# TARGET T0316 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.7818 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.003 0.004 0.822 0.013 0.006 0.014 0.001 0.001 0.005 0.052 0.011 0.021 0.049 2 Y 0.022 0.041 0.409 0.004 0.028 0.049 0.009 0.003 0.044 0.024 0.019 0.060 0.287 3 V 0.112 0.020 0.162 0.056 0.018 0.040 0.027 0.020 0.048 0.043 0.022 0.204 0.229 4 A 0.183 0.011 0.133 0.023 0.015 0.030 0.031 0.008 0.029 0.044 0.027 0.211 0.255 5 T 0.128 0.010 0.175 0.043 0.022 0.040 0.020 0.005 0.026 0.090 0.063 0.140 0.238 6 G 0.111 0.003 0.146 0.041 0.028 0.030 0.006 0.001 0.010 0.149 0.191 0.165 0.118 7 H 0.282 0.006 0.129 0.033 0.015 0.019 0.017 0.001 0.014 0.096 0.079 0.072 0.236 8 Y 0.530 0.007 0.031 0.016 0.005 0.005 0.026 0.002 0.010 0.021 0.011 0.163 0.174 9 A 0.588 0.002 0.025 0.005 0.003 0.002 0.016 0.001 0.005 0.005 0.004 0.114 0.229 10 R 0.611 0.002 0.016 0.005 0.002 0.002 0.013 0.001 0.005 0.003 0.003 0.193 0.145 11 V 0.390 0.003 0.040 0.027 0.002 0.002 0.014 0.001 0.007 0.006 0.003 0.070 0.436 12 A 0.387 0.006 0.062 0.021 0.002 0.004 0.013 0.001 0.005 0.014 0.007 0.229 0.251 13 R 0.242 0.064 0.068 0.006 0.001 0.002 0.008 0.001 0.003 0.048 0.019 0.106 0.432 14 D 0.011 0.013 0.535 0.002 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.077 0.098 0.020 0.233 15 E 0.001 0.001 0.028 0.001 0.019 0.004 0.001 0.001 0.001 0.062 0.870 0.010 0.005 16 D 0.001 0.001 0.024 0.001 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.063 0.896 0.002 0.002 17 G 0.001 0.001 0.248 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.606 0.121 0.009 0.007 18 T 0.037 0.020 0.552 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.094 0.027 0.068 0.191 19 V 0.242 0.056 0.044 0.002 0.001 0.002 0.026 0.001 0.002 0.015 0.003 0.056 0.549 20 H 0.457 0.004 0.033 0.062 0.001 0.002 0.027 0.001 0.001 0.003 0.001 0.336 0.072 21 M 0.456 0.002 0.024 0.012 0.003 0.004 0.040 0.001 0.003 0.003 0.001 0.076 0.376 22 L 0.466 0.003 0.036 0.061 0.004 0.004 0.019 0.001 0.003 0.007 0.004 0.268 0.124 23 R 0.302 0.006 0.071 0.042 0.006 0.007 0.028 0.001 0.006 0.025 0.013 0.158 0.335 24 G 0.149 0.008 0.225 0.020 0.022 0.014 0.015 0.001 0.008 0.063 0.058 0.175 0.242 25 V 0.088 0.035 0.241 0.025 0.023 0.014 0.012 0.001 0.007 0.181 0.119 0.067 0.187 26 D 0.008 0.022 0.427 0.010 0.023 0.011 0.001 0.001 0.003 0.255 0.090 0.088 0.061 27 N 0.001 0.003 0.129 0.003 0.045 0.014 0.001 0.001 0.001 0.251 0.533 0.004 0.017 28 G 0.001 0.004 0.179 0.004 0.028 0.009 0.001 0.001 0.001 0.269 0.490 0.007 0.009 29 K 0.003 0.016 0.263 0.005 0.030 0.033 0.001 0.001 0.001 0.368 0.237 0.018 0.024 30 D 0.021 0.022 0.491 0.003 0.011 0.045 0.003 0.001 0.005 0.150 0.096 0.026 0.125 31 Q 0.148 0.019 0.154 0.007 0.022 0.224 0.020 0.002 0.008 0.062 0.047 0.148 0.137 32 T 0.438 0.011 0.054 0.008 0.009 0.148 0.031 0.002 0.007 0.011 0.013 0.047 0.222 33 Y 0.324 0.002 0.031 0.004 0.015 0.337 0.025 0.003 0.006 0.012 0.009 0.173 0.060 34 F 0.191 0.005 0.044 0.002 0.029 0.484 0.020 0.002 0.009 0.008 0.017 0.053 0.136 35 L 0.180 0.004 0.066 0.030 0.115 0.344 0.012 0.001 0.003 0.013 0.075 0.045 0.113 36 S 0.185 0.007 0.047 0.038 0.114 0.175 0.008 0.001 0.002 0.057 0.210 0.063 0.094 37 Q 0.066 0.014 0.088 0.005 0.110 0.143 0.005 0.001 0.002 0.086 0.355 0.027 0.097 38 L 0.003 0.016 0.363 0.001 0.008 0.038 0.001 0.001 0.002 0.475 0.045 0.025 0.023 39 S 0.001 0.011 0.816 0.001 0.004 0.049 0.001 0.001 0.001 0.077 0.015 0.002 0.026 40 Q 0.001 0.001 0.005 0.001 0.068 0.890 0.001 0.001 0.001 0.005 0.032 0.001 0.001 41 E 0.001 0.001 0.004 0.001 0.039 0.926 0.001 0.001 0.001 0.002 0.028 0.001 0.001 42 Q 0.001 0.001 0.002 0.001 0.065 0.898 0.001 0.001 0.001 0.002 0.032 0.001 0.001 43 L 0.001 0.002 0.029 0.001 0.035 0.890 0.001 0.001 0.001 0.011 0.028 0.001 0.002 44 Q 0.001 0.001 0.035 0.004 0.083 0.747 0.001 0.001 0.001 0.020 0.100 0.003 0.004 45 K 0.002 0.002 0.028 0.002 0.080 0.645 0.001 0.001 0.005 0.034 0.182 0.002 0.014 46 T 0.004 0.004 0.098 0.002 0.051 0.576 0.002 0.002 0.008 0.064 0.167 0.010 0.012 47 M 0.004 0.068 0.203 0.003 0.034 0.363 0.005 0.006 0.048 0.100 0.123 0.006 0.036 48 F 0.001 0.013 0.379 0.010 0.020 0.089 0.001 0.002 0.039 0.298 0.044 0.091 0.013 49 P 0.003 0.019 0.454 0.004 0.053 0.091 0.001 0.002 0.036 0.092 0.151 0.005 0.088 50 L 0.005 0.023 0.230 0.004 0.145 0.119 0.002 0.004 0.025 0.107 0.305 0.013 0.020 51 G 0.003 0.008 0.162 0.003 0.146 0.069 0.001 0.001 0.010 0.197 0.380 0.009 0.012 52 H 0.003 0.009 0.299 0.005 0.120 0.035 0.001 0.001 0.009 0.216 0.267 0.009 0.027 53 L 0.003 0.045 0.562 0.001 0.026 0.021 0.001 0.001 0.005 0.215 0.066 0.031 0.023 54 E 0.001 0.027 0.827 0.001 0.004 0.023 0.001 0.001 0.003 0.060 0.012 0.003 0.039 55 K 0.001 0.001 0.069 0.001 0.018 0.864 0.001 0.001 0.001 0.029 0.017 0.001 0.001 56 P 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 0.973 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 57 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.976 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 58 V 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 59 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 62 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 63 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 64 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.895 0.001 0.001 0.001 0.001 0.099 0.001 0.001 65 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.362 0.001 0.001 0.001 0.011 0.618 0.001 0.001 66 G 0.001 0.001 0.049 0.001 0.005 0.018 0.001 0.001 0.001 0.021 0.905 0.001 0.001 67 L 0.001 0.011 0.870 0.001 0.005 0.006 0.001 0.001 0.003 0.086 0.007 0.002 0.008 68 S 0.001 0.024 0.691 0.004 0.036 0.012 0.001 0.001 0.055 0.092 0.035 0.032 0.014 69 T 0.005 0.074 0.321 0.003 0.167 0.043 0.007 0.012 0.114 0.061 0.064 0.009 0.120 70 A 0.003 0.025 0.361 0.019 0.136 0.060 0.005 0.018 0.094 0.105 0.102 0.043 0.028 71 K 0.002 0.015 0.509 0.005 0.091 0.058 0.002 0.004 0.048 0.126 0.087 0.013 0.039 72 K 0.001 0.016 0.608 0.009 0.027 0.027 0.001 0.001 0.014 0.240 0.027 0.008 0.021 73 K 0.001 0.009 0.222 0.016 0.084 0.030 0.001 0.001 0.004 0.155 0.468 0.006 0.006 74 D 0.001 0.013 0.190 0.015 0.061 0.013 0.001 0.002 0.009 0.216 0.461 0.006 0.012 75 S 0.004 0.038 0.550 0.007 0.040 0.010 0.002 0.002 0.022 0.184 0.072 0.021 0.047 76 T 0.012 0.028 0.369 0.015 0.038 0.016 0.004 0.003 0.020 0.233 0.161 0.047 0.055 77 G 0.049 0.013 0.278 0.049 0.027 0.008 0.009 0.006 0.031 0.280 0.109 0.051 0.089 78 I 0.132 0.018 0.340 0.024 0.015 0.008 0.032 0.018 0.060 0.070 0.018 0.096 0.170 79 C 0.251 0.024 0.142 0.010 0.008 0.008 0.085 0.036 0.104 0.025 0.017 0.131 0.159 80 F 0.259 0.021 0.133 0.006 0.007 0.008 0.084 0.048 0.128 0.029 0.022 0.103 0.152 81 I 0.114 0.030 0.276 0.009 0.008 0.009 0.034 0.015 0.106 0.076 0.043 0.147 0.132 82 G 0.014 0.015 0.471 0.005 0.014 0.010 0.003 0.002 0.036 0.184 0.126 0.031 0.090 83 E 0.003 0.006 0.243 0.004 0.061 0.039 0.001 0.001 0.011 0.262 0.330 0.008 0.031 84 K 0.004 0.015 0.146 0.001 0.112 0.138 0.001 0.001 0.005 0.275 0.249 0.035 0.017 85 N 0.003 0.039 0.266 0.001 0.083 0.241 0.001 0.001 0.007 0.203 0.095 0.011 0.050 86 F 0.002 0.005 0.056 0.001 0.042 0.824 0.001 0.001 0.001 0.022 0.037 0.003 0.008 87 K 0.001 0.001 0.005 0.001 0.024 0.952 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.001 0.001 88 N 0.001 0.001 0.005 0.001 0.026 0.946 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 0.001 0.001 89 F 0.001 0.002 0.004 0.001 0.033 0.938 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.001 0.002 90 L 0.001 0.002 0.010 0.001 0.049 0.907 0.001 0.001 0.001 0.005 0.022 0.001 0.003 91 S 0.001 0.002 0.006 0.001 0.209 0.693 0.001 0.001 0.001 0.005 0.080 0.001 0.003 92 N 0.001 0.001 0.010 0.001 0.141 0.687 0.001 0.001 0.001 0.018 0.139 0.001 0.002 93 Y 0.001 0.006 0.064 0.001 0.149 0.552 0.001 0.001 0.001 0.040 0.180 0.001 0.006 94 L 0.001 0.025 0.481 0.003 0.019 0.048 0.001 0.001 0.004 0.366 0.042 0.006 0.006 95 P 0.001 0.005 0.633 0.006 0.035 0.011 0.001 0.001 0.001 0.105 0.196 0.002 0.005 96 A 0.001 0.010 0.504 0.002 0.061 0.009 0.001 0.001 0.006 0.208 0.189 0.002 0.009 97 Q 0.001 0.021 0.548 0.004 0.013 0.003 0.001 0.001 0.008 0.344 0.027 0.025 0.007 98 P 0.001 0.005 0.389 0.017 0.021 0.004 0.001 0.001 0.004 0.230 0.312 0.002 0.017 99 G 0.003 0.010 0.358 0.023 0.014 0.002 0.001 0.001 0.017 0.293 0.204 0.040 0.034 100 R 0.024 0.041 0.350 0.002 0.004 0.001 0.006 0.001 0.074 0.074 0.006 0.242 0.175 101 M 0.034 0.045 0.146 0.002 0.001 0.001 0.014 0.001 0.118 0.005 0.001 0.039 0.592 102 M 0.109 0.058 0.155 0.108 0.001 0.001 0.033 0.001 0.056 0.010 0.003 0.335 0.131 103 T 0.029 0.013 0.285 0.002 0.001 0.001 0.008 0.001 0.027 0.014 0.004 0.026 0.590 104 V 0.034 0.008 0.187 0.021 0.035 0.011 0.005 0.001 0.005 0.065 0.271 0.268 0.089 105 D 0.001 0.001 0.041 0.005 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.086 0.839 0.006 0.006 106 G 0.002 0.001 0.173 0.020 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.386 0.390 0.007 0.016 107 R 0.029 0.026 0.436 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.003 0.094 0.017 0.295 0.092 108 D 0.029 0.095 0.058 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.007 0.001 0.022 0.777 109 M 0.038 0.005 0.096 0.739 0.003 0.002 0.005 0.001 0.001 0.005 0.006 0.040 0.060 110 G 0.160 0.005 0.093 0.003 0.006 0.006 0.013 0.001 0.004 0.023 0.013 0.467 0.207 111 E 0.172 0.010 0.087 0.013 0.020 0.014 0.017 0.001 0.005 0.047 0.032 0.056 0.525 112 H 0.109 0.006 0.131 0.023 0.015 0.019 0.010 0.001 0.006 0.050 0.034 0.502 0.095 113 A 0.088 0.006 0.145 0.057 0.022 0.020 0.008 0.001 0.005 0.185 0.156 0.047 0.261 114 G 0.109 0.008 0.202 0.026 0.014 0.011 0.012 0.002 0.009 0.189 0.114 0.201 0.103 115 L 0.187 0.016 0.195 0.032 0.022 0.020 0.020 0.002 0.012 0.074 0.028 0.107 0.286 116 M 0.256 0.012 0.116 0.021 0.021 0.044 0.059 0.020 0.052 0.047 0.024 0.114 0.212 117 Y 0.283 0.019 0.086 0.022 0.015 0.059 0.082 0.030 0.052 0.027 0.023 0.123 0.179 118 Y 0.211 0.020 0.147 0.014 0.008 0.054 0.050 0.019 0.047 0.065 0.034 0.178 0.154 119 T 0.078 0.020 0.347 0.017 0.007 0.070 0.014 0.008 0.042 0.075 0.032 0.075 0.215 120 I 0.043 0.014 0.177 0.026 0.041 0.317 0.007 0.006 0.016 0.087 0.152 0.050 0.067 121 G 0.042 0.010 0.181 0.011 0.054 0.235 0.007 0.004 0.015 0.132 0.183 0.058 0.067 122 Q 0.030 0.029 0.222 0.022 0.078 0.246 0.006 0.002 0.013 0.157 0.098 0.033 0.066 123 R 0.026 0.040 0.167 0.006 0.095 0.301 0.004 0.003 0.009 0.067 0.189 0.026 0.067 124 G 0.014 0.014 0.122 0.008 0.076 0.177 0.002 0.002 0.004 0.106 0.429 0.020 0.025 125 G 0.015 0.015 0.179 0.009 0.063 0.087 0.002 0.001 0.003 0.156 0.427 0.016 0.027 126 L 0.021 0.030 0.338 0.007 0.044 0.056 0.002 0.001 0.004 0.191 0.228 0.030 0.047 127 G 0.023 0.038 0.379 0.004 0.038 0.032 0.002 0.001 0.005 0.165 0.189 0.070 0.054 128 I 0.027 0.035 0.384 0.008 0.041 0.022 0.003 0.001 0.006 0.187 0.131 0.041 0.114 129 G 0.023 0.029 0.309 0.010 0.048 0.026 0.002 0.001 0.004 0.181 0.250 0.065 0.052 130 G 0.012 0.032 0.326 0.007 0.053 0.019 0.002 0.001 0.005 0.229 0.218 0.034 0.064 131 Q 0.007 0.036 0.498 0.007 0.046 0.018 0.001 0.001 0.005 0.188 0.100 0.031 0.064 132 H 0.003 0.047 0.337 0.008 0.050 0.017 0.001 0.001 0.003 0.212 0.256 0.029 0.037 133 G 0.001 0.013 0.275 0.003 0.047 0.009 0.001 0.001 0.002 0.206 0.416 0.008 0.021 134 G 0.001 0.015 0.315 0.004 0.028 0.004 0.001 0.001 0.002 0.385 0.215 0.014 0.016 135 D 0.001 0.011 0.352 0.003 0.029 0.005 0.001 0.001 0.001 0.322 0.239 0.014 0.023 136 N 0.002 0.014 0.316 0.009 0.022 0.002 0.001 0.001 0.002 0.400 0.196 0.007 0.031 137 A 0.005 0.019 0.450 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.006 0.284 0.029 0.162 0.031 138 P 0.011 0.011 0.558 0.020 0.005 0.001 0.003 0.001 0.010 0.051 0.009 0.009 0.313 139 W 0.198 0.008 0.200 0.111 0.004 0.003 0.052 0.011 0.041 0.030 0.005 0.223 0.114 140 F 0.484 0.004 0.015 0.001 0.001 0.003 0.109 0.011 0.027 0.003 0.001 0.194 0.147 141 V 0.501 0.004 0.015 0.005 0.001 0.003 0.122 0.010 0.024 0.002 0.001 0.069 0.242 142 V 0.256 0.004 0.088 0.153 0.002 0.004 0.064 0.007 0.041 0.010 0.006 0.248 0.120 143 G 0.135 0.004 0.190 0.027 0.006 0.004 0.028 0.004 0.040 0.101 0.038 0.128 0.295 144 K 0.079 0.012 0.295 0.022 0.011 0.007 0.013 0.001 0.014 0.219 0.041 0.132 0.155 145 D 0.009 0.037 0.618 0.015 0.017 0.009 0.003 0.001 0.007 0.110 0.037 0.040 0.098 146 L 0.002 0.013 0.435 0.007 0.076 0.029 0.001 0.001 0.002 0.137 0.249 0.011 0.038 147 S 0.002 0.007 0.583 0.007 0.043 0.020 0.001 0.001 0.001 0.097 0.218 0.010 0.011 148 K 0.001 0.003 0.894 0.001 0.014 0.006 0.001 0.001 0.001 0.060 0.013 0.003 0.006