# TARGET T0316 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1900 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.042 0.015 0.027 0.017 0.224 0.675 2 S 0.069 0.018 0.080 0.041 0.322 0.470 3 D 0.028 0.019 0.184 0.051 0.375 0.343 4 N 0.021 0.029 0.139 0.028 0.584 0.200 5 S 0.022 0.009 0.118 0.014 0.647 0.190 6 K 0.028 0.003 0.061 0.008 0.678 0.221 7 T 0.137 0.008 0.019 0.003 0.538 0.295 8 R 0.792 0.007 0.001 0.001 0.065 0.134 9 V 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 10 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 G 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 13 M 0.936 0.001 0.001 0.001 0.009 0.053 14 S 0.644 0.004 0.001 0.001 0.082 0.268 15 G 0.166 0.012 0.003 0.004 0.232 0.583 16 G 0.039 0.010 0.007 0.010 0.463 0.471 17 V 0.015 0.032 0.016 0.176 0.381 0.380 18 D 0.005 0.012 0.017 0.341 0.220 0.405 19 S 0.001 0.001 0.005 0.960 0.018 0.015 20 S 0.001 0.001 0.003 0.984 0.006 0.006 21 V 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 22 T 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.001 23 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 24 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 25 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 26 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 27 K 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 28 E 0.001 0.001 0.002 0.992 0.004 0.001 29 Q 0.001 0.001 0.002 0.957 0.013 0.027 30 G 0.001 0.001 0.001 0.013 0.063 0.922 31 Y 0.008 0.003 0.006 0.003 0.122 0.858 32 D 0.248 0.010 0.010 0.002 0.153 0.576 33 V 0.807 0.008 0.008 0.003 0.048 0.126 34 I 0.923 0.002 0.002 0.002 0.018 0.053 35 G 0.975 0.001 0.001 0.001 0.006 0.016 36 I 0.960 0.001 0.001 0.004 0.007 0.027 37 F 0.911 0.002 0.001 0.007 0.014 0.064 38 M 0.788 0.003 0.005 0.007 0.033 0.166 39 K 0.779 0.003 0.011 0.008 0.056 0.143 40 N 0.667 0.007 0.021 0.023 0.113 0.168 41 W 0.518 0.016 0.023 0.033 0.194 0.215 42 D 0.422 0.013 0.025 0.046 0.287 0.208 43 D 0.259 0.040 0.045 0.108 0.337 0.211 44 T 0.133 0.026 0.052 0.057 0.528 0.203 45 D 0.070 0.021 0.155 0.050 0.520 0.184 46 E 0.048 0.015 0.177 0.050 0.515 0.196 47 N 0.030 0.011 0.120 0.041 0.579 0.219 48 G 0.035 0.008 0.016 0.004 0.467 0.470 49 V 0.141 0.080 0.017 0.010 0.314 0.437 50 C 0.132 0.096 0.015 0.014 0.289 0.454 51 T 0.088 0.037 0.023 0.019 0.385 0.448 52 A 0.037 0.009 0.039 0.037 0.422 0.457 53 T 0.025 0.010 0.098 0.088 0.407 0.372 54 E 0.027 0.027 0.097 0.259 0.332 0.257 55 D 0.021 0.013 0.034 0.285 0.152 0.494 56 Y 0.001 0.001 0.011 0.976 0.006 0.006 57 K 0.001 0.001 0.007 0.985 0.004 0.003 58 D 0.001 0.001 0.005 0.989 0.003 0.002 59 V 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.002 60 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 61 A 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 62 V 0.001 0.001 0.002 0.996 0.002 0.001 63 A 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 64 D 0.001 0.001 0.010 0.985 0.003 0.002 65 Q 0.001 0.001 0.018 0.966 0.005 0.010 66 I 0.001 0.001 0.024 0.850 0.015 0.109 67 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.988 68 I 0.031 0.001 0.001 0.001 0.026 0.941 69 P 0.268 0.001 0.001 0.001 0.041 0.690 70 Y 0.869 0.004 0.001 0.001 0.015 0.110 71 Y 0.955 0.002 0.001 0.001 0.007 0.035 72 S 0.973 0.001 0.001 0.001 0.004 0.023 73 V 0.823 0.004 0.001 0.001 0.012 0.160 74 N 0.211 0.004 0.001 0.002 0.042 0.741 75 F 0.022 0.001 0.043 0.725 0.086 0.124 76 E 0.012 0.001 0.087 0.765 0.096 0.039 77 K 0.009 0.001 0.116 0.741 0.115 0.016 78 E 0.013 0.003 0.064 0.786 0.091 0.043 79 Y 0.007 0.004 0.036 0.888 0.042 0.024 80 W 0.005 0.001 0.022 0.920 0.030 0.021 81 D 0.005 0.001 0.025 0.879 0.042 0.049 82 R 0.006 0.001 0.024 0.903 0.036 0.030 83 V 0.014 0.004 0.019 0.880 0.047 0.037 84 F 0.014 0.002 0.018 0.882 0.035 0.049 85 E 0.014 0.001 0.032 0.860 0.035 0.057 86 Y 0.017 0.002 0.041 0.855 0.031 0.054 87 F 0.022 0.005 0.022 0.836 0.030 0.085 88 L 0.006 0.001 0.013 0.936 0.014 0.031 89 A 0.004 0.001 0.034 0.941 0.012 0.009 90 E 0.002 0.001 0.021 0.960 0.012 0.004 91 Y 0.002 0.001 0.025 0.948 0.021 0.004 92 R 0.003 0.002 0.016 0.926 0.037 0.016 93 A 0.002 0.001 0.018 0.871 0.056 0.053 94 G 0.005 0.004 0.018 0.131 0.215 0.628 95 R 0.005 0.004 0.002 0.002 0.080 0.908 96 T 0.025 0.024 0.003 0.004 0.145 0.799 97 P 0.018 0.023 0.005 0.007 0.211 0.736 98 N 0.014 0.017 0.016 0.018 0.349 0.586 99 P 0.029 0.012 0.055 0.070 0.403 0.431 100 D 0.040 0.014 0.128 0.138 0.368 0.313 101 V 0.044 0.025 0.131 0.278 0.315 0.208 102 M 0.048 0.030 0.080 0.210 0.322 0.310 103 C 0.042 0.021 0.073 0.301 0.280 0.284 104 N 0.025 0.010 0.061 0.424 0.261 0.220 105 K 0.017 0.003 0.073 0.610 0.179 0.118 106 E 0.029 0.004 0.066 0.683 0.128 0.089 107 I 0.041 0.009 0.032 0.772 0.075 0.070 108 K 0.040 0.008 0.023 0.744 0.042 0.144 109 F 0.012 0.001 0.017 0.902 0.018 0.050 110 K 0.007 0.001 0.019 0.926 0.021 0.027 111 A 0.002 0.001 0.018 0.967 0.007 0.005 112 F 0.001 0.001 0.007 0.985 0.003 0.003 113 L 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.002 114 D 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 115 Y 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 116 A 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 117 I 0.001 0.001 0.004 0.993 0.002 0.001 118 T 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.002 119 L 0.001 0.001 0.003 0.963 0.005 0.030 120 G 0.001 0.001 0.001 0.010 0.019 0.970 121 A 0.013 0.006 0.006 0.033 0.205 0.737 122 D 0.092 0.003 0.009 0.016 0.275 0.605 123 Y 0.805 0.012 0.008 0.022 0.065 0.088 124 V 0.946 0.005 0.002 0.015 0.016 0.017 125 A 0.942 0.003 0.002 0.018 0.013 0.021 126 T 0.700 0.007 0.005 0.067 0.058 0.163 127 G 0.262 0.004 0.024 0.028 0.178 0.504 128 H 0.245 0.018 0.053 0.044 0.239 0.401 129 Y 0.190 0.039 0.069 0.026 0.470 0.207 130 A 0.065 0.008 0.099 0.084 0.577 0.166 131 R 0.037 0.006 0.080 0.076 0.584 0.217 132 V 0.073 0.021 0.107 0.081 0.563 0.155 133 A 0.155 0.041 0.058 0.089 0.378 0.279 134 R 0.269 0.077 0.072 0.079 0.300 0.204 135 D 0.277 0.043 0.056 0.053 0.345 0.226 136 E 0.254 0.018 0.055 0.072 0.390 0.211 137 D 0.131 0.008 0.036 0.066 0.500 0.258 138 G 0.161 0.011 0.029 0.087 0.448 0.265 139 T 0.350 0.045 0.023 0.115 0.248 0.220 140 V 0.439 0.026 0.044 0.150 0.165 0.177 141 H 0.335 0.037 0.082 0.206 0.165 0.175 142 M 0.336 0.031 0.128 0.153 0.178 0.175 143 L 0.231 0.027 0.088 0.139 0.261 0.254 144 R 0.152 0.018 0.076 0.112 0.359 0.282 145 G 0.105 0.021 0.044 0.061 0.458 0.310 146 V 0.074 0.030 0.074 0.131 0.427 0.264 147 D 0.049 0.022 0.063 0.108 0.497 0.260 148 N 0.022 0.010 0.065 0.221 0.477 0.205 149 G 0.018 0.009 0.130 0.276 0.337 0.231 150 K 0.034 0.017 0.138 0.441 0.237 0.133 151 D 0.056 0.012 0.151 0.387 0.251 0.142 152 Q 0.073 0.012 0.124 0.483 0.155 0.154 153 T 0.105 0.017 0.135 0.476 0.162 0.105 154 Y 0.102 0.011 0.140 0.450 0.181 0.115 155 F 0.088 0.011 0.107 0.414 0.202 0.178 156 L 0.120 0.021 0.167 0.304 0.237 0.151 157 S 0.126 0.011 0.171 0.233 0.249 0.210 158 Q 0.104 0.013 0.167 0.170 0.284 0.263 159 L 0.076 0.042 0.032 0.092 0.272 0.487 160 S 0.046 0.017 0.012 0.078 0.228 0.619 161 Q 0.003 0.001 0.151 0.751 0.064 0.030 162 E 0.007 0.001 0.153 0.760 0.067 0.012 163 Q 0.019 0.003 0.169 0.684 0.108 0.017 164 L 0.051 0.005 0.047 0.709 0.090 0.099 165 Q 0.153 0.010 0.044 0.560 0.095 0.137 166 K 0.307 0.005 0.033 0.417 0.099 0.139 167 T 0.462 0.009 0.015 0.333 0.049 0.133 168 M 0.443 0.033 0.010 0.329 0.043 0.142 169 F 0.373 0.014 0.018 0.141 0.112 0.341 170 P 0.191 0.012 0.041 0.134 0.207 0.415 171 L 0.112 0.022 0.175 0.080 0.415 0.196 172 G 0.072 0.011 0.185 0.037 0.466 0.229 173 H 0.036 0.009 0.192 0.030 0.467 0.265 174 L 0.036 0.048 0.025 0.033 0.341 0.517 175 E 0.015 0.015 0.004 0.039 0.060 0.867 176 K 0.001 0.001 0.015 0.976 0.004 0.004 177 P 0.001 0.001 0.013 0.983 0.003 0.001 178 E 0.001 0.001 0.014 0.982 0.003 0.001 179 V 0.002 0.001 0.009 0.983 0.004 0.002 180 R 0.002 0.001 0.019 0.966 0.009 0.004 181 R 0.004 0.001 0.016 0.940 0.023 0.015 182 L 0.006 0.002 0.012 0.845 0.044 0.090 183 A 0.007 0.006 0.010 0.335 0.105 0.539