# TARGET T0316 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 338 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.761 0.168 0.053 0.015 0.002 0.001 0.001 2 G 0.809 0.144 0.034 0.011 0.002 0.001 0.001 3 H 0.756 0.196 0.036 0.010 0.002 0.001 0.001 4 L 0.340 0.251 0.213 0.137 0.051 0.008 0.001 5 E 0.343 0.405 0.163 0.069 0.017 0.003 0.001 6 K 0.144 0.288 0.328 0.193 0.040 0.005 0.001 7 P 0.729 0.233 0.034 0.003 0.001 0.001 0.001 8 E 0.162 0.397 0.246 0.140 0.049 0.005 0.001 9 V 0.093 0.118 0.214 0.353 0.190 0.031 0.001 10 R 0.141 0.398 0.295 0.141 0.024 0.001 0.001 11 R 0.355 0.544 0.087 0.012 0.001 0.001 0.001 12 L 0.027 0.097 0.316 0.456 0.100 0.004 0.001 13 A 0.127 0.159 0.150 0.300 0.236 0.028 0.001 14 E 0.461 0.402 0.114 0.022 0.002 0.001 0.001 15 E 0.523 0.366 0.086 0.021 0.004 0.001 0.001 16 A 0.143 0.283 0.303 0.194 0.068 0.010 0.001 17 G 0.352 0.383 0.180 0.066 0.017 0.003 0.001 18 L 0.238 0.194 0.219 0.217 0.104 0.025 0.002 19 S 0.382 0.327 0.158 0.092 0.034 0.006 0.001 20 T 0.236 0.275 0.242 0.167 0.067 0.014 0.001 21 A 0.203 0.177 0.179 0.236 0.160 0.042 0.004 22 K 0.390 0.367 0.156 0.067 0.017 0.003 0.001 23 K 0.189 0.243 0.195 0.207 0.124 0.036 0.006 24 K 0.212 0.306 0.235 0.161 0.063 0.021 0.004 25 D 0.206 0.264 0.205 0.167 0.108 0.044 0.007 26 S 0.069 0.095 0.144 0.230 0.254 0.182 0.026 27 T 0.079 0.149 0.178 0.249 0.219 0.113 0.013 28 G 0.074 0.202 0.261 0.231 0.141 0.077 0.015 29 I 0.014 0.035 0.064 0.161 0.331 0.342 0.054 30 C 0.010 0.039 0.107 0.246 0.293 0.251 0.054 31 F 0.009 0.025 0.049 0.131 0.254 0.434 0.098 32 I 0.012 0.028 0.056 0.131 0.317 0.395 0.062 33 G 0.067 0.213 0.270 0.300 0.119 0.028 0.003 34 E 0.240 0.430 0.233 0.076 0.018 0.004 0.001 35 K 0.450 0.342 0.144 0.048 0.013 0.003 0.001 36 N 0.162 0.489 0.248 0.081 0.017 0.003 0.001 37 F 0.013 0.043 0.149 0.321 0.384 0.087 0.003 38 K 0.140 0.418 0.298 0.116 0.025 0.003 0.001 39 N 0.160 0.588 0.212 0.036 0.004 0.001 0.001 40 F 0.009 0.048 0.165 0.368 0.353 0.056 0.001 41 L 0.016 0.042 0.128 0.330 0.368 0.113 0.003 42 S 0.288 0.458 0.182 0.059 0.010 0.002 0.001 43 N 0.237 0.477 0.223 0.052 0.010 0.001 0.001 44 Y 0.028 0.094 0.212 0.338 0.253 0.072 0.004 45 L 0.060 0.128 0.239 0.310 0.200 0.059 0.003 46 P 0.481 0.337 0.120 0.049 0.012 0.001 0.001 47 A 0.225 0.297 0.244 0.168 0.057 0.009 0.001 48 Q 0.389 0.325 0.175 0.086 0.021 0.003 0.001 49 P 0.355 0.333 0.176 0.095 0.034 0.007 0.001 50 G 0.115 0.156 0.195 0.278 0.210 0.044 0.002 51 R 0.093 0.325 0.362 0.169 0.045 0.006 0.001 52 M 0.016 0.038 0.092 0.293 0.396 0.159 0.006 53 M 0.110 0.302 0.306 0.205 0.067 0.009 0.001 54 T 0.289 0.315 0.214 0.130 0.044 0.008 0.001 55 V 0.340 0.275 0.195 0.137 0.045 0.007 0.001 56 D 0.696 0.213 0.058 0.024 0.008 0.002 0.001 57 G 0.578 0.247 0.108 0.051 0.013 0.002 0.001 58 R 0.511 0.356 0.099 0.028 0.005 0.001 0.001 59 D 0.211 0.295 0.218 0.180 0.080 0.015 0.001 60 M 0.100 0.154 0.242 0.303 0.162 0.038 0.001 61 G 0.273 0.293 0.173 0.148 0.089 0.023 0.002 62 E 0.199 0.306 0.268 0.175 0.041 0.009 0.001 63 H 0.073 0.092 0.115 0.217 0.327 0.160 0.016 64 A 0.181 0.298 0.256 0.169 0.071 0.022 0.003 65 G 0.255 0.183 0.166 0.180 0.121 0.080 0.015 66 L 0.209 0.114 0.112 0.146 0.184 0.197 0.039 67 M 0.245 0.155 0.128 0.156 0.174 0.121 0.020 68 Y 0.211 0.174 0.149 0.164 0.152 0.110 0.039 69 Y 0.113 0.092 0.098 0.151 0.175 0.236 0.136 70 T 0.079 0.079 0.071 0.147 0.188 0.266 0.169 71 I 0.099 0.085 0.129 0.183 0.214 0.199 0.092 72 G 0.162 0.106 0.118 0.155 0.199 0.176 0.083 73 Q 0.116 0.072 0.085 0.127 0.176 0.297 0.127 74 R 0.067 0.061 0.103 0.207 0.246 0.231 0.085 75 G 0.148 0.187 0.197 0.172 0.141 0.115 0.039 76 G 0.153 0.127 0.121 0.183 0.200 0.166 0.049 77 L 0.078 0.085 0.108 0.174 0.214 0.252 0.087 78 G 0.152 0.150 0.130 0.199 0.203 0.141 0.024 79 I 0.139 0.110 0.111 0.155 0.217 0.213 0.055 80 G 0.145 0.206 0.199 0.203 0.157 0.080 0.009 81 G 0.178 0.280 0.246 0.182 0.082 0.028 0.004 82 Q 0.173 0.176 0.206 0.240 0.153 0.047 0.004 83 H 0.444 0.333 0.145 0.061 0.014 0.002 0.001 84 G 0.690 0.244 0.052 0.011 0.002 0.001 0.001 85 G 0.664 0.217 0.077 0.036 0.007 0.001 0.001 86 D 0.609 0.223 0.107 0.046 0.013 0.002 0.001 87 N 0.508 0.328 0.113 0.041 0.009 0.001 0.001 88 A 0.136 0.360 0.278 0.165 0.048 0.011 0.001 89 P 0.017 0.061 0.116 0.290 0.347 0.153 0.016 90 W 0.013 0.046 0.133 0.241 0.341 0.203 0.024 91 F 0.010 0.015 0.038 0.100 0.205 0.501 0.131 92 V 0.007 0.024 0.071 0.213 0.366 0.283 0.036 93 V 0.006 0.030 0.067 0.157 0.333 0.353 0.054 94 G 0.022 0.127 0.235 0.325 0.201 0.079 0.011 95 K 0.067 0.252 0.272 0.253 0.117 0.035 0.003 96 D 0.185 0.318 0.239 0.171 0.073 0.014 0.001 97 L 0.242 0.260 0.229 0.194 0.067 0.009 0.001 98 S 0.580 0.317 0.079 0.020 0.003 0.001 0.001 99 K 0.286 0.442 0.193 0.066 0.012 0.001 0.001 100 N 0.021 0.089 0.179 0.315 0.317 0.077 0.002 101 I 0.011 0.093 0.201 0.303 0.268 0.115 0.009 102 L 0.002 0.003 0.010 0.047 0.157 0.567 0.215 103 Y 0.002 0.007 0.021 0.070 0.205 0.541 0.153 104 V 0.002 0.006 0.024 0.081 0.226 0.500 0.161 105 G 0.007 0.024 0.056 0.152 0.360 0.342 0.058 106 Q 0.088 0.270 0.311 0.232 0.079 0.018 0.002 107 G 0.204 0.315 0.226 0.167 0.069 0.017 0.002 108 F 0.356 0.361 0.178 0.076 0.023 0.005 0.001 109 Y 0.388 0.291 0.162 0.102 0.043 0.013 0.001 110 H 0.088 0.094 0.168 0.257 0.258 0.125 0.011 111 D 0.308 0.299 0.188 0.120 0.060 0.023 0.002 112 S 0.160 0.194 0.210 0.227 0.144 0.057 0.008 113 L 0.123 0.160 0.185 0.213 0.193 0.111 0.015 114 M 0.087 0.170 0.192 0.235 0.189 0.108 0.019 115 S 0.085 0.096 0.125 0.201 0.249 0.194 0.051 116 T 0.129 0.197 0.215 0.217 0.147 0.082 0.013 117 S 0.106 0.111 0.136 0.201 0.228 0.181 0.037 118 L 0.133 0.156 0.155 0.214 0.207 0.115 0.019 119 E 0.136 0.197 0.223 0.218 0.138 0.079 0.010 120 A 0.072 0.066 0.091 0.168 0.272 0.272 0.059 121 S 0.131 0.216 0.222 0.214 0.145 0.063 0.010 122 Q 0.098 0.155 0.203 0.233 0.183 0.111 0.017 123 V 0.053 0.034 0.051 0.118 0.241 0.389 0.114 124 H 0.073 0.117 0.178 0.230 0.223 0.148 0.031 125 F 0.119 0.099 0.145 0.189 0.219 0.192 0.039 126 T 0.150 0.133 0.135 0.192 0.220 0.149 0.021 127 R 0.245 0.247 0.206 0.173 0.093 0.033 0.003 128 E 0.372 0.290 0.162 0.110 0.049 0.015 0.002 129 M 0.511 0.242 0.129 0.078 0.030 0.009 0.001 130 P 0.611 0.189 0.096 0.059 0.029 0.013 0.002