# TARGET T0316 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.0694 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.157 0.163 0.203 0.173 0.022 0.112 0.073 0.003 0.092 0.001 0.001 2 Y 0.203 0.435 0.213 0.034 0.048 0.034 0.009 0.002 0.021 0.001 0.002 3 V 0.195 0.481 0.224 0.024 0.012 0.038 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 4 A 0.203 0.364 0.172 0.043 0.121 0.045 0.010 0.005 0.027 0.007 0.001 5 T 0.196 0.431 0.106 0.091 0.109 0.025 0.007 0.002 0.030 0.003 0.001 6 G 0.286 0.071 0.120 0.089 0.151 0.020 0.087 0.088 0.011 0.076 0.002 7 H 0.282 0.285 0.169 0.108 0.080 0.036 0.019 0.004 0.012 0.003 0.001 8 Y 0.226 0.413 0.147 0.077 0.057 0.031 0.020 0.003 0.024 0.001 0.001 9 A 0.160 0.455 0.169 0.039 0.137 0.013 0.008 0.002 0.011 0.005 0.001 10 R 0.113 0.533 0.181 0.033 0.087 0.025 0.007 0.001 0.019 0.001 0.001 11 V 0.119 0.586 0.170 0.038 0.035 0.025 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 12 A 0.069 0.558 0.220 0.029 0.059 0.032 0.004 0.001 0.025 0.001 0.001 13 R 0.062 0.516 0.244 0.050 0.055 0.035 0.006 0.001 0.029 0.002 0.001 14 D 0.062 0.141 0.542 0.042 0.072 0.074 0.018 0.005 0.034 0.009 0.001 15 E 0.718 0.068 0.030 0.127 0.009 0.015 0.007 0.005 0.015 0.005 0.001 16 D 0.050 0.009 0.033 0.511 0.003 0.009 0.357 0.003 0.023 0.002 0.001 17 G 0.004 0.001 0.012 0.007 0.011 0.001 0.099 0.835 0.001 0.031 0.001 18 T 0.067 0.508 0.313 0.054 0.029 0.017 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 19 V 0.018 0.534 0.361 0.009 0.032 0.021 0.003 0.001 0.020 0.002 0.001 20 H 0.024 0.689 0.180 0.008 0.040 0.031 0.002 0.001 0.025 0.001 0.001 21 M 0.032 0.339 0.532 0.007 0.015 0.056 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 22 L 0.087 0.581 0.182 0.024 0.055 0.038 0.003 0.001 0.026 0.001 0.002 23 R 0.049 0.546 0.197 0.028 0.109 0.020 0.007 0.002 0.041 0.001 0.001 24 G 0.103 0.176 0.370 0.037 0.189 0.022 0.015 0.036 0.007 0.042 0.002 25 V 0.195 0.439 0.149 0.107 0.061 0.023 0.003 0.001 0.017 0.003 0.001 26 D 0.073 0.165 0.314 0.088 0.076 0.122 0.043 0.003 0.106 0.009 0.001 27 N 0.524 0.015 0.140 0.233 0.006 0.012 0.055 0.006 0.005 0.004 0.001 28 G 0.129 0.006 0.023 0.203 0.012 0.004 0.128 0.473 0.003 0.020 0.001 29 K 0.114 0.188 0.502 0.086 0.031 0.038 0.018 0.004 0.018 0.002 0.001 30 D 0.034 0.180 0.481 0.040 0.032 0.136 0.031 0.003 0.059 0.002 0.001 31 Q 0.499 0.168 0.125 0.104 0.021 0.053 0.011 0.002 0.014 0.001 0.001 32 T 0.493 0.258 0.104 0.089 0.030 0.015 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 33 Y 0.516 0.255 0.077 0.063 0.060 0.010 0.004 0.002 0.013 0.001 0.001 34 F 0.509 0.238 0.136 0.020 0.034 0.039 0.004 0.001 0.017 0.001 0.001 35 L 0.522 0.180 0.139 0.110 0.015 0.022 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 36 S 0.576 0.119 0.196 0.060 0.025 0.009 0.008 0.002 0.003 0.001 0.001 37 Q 0.235 0.094 0.081 0.398 0.034 0.032 0.074 0.026 0.024 0.002 0.001 38 L 0.012 0.254 0.651 0.015 0.009 0.040 0.004 0.001 0.015 0.001 0.001 39 S 0.007 0.120 0.774 0.001 0.030 0.046 0.001 0.001 0.016 0.003 0.001 40 Q 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 E 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 Q 0.945 0.001 0.001 0.054 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 L 0.960 0.002 0.010 0.021 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 44 Q 0.966 0.003 0.007 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 K 0.767 0.023 0.015 0.165 0.013 0.003 0.007 0.002 0.003 0.001 0.001 46 T 0.405 0.196 0.106 0.243 0.019 0.013 0.003 0.002 0.013 0.001 0.001 47 M 0.311 0.222 0.150 0.139 0.013 0.079 0.034 0.003 0.045 0.003 0.001 48 F 0.041 0.455 0.247 0.007 0.045 0.024 0.010 0.001 0.167 0.003 0.001 49 P 0.138 0.013 0.726 0.006 0.001 0.072 0.001 0.001 0.005 0.001 0.037 50 L 0.362 0.061 0.331 0.180 0.006 0.039 0.006 0.002 0.010 0.001 0.003 51 G 0.118 0.015 0.053 0.047 0.090 0.002 0.088 0.328 0.002 0.255 0.001 52 H 0.177 0.071 0.171 0.355 0.032 0.063 0.094 0.013 0.020 0.003 0.002 53 L 0.050 0.261 0.539 0.039 0.036 0.033 0.022 0.002 0.017 0.001 0.001 54 E 0.039 0.127 0.696 0.034 0.009 0.077 0.005 0.001 0.011 0.001 0.001 55 K 0.168 0.117 0.619 0.003 0.037 0.011 0.001 0.001 0.034 0.008 0.001 56 P 0.991 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 E 0.979 0.001 0.003 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 V 0.989 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 L 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 E 0.978 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 A 0.195 0.001 0.006 0.797 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 G 0.007 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.435 0.541 0.002 0.007 0.001 67 L 0.032 0.193 0.650 0.023 0.013 0.070 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 68 S 0.212 0.134 0.433 0.095 0.040 0.060 0.011 0.004 0.006 0.003 0.001 69 T 0.191 0.374 0.148 0.140 0.091 0.024 0.003 0.002 0.027 0.001 0.001 70 A 0.180 0.278 0.301 0.090 0.086 0.024 0.011 0.004 0.021 0.004 0.001 71 K 0.072 0.194 0.416 0.088 0.036 0.125 0.021 0.003 0.042 0.002 0.001 72 K 0.105 0.224 0.499 0.038 0.022 0.050 0.008 0.002 0.051 0.001 0.001 73 K 0.520 0.067 0.338 0.021 0.016 0.014 0.005 0.004 0.005 0.009 0.001 74 D 0.242 0.030 0.079 0.556 0.021 0.016 0.032 0.010 0.012 0.001 0.001 75 S 0.050 0.097 0.630 0.037 0.124 0.026 0.006 0.012 0.005 0.011 0.001 76 T 0.150 0.235 0.077 0.475 0.045 0.005 0.003 0.002 0.006 0.001 0.001 77 G 0.010 0.095 0.078 0.013 0.598 0.002 0.021 0.033 0.006 0.144 0.001 78 I 0.005 0.757 0.162 0.003 0.052 0.012 0.001 0.001 0.008 0.001 0.002 79 C 0.011 0.722 0.122 0.007 0.023 0.054 0.002 0.001 0.059 0.001 0.001 80 F 0.009 0.603 0.224 0.008 0.051 0.066 0.003 0.001 0.033 0.001 0.001 81 I 0.034 0.482 0.236 0.060 0.039 0.064 0.007 0.001 0.078 0.001 0.001 82 G 0.012 0.050 0.212 0.009 0.356 0.017 0.012 0.021 0.005 0.304 0.001 83 E 0.647 0.045 0.052 0.183 0.022 0.020 0.011 0.004 0.010 0.005 0.001 84 K 0.617 0.027 0.052 0.226 0.023 0.010 0.022 0.011 0.005 0.007 0.001 85 N 0.305 0.033 0.124 0.186 0.026 0.143 0.062 0.006 0.111 0.003 0.002 86 F 0.843 0.004 0.009 0.127 0.001 0.007 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 87 K 0.960 0.002 0.009 0.022 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 88 N 0.856 0.003 0.009 0.102 0.004 0.005 0.013 0.007 0.002 0.001 0.001 89 F 0.929 0.002 0.006 0.057 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 90 L 0.940 0.005 0.009 0.043 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 S 0.945 0.004 0.012 0.032 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 92 N 0.491 0.006 0.016 0.443 0.004 0.004 0.027 0.007 0.002 0.001 0.001 93 Y 0.428 0.056 0.173 0.280 0.005 0.022 0.020 0.003 0.012 0.001 0.001 94 L 0.066 0.262 0.377 0.004 0.018 0.016 0.017 0.001 0.234 0.004 0.001 95 P 0.209 0.003 0.716 0.011 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 96 A 0.269 0.058 0.391 0.198 0.017 0.030 0.013 0.012 0.009 0.002 0.002 97 Q 0.013 0.323 0.361 0.001 0.029 0.013 0.009 0.001 0.251 0.001 0.001 98 P 0.075 0.003 0.772 0.012 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.116 99 G 0.023 0.036 0.101 0.022 0.271 0.003 0.039 0.366 0.005 0.134 0.001 100 R 0.046 0.310 0.435 0.047 0.042 0.081 0.006 0.001 0.027 0.001 0.004 101 M 0.007 0.547 0.365 0.005 0.011 0.047 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 102 M 0.037 0.642 0.123 0.123 0.030 0.032 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 103 T 0.003 0.429 0.405 0.002 0.137 0.015 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 104 V 0.358 0.388 0.053 0.067 0.023 0.028 0.003 0.002 0.076 0.002 0.001 105 D 0.051 0.040 0.148 0.251 0.009 0.020 0.403 0.003 0.069 0.006 0.001 106 G 0.008 0.001 0.010 0.006 0.011 0.001 0.037 0.872 0.001 0.056 0.001 107 R 0.125 0.374 0.419 0.038 0.020 0.011 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 108 D 0.042 0.142 0.710 0.006 0.007 0.064 0.005 0.001 0.019 0.002 0.001 109 M 0.264 0.287 0.204 0.158 0.026 0.036 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 110 G 0.104 0.080 0.127 0.017 0.407 0.004 0.012 0.035 0.006 0.208 0.001 111 E 0.207 0.193 0.340 0.128 0.060 0.039 0.004 0.002 0.010 0.002 0.015 112 H 0.077 0.308 0.269 0.082 0.065 0.060 0.036 0.005 0.093 0.004 0.001 113 A 0.198 0.099 0.437 0.126 0.025 0.025 0.062 0.009 0.012 0.005 0.002 114 G 0.066 0.009 0.043 0.018 0.087 0.001 0.024 0.299 0.002 0.452 0.001 115 L 0.193 0.259 0.386 0.050 0.055 0.036 0.004 0.001 0.010 0.002 0.004 116 M 0.205 0.365 0.267 0.061 0.020 0.047 0.007 0.002 0.025 0.001 0.001 117 Y 0.092 0.566 0.165 0.045 0.076 0.030 0.006 0.001 0.017 0.001 0.001 118 Y 0.080 0.579 0.164 0.024 0.091 0.029 0.008 0.001 0.023 0.001 0.001 119 T 0.068 0.565 0.223 0.020 0.057 0.035 0.001 0.001 0.028 0.002 0.001 120 I 0.224 0.232 0.335 0.086 0.023 0.039 0.016 0.002 0.041 0.001 0.001 121 G 0.125 0.010 0.058 0.020 0.058 0.005 0.059 0.286 0.002 0.376 0.001 122 Q 0.386 0.187 0.197 0.133 0.025 0.044 0.008 0.002 0.015 0.002 0.001 123 R 0.277 0.181 0.258 0.171 0.026 0.031 0.027 0.006 0.016 0.006 0.001 124 G 0.114 0.054 0.161 0.202 0.105 0.007 0.195 0.113 0.010 0.038 0.001 125 G 0.038 0.008 0.048 0.022 0.066 0.004 0.155 0.409 0.002 0.245 0.001 126 L 0.129 0.282 0.314 0.169 0.065 0.020 0.005 0.002 0.009 0.003 0.002 127 G 0.058 0.140 0.240 0.055 0.227 0.035 0.066 0.072 0.014 0.091 0.001 128 I 0.125 0.426 0.192 0.149 0.049 0.024 0.004 0.002 0.027 0.002 0.001 129 G 0.101 0.083 0.193 0.123 0.169 0.017 0.100 0.084 0.021 0.108 0.001 130 G 0.100 0.049 0.237 0.043 0.189 0.009 0.026 0.127 0.004 0.215 0.003 131 Q 0.279 0.152 0.318 0.141 0.043 0.028 0.010 0.006 0.013 0.005 0.004 132 H 0.121 0.171 0.315 0.168 0.068 0.030 0.056 0.016 0.038 0.014 0.003 133 G 0.059 0.022 0.180 0.034 0.111 0.003 0.055 0.189 0.004 0.341 0.002 134 G 0.139 0.018 0.140 0.043 0.096 0.004 0.026 0.269 0.002 0.258 0.005 135 D 0.231 0.156 0.235 0.226 0.052 0.038 0.032 0.008 0.013 0.006 0.002 136 N 0.183 0.225 0.240 0.188 0.054 0.037 0.035 0.008 0.024 0.004 0.001 137 A 0.068 0.404 0.333 0.005 0.046 0.016 0.008 0.001 0.116 0.002 0.001 138 P 0.176 0.013 0.708 0.007 0.001 0.034 0.001 0.001 0.002 0.001 0.059 139 W 0.283 0.281 0.226 0.090 0.050 0.034 0.009 0.004 0.021 0.002 0.001 140 F 0.156 0.368 0.255 0.042 0.075 0.046 0.015 0.003 0.038 0.002 0.001 141 V 0.216 0.349 0.303 0.039 0.018 0.044 0.003 0.001 0.024 0.001 0.001 142 V 0.244 0.267 0.239 0.156 0.022 0.027 0.012 0.002 0.027 0.003 0.001 143 G 0.143 0.051 0.146 0.051 0.102 0.014 0.149 0.239 0.007 0.097 0.002 144 K 0.441 0.132 0.209 0.090 0.042 0.023 0.033 0.006 0.017 0.006 0.001 145 D 0.281 0.054 0.231 0.219 0.013 0.084 0.072 0.005 0.037 0.001 0.003 146 L 0.310 0.187 0.349 0.094 0.011 0.036 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 147 S 0.245 0.179 0.303 0.151 0.035 0.046 0.010 0.003 0.021 0.005 0.001 148 K 0.434 0.147 0.175 0.102 0.065 0.010 0.019 0.015 0.014 0.018 0.001