# TARGET T0316 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 22.7135 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.094 0.058 0.009 0.032 0.043 0.067 0.058 0.005 0.001 0.007 0.626 2 G 0.091 0.041 0.007 0.054 0.076 0.080 0.150 0.005 0.001 0.009 0.487 3 H 0.181 0.021 0.010 0.020 0.017 0.025 0.112 0.003 0.001 0.009 0.601 4 L 0.101 0.025 0.017 0.059 0.031 0.055 0.079 0.003 0.001 0.004 0.626 5 E 0.061 0.013 0.007 0.060 0.027 0.071 0.139 0.002 0.001 0.005 0.614 6 K 0.060 0.008 0.006 0.033 0.008 0.036 0.073 0.001 0.001 0.003 0.772 7 P 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.985 8 E 0.011 0.005 0.001 0.009 0.003 0.005 0.243 0.001 0.001 0.001 0.723 9 V 0.091 0.199 0.001 0.009 0.002 0.009 0.104 0.001 0.001 0.002 0.582 10 R 0.022 0.850 0.001 0.005 0.002 0.005 0.020 0.001 0.001 0.001 0.094 11 R 0.021 0.861 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.103 12 L 0.008 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 13 A 0.008 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 14 E 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 15 E 0.039 0.942 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.013 16 A 0.086 0.820 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.001 0.001 0.018 17 G 0.575 0.209 0.017 0.001 0.001 0.001 0.003 0.127 0.001 0.001 0.067 18 L 0.004 0.008 0.924 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.060 19 S 0.002 0.013 0.002 0.044 0.005 0.006 0.061 0.003 0.001 0.001 0.864 20 T 0.151 0.039 0.004 0.031 0.002 0.003 0.043 0.001 0.001 0.003 0.722 21 A 0.097 0.376 0.003 0.057 0.010 0.024 0.110 0.002 0.001 0.005 0.316 22 K 0.095 0.214 0.003 0.040 0.014 0.039 0.221 0.005 0.001 0.009 0.360 23 K 0.241 0.259 0.003 0.019 0.009 0.012 0.019 0.004 0.001 0.002 0.433 24 K 0.089 0.487 0.004 0.014 0.024 0.031 0.021 0.007 0.001 0.002 0.322 25 D 0.074 0.445 0.003 0.013 0.033 0.045 0.047 0.023 0.001 0.005 0.312 26 S 0.245 0.399 0.006 0.007 0.017 0.024 0.030 0.029 0.001 0.003 0.239 27 T 0.268 0.343 0.015 0.012 0.023 0.025 0.046 0.030 0.001 0.007 0.230 28 G 0.243 0.083 0.046 0.024 0.044 0.054 0.129 0.019 0.001 0.022 0.336 29 I 0.120 0.041 0.188 0.081 0.115 0.133 0.106 0.005 0.001 0.010 0.200 30 C 0.012 0.022 0.011 0.246 0.213 0.252 0.060 0.002 0.001 0.002 0.180 31 F 0.010 0.013 0.004 0.178 0.161 0.239 0.036 0.001 0.001 0.002 0.357 32 I 0.009 0.009 0.001 0.177 0.205 0.354 0.040 0.001 0.001 0.002 0.201 33 G 0.008 0.005 0.001 0.056 0.061 0.126 0.058 0.001 0.001 0.002 0.683 34 E 0.029 0.006 0.002 0.063 0.036 0.087 0.140 0.001 0.001 0.010 0.626 35 K 0.081 0.009 0.004 0.032 0.014 0.031 0.211 0.001 0.001 0.019 0.598 36 N 0.066 0.017 0.003 0.016 0.013 0.014 0.228 0.001 0.001 0.008 0.635 37 F 0.078 0.050 0.006 0.015 0.013 0.027 0.156 0.001 0.001 0.010 0.644 38 K 0.030 0.147 0.002 0.015 0.013 0.030 0.175 0.001 0.001 0.005 0.581 39 N 0.045 0.169 0.001 0.002 0.007 0.008 0.134 0.002 0.001 0.004 0.629 40 F 0.087 0.615 0.002 0.003 0.009 0.015 0.069 0.002 0.001 0.004 0.194 41 L 0.026 0.832 0.001 0.005 0.013 0.024 0.032 0.003 0.001 0.001 0.063 42 S 0.034 0.824 0.001 0.003 0.007 0.010 0.012 0.009 0.001 0.001 0.101 43 N 0.140 0.736 0.002 0.001 0.002 0.004 0.006 0.019 0.001 0.001 0.089 44 Y 0.354 0.484 0.024 0.002 0.002 0.003 0.007 0.045 0.001 0.001 0.077 45 L 0.285 0.223 0.111 0.014 0.014 0.016 0.026 0.047 0.001 0.003 0.261 46 P 0.006 0.004 0.009 0.005 0.002 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.965 47 A 0.069 0.006 0.006 0.029 0.009 0.017 0.037 0.005 0.001 0.001 0.821 48 Q 0.388 0.004 0.003 0.032 0.011 0.012 0.049 0.004 0.001 0.004 0.493 49 P 0.003 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.983 50 G 0.013 0.001 0.001 0.186 0.049 0.088 0.198 0.001 0.001 0.004 0.460 51 R 0.277 0.001 0.002 0.150 0.029 0.040 0.072 0.001 0.001 0.013 0.415 52 M 0.027 0.003 0.002 0.183 0.133 0.155 0.053 0.001 0.001 0.002 0.442 53 M 0.006 0.001 0.001 0.252 0.208 0.292 0.049 0.001 0.001 0.002 0.188 54 T 0.013 0.001 0.001 0.226 0.211 0.232 0.080 0.001 0.001 0.003 0.232 55 V 0.005 0.001 0.001 0.069 0.089 0.122 0.078 0.001 0.001 0.004 0.632 56 D 0.006 0.001 0.001 0.021 0.028 0.064 0.465 0.001 0.001 0.013 0.401 57 G 0.355 0.003 0.001 0.017 0.009 0.012 0.195 0.001 0.001 0.149 0.258 58 R 0.280 0.017 0.010 0.017 0.019 0.014 0.409 0.001 0.001 0.045 0.188 59 D 0.041 0.014 0.009 0.022 0.047 0.052 0.368 0.001 0.001 0.010 0.436 60 M 0.021 0.020 0.004 0.048 0.128 0.242 0.107 0.001 0.001 0.004 0.426 61 G 0.015 0.016 0.001 0.019 0.157 0.296 0.121 0.001 0.001 0.004 0.371 62 E 0.036 0.021 0.002 0.006 0.101 0.176 0.080 0.001 0.001 0.005 0.572 63 H 0.048 0.034 0.002 0.018 0.107 0.208 0.107 0.002 0.001 0.008 0.467 64 A 0.055 0.025 0.005 0.028 0.056 0.109 0.111 0.003 0.001 0.013 0.596 65 G 0.101 0.027 0.007 0.061 0.099 0.095 0.117 0.006 0.001 0.018 0.469 66 L 0.147 0.048 0.044 0.071 0.072 0.135 0.094 0.002 0.001 0.014 0.373 67 M 0.012 0.034 0.004 0.133 0.197 0.269 0.064 0.001 0.001 0.002 0.284 68 Y 0.018 0.036 0.002 0.142 0.163 0.327 0.045 0.001 0.001 0.003 0.262 69 Y 0.021 0.063 0.003 0.167 0.186 0.316 0.041 0.002 0.001 0.003 0.198 70 T 0.014 0.072 0.003 0.147 0.171 0.275 0.070 0.001 0.001 0.002 0.245 71 I 0.009 0.053 0.002 0.077 0.134 0.187 0.049 0.002 0.001 0.002 0.485 72 G 0.022 0.069 0.001 0.067 0.110 0.264 0.131 0.003 0.001 0.009 0.323 73 Q 0.140 0.136 0.010 0.031 0.058 0.091 0.114 0.008 0.001 0.018 0.394 74 R 0.164 0.214 0.020 0.019 0.037 0.057 0.060 0.007 0.001 0.009 0.412 75 G 0.067 0.104 0.008 0.037 0.095 0.109 0.066 0.012 0.001 0.006 0.495 76 G 0.182 0.040 0.013 0.022 0.061 0.063 0.055 0.010 0.001 0.009 0.546 77 L 0.063 0.030 0.087 0.061 0.076 0.131 0.046 0.003 0.001 0.005 0.499 78 G 0.009 0.008 0.003 0.096 0.116 0.146 0.098 0.002 0.001 0.002 0.520 79 I 0.066 0.008 0.006 0.083 0.084 0.127 0.066 0.001 0.001 0.006 0.553 80 G 0.010 0.007 0.002 0.075 0.049 0.102 0.085 0.001 0.001 0.002 0.667 81 G 0.036 0.004 0.002 0.077 0.042 0.065 0.151 0.001 0.001 0.011 0.610 82 Q 0.171 0.008 0.007 0.044 0.023 0.037 0.127 0.001 0.001 0.014 0.567 83 H 0.013 0.006 0.001 0.027 0.031 0.040 0.075 0.001 0.001 0.002 0.804 84 G 0.039 0.004 0.001 0.032 0.023 0.036 0.086 0.001 0.001 0.006 0.771 85 G 0.260 0.008 0.003 0.016 0.019 0.026 0.105 0.002 0.001 0.013 0.548 86 D 0.066 0.006 0.005 0.014 0.012 0.017 0.072 0.001 0.001 0.004 0.803 87 N 0.031 0.003 0.002 0.021 0.017 0.033 0.074 0.001 0.001 0.005 0.813 88 A 0.180 0.005 0.004 0.061 0.056 0.081 0.146 0.001 0.001 0.014 0.451 89 P 0.009 0.001 0.002 0.014 0.008 0.011 0.015 0.001 0.001 0.001 0.938 90 W 0.019 0.002 0.001 0.168 0.147 0.312 0.114 0.001 0.001 0.005 0.230 91 F 0.067 0.007 0.002 0.273 0.162 0.229 0.055 0.001 0.001 0.006 0.200 92 V 0.010 0.016 0.001 0.302 0.203 0.272 0.025 0.001 0.001 0.001 0.168 93 V 0.006 0.008 0.001 0.225 0.204 0.385 0.033 0.001 0.001 0.001 0.135 94 G 0.017 0.008 0.001 0.165 0.215 0.348 0.039 0.002 0.001 0.003 0.201 95 K 0.015 0.005 0.004 0.082 0.169 0.259 0.060 0.002 0.001 0.005 0.401 96 D 0.018 0.003 0.001 0.034 0.180 0.185 0.202 0.001 0.001 0.008 0.368 97 L 0.041 0.005 0.002 0.032 0.079 0.075 0.137 0.001 0.001 0.018 0.610 98 S 0.028 0.011 0.001 0.012 0.052 0.050 0.516 0.001 0.001 0.024 0.305 99 K 0.325 0.012 0.002 0.010 0.014 0.023 0.169 0.003 0.001 0.084 0.358 100 N 0.525 0.009 0.016 0.027 0.053 0.043 0.149 0.004 0.001 0.054 0.120 101 I 0.094 0.001 0.087 0.105 0.175 0.115 0.172 0.001 0.001 0.016 0.233 102 L 0.001 0.001 0.011 0.157 0.317 0.379 0.036 0.001 0.001 0.001 0.097 103 Y 0.001 0.001 0.001 0.227 0.286 0.456 0.012 0.001 0.001 0.001 0.020 104 V 0.001 0.001 0.001 0.212 0.201 0.384 0.020 0.001 0.001 0.001 0.182 105 G 0.001 0.001 0.001 0.327 0.229 0.348 0.023 0.001 0.001 0.001 0.072 106 Q 0.001 0.001 0.001 0.091 0.031 0.087 0.063 0.001 0.001 0.002 0.724 107 G 0.004 0.001 0.001 0.117 0.031 0.076 0.156 0.001 0.001 0.008 0.607 108 F 0.042 0.002 0.001 0.022 0.009 0.024 0.221 0.001 0.001 0.016 0.662 109 Y 0.093 0.015 0.001 0.013 0.012 0.015 0.174 0.001 0.001 0.008 0.668 110 H 0.168 0.050 0.003 0.007 0.008 0.014 0.100 0.001 0.001 0.008 0.641 111 D 0.043 0.075 0.002 0.002 0.003 0.005 0.057 0.001 0.001 0.002 0.812 112 S 0.062 0.191 0.002 0.003 0.010 0.020 0.113 0.002 0.001 0.005 0.590 113 L 0.085 0.406 0.002 0.004 0.014 0.024 0.108 0.006 0.001 0.005 0.347 114 M 0.051 0.743 0.003 0.005 0.011 0.019 0.037 0.007 0.001 0.003 0.122 115 S 0.035 0.843 0.003 0.003 0.007 0.013 0.013 0.006 0.001 0.001 0.077 116 T 0.035 0.825 0.003 0.003 0.005 0.006 0.011 0.011 0.001 0.001 0.100 117 S 0.069 0.806 0.010 0.004 0.007 0.009 0.010 0.015 0.001 0.002 0.070 118 L 0.049 0.775 0.017 0.009 0.019 0.022 0.021 0.019 0.001 0.002 0.066 119 E 0.051 0.698 0.011 0.014 0.022 0.027 0.026 0.028 0.001 0.003 0.119 120 A 0.066 0.672 0.021 0.024 0.024 0.041 0.016 0.022 0.001 0.003 0.112 121 S 0.067 0.510 0.014 0.032 0.054 0.059 0.057 0.034 0.001 0.006 0.166 122 Q 0.118 0.239 0.030 0.035 0.035 0.054 0.076 0.032 0.001 0.011 0.370 123 V 0.130 0.231 0.044 0.065 0.077 0.093 0.082 0.020 0.001 0.009 0.249 124 H 0.078 0.151 0.022 0.089 0.102 0.138 0.128 0.012 0.001 0.011 0.269 125 F 0.053 0.156 0.020 0.094 0.113 0.131 0.063 0.005 0.001 0.003 0.362 126 T 0.063 0.113 0.006 0.097 0.127 0.199 0.064 0.007 0.001 0.004 0.321 127 R 0.043 0.050 0.005 0.049 0.059 0.128 0.071 0.006 0.001 0.004 0.587 128 E 0.093 0.027 0.008 0.042 0.039 0.076 0.091 0.009 0.001 0.010 0.604 129 M 0.207 0.023 0.033 0.038 0.035 0.064 0.143 0.004 0.001 0.009 0.446 130 P 0.002 0.001 0.001 0.005 0.003 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.977