# TARGET T0316 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t3c1-near-backbone-11-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 22.7135 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.039 0.037 0.028 0.061 0.069 0.091 0.157 0.147 0.145 0.125 0.100 2 G 0.147 0.122 0.082 0.120 0.107 0.106 0.115 0.075 0.067 0.037 0.024 3 H 0.171 0.125 0.110 0.216 0.145 0.087 0.067 0.034 0.024 0.014 0.006 4 L 0.139 0.062 0.052 0.072 0.075 0.104 0.152 0.116 0.102 0.074 0.052 5 E 0.064 0.297 0.065 0.170 0.113 0.093 0.079 0.056 0.038 0.016 0.009 6 K 0.020 0.028 0.022 0.069 0.091 0.151 0.261 0.137 0.107 0.068 0.045 7 P 0.499 0.094 0.176 0.143 0.049 0.020 0.011 0.004 0.003 0.002 0.001 8 E 0.045 0.114 0.064 0.287 0.202 0.154 0.099 0.026 0.007 0.002 0.001 9 V 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.006 0.030 0.083 0.240 0.325 0.306 10 R 0.003 0.009 0.021 0.087 0.224 0.301 0.261 0.060 0.020 0.010 0.003 11 R 0.032 0.028 0.818 0.088 0.024 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 12 L 0.001 0.001 0.010 0.026 0.041 0.108 0.415 0.212 0.105 0.056 0.026 13 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.031 0.079 0.236 0.345 0.300 14 E 0.002 0.018 0.312 0.248 0.203 0.115 0.079 0.013 0.005 0.004 0.001 15 E 0.013 0.039 0.675 0.120 0.060 0.050 0.028 0.010 0.003 0.001 0.001 16 A 0.011 0.008 0.020 0.029 0.032 0.075 0.286 0.183 0.160 0.118 0.078 17 G 0.433 0.231 0.092 0.101 0.062 0.040 0.023 0.012 0.005 0.002 0.001 18 L 0.027 0.019 0.041 0.039 0.055 0.078 0.133 0.150 0.171 0.158 0.130 19 S 0.212 0.248 0.127 0.169 0.104 0.067 0.046 0.016 0.007 0.003 0.002 20 T 0.116 0.098 0.075 0.171 0.116 0.086 0.105 0.079 0.071 0.054 0.028 21 A 0.095 0.060 0.034 0.052 0.075 0.094 0.142 0.142 0.121 0.102 0.084 22 K 0.202 0.272 0.060 0.232 0.113 0.059 0.031 0.017 0.010 0.004 0.002 23 K 0.086 0.048 0.034 0.072 0.089 0.113 0.153 0.113 0.120 0.104 0.068 24 K 0.346 0.185 0.099 0.177 0.086 0.045 0.031 0.012 0.010 0.005 0.003 25 D 0.062 0.109 0.040 0.154 0.123 0.124 0.169 0.101 0.059 0.039 0.019 26 S 0.035 0.043 0.019 0.041 0.054 0.077 0.128 0.184 0.152 0.143 0.124 27 T 0.197 0.179 0.059 0.184 0.132 0.097 0.063 0.039 0.027 0.014 0.009 28 G 0.217 0.147 0.084 0.181 0.160 0.093 0.048 0.027 0.024 0.013 0.005 29 I 0.011 0.008 0.005 0.022 0.033 0.052 0.127 0.125 0.203 0.205 0.209 30 C 0.012 0.016 0.013 0.058 0.072 0.091 0.195 0.165 0.162 0.120 0.096 31 F 0.008 0.013 0.041 0.058 0.049 0.052 0.113 0.146 0.164 0.190 0.166 32 I 0.012 0.019 0.029 0.039 0.053 0.078 0.142 0.161 0.166 0.147 0.154 33 G 0.069 0.129 0.051 0.128 0.114 0.108 0.132 0.098 0.090 0.050 0.031 34 E 0.221 0.126 0.043 0.172 0.152 0.103 0.091 0.040 0.028 0.015 0.008 35 K 0.647 0.123 0.048 0.075 0.042 0.026 0.018 0.009 0.007 0.003 0.001 36 N 0.122 0.234 0.049 0.189 0.138 0.102 0.088 0.043 0.022 0.009 0.004 37 F 0.007 0.014 0.012 0.020 0.031 0.068 0.171 0.171 0.185 0.169 0.152 38 K 0.106 0.099 0.175 0.264 0.181 0.098 0.050 0.015 0.008 0.003 0.001 39 N 0.100 0.076 0.283 0.247 0.142 0.082 0.044 0.017 0.006 0.002 0.001 40 F 0.001 0.001 0.004 0.006 0.008 0.017 0.085 0.136 0.218 0.265 0.259 41 L 0.003 0.007 0.014 0.021 0.036 0.071 0.192 0.216 0.201 0.146 0.093 42 S 0.017 0.038 0.443 0.184 0.130 0.076 0.051 0.022 0.018 0.014 0.006 43 N 0.048 0.064 0.215 0.209 0.153 0.138 0.115 0.033 0.015 0.007 0.003 44 Y 0.037 0.025 0.019 0.048 0.050 0.073 0.195 0.192 0.175 0.126 0.060 45 L 0.063 0.040 0.026 0.048 0.059 0.091 0.183 0.168 0.134 0.101 0.085 46 P 0.244 0.271 0.163 0.178 0.082 0.034 0.015 0.007 0.004 0.002 0.001 47 A 0.167 0.114 0.055 0.102 0.109 0.100 0.121 0.083 0.063 0.049 0.037 48 Q 0.347 0.263 0.027 0.108 0.085 0.056 0.048 0.030 0.019 0.010 0.006 49 P 0.374 0.219 0.037 0.152 0.105 0.056 0.026 0.016 0.010 0.004 0.001 50 G 0.126 0.051 0.028 0.057 0.087 0.107 0.124 0.127 0.133 0.095 0.066 51 R 0.093 0.121 0.040 0.253 0.190 0.118 0.091 0.052 0.025 0.010 0.005 52 M 0.002 0.002 0.005 0.005 0.008 0.013 0.047 0.083 0.195 0.297 0.344 53 M 0.034 0.057 0.088 0.150 0.141 0.124 0.156 0.094 0.068 0.049 0.040 54 T 0.043 0.095 0.109 0.195 0.139 0.109 0.120 0.078 0.056 0.038 0.018 55 V 0.077 0.063 0.024 0.064 0.085 0.118 0.169 0.162 0.107 0.078 0.052 56 D 0.435 0.299 0.037 0.107 0.061 0.030 0.014 0.009 0.006 0.002 0.001 57 G 0.298 0.112 0.038 0.096 0.102 0.098 0.088 0.057 0.058 0.035 0.019 58 R 0.265 0.142 0.062 0.148 0.131 0.091 0.071 0.035 0.029 0.016 0.011 59 D 0.036 0.057 0.037 0.131 0.122 0.134 0.200 0.123 0.082 0.050 0.028 60 M 0.013 0.017 0.034 0.047 0.045 0.056 0.113 0.142 0.159 0.185 0.190 61 G 0.048 0.045 0.065 0.084 0.092 0.115 0.151 0.126 0.121 0.089 0.064 62 E 0.069 0.135 0.100 0.218 0.161 0.113 0.084 0.050 0.037 0.022 0.012 63 H 0.020 0.021 0.010 0.030 0.044 0.080 0.170 0.158 0.174 0.159 0.133 64 A 0.201 0.172 0.045 0.183 0.129 0.091 0.072 0.045 0.034 0.018 0.011 65 G 0.123 0.093 0.067 0.130 0.114 0.109 0.112 0.080 0.083 0.057 0.032 66 L 0.018 0.025 0.017 0.060 0.082 0.105 0.175 0.139 0.140 0.124 0.116 67 M 0.013 0.020 0.023 0.063 0.067 0.086 0.170 0.129 0.171 0.142 0.116 68 Y 0.015 0.021 0.058 0.102 0.098 0.102 0.159 0.115 0.121 0.120 0.090 69 Y 0.006 0.012 0.022 0.047 0.063 0.092 0.185 0.163 0.159 0.143 0.108 70 T 0.006 0.010 0.013 0.029 0.036 0.052 0.122 0.158 0.211 0.200 0.164 71 I 0.017 0.016 0.021 0.045 0.064 0.087 0.160 0.154 0.173 0.147 0.114 72 G 0.073 0.076 0.092 0.146 0.128 0.107 0.118 0.078 0.082 0.058 0.043 73 Q 0.020 0.033 0.020 0.077 0.082 0.101 0.202 0.132 0.134 0.111 0.088 74 R 0.029 0.030 0.021 0.056 0.061 0.074 0.157 0.125 0.147 0.155 0.145 75 G 0.096 0.102 0.070 0.209 0.144 0.109 0.122 0.056 0.043 0.031 0.019 76 G 0.151 0.119 0.087 0.155 0.140 0.107 0.087 0.062 0.047 0.031 0.014 77 L 0.014 0.011 0.005 0.018 0.030 0.056 0.134 0.153 0.193 0.195 0.190 78 G 0.148 0.178 0.056 0.175 0.135 0.093 0.078 0.057 0.041 0.024 0.015 79 I 0.023 0.021 0.016 0.041 0.054 0.068 0.125 0.132 0.166 0.184 0.171 80 G 0.201 0.139 0.049 0.134 0.118 0.093 0.091 0.061 0.052 0.034 0.028 81 G 0.098 0.092 0.027 0.141 0.111 0.094 0.127 0.088 0.093 0.074 0.055 82 Q 0.118 0.083 0.025 0.078 0.085 0.087 0.130 0.105 0.109 0.097 0.081 83 H 0.267 0.188 0.042 0.171 0.106 0.070 0.063 0.036 0.028 0.017 0.012 84 G 0.320 0.164 0.051 0.117 0.097 0.074 0.067 0.041 0.034 0.022 0.013 85 G 0.366 0.199 0.043 0.110 0.084 0.058 0.049 0.035 0.028 0.017 0.011 86 D 0.238 0.175 0.030 0.104 0.102 0.096 0.093 0.066 0.050 0.027 0.018 87 N 0.276 0.205 0.063 0.146 0.103 0.068 0.051 0.034 0.027 0.017 0.011 88 A 0.153 0.127 0.050 0.158 0.143 0.117 0.103 0.057 0.046 0.029 0.018 89 P 0.091 0.077 0.051 0.129 0.129 0.125 0.124 0.086 0.093 0.059 0.035 90 W 0.014 0.016 0.020 0.067 0.080 0.110 0.200 0.139 0.143 0.120 0.092 91 F 0.011 0.017 0.031 0.077 0.082 0.093 0.178 0.159 0.140 0.124 0.089 92 V 0.004 0.007 0.017 0.024 0.027 0.037 0.096 0.139 0.193 0.226 0.231 93 V 0.017 0.032 0.033 0.063 0.077 0.093 0.163 0.158 0.150 0.118 0.096 94 G 0.096 0.087 0.067 0.150 0.148 0.118 0.123 0.075 0.068 0.043 0.025 95 K 0.310 0.120 0.067 0.135 0.109 0.086 0.077 0.037 0.032 0.017 0.009 96 D 0.276 0.206 0.053 0.149 0.105 0.075 0.064 0.036 0.024 0.010 0.004 97 L 0.027 0.030 0.014 0.036 0.044 0.072 0.177 0.167 0.152 0.143 0.139 98 S 0.142 0.219 0.102 0.195 0.138 0.083 0.058 0.030 0.017 0.010 0.006 99 K 0.168 0.132 0.143 0.220 0.145 0.093 0.051 0.022 0.015 0.008 0.003 100 N 0.051 0.043 0.040 0.095 0.117 0.137 0.185 0.109 0.102 0.076 0.046 101 I 0.013 0.023 0.016 0.098 0.113 0.140 0.221 0.154 0.114 0.070 0.037 102 L 0.001 0.001 0.006 0.007 0.010 0.020 0.063 0.120 0.224 0.282 0.265 103 Y 0.005 0.012 0.039 0.069 0.099 0.120 0.193 0.182 0.120 0.088 0.073 104 V 0.002 0.004 0.013 0.018 0.020 0.026 0.076 0.121 0.215 0.250 0.253 105 G 0.011 0.012 0.013 0.026 0.047 0.068 0.145 0.168 0.194 0.167 0.150 106 Q 0.118 0.144 0.066 0.201 0.140 0.099 0.095 0.053 0.045 0.023 0.013 107 G 0.175 0.117 0.059 0.144 0.132 0.121 0.112 0.056 0.046 0.025 0.013 108 F 0.161 0.101 0.039 0.111 0.094 0.097 0.147 0.088 0.077 0.052 0.035 109 Y 0.158 0.178 0.074 0.175 0.121 0.097 0.094 0.049 0.030 0.016 0.008 110 H 0.049 0.053 0.055 0.086 0.093 0.115 0.169 0.125 0.105 0.086 0.064 111 D 0.188 0.153 0.128 0.188 0.130 0.089 0.063 0.029 0.019 0.009 0.005 112 S 0.101 0.075 0.087 0.156 0.128 0.119 0.133 0.074 0.064 0.041 0.021 113 L 0.046 0.051 0.054 0.088 0.092 0.108 0.174 0.123 0.115 0.088 0.061 114 M 0.040 0.064 0.058 0.141 0.119 0.126 0.175 0.112 0.082 0.053 0.029 115 S 0.052 0.056 0.107 0.111 0.108 0.115 0.140 0.102 0.090 0.074 0.047 116 T 0.095 0.115 0.105 0.195 0.144 0.117 0.111 0.054 0.036 0.019 0.010 117 S 0.088 0.065 0.062 0.111 0.106 0.111 0.147 0.106 0.098 0.069 0.037 118 L 0.059 0.051 0.044 0.081 0.090 0.112 0.175 0.126 0.114 0.087 0.061 119 E 0.108 0.183 0.116 0.219 0.143 0.092 0.067 0.037 0.021 0.010 0.004 120 A 0.018 0.017 0.021 0.035 0.047 0.076 0.150 0.150 0.168 0.172 0.145 121 S 0.162 0.160 0.092 0.187 0.138 0.099 0.077 0.038 0.026 0.013 0.007 122 Q 0.052 0.067 0.061 0.163 0.137 0.126 0.147 0.091 0.077 0.053 0.027 123 V 0.025 0.018 0.023 0.039 0.056 0.085 0.164 0.145 0.172 0.153 0.121 124 H 0.068 0.082 0.077 0.197 0.138 0.113 0.132 0.078 0.059 0.035 0.021 125 F 0.014 0.022 0.033 0.058 0.066 0.084 0.175 0.154 0.147 0.142 0.106 126 T 0.070 0.066 0.062 0.097 0.090 0.089 0.137 0.114 0.114 0.088 0.074 127 R 0.177 0.134 0.084 0.180 0.138 0.101 0.090 0.040 0.031 0.017 0.009 128 E 0.295 0.176 0.101 0.151 0.101 0.064 0.051 0.026 0.019 0.011 0.005 129 M 0.175 0.113 0.032 0.105 0.104 0.111 0.151 0.094 0.062 0.034 0.020 130 P 0.337 0.195 0.081 0.112 0.082 0.061 0.050 0.036 0.027 0.013 0.007