# TARGET T0316 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.5126 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.434 0.341 0.137 0.056 0.021 0.009 0.002 2 Y 0.073 0.097 0.158 0.261 0.263 0.129 0.019 3 V 0.075 0.089 0.115 0.188 0.232 0.239 0.062 4 A 0.022 0.051 0.064 0.102 0.166 0.320 0.275 5 T 0.003 0.010 0.023 0.061 0.154 0.356 0.393 6 G 0.006 0.023 0.063 0.172 0.261 0.262 0.212 7 H 0.003 0.013 0.025 0.044 0.108 0.403 0.404 8 Y 0.001 0.010 0.033 0.101 0.246 0.387 0.221 9 A 0.001 0.001 0.005 0.031 0.188 0.540 0.234 10 R 0.002 0.028 0.110 0.283 0.371 0.183 0.024 11 V 0.005 0.036 0.096 0.237 0.356 0.252 0.017 12 A 0.009 0.103 0.281 0.346 0.203 0.055 0.002 13 R 0.085 0.277 0.320 0.236 0.071 0.011 0.001 14 D 0.618 0.255 0.085 0.032 0.008 0.001 0.001 15 E 0.796 0.151 0.040 0.011 0.002 0.001 0.001 16 D 0.852 0.116 0.024 0.006 0.001 0.001 0.001 17 G 0.522 0.303 0.128 0.039 0.007 0.001 0.001 18 T 0.227 0.315 0.252 0.146 0.051 0.008 0.001 19 V 0.043 0.083 0.179 0.326 0.282 0.082 0.005 20 H 0.050 0.101 0.210 0.306 0.238 0.089 0.008 21 M 0.047 0.047 0.064 0.131 0.251 0.372 0.088 22 L 0.062 0.084 0.119 0.235 0.278 0.191 0.032 23 R 0.043 0.133 0.193 0.210 0.190 0.174 0.057 24 G 0.034 0.062 0.104 0.219 0.298 0.228 0.054 25 V 0.065 0.167 0.219 0.235 0.184 0.110 0.021 26 D 0.164 0.187 0.179 0.193 0.150 0.100 0.026 27 N 0.299 0.241 0.192 0.141 0.083 0.036 0.008 28 G 0.405 0.284 0.162 0.091 0.040 0.015 0.004 29 K 0.131 0.190 0.214 0.218 0.143 0.086 0.018 30 D 0.052 0.083 0.113 0.187 0.254 0.265 0.046 31 Q 0.032 0.059 0.126 0.207 0.248 0.247 0.080 32 T 0.045 0.063 0.091 0.173 0.238 0.312 0.079 33 Y 0.052 0.074 0.109 0.180 0.239 0.263 0.084 34 F 0.073 0.077 0.092 0.155 0.207 0.310 0.087 35 L 0.091 0.066 0.075 0.126 0.213 0.331 0.098 36 S 0.135 0.171 0.184 0.215 0.179 0.106 0.011 37 Q 0.157 0.203 0.266 0.236 0.107 0.028 0.002 38 L 0.160 0.136 0.165 0.236 0.211 0.087 0.005 39 S 0.604 0.247 0.096 0.037 0.012 0.003 0.001 40 Q 0.535 0.297 0.114 0.042 0.010 0.001 0.001 41 E 0.614 0.263 0.087 0.028 0.007 0.001 0.001 42 Q 0.150 0.265 0.247 0.224 0.093 0.021 0.001 43 L 0.047 0.050 0.096 0.281 0.378 0.140 0.007 44 Q 0.247 0.402 0.236 0.091 0.020 0.004 0.001 45 K 0.302 0.345 0.211 0.107 0.029 0.006 0.001 46 T 0.164 0.100 0.125 0.210 0.246 0.142 0.013 47 M 0.112 0.146 0.190 0.232 0.197 0.106 0.018 48 F 0.139 0.113 0.134 0.194 0.206 0.176 0.038 49 P 0.173 0.218 0.211 0.190 0.126 0.070 0.011 50 L 0.169 0.131 0.140 0.183 0.187 0.150 0.040 51 G 0.230 0.213 0.169 0.167 0.122 0.080 0.020 52 H 0.354 0.288 0.178 0.112 0.049 0.016 0.003 53 L 0.245 0.205 0.190 0.189 0.122 0.042 0.007 54 E 0.235 0.444 0.204 0.081 0.027 0.008 0.001 55 K 0.049 0.147 0.235 0.321 0.193 0.051 0.005 56 P 0.360 0.399 0.157 0.060 0.019 0.004 0.001 57 E 0.038 0.288 0.386 0.229 0.052 0.008 0.001 58 V 0.002 0.004 0.018 0.162 0.489 0.309 0.015 59 R 0.016 0.175 0.424 0.300 0.077 0.008 0.001 60 R 0.259 0.606 0.113 0.020 0.003 0.001 0.001 61 L 0.019 0.069 0.239 0.440 0.203 0.031 0.001 62 A 0.026 0.041 0.129 0.344 0.381 0.078 0.002 63 E 0.499 0.391 0.094 0.014 0.001 0.001 0.001 64 E 0.610 0.306 0.068 0.014 0.002 0.001 0.001 65 A 0.232 0.239 0.268 0.180 0.068 0.012 0.001 66 G 0.354 0.379 0.178 0.069 0.017 0.003 0.001 67 L 0.160 0.110 0.170 0.264 0.234 0.059 0.003 68 S 0.313 0.329 0.205 0.109 0.035 0.007 0.001 69 T 0.361 0.309 0.167 0.106 0.043 0.013 0.001 70 A 0.227 0.161 0.207 0.236 0.141 0.027 0.002 71 K 0.475 0.333 0.127 0.048 0.014 0.003 0.001 72 K 0.183 0.221 0.228 0.222 0.110 0.033 0.003 73 K 0.221 0.236 0.190 0.173 0.123 0.051 0.006 74 D 0.250 0.313 0.223 0.137 0.053 0.019 0.004 75 S 0.091 0.138 0.185 0.254 0.196 0.111 0.024 76 T 0.086 0.170 0.199 0.195 0.171 0.140 0.040 77 G 0.037 0.080 0.160 0.253 0.244 0.182 0.045 78 I 0.014 0.032 0.055 0.099 0.210 0.440 0.150 79 C 0.009 0.035 0.080 0.178 0.323 0.309 0.066 80 F 0.006 0.012 0.032 0.110 0.307 0.452 0.081 81 I 0.015 0.053 0.126 0.273 0.358 0.163 0.011 82 G 0.057 0.226 0.312 0.274 0.110 0.020 0.001 83 E 0.175 0.411 0.271 0.111 0.028 0.004 0.001 84 K 0.518 0.319 0.116 0.037 0.008 0.001 0.001 85 N 0.221 0.403 0.238 0.108 0.025 0.004 0.001 86 F 0.015 0.036 0.109 0.327 0.390 0.119 0.003 87 K 0.102 0.343 0.348 0.158 0.041 0.007 0.001 88 N 0.180 0.508 0.237 0.063 0.011 0.001 0.001 89 F 0.007 0.020 0.082 0.304 0.428 0.156 0.005 90 L 0.011 0.033 0.117 0.322 0.382 0.131 0.005 91 S 0.148 0.436 0.290 0.103 0.020 0.002 0.001 92 N 0.147 0.376 0.303 0.138 0.032 0.005 0.001 93 Y 0.017 0.063 0.163 0.306 0.318 0.129 0.005 94 L 0.040 0.123 0.233 0.327 0.219 0.056 0.002 95 P 0.495 0.340 0.112 0.040 0.011 0.002 0.001 96 A 0.407 0.269 0.178 0.103 0.036 0.007 0.001 97 Q 0.504 0.285 0.130 0.059 0.017 0.004 0.001 98 P 0.590 0.267 0.093 0.037 0.011 0.002 0.001 99 G 0.300 0.226 0.214 0.157 0.083 0.019 0.001 100 R 0.285 0.315 0.209 0.123 0.051 0.015 0.002 101 M 0.075 0.105 0.173 0.285 0.259 0.096 0.008 102 M 0.087 0.182 0.266 0.271 0.148 0.042 0.003 103 T 0.202 0.324 0.248 0.149 0.060 0.016 0.001 104 V 0.232 0.254 0.235 0.181 0.080 0.016 0.001 105 D 0.601 0.250 0.095 0.039 0.012 0.003 0.001 106 G 0.484 0.246 0.151 0.084 0.029 0.006 0.001 107 R 0.464 0.326 0.140 0.052 0.015 0.003 0.001 108 D 0.253 0.302 0.210 0.154 0.067 0.014 0.001 109 M 0.110 0.181 0.228 0.266 0.156 0.053 0.005 110 G 0.099 0.209 0.264 0.255 0.130 0.041 0.003 111 E 0.110 0.352 0.329 0.152 0.045 0.010 0.001 112 H 0.018 0.022 0.058 0.217 0.408 0.253 0.024 113 A 0.116 0.317 0.294 0.172 0.073 0.023 0.004 114 G 0.078 0.139 0.182 0.229 0.191 0.151 0.030 115 L 0.030 0.070 0.123 0.211 0.268 0.238 0.060 116 M 0.032 0.069 0.126 0.191 0.228 0.242 0.113 117 Y 0.083 0.095 0.132 0.194 0.190 0.192 0.115 118 Y 0.041 0.048 0.057 0.088 0.152 0.355 0.259 119 T 0.047 0.049 0.071 0.119 0.168 0.282 0.264 120 I 0.049 0.067 0.080 0.121 0.157 0.291 0.235 121 G 0.042 0.061 0.076 0.133 0.202 0.280 0.205 122 Q 0.014 0.039 0.061 0.139 0.227 0.339 0.183 123 R 0.031 0.121 0.170 0.226 0.216 0.160 0.076 124 G 0.021 0.100 0.151 0.203 0.222 0.221 0.082 125 G 0.025 0.124 0.227 0.277 0.189 0.108 0.050 126 L 0.009 0.025 0.060 0.154 0.280 0.356 0.115 127 G 0.021 0.102 0.230 0.311 0.216 0.096 0.024 128 I 0.021 0.039 0.068 0.168 0.313 0.329 0.063 129 G 0.065 0.161 0.240 0.292 0.178 0.059 0.005 130 G 0.242 0.270 0.212 0.164 0.081 0.028 0.003 131 Q 0.296 0.285 0.199 0.141 0.059 0.018 0.001 132 H 0.393 0.298 0.182 0.093 0.029 0.005 0.001 133 G 0.469 0.284 0.140 0.074 0.025 0.007 0.001 134 G 0.544 0.251 0.116 0.061 0.023 0.005 0.001 135 D 0.528 0.271 0.125 0.055 0.017 0.003 0.001 136 N 0.330 0.266 0.200 0.133 0.055 0.014 0.002 137 A 0.106 0.260 0.285 0.210 0.101 0.034 0.004 138 P 0.014 0.056 0.147 0.279 0.302 0.177 0.025 139 W 0.004 0.020 0.077 0.202 0.355 0.302 0.040 140 F 0.002 0.006 0.023 0.080 0.243 0.521 0.126 141 V 0.002 0.005 0.014 0.052 0.196 0.556 0.175 142 V 0.006 0.011 0.028 0.104 0.303 0.454 0.096 143 G 0.043 0.147 0.246 0.292 0.189 0.075 0.008 144 K 0.081 0.234 0.300 0.245 0.111 0.027 0.002 145 D 0.443 0.348 0.135 0.053 0.017 0.004 0.001 146 L 0.315 0.211 0.204 0.173 0.081 0.015 0.001 147 S 0.831 0.121 0.032 0.012 0.004 0.001 0.001 148 K 0.804 0.141 0.040 0.011 0.002 0.001 0.001