# TARGET T0316 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 18.617 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.253 0.098 0.248 0.328 0.008 0.027 0.016 0.002 0.019 0.001 0.002 2 G 0.080 0.017 0.071 0.033 0.076 0.002 0.073 0.259 0.002 0.387 0.001 3 H 0.174 0.123 0.255 0.233 0.030 0.071 0.071 0.009 0.027 0.005 0.003 4 L 0.047 0.256 0.590 0.021 0.021 0.027 0.016 0.001 0.020 0.001 0.001 5 E 0.038 0.080 0.784 0.016 0.003 0.066 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 6 K 0.179 0.106 0.636 0.003 0.030 0.010 0.001 0.001 0.026 0.008 0.001 7 P 0.984 0.001 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 E 0.974 0.002 0.006 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 V 0.989 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 L 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 E 0.980 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 A 0.166 0.001 0.004 0.828 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 G 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.534 0.448 0.002 0.005 0.001 18 L 0.020 0.200 0.675 0.015 0.013 0.062 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 19 S 0.180 0.144 0.432 0.102 0.038 0.077 0.013 0.003 0.007 0.003 0.001 20 T 0.142 0.436 0.157 0.104 0.104 0.024 0.003 0.002 0.027 0.001 0.001 21 A 0.142 0.327 0.285 0.090 0.088 0.027 0.010 0.003 0.024 0.003 0.001 22 K 0.052 0.207 0.441 0.081 0.040 0.119 0.019 0.003 0.036 0.002 0.001 23 K 0.075 0.248 0.502 0.029 0.030 0.047 0.008 0.002 0.058 0.001 0.001 24 K 0.552 0.062 0.310 0.020 0.016 0.012 0.004 0.005 0.005 0.013 0.001 25 D 0.235 0.031 0.084 0.562 0.021 0.016 0.030 0.008 0.012 0.001 0.001 26 S 0.051 0.095 0.618 0.039 0.136 0.023 0.006 0.013 0.005 0.014 0.001 27 T 0.146 0.234 0.086 0.461 0.052 0.006 0.005 0.002 0.007 0.001 0.001 28 G 0.011 0.088 0.087 0.014 0.556 0.002 0.024 0.040 0.006 0.172 0.001 29 I 0.005 0.743 0.174 0.003 0.053 0.012 0.001 0.001 0.008 0.001 0.002 30 C 0.012 0.714 0.127 0.007 0.020 0.058 0.002 0.001 0.061 0.001 0.001 31 F 0.009 0.611 0.213 0.008 0.054 0.067 0.003 0.001 0.032 0.001 0.001 32 I 0.034 0.466 0.222 0.063 0.041 0.070 0.008 0.001 0.094 0.001 0.001 33 G 0.011 0.044 0.213 0.009 0.359 0.017 0.011 0.019 0.005 0.312 0.001 34 E 0.645 0.040 0.049 0.193 0.023 0.018 0.011 0.004 0.008 0.006 0.001 35 K 0.616 0.023 0.050 0.223 0.026 0.011 0.023 0.015 0.005 0.009 0.001 36 N 0.356 0.025 0.112 0.161 0.024 0.152 0.049 0.005 0.112 0.003 0.002 37 F 0.896 0.001 0.003 0.090 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 38 K 0.980 0.001 0.003 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 N 0.908 0.001 0.003 0.072 0.001 0.002 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 40 F 0.949 0.001 0.002 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 L 0.962 0.002 0.003 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 S 0.973 0.001 0.005 0.018 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 43 N 0.617 0.003 0.006 0.360 0.002 0.001 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 44 Y 0.502 0.026 0.113 0.315 0.002 0.016 0.016 0.002 0.007 0.001 0.001 45 L 0.067 0.240 0.333 0.005 0.017 0.014 0.018 0.002 0.299 0.004 0.001 46 P 0.207 0.003 0.723 0.011 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 47 A 0.278 0.048 0.398 0.199 0.015 0.027 0.011 0.013 0.008 0.003 0.002 48 Q 0.011 0.319 0.376 0.001 0.031 0.013 0.008 0.001 0.240 0.001 0.001 49 P 0.074 0.003 0.773 0.013 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.113 50 G 0.023 0.036 0.102 0.024 0.268 0.004 0.040 0.367 0.005 0.132 0.001 51 R 0.043 0.305 0.434 0.048 0.043 0.087 0.007 0.001 0.029 0.001 0.004 52 M 0.006 0.551 0.362 0.004 0.011 0.047 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 53 M 0.028 0.635 0.139 0.121 0.029 0.034 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 54 T 0.002 0.387 0.434 0.001 0.155 0.014 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 55 V 0.527 0.260 0.040 0.067 0.018 0.024 0.002 0.002 0.057 0.002 0.001 56 D 0.072 0.032 0.141 0.331 0.006 0.016 0.335 0.002 0.060 0.004 0.001 57 G 0.007 0.001 0.008 0.005 0.009 0.001 0.032 0.888 0.001 0.049 0.001 58 R 0.116 0.351 0.460 0.034 0.017 0.011 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 59 D 0.037 0.139 0.729 0.005 0.005 0.059 0.004 0.001 0.017 0.002 0.001 60 M 0.280 0.281 0.192 0.165 0.023 0.035 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 61 G 0.096 0.091 0.134 0.016 0.446 0.005 0.013 0.031 0.006 0.163 0.001 62 E 0.201 0.210 0.325 0.128 0.063 0.040 0.004 0.002 0.011 0.002 0.013 63 H 0.077 0.311 0.275 0.077 0.066 0.059 0.033 0.005 0.093 0.004 0.001 64 A 0.198 0.095 0.444 0.123 0.023 0.027 0.063 0.008 0.012 0.005 0.002 65 G 0.065 0.009 0.042 0.019 0.090 0.001 0.026 0.309 0.002 0.437 0.001 66 L 0.186 0.265 0.389 0.047 0.054 0.037 0.004 0.001 0.011 0.001 0.005 67 M 0.216 0.345 0.276 0.061 0.019 0.049 0.007 0.002 0.024 0.001 0.001 68 Y 0.098 0.557 0.159 0.048 0.082 0.029 0.007 0.002 0.017 0.001 0.001 69 Y 0.081 0.584 0.162 0.023 0.087 0.029 0.008 0.001 0.023 0.001 0.001 70 T 0.070 0.557 0.230 0.020 0.054 0.037 0.001 0.001 0.028 0.002 0.001 71 I 0.206 0.243 0.337 0.086 0.023 0.041 0.016 0.002 0.045 0.001 0.001 72 G 0.113 0.010 0.059 0.020 0.060 0.005 0.059 0.289 0.003 0.383 0.001 73 Q 0.350 0.190 0.211 0.140 0.026 0.052 0.010 0.002 0.017 0.002 0.001 74 R 0.268 0.185 0.259 0.166 0.028 0.032 0.030 0.007 0.017 0.007 0.001 75 G 0.119 0.057 0.163 0.178 0.117 0.007 0.185 0.120 0.010 0.044 0.001 76 G 0.047 0.010 0.062 0.023 0.077 0.005 0.132 0.361 0.003 0.279 0.002 77 L 0.170 0.252 0.278 0.203 0.060 0.017 0.005 0.002 0.008 0.003 0.002 78 G 0.065 0.113 0.224 0.062 0.217 0.034 0.093 0.077 0.016 0.097 0.001 79 I 0.117 0.418 0.220 0.148 0.040 0.023 0.003 0.001 0.026 0.001 0.001 80 G 0.103 0.097 0.188 0.112 0.199 0.014 0.071 0.075 0.016 0.124 0.001 81 G 0.093 0.064 0.240 0.053 0.216 0.010 0.033 0.121 0.006 0.161 0.003 82 Q 0.172 0.292 0.335 0.070 0.064 0.024 0.008 0.004 0.023 0.004 0.004 83 H 0.125 0.185 0.368 0.128 0.048 0.048 0.039 0.012 0.034 0.010 0.004 84 G 0.086 0.055 0.192 0.070 0.132 0.005 0.053 0.220 0.006 0.177 0.002 85 G 0.155 0.064 0.145 0.055 0.118 0.009 0.029 0.157 0.009 0.255 0.002 86 D 0.129 0.105 0.215 0.253 0.038 0.057 0.152 0.006 0.030 0.012 0.003 87 N 0.112 0.028 0.095 0.263 0.048 0.023 0.286 0.117 0.007 0.016 0.004 88 A 0.028 0.455 0.366 0.003 0.025 0.012 0.006 0.001 0.104 0.001 0.001 89 P 0.028 0.013 0.883 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 90 W 0.098 0.430 0.279 0.059 0.080 0.025 0.007 0.002 0.019 0.001 0.001 91 F 0.014 0.577 0.279 0.006 0.068 0.030 0.004 0.001 0.021 0.001 0.001 92 V 0.020 0.549 0.326 0.003 0.005 0.075 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 93 V 0.113 0.525 0.109 0.149 0.031 0.034 0.004 0.001 0.034 0.001 0.001 94 G 0.016 0.220 0.157 0.007 0.493 0.009 0.023 0.036 0.004 0.033 0.001 95 K 0.077 0.648 0.125 0.035 0.076 0.014 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 96 D 0.029 0.100 0.316 0.016 0.040 0.285 0.017 0.001 0.191 0.004 0.001 97 L 0.841 0.016 0.044 0.075 0.004 0.010 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 98 S 0.868 0.009 0.020 0.096 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 K 0.257 0.050 0.044 0.580 0.033 0.003 0.021 0.005 0.005 0.002 0.001 100 N 0.004 0.011 0.029 0.045 0.008 0.021 0.847 0.019 0.017 0.001 0.001 101 I 0.009 0.690 0.231 0.010 0.031 0.017 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 102 L 0.002 0.796 0.138 0.001 0.010 0.025 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 103 Y 0.003 0.602 0.310 0.001 0.006 0.064 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 104 V 0.009 0.792 0.098 0.008 0.018 0.031 0.001 0.001 0.044 0.001 0.001 105 G 0.028 0.396 0.179 0.010 0.270 0.037 0.010 0.004 0.043 0.021 0.001 106 Q 0.124 0.142 0.411 0.159 0.028 0.059 0.029 0.003 0.036 0.004 0.006 107 G 0.065 0.026 0.095 0.037 0.139 0.006 0.057 0.353 0.004 0.215 0.002 108 F 0.298 0.204 0.255 0.110 0.053 0.024 0.019 0.011 0.014 0.011 0.002 109 Y 0.180 0.182 0.197 0.175 0.034 0.069 0.086 0.014 0.052 0.009 0.001 110 H 0.274 0.139 0.233 0.088 0.069 0.053 0.074 0.009 0.047 0.012 0.001 111 D 0.665 0.024 0.091 0.132 0.009 0.029 0.030 0.008 0.007 0.004 0.003 112 S 0.655 0.075 0.087 0.101 0.029 0.015 0.015 0.006 0.013 0.003 0.001 113 L 0.635 0.076 0.108 0.128 0.014 0.019 0.007 0.002 0.009 0.001 0.001 114 M 0.520 0.158 0.103 0.117 0.036 0.030 0.015 0.004 0.013 0.003 0.001 115 S 0.391 0.219 0.143 0.126 0.073 0.020 0.010 0.003 0.012 0.003 0.001 116 T 0.433 0.166 0.086 0.211 0.069 0.010 0.013 0.003 0.007 0.002 0.001 117 S 0.143 0.404 0.108 0.120 0.109 0.031 0.043 0.006 0.033 0.001 0.001 118 L 0.018 0.693 0.192 0.009 0.049 0.015 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 119 E 0.023 0.701 0.161 0.012 0.034 0.041 0.004 0.001 0.022 0.001 0.001 120 A 0.085 0.490 0.255 0.016 0.053 0.067 0.003 0.001 0.028 0.001 0.001 121 S 0.593 0.097 0.032 0.230 0.028 0.008 0.003 0.001 0.006 0.002 0.001 122 Q 0.058 0.360 0.102 0.063 0.228 0.032 0.116 0.003 0.036 0.001 0.001 123 V 0.104 0.585 0.205 0.035 0.020 0.026 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 124 H 0.109 0.496 0.090 0.073 0.101 0.043 0.019 0.002 0.065 0.002 0.001 125 F 0.097 0.320 0.292 0.102 0.073 0.049 0.026 0.004 0.032 0.003 0.001 126 T 0.170 0.396 0.229 0.122 0.038 0.022 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 127 R 0.187 0.289 0.201 0.085 0.127 0.029 0.035 0.006 0.018 0.023 0.001 128 E 0.144 0.213 0.342 0.158 0.034 0.052 0.018 0.004 0.030 0.003 0.003 129 M 0.030 0.252 0.482 0.004 0.021 0.022 0.009 0.001 0.176 0.002 0.001 130 P 0.239 0.007 0.654 0.014 0.001 0.027 0.002 0.001 0.001 0.001 0.052