# TARGET T0316 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.7818 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.462 0.179 0.074 0.125 0.065 0.036 0.027 0.012 0.010 0.005 0.004 2 Y 0.015 0.034 0.017 0.102 0.156 0.199 0.226 0.120 0.072 0.041 0.018 3 V 0.010 0.013 0.008 0.033 0.043 0.059 0.122 0.142 0.191 0.192 0.187 4 A 0.005 0.008 0.005 0.021 0.032 0.053 0.141 0.161 0.213 0.185 0.174 5 T 0.004 0.013 0.016 0.044 0.052 0.061 0.139 0.168 0.211 0.171 0.120 6 G 0.012 0.014 0.008 0.046 0.064 0.094 0.164 0.149 0.184 0.156 0.110 7 H 0.009 0.011 0.008 0.040 0.050 0.077 0.180 0.189 0.199 0.150 0.087 8 Y 0.002 0.005 0.006 0.030 0.038 0.059 0.161 0.179 0.219 0.177 0.125 9 A 0.001 0.002 0.003 0.006 0.007 0.013 0.048 0.092 0.197 0.288 0.342 10 R 0.004 0.014 0.024 0.175 0.226 0.188 0.161 0.093 0.068 0.035 0.012 11 V 0.004 0.014 0.022 0.059 0.089 0.125 0.207 0.183 0.163 0.093 0.041 12 A 0.013 0.032 0.033 0.150 0.172 0.165 0.179 0.109 0.082 0.045 0.020 13 R 0.036 0.061 0.037 0.140 0.156 0.156 0.192 0.100 0.070 0.038 0.015 14 D 0.166 0.186 0.082 0.227 0.131 0.090 0.061 0.027 0.017 0.008 0.004 15 E 0.465 0.142 0.073 0.117 0.068 0.045 0.039 0.018 0.014 0.010 0.008 16 D 0.453 0.304 0.050 0.105 0.041 0.020 0.014 0.006 0.004 0.002 0.001 17 G 0.389 0.167 0.051 0.120 0.088 0.067 0.051 0.028 0.022 0.013 0.006 18 T 0.059 0.123 0.057 0.219 0.207 0.142 0.103 0.041 0.029 0.014 0.007 19 V 0.012 0.026 0.035 0.099 0.125 0.146 0.192 0.139 0.119 0.072 0.036 20 H 0.008 0.027 0.034 0.176 0.231 0.205 0.179 0.076 0.040 0.017 0.007 21 M 0.010 0.006 0.013 0.018 0.017 0.024 0.085 0.142 0.236 0.243 0.206 22 L 0.007 0.011 0.023 0.068 0.108 0.140 0.224 0.155 0.135 0.087 0.043 23 R 0.012 0.036 0.074 0.157 0.143 0.121 0.152 0.103 0.103 0.063 0.036 24 G 0.015 0.016 0.015 0.028 0.037 0.056 0.131 0.151 0.195 0.191 0.167 25 V 0.046 0.058 0.061 0.144 0.126 0.128 0.168 0.094 0.081 0.054 0.040 26 D 0.049 0.085 0.050 0.091 0.084 0.094 0.160 0.115 0.114 0.086 0.070 27 N 0.257 0.197 0.091 0.197 0.108 0.065 0.045 0.017 0.012 0.007 0.004 28 G 0.599 0.149 0.042 0.080 0.052 0.034 0.023 0.009 0.006 0.003 0.002 29 K 0.155 0.100 0.056 0.124 0.108 0.109 0.129 0.077 0.066 0.043 0.032 30 D 0.040 0.098 0.065 0.187 0.166 0.141 0.124 0.066 0.056 0.034 0.022 31 Q 0.009 0.021 0.025 0.052 0.058 0.084 0.188 0.167 0.183 0.129 0.082 32 T 0.027 0.053 0.102 0.224 0.190 0.138 0.118 0.056 0.046 0.029 0.016 33 Y 0.016 0.024 0.055 0.083 0.078 0.092 0.169 0.143 0.156 0.121 0.062 34 F 0.013 0.025 0.075 0.133 0.112 0.110 0.187 0.128 0.115 0.068 0.034 35 L 0.004 0.007 0.023 0.029 0.033 0.048 0.123 0.153 0.235 0.201 0.145 36 S 0.010 0.026 0.077 0.150 0.179 0.182 0.207 0.085 0.055 0.023 0.007 37 Q 0.059 0.076 0.122 0.161 0.143 0.153 0.161 0.067 0.038 0.015 0.005 38 L 0.007 0.009 0.010 0.017 0.022 0.039 0.129 0.158 0.212 0.220 0.177 39 S 0.037 0.596 0.099 0.139 0.055 0.028 0.024 0.010 0.007 0.003 0.002 40 Q 0.181 0.089 0.083 0.258 0.210 0.114 0.047 0.011 0.005 0.002 0.001 41 E 0.811 0.100 0.049 0.025 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 42 Q 0.003 0.014 0.039 0.152 0.166 0.239 0.258 0.085 0.032 0.009 0.003 43 L 0.005 0.006 0.021 0.020 0.022 0.042 0.142 0.169 0.216 0.200 0.156 44 Q 0.008 0.043 0.494 0.215 0.143 0.071 0.021 0.004 0.001 0.001 0.001 45 K 0.021 0.075 0.502 0.237 0.094 0.045 0.019 0.004 0.003 0.001 0.001 46 T 0.024 0.025 0.021 0.047 0.056 0.096 0.214 0.167 0.168 0.118 0.064 47 M 0.032 0.054 0.065 0.108 0.115 0.133 0.211 0.114 0.090 0.052 0.025 48 F 0.023 0.046 0.065 0.064 0.066 0.080 0.146 0.130 0.155 0.134 0.092 49 P 0.110 0.125 0.111 0.168 0.122 0.110 0.117 0.059 0.043 0.023 0.013 50 L 0.062 0.045 0.024 0.058 0.060 0.076 0.146 0.127 0.159 0.139 0.105 51 G 0.164 0.120 0.062 0.120 0.108 0.103 0.114 0.066 0.065 0.046 0.031 52 H 0.203 0.129 0.087 0.200 0.123 0.090 0.081 0.040 0.027 0.014 0.008 53 L 0.036 0.023 0.018 0.035 0.051 0.078 0.183 0.181 0.182 0.132 0.082 54 E 0.067 0.472 0.110 0.182 0.078 0.042 0.025 0.010 0.008 0.004 0.003 55 K 0.051 0.041 0.025 0.077 0.138 0.172 0.200 0.117 0.093 0.055 0.031 56 P 0.664 0.152 0.073 0.061 0.025 0.012 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 57 E 0.027 0.099 0.117 0.476 0.191 0.058 0.023 0.006 0.002 0.001 0.001 58 V 0.001 0.003 0.004 0.005 0.007 0.014 0.065 0.119 0.242 0.271 0.269 59 R 0.002 0.005 0.046 0.146 0.254 0.296 0.168 0.047 0.024 0.009 0.002 60 R 0.022 0.043 0.815 0.090 0.021 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 61 L 0.001 0.002 0.009 0.030 0.082 0.229 0.409 0.141 0.062 0.025 0.010 62 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.033 0.083 0.211 0.319 0.346 63 E 0.008 0.041 0.479 0.265 0.143 0.048 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 64 E 0.011 0.044 0.782 0.103 0.039 0.016 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 65 A 0.006 0.006 0.005 0.020 0.039 0.118 0.336 0.192 0.141 0.093 0.044 66 G 0.536 0.269 0.059 0.084 0.031 0.012 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 67 L 0.002 0.002 0.002 0.004 0.006 0.012 0.045 0.081 0.204 0.268 0.376 68 S 0.155 0.320 0.106 0.177 0.101 0.071 0.042 0.013 0.008 0.004 0.003 69 T 0.111 0.129 0.048 0.130 0.099 0.104 0.140 0.087 0.078 0.044 0.031 70 A 0.120 0.044 0.022 0.053 0.066 0.091 0.152 0.114 0.124 0.108 0.106 71 K 0.255 0.267 0.092 0.190 0.097 0.051 0.028 0.010 0.006 0.003 0.002 72 K 0.142 0.100 0.044 0.108 0.092 0.093 0.128 0.085 0.086 0.067 0.056 73 K 0.312 0.190 0.085 0.144 0.090 0.062 0.045 0.024 0.021 0.015 0.012 74 D 0.089 0.109 0.070 0.169 0.142 0.129 0.129 0.063 0.049 0.031 0.020 75 S 0.043 0.043 0.030 0.073 0.076 0.083 0.143 0.123 0.141 0.124 0.121 76 T 0.115 0.115 0.079 0.194 0.160 0.115 0.105 0.054 0.036 0.019 0.009 77 G 0.099 0.098 0.062 0.195 0.164 0.133 0.120 0.052 0.040 0.024 0.012 78 I 0.005 0.006 0.005 0.017 0.019 0.027 0.074 0.109 0.200 0.252 0.286 79 C 0.009 0.018 0.016 0.060 0.074 0.104 0.210 0.167 0.162 0.109 0.072 80 F 0.009 0.024 0.023 0.051 0.061 0.076 0.148 0.154 0.188 0.153 0.113 81 I 0.004 0.010 0.010 0.033 0.053 0.073 0.147 0.150 0.203 0.177 0.139 82 G 0.054 0.106 0.052 0.183 0.177 0.154 0.140 0.060 0.042 0.021 0.011 83 E 0.168 0.180 0.070 0.234 0.159 0.091 0.060 0.021 0.011 0.005 0.002 84 K 0.385 0.144 0.077 0.155 0.093 0.059 0.047 0.018 0.012 0.006 0.003 85 N 0.123 0.312 0.088 0.180 0.115 0.077 0.056 0.022 0.015 0.007 0.005 86 F 0.003 0.005 0.003 0.013 0.034 0.077 0.201 0.211 0.219 0.148 0.086 87 K 0.062 0.078 0.072 0.216 0.236 0.178 0.107 0.026 0.016 0.006 0.003 88 N 0.051 0.133 0.302 0.313 0.120 0.050 0.022 0.005 0.002 0.001 0.001 89 F 0.001 0.002 0.007 0.018 0.024 0.049 0.165 0.184 0.236 0.185 0.128 90 L 0.001 0.001 0.006 0.007 0.010 0.024 0.110 0.173 0.254 0.238 0.177 91 S 0.003 0.027 0.313 0.303 0.218 0.090 0.035 0.007 0.003 0.001 0.001 92 N 0.079 0.112 0.304 0.204 0.135 0.093 0.052 0.012 0.005 0.002 0.001 93 Y 0.005 0.007 0.006 0.026 0.041 0.094 0.266 0.212 0.188 0.108 0.046 94 L 0.016 0.026 0.014 0.029 0.040 0.079 0.197 0.166 0.188 0.147 0.099 95 P 0.366 0.255 0.128 0.137 0.058 0.029 0.015 0.005 0.003 0.002 0.001 96 A 0.213 0.076 0.038 0.094 0.094 0.111 0.141 0.090 0.071 0.045 0.026 97 Q 0.341 0.230 0.047 0.117 0.080 0.065 0.054 0.027 0.020 0.012 0.008 98 P 0.277 0.199 0.058 0.165 0.113 0.081 0.056 0.022 0.016 0.008 0.005 99 G 0.144 0.059 0.026 0.054 0.060 0.084 0.134 0.112 0.139 0.110 0.079 100 R 0.089 0.231 0.119 0.259 0.141 0.074 0.049 0.018 0.011 0.005 0.003 101 M 0.017 0.021 0.012 0.042 0.051 0.070 0.150 0.152 0.193 0.167 0.125 102 M 0.043 0.063 0.044 0.139 0.163 0.155 0.164 0.085 0.068 0.042 0.035 103 T 0.075 0.143 0.087 0.258 0.162 0.102 0.091 0.039 0.026 0.012 0.006 104 V 0.078 0.048 0.030 0.088 0.117 0.140 0.178 0.112 0.097 0.067 0.044 105 D 0.411 0.328 0.075 0.111 0.039 0.017 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 106 G 0.323 0.106 0.034 0.108 0.100 0.090 0.093 0.052 0.043 0.030 0.021 107 R 0.223 0.261 0.095 0.214 0.106 0.051 0.029 0.010 0.006 0.003 0.002 108 D 0.057 0.122 0.073 0.203 0.192 0.161 0.110 0.041 0.024 0.012 0.006 109 M 0.029 0.038 0.029 0.116 0.121 0.130 0.181 0.128 0.108 0.072 0.048 110 G 0.125 0.093 0.040 0.103 0.121 0.130 0.149 0.088 0.071 0.047 0.032 111 E 0.103 0.195 0.147 0.317 0.137 0.053 0.027 0.009 0.006 0.003 0.002 112 H 0.029 0.021 0.010 0.035 0.049 0.078 0.168 0.161 0.185 0.152 0.114 113 A 0.170 0.206 0.122 0.264 0.120 0.060 0.034 0.012 0.007 0.003 0.002 114 G 0.217 0.112 0.050 0.117 0.093 0.095 0.124 0.073 0.061 0.039 0.019 115 L 0.071 0.094 0.078 0.174 0.148 0.128 0.121 0.068 0.061 0.036 0.021 116 M 0.041 0.051 0.035 0.079 0.078 0.098 0.159 0.125 0.141 0.112 0.081 117 Y 0.026 0.057 0.056 0.162 0.147 0.141 0.164 0.097 0.076 0.047 0.027 118 Y 0.016 0.025 0.026 0.056 0.062 0.085 0.171 0.153 0.172 0.139 0.094 119 T 0.029 0.061 0.057 0.120 0.097 0.080 0.117 0.105 0.125 0.112 0.097 120 I 0.053 0.069 0.053 0.133 0.127 0.121 0.155 0.097 0.089 0.066 0.039 121 G 0.086 0.061 0.053 0.112 0.103 0.098 0.119 0.095 0.106 0.092 0.075 122 Q 0.025 0.047 0.041 0.127 0.123 0.125 0.167 0.109 0.094 0.076 0.068 123 R 0.023 0.033 0.033 0.082 0.102 0.118 0.152 0.122 0.120 0.113 0.101 124 G 0.051 0.072 0.064 0.159 0.147 0.135 0.144 0.077 0.064 0.048 0.037 125 G 0.086 0.069 0.054 0.136 0.116 0.109 0.119 0.076 0.077 0.079 0.080 126 L 0.018 0.025 0.021 0.058 0.053 0.057 0.105 0.099 0.142 0.178 0.244 127 G 0.125 0.154 0.103 0.196 0.115 0.075 0.077 0.043 0.039 0.034 0.039 128 I 0.041 0.043 0.033 0.079 0.065 0.067 0.108 0.093 0.126 0.154 0.192 129 G 0.111 0.162 0.077 0.202 0.143 0.093 0.081 0.040 0.035 0.027 0.028 130 G 0.171 0.154 0.078 0.191 0.121 0.080 0.073 0.040 0.037 0.030 0.028 131 Q 0.189 0.159 0.086 0.185 0.126 0.082 0.071 0.034 0.028 0.021 0.019 132 H 0.259 0.194 0.082 0.180 0.111 0.066 0.048 0.021 0.018 0.012 0.009 133 G 0.396 0.174 0.057 0.140 0.078 0.053 0.041 0.021 0.018 0.013 0.009 134 G 0.486 0.159 0.064 0.101 0.061 0.040 0.033 0.017 0.017 0.012 0.011 135 D 0.210 0.163 0.069 0.139 0.098 0.082 0.088 0.051 0.047 0.031 0.023 136 N 0.187 0.164 0.072 0.197 0.145 0.096 0.069 0.030 0.022 0.013 0.007 137 A 0.081 0.118 0.075 0.192 0.172 0.115 0.101 0.055 0.047 0.028 0.017 138 P 0.016 0.027 0.024 0.099 0.144 0.160 0.199 0.127 0.106 0.065 0.034 139 W 0.006 0.016 0.017 0.084 0.132 0.165 0.238 0.147 0.107 0.061 0.026 140 F 0.004 0.008 0.009 0.044 0.071 0.094 0.213 0.196 0.175 0.119 0.066 141 V 0.002 0.003 0.004 0.014 0.022 0.033 0.093 0.140 0.224 0.243 0.222 142 V 0.007 0.017 0.017 0.065 0.093 0.108 0.197 0.165 0.158 0.109 0.065 143 G 0.173 0.131 0.075 0.210 0.141 0.095 0.082 0.042 0.029 0.014 0.008 144 K 0.088 0.068 0.047 0.129 0.141 0.140 0.172 0.094 0.063 0.038 0.020 145 D 0.213 0.276 0.092 0.186 0.092 0.053 0.041 0.019 0.015 0.008 0.005 146 L 0.099 0.048 0.023 0.059 0.062 0.079 0.135 0.120 0.146 0.128 0.101 147 S 0.412 0.293 0.072 0.113 0.052 0.027 0.016 0.006 0.005 0.002 0.001 148 K 0.419 0.186 0.070 0.129 0.073 0.049 0.035 0.016 0.012 0.007 0.004