 0.102 0.001 0.001 0.016 0.544 102 M 0.047 0.025 0.001 0.301 0.041 0.071 0.211 0.001 0.001 0.005 0.298 103 C 0.079 0.037 0.002 0.091 0.038 0.090 0.204 0.001 0.001 0.009 0.449 104 N 0.067 0.140 0.002 0.102 0.029 0.081 0.097 0.002 0.001 0.006 0.474 105 K 0.050 0.118 0.002 0.016 0.020 0.023 0.112 0.002 0.001 0.005 0.650 106 E 0.098 0.217 0.005 0.014 0.010 0.029 0.235 0.004 0.001 0.012 0.376 107 I 0.092 0.422 0.008 0.016 0.018 0.021 0.078 0.006 0.001 0.004 0.335 108 K 0.056 0.644 0.008 0.008 0.008 0.015 0.076 0.002 0.001 0.003 0.181 109 F 0.022 0.746 0.004 0.004 0.004 0.013 0.020 0.003 0.001 0.001 0.184 110 K 0.019 0.791 0.001 0.002 0.002 0.002 0.009 0.003 0.001 0.001 0.170 111 A 0.024 0.770 0.002 0.001 0.001 0.001 0.047 0.003 0.001 0.001 0.150 112 F 0.011 0.927 0.003 0.001 0.001 0.002 0.007 0.007 0.001 0.001 0.042 113 L 0.009 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.016 114 D 0.004 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.029 115 Y 0.006 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.029 116 A 0.010 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 117 I 0.005 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.004 118 T 0.033 0.948 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.011 119 L 0.122 0.681 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.155 0.001 0.001 0.032 120 G 0.542 0.083 0.037 0.002 0.003 0.001 0.010 0.200 0.001 0.005 0.116 121 A 0.004 0.002 0.939 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.045 122 D 0.006 0.005 0.006 0.261 0.063 0.056 0.074 0.004 0.001 0.001 0.526 123 Y 0.070 0.004 0.007 0.523 0.029 0.031 0.040 0.001 0.001 0.005 0.290 124 V 0.011 0.015 0.001 0.498 0.055 0.115 0.104 0.001 0.001 0.002 0.198 125 A 0.006 0.005 0.001 0.743 0.067 0.081 0.033 0.001 0.001 0.002 0.062 126 T 0.011 0.019 0.001 0.365 0.047 0.100 0.109 0.001 0.001 0.004 0.345 127 G 0.060 0.017 0.003 0.308 0.124 0.145 0.054 0.002 0.001 0.017 0.270 128 H 0.041 0.032 0.008 0.132 0.081 0.156 0.272 0.001 0.001 0.017 0.259 129 Y 0.032 0.022 0.006 0.103 0.118 0.223 0.103 0.003 0.001 0.012 0.379 130 A 0.038 0.054 0.008 0.130 0.200 0.340 0.056 0.002 0.001 0.007 0.166 131 R 0.026 0.061 0.003 0.076 0.189 0.283 0.053 0.004 0.001 0.005 0.300 132 V 0.061 0.055 0.011 0.045 0.178 0.254 0.033 0.005 0.001 0.004 0.354 133 A 0.030 0.025 0.005 0.048 0.253 0.334 0.031 0.005 0.001 0.003 0.266 134 R 0.027 0.011 0.004 0.030 0.183 0.304 0.051 0.004 0.001 0.004 0.381 135 D 0.034 0.014 0.004 0.046 0.203 0.218 0.123 0.004 0.001 0.006 0.349 136 E 0.031 0.009 0.002 0.015 0.030 0.036 0.142 0.002 0.001 0.008 0.725 137 D 0.083 0.008 0.002 0.008 0.011 0.016 0.340 0.002 0.001 0.036 0.495 138 G 0.423 0.009 0.007 0.008 0.010 0.009 0.244 0.002 0.001 0.080 0.208 139 T 0.239 0.018 0.031 0.021 0.019 0.019 0.342 0.001 0.001 0.032 0.278 140 V 0.021 0.011 0.018 0.077 0.144 0.172 0.189 0.001 0.001 0.007 0.361 141 H 0.004 0.006 0.001 0.104 0.221 0.496 0.069 0.001 0.001 0.002 0.097 142 M 0.003 0.011 0.001 0.061 0.259 0.533 0.021 0.001 0.001 0.001 0.111 143 L 0.002 0.013 0.001 0.074 0.263 0.592 0.012 0.001 0.001 0.001 0.043 144 R 0.016 0.022 0.001 0.068 0.214 0.348 0.045 0.003 0.001 0.003 0.280 145 G 0.041 0.017 0.005 0.128 0.192 0.265 0.036 0.005 0.001 0.006 0.305 146 V 0.016 0.011 0.005 0.128 0.154 0.280 0.110 0.005 0.001 0.006 0.286 147 D 0.043 0.010 0.004 0.051 0.091 0.110 0.218 0.005 0.001 0.009 0.458 148 N 0.044 0.008 0.006 0.015 0.012 0.017 0.089 0.001 0.001 0.008 0.800 149 G 0.062 0.005 0.002 0.007 0.008 0.011 0.546 0.002 0.001 0.031 0.325 150 K 0.427 0.010 0.011 0.008 0.005 0.006 0.259 0.001 0.001 0.057 0.216 151 D 0.097 0.058 0.009 0.019 0.015 0.019 0.263 0.002 0.001 0.015 0.503 152 Q 0.070 0.052 0.008 0.036 0.059 0.077 0.203 0.002 0.001 0.021 0.472 153 T 0.103 0.085 0.006 0.049 0.100 0.182 0.156 0.002 0.001 0.013 0.304 154 Y 0.029 0.070 0.004 0.066 0.219 0.268 0.074 0.002 0.001 0.004 0.263 155 F 0.021 0.097 0.004 0.061 0.191 0.349 0.062 0.002 0.001 0.004 0.210 156 L 0.016 0.098 0.004 0.127 0.193 0.409 0.035 0.002 0.001 0.003 0.112 157 S 0.022 0.179 0.003 0.206 0.088 0.222 0.067 0.009 0.001 0.003 0.199 158 Q 0.147 0.138 0.010 0.078 0.025 0.046 0.066 0.022 0.001 0.008 0.459 159 L 0.164 0.157 0.044 0.092 0.046 0.080 0.185 0.014 0.001 0.015 0.203 160 S 0.045 0.072 0.012 0.026 0.015 0.024 0.329 0.008 0.001 0.005 0.465 161 Q 0.007 0.048 0.005 0.008 0.004 0.004 0.052 0.001 0.001 0.002 0.869 162 E 0.012 0.083 0.001 0.001 0.002 0.004 0.380 0.001 0.001 0.009 0.507 163 Q 0.089 0.174 0.001 0.003 0.006 0.010 0.549 0.006 0.001 0.014 0.147 164 L 0.067 0.855 0.001 0.003 0.002 0.003 0.006 0.003 0.001 0.001 0.060 165 Q 0.027 0.923 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.040 166 K 0.086 0.746 0.001 0.001 0.003 0.005 0.002 0.036 0.001 0.001 0.118 167 T 0.297 0.495 0.003 0.004 0.003 0.002 0.001 0.124 0.001 0.001 0.071 168 M 0.250 0.460 0.099 0.007 0.006 0.007 0.008 0.049 0.001 0.001 0.114 169 F 0.063 0.159 0.066 0.064 0.060 0.109 0.051 0.020 0.001 0.001 0.407 170 P 0.003 0.002 0.002 0.007 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.977 171 L 0.034 0.011 0.002 0.072 0.030 0.086 0.120 0.001 0.001 0.003 0.640 172 G 0.282 0.019 0.002 0.048 0.016 0.021 0.070 0.002 0.001 0.007 0.532 173 H 0.266 0.035 0.003 0.037 0.012 0.012 0.078 0.002 0.001 0.004 0.550 174 L 0.126 0.017 0.010 0.066 0.021 0.042 0.076 0.001 0.001 0.005 0.637 175 E 0.066 0.014 0.004 0.065 0.025 0.066 0.131 0.002 0.001 0.004 0.623 176 K 0.062 0.010 0.007 0.025 0.009 0.035 0.075 0.001 0.001 0.003 0.774 177 P 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.985 178 E 0.013 0.007 0.001 0.015 0.009 0.017 0.256 0.001 0.001 0.002 0.681 179 V 0.144 0.114 0.001 0.011 0.006 0.016 0.104 0.001 0.001 0.004 0.598 180 R 0.051 0.691 0.001 0.014 0.013 0.022 0.039 0.001 0.001 0.002 0.166 181 R 0.095 0.634 0.001 0.002 0.002 0.009 0.031 0.001 0.001 0.002 0.222 182 L 0.115 0.752 0.001 0.003 0.007 0.007 0.004 0.010 0.001 0.001 0.100 183 A 0.103 0.787 0.009 0.002 0.003 0.004 0.004 0.006 0.001 0.001 0.081