# TARGET T0316 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 18.617 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.024 0.016 0.127 0.133 0.456 0.244 2 G 0.015 0.009 0.075 0.056 0.522 0.323 3 H 0.011 0.012 0.047 0.031 0.485 0.414 4 L 0.012 0.033 0.019 0.045 0.312 0.579 5 E 0.010 0.014 0.007 0.056 0.118 0.795 6 K 0.004 0.002 0.012 0.822 0.043 0.117 7 P 0.002 0.001 0.008 0.953 0.015 0.020 8 E 0.001 0.001 0.009 0.980 0.005 0.004 9 V 0.004 0.001 0.006 0.983 0.003 0.003 10 R 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 11 R 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 12 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 13 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 14 E 0.001 0.001 0.004 0.994 0.002 0.001 15 E 0.001 0.001 0.004 0.990 0.003 0.003 16 A 0.001 0.001 0.003 0.957 0.005 0.034 17 G 0.001 0.001 0.001 0.009 0.015 0.975 18 L 0.004 0.003 0.003 0.002 0.051 0.937 19 S 0.049 0.011 0.029 0.005 0.148 0.757 20 T 0.073 0.023 0.284 0.018 0.267 0.335 21 A 0.108 0.020 0.315 0.022 0.293 0.244 22 K 0.152 0.016 0.271 0.023 0.305 0.234 23 K 0.116 0.042 0.171 0.040 0.473 0.157 24 K 0.083 0.020 0.165 0.035 0.540 0.157 25 D 0.052 0.013 0.228 0.021 0.581 0.105 26 S 0.074 0.029 0.099 0.014 0.626 0.158 27 T 0.119 0.011 0.038 0.007 0.477 0.348 28 G 0.251 0.005 0.007 0.002 0.274 0.461 29 I 0.804 0.015 0.002 0.002 0.062 0.115 30 C 0.932 0.012 0.001 0.001 0.018 0.036 31 F 0.927 0.008 0.001 0.001 0.025 0.038 32 I 0.661 0.016 0.002 0.003 0.098 0.220 33 G 0.225 0.010 0.007 0.004 0.383 0.371 34 E 0.055 0.008 0.041 0.019 0.570 0.308 35 K 0.019 0.013 0.069 0.033 0.549 0.317 36 N 0.019 0.021 0.051 0.118 0.434 0.357 37 F 0.001 0.002 0.037 0.922 0.023 0.015 38 K 0.003 0.001 0.028 0.934 0.023 0.011 39 N 0.002 0.001 0.033 0.928 0.030 0.007 40 F 0.003 0.002 0.032 0.935 0.021 0.007 41 L 0.003 0.002 0.041 0.930 0.017 0.007 42 S 0.002 0.001 0.074 0.896 0.018 0.010 43 N 0.002 0.001 0.068 0.848 0.034 0.047 44 Y 0.011 0.020 0.094 0.358 0.193 0.324 45 L 0.017 0.017 0.016 0.019 0.428 0.503 46 P 0.023 0.004 0.029 0.010 0.480 0.454 47 A 0.050 0.025 0.031 0.007 0.417 0.471 48 Q 0.082 0.026 0.015 0.004 0.486 0.387 49 P 0.132 0.013 0.008 0.005 0.419 0.423 50 G 0.270 0.010 0.007 0.006 0.300 0.408 51 R 0.790 0.011 0.003 0.006 0.090 0.100 52 M 0.955 0.002 0.001 0.003 0.012 0.026 53 M 0.976 0.003 0.001 0.001 0.005 0.014 54 T 0.950 0.005 0.001 0.001 0.041 0.003 55 V 0.368 0.003 0.002 0.002 0.624 0.002 56 D 0.022 0.001 0.002 0.001 0.973 0.002 57 G 0.037 0.003 0.001 0.001 0.954 0.004 58 R 0.657 0.061 0.001 0.002 0.214 0.064 59 D 0.843 0.044 0.002 0.003 0.028 0.081 60 M 0.839 0.015 0.011 0.008 0.060 0.067 61 G 0.789 0.004 0.028 0.007 0.072 0.101 62 E 0.684 0.007 0.058 0.013 0.115 0.122 63 H 0.505 0.018 0.042 0.024 0.222 0.190 64 A 0.328 0.008 0.025 0.015 0.337 0.288 65 G 0.387 0.006 0.016 0.009 0.285 0.297 66 L 0.674 0.015 0.013 0.009 0.139 0.150 67 M 0.857 0.008 0.008 0.005 0.050 0.072 68 Y 0.937 0.003 0.004 0.004 0.018 0.035 69 Y 0.936 0.005 0.004 0.006 0.014 0.035 70 T 0.915 0.006 0.004 0.008 0.030 0.037 71 I 0.842 0.005 0.009 0.014 0.066 0.064 72 G 0.585 0.008 0.016 0.014 0.225 0.151 73 Q 0.597 0.021 0.013 0.013 0.246 0.109 74 R 0.434 0.025 0.015 0.011 0.301 0.214 75 G 0.283 0.026 0.027 0.013 0.413 0.239 76 G 0.295 0.026 0.037 0.009 0.368 0.264 77 L 0.416 0.028 0.050 0.012 0.257 0.237 78 G 0.373 0.038 0.036 0.011 0.298 0.245 79 I 0.296 0.052 0.032 0.014 0.298 0.308 80 G 0.231 0.043 0.025 0.010 0.381 0.311 81 G 0.187 0.038 0.033 0.010 0.441 0.291 82 Q 0.116 0.080 0.046 0.014 0.570 0.174 83 H 0.098 0.065 0.035 0.008 0.586 0.208 84 G 0.038 0.016 0.026 0.004 0.752 0.164 85 G 0.026 0.008 0.032 0.003 0.770 0.160 86 D 0.040 0.011 0.042 0.004 0.578 0.324 87 N 0.070 0.033 0.023 0.005 0.442 0.428 88 A 0.077 0.016 0.005 0.001 0.289 0.612 89 P 0.148 0.011 0.002 0.001 0.178 0.659 90 W 0.755 0.014 0.002 0.001 0.047 0.181 91 F 0.964 0.005 0.001 0.001 0.009 0.021 92 V 0.981 0.001 0.001 0.001 0.006 0.011 93 V 0.962 0.001 0.001 0.001 0.011 0.024 94 G 0.853 0.001 0.001 0.003 0.057 0.084 95 K 0.678 0.009 0.008 0.007 0.122 0.176 96 D 0.324 0.050 0.016 0.008 0.368 0.235 97 L 0.030 0.005 0.295 0.022 0.634 0.014 98 S 0.029 0.002 0.344 0.018 0.584 0.023 99 K 0.025 0.002 0.225 0.013 0.710 0.025 100 N 0.187 0.007 0.014 0.004 0.539 0.249 101 I 0.742 0.008 0.001 0.001 0.028 0.220 102 L 0.985 0.003 0.001 0.001 0.003 0.009 103 Y 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 104 V 0.965 0.003 0.001 0.001 0.006 0.026 105 G 0.688 0.005 0.001 0.001 0.179 0.126 106 Q 0.159 0.007 0.005 0.001 0.506 0.322 107 G 0.029 0.008 0.012 0.002 0.714 0.235 108 F 0.038 0.033 0.023 0.010 0.703 0.193 109 Y 0.037 0.025 0.032 0.033 0.477 0.397 110 H 0.034 0.027 0.057 0.089 0.497 0.297 111 D 0.018 0.004 0.193 0.199 0.425 0.161 112 S 0.023 0.007 0.290 0.303 0.278 0.099 113 L 0.062 0.016 0.292 0.227 0.292 0.111 114 M 0.197 0.028 0.112 0.181 0.251 0.229 115 S 0.262 0.011 0.062 0.117 0.276 0.273 116 T 0.343 0.004 0.042 0.074 0.245 0.293 117 S 0.712 0.009 0.013 0.036 0.085 0.145 118 L 0.859 0.014 0.004 0.012 0.030 0.082 119 E 0.852 0.011 0.004 0.011 0.032 0.090 120 A 0.638 0.010 0.037 0.034 0.121 0.160 121 S 0.412 0.006 0.074 0.025 0.254 0.230 122 Q 0.368 0.009 0.117 0.031 0.278 0.197 123 V 0.390 0.018 0.063 0.031 0.235 0.263 124 H 0.500 0.024 0.045 0.029 0.154 0.248 125 F 0.556 0.036 0.040 0.032 0.120 0.216 126 T 0.439 0.031 0.047 0.037 0.192 0.254 127 R 0.330 0.018 0.039 0.023 0.255 0.335 128 E 0.156 0.022 0.024 0.026 0.259 0.513 129 M 0.062 0.027 0.005 0.010 0.167 0.728 130 P 0.025 0.008 0.002 0.004 0.108 0.853