# TARGET T0316 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.7818 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.182 0.136 0.104 0.307 0.034 0.072 0.108 0.006 0.048 0.002 0.002 2 Y 0.077 0.467 0.242 0.040 0.092 0.031 0.017 0.005 0.024 0.003 0.001 3 V 0.091 0.522 0.253 0.029 0.025 0.038 0.005 0.001 0.034 0.001 0.001 4 A 0.070 0.352 0.337 0.025 0.127 0.046 0.005 0.005 0.018 0.013 0.002 5 T 0.072 0.552 0.090 0.095 0.133 0.019 0.004 0.002 0.030 0.002 0.001 6 G 0.113 0.087 0.141 0.049 0.236 0.012 0.072 0.087 0.009 0.192 0.001 7 H 0.134 0.376 0.166 0.084 0.140 0.039 0.028 0.008 0.020 0.004 0.002 8 Y 0.089 0.500 0.173 0.056 0.085 0.033 0.026 0.002 0.033 0.002 0.001 9 A 0.037 0.608 0.167 0.014 0.137 0.012 0.003 0.002 0.016 0.003 0.001 10 R 0.027 0.687 0.145 0.013 0.077 0.025 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 11 V 0.054 0.624 0.217 0.018 0.036 0.027 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 12 A 0.046 0.566 0.231 0.031 0.060 0.035 0.004 0.001 0.024 0.002 0.001 13 R 0.063 0.481 0.297 0.031 0.048 0.038 0.006 0.001 0.030 0.004 0.001 14 D 0.058 0.164 0.536 0.038 0.056 0.078 0.016 0.002 0.046 0.005 0.001 15 E 0.760 0.055 0.040 0.099 0.008 0.011 0.007 0.004 0.013 0.003 0.001 16 D 0.074 0.005 0.032 0.612 0.002 0.008 0.243 0.004 0.016 0.002 0.001 17 G 0.003 0.001 0.012 0.005 0.010 0.001 0.119 0.835 0.001 0.014 0.001 18 T 0.042 0.493 0.371 0.031 0.029 0.019 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 19 V 0.010 0.591 0.319 0.006 0.023 0.022 0.002 0.001 0.025 0.001 0.001 20 H 0.028 0.696 0.162 0.014 0.035 0.039 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 21 M 0.031 0.361 0.490 0.006 0.019 0.066 0.002 0.001 0.025 0.001 0.001 22 L 0.095 0.569 0.180 0.022 0.039 0.051 0.002 0.001 0.039 0.001 0.001 23 R 0.053 0.560 0.199 0.025 0.096 0.025 0.007 0.001 0.032 0.001 0.001 24 G 0.114 0.164 0.347 0.040 0.205 0.032 0.021 0.027 0.014 0.035 0.001 25 V 0.211 0.415 0.129 0.127 0.055 0.036 0.004 0.001 0.020 0.003 0.001 26 D 0.106 0.186 0.263 0.106 0.094 0.103 0.043 0.002 0.086 0.010 0.001 27 N 0.576 0.015 0.120 0.235 0.004 0.010 0.028 0.004 0.004 0.003 0.001 28 G 0.224 0.007 0.031 0.259 0.014 0.007 0.086 0.346 0.007 0.020 0.001 29 K 0.188 0.119 0.434 0.079 0.019 0.049 0.077 0.014 0.016 0.004 0.001 30 D 0.143 0.141 0.385 0.086 0.028 0.128 0.028 0.006 0.052 0.003 0.002 31 Q 0.670 0.120 0.106 0.055 0.022 0.014 0.003 0.002 0.006 0.001 0.001 32 T 0.759 0.123 0.058 0.026 0.018 0.009 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 33 Y 0.771 0.128 0.019 0.033 0.033 0.005 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 34 F 0.761 0.109 0.062 0.022 0.013 0.022 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 35 L 0.780 0.068 0.060 0.061 0.005 0.014 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 36 S 0.768 0.054 0.092 0.052 0.012 0.009 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 37 Q 0.388 0.053 0.041 0.427 0.016 0.017 0.032 0.010 0.014 0.002 0.001 38 L 0.036 0.264 0.599 0.025 0.013 0.039 0.010 0.001 0.013 0.001 0.001 39 S 0.012 0.080 0.792 0.002 0.022 0.069 0.001 0.001 0.018 0.003 0.001 40 Q 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 E 0.989 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 Q 0.929 0.001 0.001 0.068 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 L 0.934 0.004 0.015 0.036 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 44 Q 0.963 0.003 0.012 0.016 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 45 K 0.691 0.024 0.017 0.242 0.012 0.004 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 46 T 0.310 0.221 0.209 0.191 0.024 0.022 0.008 0.002 0.013 0.001 0.001 47 M 0.288 0.212 0.178 0.182 0.015 0.069 0.013 0.002 0.038 0.001 0.001 48 F 0.037 0.360 0.322 0.003 0.050 0.029 0.012 0.001 0.182 0.005 0.001 49 P 0.134 0.008 0.702 0.007 0.001 0.091 0.001 0.001 0.004 0.001 0.053 50 L 0.403 0.065 0.249 0.212 0.005 0.040 0.006 0.003 0.013 0.001 0.003 51 G 0.140 0.020 0.072 0.051 0.103 0.004 0.064 0.280 0.003 0.262 0.001 52 H 0.162 0.074 0.123 0.380 0.027 0.059 0.127 0.017 0.025 0.004 0.001 53 L 0.040 0.287 0.527 0.019 0.033 0.039 0.020 0.002 0.030 0.002 0.001 54 E 0.050 0.075 0.699 0.035 0.005 0.115 0.004 0.001 0.012 0.001 0.002 55 K 0.342 0.107 0.440 0.006 0.029 0.017 0.005 0.002 0.046 0.006 0.001 56 P 0.969 0.001 0.022 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 57 E 0.976 0.001 0.005 0.012 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 V 0.990 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 R 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 L 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 E 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 E 0.964 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 A 0.165 0.002 0.009 0.822 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 G 0.007 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.665 0.310 0.002 0.007 0.001 67 L 0.058 0.256 0.552 0.027 0.025 0.055 0.004 0.001 0.019 0.002 0.001 68 S 0.204 0.135 0.417 0.077 0.049 0.086 0.009 0.004 0.014 0.004 0.001 69 T 0.142 0.425 0.147 0.127 0.090 0.030 0.006 0.002 0.030 0.001 0.001 70 A 0.145 0.324 0.283 0.077 0.089 0.031 0.014 0.005 0.028 0.005 0.001 71 K 0.094 0.256 0.379 0.062 0.039 0.097 0.022 0.003 0.045 0.003 0.001 72 K 0.110 0.229 0.452 0.034 0.047 0.041 0.017 0.003 0.063 0.004 0.001 73 K 0.272 0.056 0.560 0.036 0.014 0.021 0.009 0.006 0.007 0.015 0.004 74 D 0.310 0.052 0.196 0.255 0.051 0.020 0.039 0.051 0.012 0.013 0.001 75 S 0.118 0.151 0.423 0.097 0.120 0.038 0.011 0.015 0.014 0.012 0.002 76 T 0.119 0.332 0.129 0.302 0.071 0.013 0.013 0.004 0.014 0.001 0.001 77 G 0.017 0.175 0.145 0.025 0.446 0.008 0.067 0.042 0.014 0.059 0.001 78 I 0.011 0.719 0.176 0.004 0.056 0.015 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 79 C 0.031 0.634 0.183 0.010 0.029 0.065 0.002 0.001 0.044 0.001 0.001 80 F 0.025 0.548 0.244 0.019 0.037 0.073 0.006 0.001 0.045 0.001 0.001 81 I 0.042 0.451 0.243 0.079 0.074 0.050 0.009 0.001 0.049 0.001 0.001 82 G 0.013 0.040 0.197 0.008 0.201 0.013 0.015 0.029 0.005 0.479 0.001 83 E 0.619 0.039 0.058 0.201 0.014 0.019 0.021 0.007 0.011 0.007 0.002 84 K 0.633 0.038 0.074 0.176 0.020 0.014 0.021 0.011 0.005 0.008 0.001 85 N 0.399 0.043 0.138 0.143 0.023 0.117 0.046 0.006 0.080 0.003 0.001 86 F 0.934 0.001 0.003 0.052 0.001 0.004 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 87 K 0.982 0.001 0.004 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 N 0.928 0.001 0.002 0.051 0.001 0.002 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 89 F 0.964 0.001 0.003 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 L 0.970 0.003 0.005 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 S 0.972 0.002 0.005 0.016 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 92 N 0.664 0.006 0.008 0.311 0.003 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 93 Y 0.547 0.022 0.067 0.326 0.002 0.015 0.012 0.002 0.007 0.001 0.001 94 L 0.062 0.261 0.324 0.004 0.019 0.022 0.013 0.001 0.289 0.003 0.001 95 P 0.150 0.004 0.764 0.013 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 96 A 0.267 0.072 0.426 0.139 0.025 0.033 0.010 0.011 0.011 0.004 0.002 97 Q 0.021 0.323 0.391 0.001 0.040 0.014 0.015 0.001 0.193 0.001 0.001 98 P 0.095 0.002 0.756 0.026 0.001 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 99 G 0.029 0.037 0.132 0.019 0.206 0.006 0.051 0.350 0.006 0.164 0.001 100 R 0.132 0.268 0.389 0.087 0.041 0.056 0.005 0.001 0.019 0.001 0.002 101 M 0.025 0.558 0.302 0.027 0.032 0.035 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 102 M 0.046 0.624 0.187 0.062 0.029 0.034 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 103 T 0.011 0.439 0.414 0.005 0.074 0.040 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 104 V 0.512 0.255 0.071 0.072 0.018 0.021 0.003 0.003 0.043 0.002 0.001 105 D 0.093 0.026 0.119 0.322 0.007 0.021 0.344 0.003 0.059 0.004 0.001 106 G 0.008 0.001 0.008 0.004 0.010 0.001 0.041 0.896 0.001 0.031 0.001 107 R 0.153 0.377 0.375 0.044 0.021 0.014 0.002 0.001 0.010 0.002 0.001 108 D 0.058 0.188 0.579 0.016 0.009 0.098 0.010 0.001 0.037 0.002 0.002 109 M 0.222 0.313 0.183 0.197 0.021 0.038 0.004 0.001 0.019 0.001 0.001 110 G 0.074 0.057 0.101 0.017 0.375 0.004 0.012 0.060 0.006 0.293 0.001 111 E 0.179 0.208 0.368 0.116 0.064 0.033 0.003 0.002 0.010 0.005 0.012 112 H 0.047 0.308 0.264 0.087 0.087 0.080 0.028 0.003 0.092 0.005 0.001 113 A 0.240 0.103 0.294 0.207 0.039 0.026 0.058 0.011 0.013 0.008 0.002 114 G 0.081 0.016 0.052 0.032 0.101 0.003 0.038 0.362 0.003 0.312 0.001 115 L 0.175 0.284 0.345 0.062 0.056 0.041 0.006 0.002 0.022 0.002 0.004 116 M 0.172 0.331 0.334 0.060 0.015 0.048 0.010 0.002 0.025 0.001 0.002 117 Y 0.093 0.549 0.165 0.036 0.084 0.033 0.007 0.002 0.027 0.002 0.001 118 Y 0.055 0.524 0.187 0.024 0.122 0.040 0.010 0.002 0.034 0.002 0.001 119 T 0.079 0.500 0.226 0.025 0.089 0.041 0.002 0.001 0.035 0.002 0.001 120 I 0.225 0.222 0.309 0.133 0.022 0.037 0.022 0.002 0.026 0.002 0.001 121 G 0.156 0.022 0.062 0.031 0.084 0.009 0.078 0.279 0.007 0.274 0.001 122 Q 0.300 0.287 0.202 0.092 0.037 0.046 0.008 0.002 0.024 0.002 0.001 123 R 0.231 0.235 0.265 0.134 0.026 0.046 0.022 0.005 0.028 0.007 0.002 124 G 0.134 0.091 0.174 0.135 0.161 0.010 0.122 0.111 0.010 0.050 0.001 125 G 0.072 0.021 0.082 0.034 0.109 0.007 0.183 0.248 0.008 0.237 0.001 126 L 0.176 0.211 0.337 0.178 0.058 0.018 0.005 0.002 0.008 0.004 0.003 127 G 0.067 0.130 0.197 0.052 0.198 0.037 0.131 0.085 0.022 0.082 0.001 128 I 0.152 0.408 0.211 0.142 0.042 0.020 0.002 0.001 0.020 0.002 0.001 129 G 0.097 0.090 0.200 0.087 0.166 0.014 0.086 0.103 0.018 0.137 0.001 130 G 0.098 0.055 0.201 0.033 0.172 0.006 0.024 0.133 0.005 0.270 0.001 131 Q 0.221 0.214 0.389 0.070 0.047 0.026 0.006 0.003 0.016 0.005 0.004 132 H 0.170 0.196 0.288 0.166 0.035 0.040 0.041 0.009 0.040 0.013 0.002 133 G 0.104 0.038 0.175 0.092 0.104 0.007 0.096 0.213 0.008 0.163 0.001 134 G 0.105 0.040 0.136 0.052 0.069 0.011 0.048 0.302 0.009 0.227 0.001 135 D 0.166 0.191 0.240 0.255 0.039 0.031 0.042 0.004 0.020 0.008 0.003 136 N 0.098 0.051 0.091 0.252 0.046 0.040 0.354 0.038 0.020 0.008 0.001 137 A 0.023 0.422 0.371 0.002 0.023 0.015 0.012 0.001 0.131 0.001 0.001 138 P 0.027 0.006 0.892 0.002 0.001 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 139 W 0.079 0.453 0.322 0.042 0.053 0.030 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 140 F 0.021 0.616 0.217 0.008 0.054 0.041 0.003 0.001 0.039 0.001 0.001 141 V 0.015 0.605 0.282 0.005 0.007 0.056 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 142 V 0.082 0.534 0.174 0.076 0.031 0.055 0.005 0.001 0.041 0.001 0.001 143 G 0.025 0.147 0.265 0.014 0.333 0.026 0.044 0.058 0.012 0.074 0.001 144 K 0.145 0.497 0.181 0.048 0.075 0.021 0.004 0.001 0.024 0.004 0.001 145 D 0.044 0.110 0.454 0.035 0.025 0.204 0.028 0.001 0.094 0.004 0.002 146 L 0.757 0.028 0.071 0.110 0.004 0.015 0.005 0.002 0.006 0.001 0.001 147 S 0.610 0.034 0.088 0.212 0.010 0.016 0.010 0.006 0.008 0.004 0.001 148 K 0.429 0.078 0.126 0.199 0.045 0.015 0.063 0.016 0.020 0.008 0.001