# TARGET T0316 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 18.0221 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.044 0.011 0.004 0.015 0.019 0.029 0.037 0.002 0.001 0.003 0.836 2 G 0.069 0.009 0.004 0.033 0.035 0.040 0.122 0.002 0.001 0.006 0.679 3 H 0.225 0.006 0.006 0.019 0.013 0.018 0.126 0.001 0.001 0.010 0.574 4 L 0.071 0.008 0.010 0.045 0.020 0.034 0.083 0.001 0.001 0.003 0.724 5 E 0.040 0.006 0.004 0.074 0.027 0.070 0.150 0.001 0.001 0.004 0.625 6 K 0.064 0.005 0.003 0.043 0.008 0.033 0.086 0.001 0.001 0.003 0.754 7 P 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.984 8 E 0.008 0.004 0.001 0.011 0.003 0.006 0.288 0.001 0.001 0.001 0.679 9 V 0.101 0.157 0.001 0.013 0.003 0.010 0.115 0.001 0.001 0.003 0.597 10 R 0.024 0.832 0.001 0.006 0.003 0.007 0.022 0.001 0.001 0.001 0.105 11 R 0.022 0.841 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.119 12 L 0.010 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 13 A 0.008 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 14 E 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 15 E 0.043 0.938 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.013 16 A 0.088 0.818 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.001 0.001 0.018 17 G 0.559 0.202 0.019 0.001 0.001 0.001 0.003 0.143 0.001 0.002 0.071 18 L 0.004 0.007 0.927 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.058 19 S 0.002 0.013 0.002 0.053 0.006 0.008 0.066 0.003 0.001 0.001 0.847 20 T 0.139 0.036 0.004 0.035 0.002 0.004 0.045 0.001 0.001 0.003 0.730 21 A 0.099 0.372 0.003 0.071 0.012 0.028 0.109 0.002 0.001 0.005 0.299 22 K 0.089 0.200 0.003 0.047 0.017 0.045 0.218 0.005 0.001 0.009 0.367 23 K 0.241 0.235 0.003 0.023 0.010 0.014 0.020 0.005 0.001 0.002 0.446 24 K 0.090 0.431 0.004 0.017 0.026 0.035 0.024 0.007 0.001 0.002 0.363 25 D 0.075 0.393 0.003 0.015 0.037 0.050 0.055 0.023 0.001 0.005 0.345 26 S 0.252 0.357 0.007 0.009 0.020 0.027 0.036 0.028 0.001 0.004 0.260 27 T 0.265 0.318 0.016 0.013 0.025 0.027 0.053 0.027 0.001 0.008 0.247 28 G 0.231 0.079 0.042 0.025 0.045 0.056 0.135 0.017 0.001 0.022 0.347 29 I 0.122 0.043 0.164 0.082 0.117 0.137 0.111 0.005 0.001 0.011 0.207 30 C 0.012 0.024 0.011 0.232 0.213 0.258 0.062 0.002 0.001 0.002 0.184 31 F 0.010 0.015 0.004 0.171 0.162 0.242 0.037 0.001 0.001 0.002 0.355 32 I 0.010 0.011 0.001 0.168 0.198 0.353 0.040 0.001 0.001 0.002 0.216 33 G 0.009 0.005 0.002 0.056 0.064 0.133 0.062 0.001 0.001 0.002 0.665 34 E 0.031 0.007 0.002 0.057 0.032 0.077 0.136 0.001 0.001 0.010 0.648 35 K 0.075 0.009 0.004 0.032 0.014 0.030 0.211 0.001 0.001 0.017 0.608 36 N 0.064 0.017 0.002 0.014 0.011 0.012 0.241 0.001 0.001 0.007 0.629 37 F 0.077 0.060 0.006 0.013 0.011 0.022 0.157 0.001 0.001 0.009 0.644 38 K 0.028 0.181 0.002 0.012 0.011 0.026 0.166 0.001 0.001 0.005 0.567 39 N 0.045 0.207 0.001 0.002 0.006 0.007 0.146 0.002 0.001 0.004 0.579 40 F 0.086 0.677 0.002 0.002 0.006 0.010 0.051 0.002 0.001 0.003 0.161 41 L 0.021 0.883 0.001 0.004 0.008 0.014 0.019 0.002 0.001 0.001 0.047 42 S 0.026 0.855 0.001 0.002 0.005 0.007 0.008 0.008 0.001 0.001 0.088 43 N 0.123 0.765 0.002 0.001 0.001 0.003 0.005 0.018 0.001 0.001 0.080 44 Y 0.336 0.518 0.020 0.002 0.002 0.002 0.005 0.048 0.001 0.001 0.066 45 L 0.306 0.266 0.099 0.012 0.011 0.012 0.021 0.048 0.001 0.002 0.223 46 P 0.006 0.005 0.010 0.005 0.001 0.003 0.003 0.004 0.001 0.001 0.964 47 A 0.077 0.007 0.007 0.027 0.008 0.016 0.037 0.006 0.001 0.001 0.814 48 Q 0.407 0.005 0.003 0.030 0.010 0.010 0.045 0.004 0.001 0.003 0.483 49 P 0.003 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.983 50 G 0.013 0.001 0.001 0.176 0.047 0.084 0.204 0.001 0.001 0.004 0.470 51 R 0.301 0.001 0.002 0.148 0.027 0.038 0.071 0.001 0.001 0.013 0.399 52 M 0.028 0.003 0.002 0.189 0.130 0.152 0.055 0.001 0.001 0.002 0.439 53 M 0.006 0.001 0.001 0.261 0.204 0.285 0.050 0.001 0.001 0.002 0.190 54 T 0.013 0.002 0.001 0.236 0.206 0.229 0.080 0.001 0.001 0.003 0.230 55 V 0.005 0.001 0.001 0.071 0.088 0.121 0.078 0.001 0.001 0.004 0.630 56 D 0.007 0.001 0.001 0.021 0.028 0.064 0.466 0.001 0.001 0.013 0.399 57 G 0.356 0.003 0.001 0.018 0.009 0.012 0.196 0.001 0.001 0.147 0.257 58 R 0.272 0.018 0.011 0.017 0.019 0.014 0.410 0.001 0.001 0.044 0.194 59 D 0.040 0.015 0.008 0.022 0.047 0.053 0.358 0.001 0.001 0.010 0.447 60 M 0.023 0.021 0.004 0.047 0.125 0.235 0.106 0.001 0.001 0.004 0.434 61 G 0.017 0.017 0.001 0.019 0.153 0.280 0.125 0.001 0.001 0.004 0.383 62 E 0.038 0.021 0.002 0.007 0.100 0.173 0.082 0.001 0.001 0.006 0.571 63 H 0.049 0.033 0.002 0.018 0.106 0.203 0.108 0.002 0.001 0.008 0.470 64 A 0.056 0.024 0.005 0.029 0.056 0.107 0.111 0.003 0.001 0.013 0.597 65 G 0.101 0.027 0.007 0.061 0.100 0.097 0.119 0.006 0.001 0.018 0.464 66 L 0.144 0.045 0.041 0.072 0.074 0.137 0.094 0.002 0.001 0.014 0.377 67 M 0.012 0.032 0.004 0.133 0.198 0.270 0.064 0.001 0.001 0.002 0.283 68 Y 0.018 0.033 0.002 0.140 0.165 0.329 0.044 0.001 0.001 0.003 0.263 69 Y 0.020 0.058 0.003 0.170 0.188 0.320 0.041 0.002 0.001 0.003 0.197 70 T 0.014 0.067 0.003 0.146 0.172 0.275 0.071 0.001 0.001 0.002 0.249 71 I 0.009 0.048 0.002 0.077 0.132 0.189 0.050 0.002 0.001 0.002 0.490 72 G 0.021 0.063 0.001 0.066 0.108 0.262 0.135 0.003 0.001 0.008 0.332 73 Q 0.143 0.125 0.009 0.031 0.058 0.089 0.115 0.008 0.001 0.017 0.405 74 R 0.163 0.204 0.019 0.019 0.036 0.056 0.062 0.006 0.001 0.009 0.426 75 G 0.067 0.098 0.008 0.037 0.095 0.109 0.068 0.011 0.001 0.006 0.501 76 G 0.184 0.037 0.013 0.021 0.058 0.063 0.054 0.010 0.001 0.009 0.551 77 L 0.061 0.028 0.083 0.066 0.082 0.135 0.045 0.003 0.001 0.005 0.493 78 G 0.009 0.007 0.003 0.094 0.113 0.144 0.094 0.002 0.001 0.002 0.532 79 I 0.064 0.008 0.007 0.097 0.098 0.145 0.062 0.001 0.001 0.006 0.512 80 G 0.010 0.007 0.002 0.088 0.057 0.116 0.082 0.001 0.001 0.002 0.636 81 G 0.030 0.004 0.002 0.088 0.047 0.077 0.141 0.001 0.001 0.009 0.601 82 Q 0.131 0.007 0.006 0.047 0.024 0.038 0.118 0.001 0.001 0.012 0.617 83 H 0.015 0.006 0.001 0.030 0.035 0.047 0.094 0.001 0.001 0.003 0.767 84 G 0.045 0.005 0.001 0.032 0.022 0.036 0.095 0.001 0.001 0.007 0.756 85 G 0.258 0.008 0.003 0.013 0.017 0.021 0.111 0.002 0.001 0.013 0.553 86 D 0.093 0.007 0.008 0.012 0.011 0.016 0.074 0.001 0.001 0.005 0.773 87 N 0.028 0.003 0.003 0.019 0.019 0.034 0.082 0.001 0.001 0.005 0.806 88 A 0.163 0.005 0.004 0.061 0.059 0.086 0.137 0.001 0.001 0.014 0.470 89 P 0.009 0.001 0.002 0.015 0.009 0.013 0.016 0.001 0.001 0.001 0.934 90 W 0.019 0.003 0.001 0.175 0.156 0.322 0.110 0.001 0.001 0.006 0.207 91 F 0.060 0.007 0.002 0.279 0.159 0.231 0.056 0.001 0.001 0.005 0.202 92 V 0.010 0.016 0.001 0.308 0.205 0.273 0.024 0.001 0.001 0.001 0.161 93 V 0.006 0.009 0.001 0.234 0.200 0.381 0.034 0.001 0.001 0.002 0.132 94 G 0.017 0.008 0.001 0.159 0.213 0.344 0.041 0.002 0.001 0.003 0.212 95 K 0.016 0.006 0.005 0.083 0.168 0.254 0.061 0.002 0.001 0.005 0.401 96 D 0.018 0.003 0.001 0.034 0.172 0.179 0.204 0.002 0.001 0.008 0.380 97 L 0.043 0.006 0.002 0.032 0.081 0.076 0.142 0.001 0.001 0.019 0.598 98 S 0.032 0.012 0.001 0.013 0.052 0.051 0.502 0.001 0.001 0.025 0.311 99 K 0.315 0.014 0.003 0.010 0.016 0.024 0.171 0.004 0.001 0.085 0.359 100 N 0.513 0.010 0.017 0.029 0.054 0.046 0.150 0.004 0.001 0.055 0.123 101 I 0.086 0.002 0.093 0.102 0.177 0.126 0.160 0.001 0.001 0.017 0.236 102 L 0.001 0.001 0.010 0.157 0.338 0.383 0.035 0.001 0.001 0.001 0.075 103 Y 0.001 0.001 0.001 0.232 0.276 0.459 0.011 0.001 0.001 0.001 0.022 104 V 0.001 0.001 0.001 0.249 0.237 0.391 0.016 0.001 0.001 0.001 0.106 105 G 0.001 0.001 0.001 0.339 0.207 0.358 0.022 0.001 0.001 0.001 0.071 106 Q 0.002 0.001 0.001 0.186 0.059 0.182 0.088 0.001 0.001 0.003 0.480 107 G 0.010 0.001 0.001 0.135 0.035 0.074 0.160 0.001 0.001 0.014 0.570 108 F 0.071 0.003 0.003 0.040 0.016 0.037 0.231 0.001 0.001 0.018 0.580 109 Y 0.017 0.004 0.001 0.009 0.008 0.011 0.077 0.001 0.001 0.002 0.870 110 H 0.040 0.012 0.002 0.008 0.009 0.023 0.072 0.001 0.001 0.004 0.831 111 D 0.053 0.040 0.001 0.002 0.006 0.010 0.059 0.001 0.001 0.002 0.827 112 S 0.149 0.180 0.001 0.004 0.018 0.021 0.102 0.004 0.001 0.005 0.516 113 L 0.182 0.394 0.003 0.005 0.014 0.021 0.065 0.005 0.001 0.005 0.306 114 M 0.106 0.610 0.006 0.008 0.018 0.032 0.051 0.009 0.001 0.005 0.154 115 S 0.091 0.617 0.011 0.011 0.015 0.039 0.032 0.014 0.001 0.004 0.166 116 T 0.090 0.495 0.010 0.015 0.024 0.025 0.027 0.023 0.001 0.002 0.289 117 S 0.152 0.411 0.022 0.020 0.024 0.028 0.045 0.022 0.001 0.005 0.269 118 L 0.081 0.312 0.034 0.072 0.114 0.123 0.071 0.014 0.001 0.006 0.173 119 E 0.044 0.303 0.014 0.088 0.101 0.149 0.092 0.008 0.001 0.004 0.195 120 A 0.039 0.331 0.010 0.091 0.109 0.201 0.037 0.006 0.001 0.003 0.172 121 S 0.031 0.261 0.004 0.107 0.157 0.224 0.054 0.008 0.001 0.004 0.150 122 Q 0.060 0.118 0.010 0.049 0.064 0.103 0.102 0.014 0.001 0.012 0.467 123 V 0.099 0.113 0.029 0.105 0.111 0.153 0.091 0.012 0.001 0.012 0.275 124 H 0.059 0.074 0.013 0.107 0.129 0.161 0.143 0.009 0.001 0.012 0.293 125 F 0.054 0.091 0.017 0.105 0.141 0.145 0.078 0.004 0.001 0.005 0.358 126 T 0.053 0.076 0.006 0.106 0.153 0.260 0.076 0.006 0.001 0.005 0.261 127 R 0.049 0.042 0.006 0.070 0.077 0.152 0.076 0.006 0.001 0.004 0.517 128 E 0.071 0.021 0.009 0.048 0.042 0.084 0.081 0.006 0.001 0.007 0.631 129 M 0.106 0.012 0.022 0.048 0.048 0.084 0.129 0.003 0.001 0.007 0.540 130 P 0.002 0.001 0.001 0.005 0.002 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.977