# TARGET T0316 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.7818 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.044 0.002 0.007 0.010 0.268 0.669 2 Y 0.444 0.014 0.006 0.012 0.150 0.373 3 V 0.690 0.042 0.005 0.011 0.090 0.163 4 A 0.637 0.038 0.006 0.015 0.102 0.203 5 T 0.412 0.010 0.009 0.020 0.180 0.370 6 G 0.319 0.004 0.025 0.023 0.293 0.337 7 H 0.502 0.006 0.029 0.023 0.198 0.242 8 Y 0.744 0.011 0.030 0.020 0.096 0.100 9 A 0.871 0.005 0.014 0.028 0.039 0.043 10 R 0.869 0.003 0.010 0.032 0.035 0.051 11 V 0.888 0.005 0.006 0.020 0.030 0.052 12 A 0.869 0.005 0.004 0.011 0.043 0.068 13 R 0.677 0.034 0.007 0.015 0.087 0.181 14 D 0.204 0.019 0.012 0.006 0.732 0.026 15 E 0.036 0.004 0.030 0.007 0.902 0.021 16 D 0.008 0.001 0.026 0.006 0.936 0.023 17 G 0.088 0.013 0.009 0.002 0.852 0.036 18 T 0.384 0.018 0.003 0.004 0.114 0.477 19 V 0.839 0.021 0.003 0.002 0.031 0.105 20 H 0.896 0.006 0.004 0.004 0.022 0.068 21 M 0.879 0.009 0.007 0.007 0.027 0.070 22 L 0.804 0.008 0.008 0.012 0.059 0.109 23 R 0.627 0.011 0.013 0.021 0.111 0.217 24 G 0.403 0.016 0.041 0.016 0.246 0.278 25 V 0.243 0.045 0.031 0.025 0.245 0.410 26 D 0.088 0.046 0.046 0.028 0.695 0.097 27 N 0.009 0.006 0.036 0.054 0.781 0.115 28 G 0.003 0.003 0.020 0.043 0.710 0.222 29 K 0.024 0.035 0.022 0.167 0.607 0.145 30 D 0.021 0.028 0.010 0.230 0.109 0.601 31 Q 0.006 0.003 0.029 0.906 0.027 0.029 32 T 0.009 0.001 0.024 0.921 0.030 0.016 33 Y 0.012 0.001 0.026 0.921 0.031 0.008 34 F 0.018 0.001 0.014 0.930 0.029 0.008 35 L 0.019 0.002 0.039 0.862 0.070 0.008 36 S 0.028 0.002 0.059 0.741 0.144 0.026 37 Q 0.024 0.003 0.066 0.463 0.241 0.204 38 L 0.016 0.020 0.009 0.163 0.195 0.597 39 S 0.005 0.010 0.002 0.068 0.045 0.870 40 Q 0.001 0.001 0.009 0.987 0.003 0.002 41 E 0.001 0.001 0.014 0.981 0.004 0.001 42 Q 0.001 0.001 0.017 0.974 0.007 0.001 43 L 0.002 0.001 0.008 0.969 0.015 0.005 44 Q 0.004 0.002 0.011 0.938 0.026 0.019 45 K 0.014 0.001 0.015 0.831 0.069 0.070 46 T 0.027 0.004 0.007 0.673 0.094 0.195 47 M 0.086 0.030 0.012 0.433 0.119 0.321 48 F 0.109 0.018 0.019 0.064 0.210 0.580 49 P 0.083 0.013 0.031 0.053 0.295 0.525 50 L 0.067 0.023 0.124 0.077 0.486 0.224 51 G 0.032 0.017 0.095 0.047 0.548 0.261 52 H 0.019 0.010 0.088 0.038 0.568 0.278 53 L 0.028 0.027 0.026 0.039 0.419 0.461 54 E 0.020 0.019 0.006 0.052 0.119 0.784 55 K 0.004 0.003 0.018 0.734 0.070 0.171 56 P 0.001 0.001 0.018 0.936 0.025 0.020 57 E 0.001 0.001 0.025 0.953 0.016 0.005 58 V 0.001 0.001 0.012 0.974 0.008 0.004 59 R 0.001 0.001 0.005 0.990 0.002 0.003 60 R 0.001 0.001 0.004 0.987 0.005 0.003 61 L 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.003 62 A 0.001 0.001 0.004 0.990 0.005 0.001 63 E 0.001 0.001 0.007 0.985 0.007 0.001 64 E 0.001 0.001 0.005 0.984 0.008 0.003 65 A 0.001 0.001 0.005 0.957 0.010 0.028 66 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.981 67 L 0.010 0.006 0.006 0.002 0.085 0.891 68 S 0.075 0.016 0.026 0.006 0.198 0.679 69 T 0.171 0.048 0.112 0.019 0.276 0.374 70 A 0.211 0.013 0.095 0.032 0.290 0.358 71 K 0.251 0.011 0.068 0.028 0.296 0.346 72 K 0.201 0.030 0.101 0.045 0.434 0.189 73 K 0.155 0.013 0.118 0.027 0.516 0.170 74 D 0.149 0.016 0.191 0.029 0.472 0.142 75 S 0.217 0.040 0.075 0.016 0.468 0.185 76 T 0.246 0.007 0.022 0.006 0.411 0.308 77 G 0.587 0.004 0.007 0.004 0.198 0.201 78 I 0.894 0.009 0.001 0.002 0.041 0.053 79 C 0.953 0.007 0.001 0.001 0.011 0.027 80 F 0.916 0.006 0.001 0.002 0.024 0.052 81 I 0.695 0.015 0.002 0.003 0.078 0.206 82 G 0.261 0.009 0.005 0.004 0.360 0.361 83 E 0.061 0.006 0.086 0.028 0.573 0.246 84 K 0.026 0.011 0.147 0.058 0.498 0.260 85 N 0.031 0.025 0.065 0.081 0.469 0.329 86 F 0.002 0.002 0.047 0.871 0.043 0.036 87 K 0.001 0.001 0.044 0.915 0.026 0.012 88 N 0.001 0.001 0.045 0.922 0.026 0.006 89 F 0.001 0.001 0.048 0.924 0.020 0.006 90 L 0.001 0.002 0.036 0.938 0.016 0.006 91 S 0.001 0.001 0.081 0.877 0.030 0.010 92 N 0.003 0.002 0.052 0.816 0.063 0.065 93 Y 0.012 0.026 0.052 0.574 0.135 0.201 94 L 0.022 0.012 0.025 0.046 0.447 0.448 95 P 0.017 0.006 0.029 0.014 0.456 0.478 96 A 0.042 0.033 0.039 0.005 0.462 0.419 97 Q 0.037 0.013 0.019 0.003 0.600 0.329 98 P 0.064 0.008 0.020 0.005 0.521 0.383 99 G 0.140 0.016 0.015 0.005 0.390 0.434 100 R 0.591 0.026 0.007 0.004 0.154 0.218 101 M 0.870 0.009 0.004 0.003 0.028 0.085 102 M 0.929 0.012 0.002 0.003 0.013 0.041 103 T 0.896 0.009 0.002 0.002 0.076 0.015 104 V 0.404 0.008 0.006 0.004 0.563 0.016 105 D 0.041 0.001 0.005 0.003 0.932 0.018 106 G 0.053 0.004 0.005 0.001 0.910 0.027 107 R 0.470 0.044 0.005 0.003 0.280 0.198 108 D 0.641 0.098 0.007 0.005 0.069 0.181 109 M 0.625 0.025 0.034 0.014 0.148 0.153 110 G 0.604 0.009 0.052 0.015 0.178 0.143 111 E 0.555 0.015 0.062 0.027 0.181 0.160 112 H 0.425 0.022 0.055 0.058 0.315 0.125 113 A 0.243 0.007 0.020 0.047 0.482 0.201 114 G 0.257 0.005 0.020 0.081 0.454 0.183 115 L 0.593 0.019 0.014 0.099 0.171 0.104 116 M 0.780 0.009 0.013 0.089 0.057 0.052 117 Y 0.838 0.003 0.012 0.073 0.035 0.040 118 Y 0.837 0.004 0.013 0.076 0.028 0.042 119 T 0.798 0.008 0.013 0.090 0.052 0.039 120 I 0.654 0.006 0.020 0.123 0.111 0.086 121 G 0.447 0.011 0.029 0.122 0.241 0.150 122 Q 0.458 0.035 0.029 0.089 0.251 0.137 123 R 0.289 0.021 0.045 0.100 0.312 0.233 124 G 0.191 0.011 0.072 0.068 0.417 0.240 125 G 0.238 0.012 0.059 0.028 0.402 0.261 126 L 0.341 0.035 0.039 0.034 0.260 0.290 127 G 0.303 0.039 0.023 0.028 0.343 0.263 128 I 0.197 0.038 0.032 0.047 0.390 0.296 129 G 0.128 0.016 0.026 0.030 0.522 0.279 130 G 0.068 0.025 0.046 0.025 0.631 0.206 131 Q 0.057 0.041 0.059 0.027 0.584 0.231 132 H 0.048 0.038 0.050 0.023 0.581 0.260 133 G 0.026 0.020 0.028 0.013 0.613 0.301 134 G 0.030 0.016 0.019 0.005 0.596 0.334 135 D 0.051 0.028 0.019 0.006 0.466 0.431 136 N 0.080 0.033 0.017 0.005 0.436 0.429 137 A 0.123 0.017 0.011 0.003 0.327 0.519 138 P 0.228 0.011 0.012 0.003 0.234 0.513 139 W 0.607 0.011 0.009 0.005 0.110 0.258 140 F 0.916 0.008 0.003 0.004 0.021 0.047 141 V 0.941 0.004 0.002 0.005 0.016 0.032 142 V 0.916 0.004 0.002 0.007 0.016 0.056 143 G 0.671 0.005 0.003 0.019 0.072 0.229 144 K 0.411 0.010 0.010 0.029 0.120 0.420 145 D 0.179 0.019 0.012 0.025 0.234 0.531 146 L 0.044 0.008 0.195 0.134 0.301 0.318 147 S 0.024 0.005 0.072 0.141 0.220 0.538 148 K 0.002 0.001 0.001 0.008 0.067 0.921