# TARGET T0316 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 22.7135 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.091 0.029 0.005 0.044 0.045 0.067 0.132 0.008 0.002 0.051 0.527 2 G 0.045 0.023 0.002 0.040 0.055 0.129 0.114 0.008 0.001 0.041 0.541 3 H 0.075 0.011 0.001 0.032 0.062 0.084 0.100 0.003 0.001 0.045 0.588 4 L 0.014 0.020 0.001 0.048 0.067 0.065 0.126 0.002 0.001 0.034 0.622 5 E 0.013 0.162 0.001 0.015 0.025 0.026 0.086 0.004 0.001 0.045 0.622 6 K 0.024 0.688 0.001 0.006 0.014 0.009 0.031 0.010 0.001 0.036 0.180 7 P 0.014 0.904 0.001 0.006 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.020 0.043 8 E 0.002 0.883 0.001 0.008 0.004 0.004 0.006 0.001 0.001 0.063 0.028 9 V 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 10 R 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 11 R 0.002 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.005 12 L 0.004 0.951 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.027 0.008 13 A 0.005 0.012 0.567 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.362 0.042 0.005 14 E 0.829 0.029 0.002 0.001 0.001 0.001 0.015 0.011 0.003 0.025 0.085 15 E 0.025 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 0.017 0.919 16 A 0.019 0.011 0.004 0.008 0.001 0.001 0.095 0.001 0.001 0.021 0.839 17 G 0.008 0.016 0.001 0.010 0.008 0.020 0.104 0.006 0.001 0.042 0.785 18 L 0.092 0.025 0.001 0.009 0.010 0.012 0.116 0.008 0.001 0.034 0.693 19 S 0.083 0.124 0.001 0.111 0.024 0.052 0.097 0.010 0.001 0.056 0.441 20 T 0.136 0.035 0.001 0.039 0.018 0.049 0.097 0.003 0.001 0.049 0.573 21 A 0.012 0.016 0.002 0.177 0.054 0.083 0.123 0.005 0.001 0.024 0.504 22 K 0.034 0.017 0.003 0.115 0.031 0.053 0.097 0.004 0.002 0.040 0.605 23 K 0.108 0.008 0.006 0.094 0.062 0.052 0.089 0.005 0.003 0.103 0.469 24 K 0.021 0.001 0.003 0.040 0.013 0.031 0.109 0.001 0.002 0.035 0.742 25 D 0.097 0.003 0.002 0.029 0.033 0.064 0.113 0.005 0.002 0.071 0.580 26 S 0.099 0.005 0.001 0.033 0.012 0.019 0.141 0.003 0.001 0.092 0.594 27 T 0.006 0.002 0.001 0.037 0.036 0.081 0.166 0.003 0.001 0.069 0.599 28 G 0.002 0.002 0.001 0.083 0.096 0.268 0.082 0.001 0.001 0.094 0.371 29 I 0.003 0.002 0.001 0.154 0.192 0.246 0.055 0.001 0.001 0.065 0.283 30 C 0.001 0.001 0.001 0.200 0.254 0.333 0.032 0.001 0.001 0.045 0.133 31 F 0.007 0.002 0.001 0.143 0.223 0.360 0.032 0.001 0.001 0.068 0.163 32 I 0.066 0.009 0.002 0.164 0.096 0.181 0.092 0.006 0.003 0.076 0.305 33 G 0.342 0.094 0.002 0.022 0.015 0.020 0.071 0.011 0.003 0.050 0.370 34 E 0.163 0.066 0.002 0.008 0.007 0.012 0.074 0.004 0.001 0.023 0.639 35 K 0.008 0.035 0.001 0.014 0.018 0.025 0.100 0.003 0.001 0.034 0.761 36 N 0.017 0.722 0.002 0.006 0.017 0.012 0.032 0.004 0.001 0.047 0.139 37 F 0.028 0.913 0.002 0.001 0.002 0.001 0.004 0.010 0.001 0.003 0.035 38 K 0.059 0.463 0.002 0.004 0.011 0.015 0.018 0.006 0.001 0.279 0.143 39 N 0.016 0.588 0.013 0.004 0.004 0.007 0.021 0.003 0.005 0.244 0.096 40 F 0.189 0.500 0.049 0.004 0.005 0.009 0.033 0.049 0.015 0.066 0.081 41 L 0.238 0.265 0.074 0.011 0.011 0.017 0.031 0.055 0.049 0.040 0.209 42 S 0.168 0.017 0.001 0.003 0.005 0.009 0.085 0.002 0.001 0.015 0.694 43 N 0.017 0.010 0.001 0.018 0.007 0.023 0.109 0.005 0.001 0.032 0.776 44 Y 0.031 0.015 0.004 0.021 0.005 0.014 0.170 0.003 0.001 0.037 0.698 45 L 0.055 0.002 0.002 0.027 0.047 0.065 0.123 0.004 0.001 0.067 0.607 46 P 0.012 0.001 0.002 0.024 0.014 0.029 0.121 0.001 0.001 0.036 0.761 47 A 0.069 0.001 0.003 0.025 0.024 0.042 0.129 0.006 0.002 0.056 0.644 48 Q 0.290 0.003 0.001 0.023 0.009 0.013 0.133 0.007 0.001 0.099 0.421 49 P 0.011 0.001 0.001 0.022 0.009 0.035 0.153 0.003 0.001 0.055 0.709 50 G 0.003 0.002 0.001 0.044 0.040 0.193 0.098 0.002 0.001 0.064 0.555 51 R 0.002 0.001 0.001 0.086 0.249 0.358 0.038 0.001 0.001 0.052 0.212 52 M 0.001 0.001 0.001 0.052 0.262 0.387 0.030 0.001 0.001 0.041 0.227 53 M 0.001 0.001 0.001 0.060 0.317 0.397 0.031 0.001 0.001 0.028 0.166 54 T 0.330 0.002 0.003 0.029 0.098 0.131 0.043 0.006 0.005 0.085 0.268 55 V 0.441 0.001 0.001 0.011 0.010 0.012 0.053 0.005 0.001 0.091 0.373 56 D 0.004 0.001 0.001 0.006 0.006 0.021 0.079 0.001 0.001 0.016 0.866 57 G 0.007 0.001 0.001 0.037 0.042 0.115 0.117 0.001 0.001 0.036 0.642 58 R 0.003 0.002 0.001 0.022 0.354 0.227 0.055 0.001 0.001 0.048 0.286 59 D 0.007 0.003 0.001 0.046 0.232 0.306 0.041 0.001 0.001 0.071 0.293 60 M 0.005 0.005 0.001 0.064 0.210 0.269 0.069 0.001 0.001 0.048 0.327 61 G 0.014 0.002 0.003 0.066 0.220 0.345 0.061 0.001 0.002 0.062 0.225 62 E 0.093 0.006 0.001 0.050 0.121 0.222 0.077 0.006 0.001 0.129 0.294 63 H 0.167 0.007 0.002 0.045 0.063 0.126 0.111 0.004 0.002 0.070 0.403 64 A 0.016 0.002 0.002 0.037 0.076 0.190 0.130 0.002 0.001 0.039 0.505 65 G 0.005 0.002 0.001 0.037 0.165 0.294 0.112 0.002 0.001 0.039 0.343 66 L 0.005 0.003 0.001 0.078 0.257 0.262 0.080 0.001 0.001 0.077 0.237 67 M 0.001 0.003 0.001 0.118 0.264 0.376 0.038 0.001 0.001 0.059 0.139 68 Y 0.003 0.003 0.001 0.077 0.250 0.446 0.029 0.001 0.001 0.045 0.144 69 Y 0.002 0.004 0.001 0.095 0.331 0.360 0.023 0.001 0.001 0.034 0.149 70 T 0.014 0.015 0.001 0.053 0.263 0.438 0.028 0.002 0.001 0.067 0.120 71 I 0.031 0.018 0.006 0.092 0.187 0.281 0.069 0.004 0.005 0.103 0.205 72 G 0.065 0.006 0.016 0.064 0.125 0.183 0.091 0.006 0.013 0.090 0.342 73 Q 0.306 0.009 0.002 0.035 0.085 0.101 0.078 0.011 0.001 0.099 0.275 74 R 0.080 0.005 0.001 0.040 0.023 0.047 0.125 0.003 0.001 0.048 0.628 75 G 0.010 0.004 0.001 0.067 0.025 0.066 0.130 0.003 0.001 0.039 0.656 76 G 0.019 0.003 0.001 0.046 0.092 0.115 0.148 0.003 0.001 0.109 0.463 77 L 0.010 0.002 0.001 0.076 0.059 0.068 0.163 0.002 0.001 0.047 0.572 78 G 0.064 0.011 0.001 0.116 0.051 0.099 0.152 0.006 0.001 0.123 0.377 79 I 0.108 0.009 0.001 0.070 0.019 0.042 0.145 0.002 0.001 0.144 0.459 80 G 0.011 0.005 0.002 0.071 0.019 0.074 0.208 0.002 0.001 0.063 0.543 81 G 0.081 0.005 0.006 0.029 0.027 0.060 0.138 0.004 0.004 0.088 0.558 82 Q 0.283 0.004 0.002 0.015 0.014 0.020 0.107 0.007 0.001 0.110 0.437 83 H 0.081 0.002 0.001 0.006 0.004 0.008 0.109 0.002 0.001 0.048 0.738 84 G 0.022 0.001 0.001 0.005 0.006 0.016 0.106 0.002 0.001 0.032 0.809 85 G 0.029 0.001 0.001 0.003 0.016 0.018 0.129 0.002 0.001 0.026 0.775 86 D 0.010 0.001 0.001 0.011 0.052 0.056 0.136 0.003 0.001 0.023 0.708 87 N 0.027 0.002 0.001 0.023 0.021 0.035 0.131 0.001 0.001 0.034 0.726 88 A 0.011 0.001 0.001 0.034 0.107 0.096 0.179 0.009 0.001 0.044 0.519 89 P 0.005 0.003 0.001 0.174 0.065 0.097 0.133 0.001 0.001 0.030 0.491 90 W 0.002 0.001 0.001 0.291 0.155 0.310 0.040 0.001 0.001 0.040 0.159 91 F 0.003 0.001 0.001 0.346 0.165 0.210 0.036 0.001 0.001 0.050 0.187 92 V 0.006 0.004 0.001 0.284 0.204 0.274 0.040 0.001 0.001 0.035 0.151 93 V 0.026 0.004 0.001 0.192 0.115 0.187 0.068 0.002 0.001 0.074 0.331 94 G 0.036 0.003 0.002 0.085 0.078 0.105 0.116 0.001 0.002 0.084 0.487 95 K 0.007 0.001 0.001 0.034 0.033 0.056 0.139 0.003 0.001 0.035 0.690 96 D 0.424 0.013 0.004 0.020 0.019 0.025 0.103 0.006 0.004 0.095 0.286 97 L 0.184 0.003 0.010 0.025 0.010 0.013 0.108 0.003 0.004 0.112 0.529 98 S 0.019 0.002 0.001 0.015 0.011 0.018 0.136 0.002 0.001 0.019 0.777 99 K 0.015 0.003 0.001 0.066 0.036 0.042 0.153 0.002 0.001 0.045 0.637 100 N 0.002 0.002 0.001 0.345 0.085 0.105 0.087 0.002 0.001 0.095 0.276 101 I 0.001 0.001 0.001 0.427 0.105 0.209 0.030 0.001 0.001 0.078 0.149 102 L 0.001 0.001 0.001 0.794 0.066 0.042 0.011 0.001 0.001 0.017 0.069 103 Y 0.001 0.001 0.001 0.798 0.067 0.071 0.009 0.001 0.001 0.027 0.026 104 V 0.004 0.001 0.001 0.640 0.036 0.086 0.038 0.001 0.001 0.033 0.160 105 G 0.144 0.012 0.002 0.281 0.031 0.066 0.107 0.004 0.004 0.051 0.297 106 Q 0.089 0.037 0.003 0.055 0.012 0.030 0.156 0.011 0.003 0.076 0.529 107 G 0.150 0.067 0.003 0.023 0.013 0.023 0.132 0.004 0.003 0.038 0.544 108 F 0.089 0.070 0.004 0.022 0.051 0.053 0.113 0.007 0.001 0.091 0.501 109 Y 0.033 0.276 0.002 0.009 0.026 0.030 0.102 0.009 0.001 0.069 0.443 110 H 0.086 0.629 0.005 0.004 0.013 0.018 0.034 0.016 0.001 0.021 0.173 111 D 0.084 0.461 0.004 0.008 0.013 0.024 0.045 0.009 0.001 0.101 0.250 112 S 0.016 0.122 0.003 0.004 0.016 0.026 0.041 0.003 0.001 0.632 0.136 113 L 0.032 0.448 0.008 0.010 0.017 0.029 0.038 0.010 0.002 0.253 0.154 114 M 0.033 0.676 0.013 0.010 0.012 0.015 0.026 0.011 0.003 0.045 0.159 115 S 0.039 0.596 0.007 0.010 0.017 0.027 0.037 0.010 0.002 0.043 0.213 116 T 0.059 0.690 0.003 0.006 0.005 0.011 0.023 0.012 0.001 0.027 0.164 117 S 0.095 0.240 0.028 0.014 0.011 0.016 0.058 0.017 0.012 0.242 0.267 118 L 0.089 0.221 0.032 0.022 0.010 0.017 0.106 0.012 0.019 0.138 0.333 119 E 0.173 0.203 0.011 0.012 0.007 0.011 0.093 0.015 0.005 0.049 0.420 120 A 0.150 0.122 0.016 0.030 0.013 0.016 0.128 0.019 0.006 0.068 0.433 121 S 0.086 0.086 0.003 0.051 0.017 0.048 0.142 0.013 0.002 0.070 0.483 122 Q 0.048 0.033 0.005 0.057 0.023 0.071 0.109 0.006 0.002 0.107 0.540 123 V 0.027 0.033 0.007 0.081 0.063 0.088 0.134 0.004 0.003 0.074 0.485 124 H 0.090 0.025 0.010 0.090 0.043 0.092 0.115 0.005 0.005 0.074 0.451 125 F 0.087 0.016 0.003 0.062 0.047 0.081 0.094 0.015 0.002 0.079 0.515 126 T 0.170 0.008 0.001 0.031 0.021 0.039 0.103 0.004 0.001 0.055 0.567 127 R 0.016 0.002 0.001 0.036 0.027 0.059 0.129 0.003 0.001 0.035 0.693 128 E 0.013 0.004 0.001 0.023 0.015 0.023 0.109 0.001 0.001 0.020 0.791 129 M 0.070 0.007 0.002 0.022 0.060 0.046 0.132 0.014 0.001 0.066 0.581 130 P 0.109 0.017 0.002 0.015 0.010 0.011 0.114 0.005 0.001 0.046 0.672