# TARGET T0316 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t3c1-near-backbone-11-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 18.0221 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.058 0.047 0.026 0.066 0.078 0.100 0.156 0.138 0.133 0.110 0.088 2 G 0.178 0.140 0.070 0.117 0.103 0.100 0.106 0.068 0.062 0.033 0.022 3 H 0.164 0.119 0.096 0.216 0.142 0.090 0.077 0.040 0.029 0.018 0.010 4 L 0.152 0.070 0.061 0.079 0.078 0.101 0.141 0.104 0.093 0.070 0.050 5 E 0.056 0.261 0.060 0.170 0.117 0.101 0.091 0.065 0.046 0.021 0.012 6 K 0.019 0.027 0.020 0.068 0.090 0.147 0.257 0.139 0.111 0.072 0.049 7 P 0.505 0.093 0.163 0.142 0.050 0.021 0.013 0.005 0.003 0.002 0.001 8 E 0.045 0.114 0.061 0.283 0.206 0.154 0.099 0.026 0.008 0.002 0.001 9 V 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.006 0.030 0.082 0.240 0.326 0.308 10 R 0.003 0.009 0.021 0.088 0.230 0.298 0.256 0.060 0.021 0.010 0.003 11 R 0.034 0.029 0.814 0.088 0.024 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 12 L 0.001 0.001 0.010 0.028 0.044 0.112 0.421 0.209 0.099 0.052 0.023 13 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.031 0.079 0.230 0.344 0.307 14 E 0.002 0.022 0.297 0.267 0.205 0.111 0.074 0.012 0.005 0.003 0.001 15 E 0.017 0.044 0.666 0.121 0.063 0.050 0.026 0.010 0.003 0.001 0.001 16 A 0.015 0.009 0.021 0.031 0.035 0.078 0.286 0.182 0.157 0.114 0.074 17 G 0.461 0.248 0.080 0.096 0.056 0.031 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 18 L 0.011 0.008 0.016 0.016 0.028 0.052 0.109 0.159 0.205 0.207 0.191 19 S 0.208 0.281 0.124 0.182 0.100 0.056 0.032 0.011 0.004 0.002 0.001 20 T 0.100 0.087 0.075 0.171 0.117 0.087 0.110 0.081 0.077 0.062 0.032 21 A 0.100 0.061 0.032 0.053 0.076 0.092 0.140 0.140 0.118 0.102 0.085 22 K 0.198 0.272 0.053 0.232 0.113 0.062 0.035 0.018 0.011 0.004 0.002 23 K 0.081 0.048 0.035 0.071 0.089 0.112 0.149 0.114 0.121 0.108 0.071 24 K 0.350 0.187 0.102 0.177 0.084 0.043 0.029 0.011 0.008 0.005 0.003 25 D 0.065 0.111 0.041 0.157 0.124 0.123 0.167 0.098 0.057 0.038 0.018 26 S 0.036 0.043 0.019 0.040 0.054 0.076 0.128 0.185 0.153 0.143 0.124 27 T 0.196 0.179 0.059 0.185 0.132 0.098 0.063 0.039 0.027 0.013 0.009 28 G 0.218 0.147 0.088 0.182 0.159 0.091 0.047 0.027 0.023 0.012 0.005 29 I 0.011 0.008 0.005 0.023 0.034 0.052 0.128 0.125 0.202 0.205 0.208 30 C 0.012 0.016 0.013 0.057 0.070 0.090 0.193 0.166 0.165 0.122 0.098 31 F 0.008 0.013 0.040 0.057 0.049 0.052 0.114 0.146 0.165 0.191 0.166 32 I 0.013 0.020 0.031 0.041 0.055 0.080 0.143 0.159 0.163 0.144 0.151 33 G 0.065 0.132 0.050 0.125 0.112 0.108 0.131 0.099 0.093 0.052 0.032 34 E 0.201 0.126 0.041 0.171 0.155 0.109 0.098 0.043 0.030 0.016 0.008 35 K 0.666 0.116 0.046 0.071 0.039 0.024 0.017 0.009 0.007 0.003 0.001 36 N 0.136 0.237 0.051 0.205 0.141 0.097 0.076 0.033 0.016 0.006 0.003 37 F 0.005 0.012 0.010 0.016 0.024 0.055 0.150 0.166 0.198 0.192 0.171 38 K 0.063 0.075 0.122 0.260 0.221 0.141 0.078 0.022 0.011 0.005 0.002 39 N 0.106 0.068 0.344 0.233 0.124 0.068 0.035 0.014 0.006 0.002 0.001 40 F 0.001 0.001 0.004 0.009 0.013 0.026 0.123 0.172 0.211 0.232 0.208 41 L 0.001 0.001 0.004 0.004 0.008 0.020 0.089 0.175 0.264 0.242 0.190 42 S 0.011 0.028 0.380 0.185 0.168 0.098 0.065 0.026 0.020 0.014 0.007 43 N 0.036 0.061 0.309 0.213 0.141 0.117 0.082 0.023 0.010 0.005 0.002 44 Y 0.024 0.017 0.015 0.040 0.046 0.073 0.216 0.206 0.180 0.125 0.059 45 L 0.059 0.035 0.019 0.037 0.047 0.081 0.187 0.184 0.147 0.112 0.093 46 P 0.236 0.267 0.176 0.184 0.081 0.032 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 47 A 0.162 0.116 0.061 0.102 0.112 0.104 0.123 0.081 0.059 0.045 0.034 48 Q 0.344 0.258 0.026 0.110 0.086 0.057 0.050 0.031 0.021 0.010 0.007 49 P 0.372 0.219 0.038 0.153 0.105 0.057 0.026 0.016 0.010 0.004 0.001 50 G 0.116 0.048 0.028 0.057 0.086 0.107 0.126 0.129 0.135 0.099 0.069 51 R 0.090 0.118 0.040 0.250 0.189 0.120 0.096 0.055 0.027 0.011 0.006 52 M 0.002 0.002 0.005 0.006 0.008 0.013 0.047 0.083 0.194 0.296 0.345 53 M 0.032 0.057 0.083 0.146 0.137 0.123 0.157 0.098 0.072 0.052 0.043 54 T 0.042 0.092 0.102 0.189 0.141 0.112 0.122 0.081 0.059 0.040 0.019 55 V 0.079 0.061 0.024 0.064 0.085 0.117 0.166 0.161 0.109 0.081 0.054 56 D 0.415 0.300 0.037 0.113 0.066 0.033 0.015 0.010 0.006 0.002 0.001 57 G 0.222 0.091 0.032 0.085 0.097 0.105 0.109 0.079 0.087 0.057 0.035 58 R 0.237 0.143 0.061 0.158 0.139 0.095 0.074 0.036 0.029 0.017 0.012 59 D 0.033 0.052 0.037 0.128 0.119 0.131 0.202 0.124 0.087 0.056 0.031 60 M 0.013 0.016 0.032 0.047 0.046 0.055 0.112 0.140 0.159 0.187 0.192 61 G 0.043 0.038 0.052 0.072 0.082 0.108 0.153 0.136 0.139 0.103 0.075 62 E 0.066 0.134 0.097 0.218 0.162 0.112 0.085 0.051 0.038 0.023 0.013 63 H 0.020 0.022 0.010 0.031 0.045 0.081 0.172 0.157 0.173 0.157 0.132 64 A 0.205 0.172 0.045 0.182 0.128 0.089 0.071 0.044 0.033 0.018 0.011 65 G 0.129 0.095 0.065 0.129 0.113 0.108 0.112 0.079 0.082 0.055 0.032 66 L 0.019 0.026 0.018 0.062 0.083 0.105 0.175 0.137 0.138 0.122 0.114 67 M 0.015 0.022 0.024 0.066 0.069 0.089 0.171 0.128 0.167 0.138 0.112 68 Y 0.016 0.022 0.059 0.105 0.100 0.103 0.159 0.113 0.119 0.117 0.087 69 Y 0.006 0.012 0.023 0.048 0.064 0.092 0.185 0.162 0.158 0.143 0.108 70 T 0.006 0.010 0.014 0.030 0.037 0.054 0.123 0.158 0.209 0.197 0.162 71 I 0.019 0.018 0.022 0.048 0.067 0.090 0.161 0.152 0.170 0.143 0.110 72 G 0.076 0.079 0.093 0.147 0.127 0.105 0.115 0.076 0.081 0.058 0.043 73 Q 0.021 0.034 0.019 0.078 0.084 0.103 0.204 0.132 0.132 0.108 0.085 74 R 0.030 0.031 0.022 0.058 0.062 0.073 0.155 0.123 0.144 0.154 0.148 75 G 0.090 0.104 0.065 0.211 0.147 0.111 0.125 0.057 0.042 0.030 0.018 76 G 0.140 0.111 0.081 0.150 0.142 0.110 0.090 0.068 0.055 0.036 0.017 77 L 0.012 0.009 0.005 0.016 0.028 0.054 0.133 0.153 0.198 0.199 0.193 78 G 0.133 0.179 0.055 0.193 0.148 0.094 0.073 0.055 0.037 0.021 0.013 79 I 0.009 0.008 0.007 0.017 0.027 0.041 0.094 0.127 0.190 0.236 0.244 80 G 0.191 0.146 0.049 0.148 0.128 0.095 0.086 0.058 0.046 0.029 0.024 81 G 0.079 0.075 0.027 0.131 0.105 0.092 0.134 0.092 0.106 0.090 0.068 82 Q 0.127 0.090 0.026 0.086 0.093 0.090 0.131 0.100 0.100 0.086 0.071 83 H 0.255 0.181 0.038 0.165 0.104 0.072 0.072 0.043 0.035 0.021 0.015 84 G 0.314 0.167 0.050 0.117 0.098 0.075 0.068 0.042 0.034 0.022 0.013 85 G 0.402 0.211 0.045 0.108 0.078 0.050 0.039 0.027 0.020 0.011 0.007 86 D 0.255 0.172 0.030 0.101 0.101 0.094 0.090 0.064 0.048 0.026 0.018 87 N 0.297 0.212 0.060 0.140 0.099 0.064 0.047 0.031 0.025 0.014 0.010 88 A 0.144 0.123 0.049 0.158 0.143 0.119 0.107 0.060 0.048 0.030 0.019 89 P 0.090 0.078 0.054 0.130 0.129 0.125 0.122 0.085 0.091 0.059 0.035 90 W 0.014 0.016 0.020 0.068 0.080 0.111 0.202 0.139 0.142 0.118 0.090 91 F 0.011 0.017 0.030 0.076 0.081 0.092 0.178 0.159 0.141 0.125 0.090 92 V 0.004 0.006 0.016 0.022 0.025 0.035 0.092 0.137 0.196 0.230 0.236 93 V 0.018 0.034 0.034 0.068 0.081 0.097 0.165 0.156 0.145 0.112 0.091 94 G 0.092 0.086 0.067 0.146 0.144 0.118 0.125 0.077 0.071 0.046 0.027 95 K 0.320 0.122 0.066 0.136 0.109 0.084 0.074 0.035 0.030 0.016 0.008 96 D 0.296 0.206 0.054 0.147 0.101 0.071 0.059 0.033 0.021 0.009 0.004 97 L 0.028 0.032 0.014 0.037 0.046 0.074 0.180 0.167 0.149 0.139 0.134 98 S 0.142 0.216 0.101 0.191 0.137 0.084 0.061 0.032 0.018 0.010 0.006 99 K 0.168 0.132 0.150 0.219 0.144 0.090 0.049 0.021 0.015 0.008 0.003 100 N 0.059 0.048 0.045 0.103 0.123 0.141 0.181 0.103 0.093 0.066 0.038 101 I 0.014 0.023 0.016 0.094 0.109 0.135 0.214 0.156 0.120 0.076 0.042 102 L 0.001 0.001 0.005 0.007 0.011 0.022 0.069 0.130 0.226 0.277 0.251 103 Y 0.006 0.014 0.043 0.079 0.105 0.118 0.180 0.176 0.115 0.088 0.076 104 V 0.002 0.003 0.010 0.014 0.017 0.024 0.070 0.113 0.215 0.259 0.272 105 G 0.017 0.017 0.018 0.039 0.063 0.082 0.154 0.156 0.179 0.147 0.126 106 Q 0.104 0.099 0.058 0.180 0.135 0.108 0.128 0.065 0.063 0.036 0.023 107 G 0.257 0.145 0.072 0.150 0.115 0.090 0.079 0.040 0.030 0.016 0.007 108 F 0.112 0.091 0.026 0.087 0.082 0.097 0.171 0.119 0.096 0.066 0.051 109 Y 0.225 0.253 0.069 0.143 0.094 0.070 0.066 0.037 0.023 0.012 0.007 110 H 0.161 0.135 0.080 0.170 0.144 0.111 0.094 0.046 0.031 0.018 0.011 111 D 0.425 0.141 0.129 0.125 0.084 0.048 0.026 0.010 0.008 0.003 0.001 112 S 0.136 0.076 0.069 0.188 0.142 0.119 0.136 0.065 0.040 0.020 0.009 113 L 0.011 0.016 0.031 0.034 0.043 0.065 0.163 0.164 0.175 0.161 0.138 114 M 0.020 0.071 0.087 0.162 0.117 0.115 0.169 0.118 0.068 0.045 0.027 115 S 0.051 0.077 0.197 0.177 0.166 0.128 0.094 0.047 0.031 0.022 0.011 116 T 0.189 0.117 0.146 0.188 0.123 0.089 0.077 0.032 0.023 0.012 0.004 117 S 0.207 0.127 0.057 0.192 0.166 0.106 0.071 0.044 0.021 0.008 0.002 118 L 0.003 0.002 0.002 0.002 0.005 0.020 0.068 0.179 0.257 0.252 0.210 119 E 0.056 0.265 0.108 0.295 0.157 0.071 0.027 0.013 0.004 0.001 0.001 120 A 0.005 0.007 0.018 0.017 0.022 0.037 0.096 0.113 0.181 0.262 0.242 121 S 0.185 0.173 0.071 0.227 0.158 0.083 0.058 0.022 0.012 0.007 0.004 122 Q 0.135 0.147 0.058 0.208 0.138 0.114 0.089 0.050 0.039 0.017 0.005 123 V 0.018 0.012 0.013 0.028 0.043 0.074 0.146 0.146 0.188 0.186 0.146 124 H 0.094 0.112 0.085 0.214 0.142 0.110 0.114 0.059 0.039 0.021 0.012 125 F 0.009 0.015 0.031 0.050 0.057 0.077 0.170 0.164 0.156 0.160 0.111 126 T 0.056 0.057 0.073 0.084 0.079 0.084 0.134 0.122 0.117 0.097 0.097 127 R 0.125 0.115 0.064 0.165 0.133 0.114 0.122 0.063 0.052 0.030 0.017 128 E 0.296 0.200 0.093 0.151 0.100 0.058 0.044 0.024 0.018 0.011 0.006 129 M 0.240 0.128 0.028 0.106 0.099 0.101 0.127 0.074 0.053 0.028 0.017 130 P 0.441 0.215 0.065 0.107 0.067 0.041 0.027 0.017 0.012 0.006 0.003