# TARGET T0316 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 375 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.062 0.072 0.125 0.214 0.265 0.228 0.035 2 R 0.025 0.028 0.057 0.126 0.260 0.409 0.094 3 V 0.028 0.064 0.109 0.193 0.304 0.262 0.040 4 A 0.041 0.082 0.150 0.257 0.278 0.173 0.019 5 R 0.123 0.238 0.251 0.232 0.116 0.037 0.003 6 D 0.270 0.304 0.233 0.137 0.046 0.010 0.001 7 E 0.604 0.224 0.098 0.054 0.017 0.003 0.001 8 D 0.802 0.135 0.041 0.016 0.005 0.001 0.001 9 G 0.776 0.172 0.039 0.011 0.002 0.001 0.001 10 T 0.463 0.365 0.122 0.041 0.008 0.001 0.001 11 V 0.094 0.187 0.235 0.283 0.166 0.034 0.001 12 H 0.082 0.236 0.308 0.259 0.096 0.018 0.001 13 M 0.032 0.035 0.072 0.194 0.323 0.306 0.038 14 L 0.067 0.133 0.176 0.267 0.245 0.104 0.009 15 R 0.104 0.177 0.204 0.232 0.172 0.095 0.016 16 G 0.158 0.196 0.175 0.209 0.166 0.083 0.013 17 V 0.245 0.330 0.210 0.130 0.060 0.022 0.003 18 D 0.133 0.159 0.185 0.252 0.191 0.073 0.008 19 N 0.257 0.268 0.186 0.146 0.091 0.045 0.007 20 G 0.360 0.254 0.168 0.120 0.063 0.029 0.006 21 K 0.105 0.148 0.165 0.207 0.212 0.131 0.031 22 D 0.040 0.070 0.108 0.184 0.286 0.253 0.059 23 Q 0.030 0.051 0.078 0.164 0.245 0.317 0.114 24 T 0.064 0.102 0.121 0.169 0.194 0.252 0.099 25 Y 0.045 0.052 0.082 0.150 0.213 0.291 0.166 26 F 0.023 0.028 0.035 0.083 0.216 0.401 0.215 27 L 0.041 0.040 0.072 0.156 0.230 0.344 0.117 28 S 0.065 0.147 0.149 0.203 0.197 0.185 0.053 29 Q 0.082 0.162 0.227 0.250 0.171 0.095 0.014 30 L 0.024 0.053 0.106 0.255 0.369 0.178 0.015 31 S 0.302 0.388 0.196 0.089 0.022 0.003 0.001 32 Q 0.530 0.315 0.112 0.036 0.006 0.001 0.001 33 E 0.520 0.342 0.103 0.027 0.006 0.001 0.001 34 Q 0.099 0.152 0.206 0.288 0.202 0.050 0.002 35 L 0.060 0.107 0.204 0.288 0.258 0.079 0.004 36 Q 0.194 0.347 0.222 0.144 0.068 0.023 0.003 37 K 0.094 0.196 0.249 0.248 0.143 0.062 0.009 38 T 0.036 0.058 0.086 0.169 0.268 0.313 0.071 39 M 0.059 0.098 0.144 0.229 0.243 0.173 0.054 40 F 0.218 0.142 0.131 0.143 0.162 0.146 0.057 41 P 0.243 0.230 0.174 0.149 0.106 0.077 0.021 42 L 0.234 0.156 0.163 0.201 0.139 0.089 0.019 43 G 0.266 0.228 0.170 0.177 0.111 0.041 0.007 44 H 0.492 0.323 0.124 0.045 0.013 0.003 0.001 45 L 0.092 0.150 0.221 0.283 0.188 0.060 0.006 46 E 0.225 0.414 0.213 0.110 0.032 0.006 0.001 47 K 0.052 0.172 0.319 0.313 0.122 0.021 0.001 48 P 0.517 0.380 0.088 0.013 0.002 0.001 0.001 49 E 0.058 0.256 0.302 0.254 0.113 0.017 0.001 50 V 0.009 0.025 0.074 0.229 0.431 0.224 0.009 51 R 0.044 0.248 0.334 0.283 0.081 0.009 0.001 52 R 0.201 0.603 0.159 0.032 0.005 0.001 0.001 53 L 0.008 0.047 0.230 0.499 0.199 0.017 0.001 54 A 0.046 0.092 0.121 0.311 0.357 0.071 0.001 55 E 0.328 0.445 0.178 0.044 0.005 0.001 0.001 56 E 0.479 0.390 0.100 0.026 0.005 0.001 0.001 57 A 0.125 0.268 0.304 0.211 0.079 0.012 0.001 58 G 0.322 0.394 0.191 0.071 0.019 0.003 0.001 59 L 0.224 0.180 0.214 0.227 0.120 0.032 0.002 60 S 0.334 0.323 0.174 0.113 0.046 0.009 0.001 61 T 0.219 0.266 0.245 0.176 0.076 0.017 0.001 62 A 0.176 0.165 0.177 0.247 0.179 0.051 0.005 63 K 0.363 0.378 0.164 0.071 0.019 0.004 0.001 64 K 0.202 0.250 0.200 0.201 0.112 0.030 0.005 65 K 0.256 0.328 0.217 0.133 0.048 0.015 0.002 66 D 0.233 0.283 0.208 0.156 0.086 0.030 0.004 67 S 0.073 0.105 0.162 0.252 0.253 0.140 0.015 68 T 0.106 0.199 0.207 0.236 0.172 0.074 0.007 69 G 0.079 0.233 0.284 0.226 0.117 0.053 0.009 70 I 0.010 0.029 0.060 0.164 0.347 0.343 0.047 71 C 0.008 0.034 0.097 0.230 0.300 0.279 0.052 72 F 0.006 0.016 0.033 0.100 0.228 0.495 0.122 73 I 0.008 0.020 0.046 0.116 0.304 0.431 0.075 74 G 0.050 0.178 0.259 0.319 0.150 0.041 0.004 75 E 0.199 0.413 0.258 0.097 0.027 0.006 0.001 76 K 0.417 0.355 0.154 0.054 0.016 0.004 0.001 77 N 0.126 0.463 0.280 0.103 0.023 0.004 0.001 78 F 0.013 0.040 0.138 0.309 0.398 0.099 0.003 79 K 0.140 0.425 0.296 0.112 0.024 0.003 0.001 80 N 0.159 0.587 0.213 0.037 0.004 0.001 0.001 81 F 0.009 0.046 0.158 0.360 0.364 0.062 0.001 82 L 0.014 0.038 0.124 0.332 0.372 0.117 0.003 83 S 0.296 0.461 0.176 0.055 0.009 0.002 0.001 84 N 0.233 0.472 0.229 0.054 0.010 0.002 0.001 85 Y 0.026 0.089 0.203 0.335 0.266 0.077 0.004 86 L 0.062 0.131 0.243 0.308 0.197 0.056 0.003 87 P 0.489 0.335 0.117 0.047 0.011 0.001 0.001 88 A 0.234 0.298 0.242 0.163 0.055 0.008 0.001 89 Q 0.378 0.326 0.178 0.090 0.024 0.004 0.001 90 P 0.324 0.312 0.190 0.117 0.047 0.010 0.001 91 G 0.137 0.158 0.190 0.264 0.202 0.046 0.003 92 R 0.119 0.331 0.334 0.162 0.047 0.007 0.001 93 M 0.026 0.053 0.112 0.298 0.359 0.146 0.006 94 M 0.126 0.277 0.279 0.219 0.085 0.014 0.001 95 T 0.339 0.322 0.192 0.105 0.035 0.007 0.001 96 V 0.341 0.257 0.195 0.146 0.052 0.009 0.001 97 D 0.695 0.208 0.059 0.026 0.010 0.003 0.001 98 G 0.587 0.238 0.107 0.052 0.014 0.002 0.001 99 R 0.542 0.334 0.092 0.026 0.005 0.001 0.001 100 D 0.239 0.298 0.207 0.168 0.074 0.014 0.001 101 M 0.116 0.169 0.252 0.288 0.143 0.031 0.001 102 G 0.291 0.288 0.167 0.144 0.086 0.022 0.002 103 E 0.220 0.311 0.256 0.165 0.039 0.008 0.001 104 H 0.075 0.091 0.115 0.215 0.323 0.163 0.018 105 A 0.186 0.294 0.252 0.169 0.073 0.024 0.004 106 G 0.251 0.177 0.163 0.182 0.126 0.085 0.016 107 L 0.207 0.110 0.108 0.143 0.186 0.203 0.042 108 M 0.245 0.152 0.126 0.154 0.176 0.126 0.022 109 Y 0.200 0.166 0.144 0.162 0.158 0.122 0.047 110 Y 0.103 0.085 0.090 0.144 0.172 0.249 0.157 111 T 0.070 0.071 0.064 0.140 0.185 0.278 0.192 112 I 0.090 0.077 0.118 0.174 0.217 0.216 0.108 113 G 0.137 0.091 0.109 0.150 0.209 0.202 0.102 114 Q 0.104 0.063 0.076 0.116 0.172 0.322 0.147 115 R 0.055 0.053 0.095 0.202 0.249 0.248 0.098 116 G 0.127 0.174 0.190 0.175 0.152 0.133 0.048 117 G 0.122 0.116 0.115 0.185 0.215 0.186 0.059 118 L 0.070 0.085 0.113 0.175 0.209 0.256 0.093 119 G 0.147 0.139 0.121 0.196 0.206 0.159 0.031 120 I 0.132 0.094 0.096 0.143 0.215 0.240 0.080 121 G 0.140 0.182 0.175 0.200 0.182 0.107 0.015 122 G 0.142 0.266 0.259 0.203 0.092 0.032 0.006 123 Q 0.155 0.172 0.202 0.242 0.167 0.056 0.006 124 H 0.399 0.345 0.159 0.073 0.020 0.004 0.001 125 G 0.632 0.271 0.074 0.020 0.003 0.001 0.001 126 G 0.624 0.227 0.088 0.048 0.012 0.002 0.001 127 D 0.529 0.248 0.137 0.062 0.020 0.004 0.001 128 N 0.407 0.352 0.154 0.066 0.017 0.003 0.001 129 A 0.089 0.289 0.292 0.224 0.082 0.021 0.002 130 P 0.012 0.045 0.089 0.255 0.364 0.209 0.027 131 W 0.009 0.032 0.097 0.195 0.339 0.283 0.046 132 F 0.005 0.008 0.024 0.072 0.167 0.529 0.195 133 V 0.004 0.016 0.049 0.168 0.355 0.349 0.060 134 V 0.004 0.022 0.056 0.139 0.324 0.382 0.074 135 G 0.017 0.107 0.220 0.323 0.219 0.098 0.015 136 K 0.056 0.232 0.267 0.265 0.132 0.043 0.004 137 D 0.180 0.320 0.241 0.169 0.074 0.015 0.001 138 L 0.222 0.241 0.232 0.213 0.080 0.011 0.001 139 S 0.589 0.311 0.077 0.019 0.003 0.001 0.001 140 K 0.314 0.447 0.174 0.055 0.009 0.001 0.001 141 N 0.021 0.090 0.181 0.318 0.314 0.074 0.003 142 I 0.011 0.093 0.200 0.298 0.266 0.121 0.010 143 L 0.001 0.002 0.009 0.049 0.161 0.572 0.205 144 Y 0.002 0.007 0.022 0.079 0.227 0.530 0.133 145 V 0.001 0.005 0.022 0.075 0.229 0.505 0.163 146 G 0.006 0.024 0.060 0.166 0.369 0.324 0.050 147 Q 0.081 0.274 0.316 0.234 0.077 0.017 0.001 148 G 0.186 0.313 0.236 0.168 0.074 0.021 0.002 149 F 0.284 0.348 0.215 0.107 0.037 0.009 0.001 150 Y 0.372 0.283 0.163 0.109 0.053 0.019 0.001 151 H 0.121 0.125 0.200 0.261 0.205 0.080 0.007 152 D 0.439 0.337 0.136 0.058 0.021 0.007 0.001 153 S 0.138 0.217 0.243 0.241 0.121 0.035 0.004 154 L 0.085 0.099 0.141 0.217 0.266 0.172 0.020 155 M 0.075 0.163 0.202 0.257 0.193 0.095 0.014 156 S 0.120 0.177 0.190 0.212 0.177 0.101 0.022 157 T 0.110 0.207 0.229 0.221 0.143 0.077 0.014 158 S 0.090 0.164 0.197 0.225 0.188 0.115 0.021 159 L 0.028 0.049 0.084 0.197 0.328 0.267 0.046 160 E 0.051 0.135 0.209 0.259 0.209 0.122 0.016 161 A 0.016 0.021 0.045 0.132 0.290 0.388 0.109 162 S 0.058 0.178 0.221 0.238 0.178 0.104 0.022 163 Q 0.051 0.135 0.200 0.228 0.201 0.148 0.038 164 V 0.015 0.023 0.045 0.120 0.261 0.411 0.124 165 H 0.026 0.077 0.150 0.235 0.243 0.221 0.047 166 F 0.023 0.031 0.059 0.121 0.241 0.405 0.120 167 T 0.025 0.044 0.071 0.147 0.279 0.355 0.080 168 R 0.061 0.135 0.200 0.262 0.216 0.111 0.015 169 E 0.168 0.272 0.223 0.182 0.108 0.042 0.005 170 M 0.266 0.303 0.216 0.144 0.054 0.015 0.001 171 P 0.447 0.293 0.145 0.080 0.027 0.007 0.001 172 E 0.546 0.249 0.116 0.065 0.021 0.004 0.001 173 E 0.567 0.269 0.102 0.046 0.013 0.003 0.001 174 F 0.485 0.310 0.132 0.058 0.013 0.002 0.001 175 T 0.290 0.402 0.190 0.088 0.024 0.005 0.001 176 L 0.039 0.125 0.209 0.308 0.253 0.062 0.003 177 E 0.032 0.213 0.331 0.285 0.111 0.026 0.002 178 C 0.002 0.011 0.034 0.132 0.377 0.400 0.043 179 T 0.005 0.048 0.197 0.380 0.268 0.093 0.009 180 A 0.003 0.011 0.020 0.067 0.259 0.540 0.100 181 K 0.006 0.045 0.173 0.342 0.272 0.143 0.020 182 F 0.009 0.024 0.041 0.108 0.262 0.476 0.078 183 R 0.019 0.101 0.207 0.293 0.228 0.139 0.013 184 Y 0.043 0.126 0.157 0.242 0.248 0.171 0.013 185 R 0.098 0.230 0.246 0.244 0.145 0.035 0.002 186 Q 0.178 0.332 0.234 0.178 0.063 0.014 0.001 187 P 0.572 0.305 0.087 0.030 0.006 0.001 0.001 188 D 0.460 0.386 0.111 0.035 0.007 0.001 0.001 189 S 0.071 0.144 0.280 0.329 0.153 0.023 0.001 190 K 0.130 0.366 0.321 0.145 0.033 0.004 0.001 191 V 0.001 0.008 0.039 0.188 0.521 0.237 0.005 192 T 0.005 0.107 0.448 0.347 0.085 0.007 0.001 193 V 0.001 0.007 0.027 0.169 0.510 0.281 0.005 194 H 0.023 0.306 0.446 0.196 0.027 0.002 0.001 195 V 0.065 0.195 0.282 0.327 0.118 0.012 0.001 196 K 0.648 0.292 0.050 0.010 0.001 0.001 0.001 197 G 0.781 0.186 0.027 0.006 0.001 0.001 0.001 198 E 0.714 0.234 0.044 0.007 0.001 0.001 0.001 199 K 0.276 0.582 0.120 0.020 0.002 0.001 0.001 200 T 0.003 0.018 0.083 0.323 0.466 0.104 0.003 201 E 0.004 0.121 0.438 0.353 0.078 0.006 0.001 202 V 0.001 0.002 0.009 0.078 0.384 0.497 0.030 203 I 0.002 0.082 0.335 0.414 0.148 0.018 0.001 204 F 0.002 0.022 0.069 0.255 0.448 0.196 0.007 205 A 0.037 0.306 0.362 0.215 0.067 0.013 0.001 206 E 0.142 0.347 0.229 0.187 0.078 0.017 0.001 207 P 0.153 0.396 0.280 0.124 0.036 0.009 0.001 208 Q 0.042 0.134 0.176 0.279 0.260 0.100 0.008 209 R 0.042 0.147 0.252 0.269 0.198 0.082 0.010 210 A 0.047 0.103 0.116 0.189 0.238 0.254 0.054 211 I 0.022 0.037 0.066 0.147 0.251 0.336 0.142 212 T 0.018 0.035 0.052 0.117 0.226 0.357 0.195 213 P 0.016 0.066 0.136 0.218 0.239 0.203 0.122 214 G 0.005 0.024 0.058 0.139 0.227 0.324 0.223 215 Q 0.001 0.004 0.012 0.041 0.117 0.332 0.493 216 A 0.001 0.002 0.005 0.017 0.066 0.282 0.627 217 V 0.001 0.001 0.004 0.015 0.051 0.332 0.597 218 V 0.001 0.003 0.012 0.047 0.116 0.379 0.442 219 F 0.001 0.003 0.008 0.026 0.112 0.486 0.364 220 Y 0.001 0.006 0.022 0.120 0.402 0.397 0.052 221 D 0.025 0.159 0.303 0.316 0.167 0.028 0.002 222 G 0.163 0.424 0.291 0.105 0.015 0.002 0.001 223 E 0.158 0.430 0.237 0.121 0.046 0.008 0.001 224 E 0.013 0.070 0.204 0.379 0.258 0.073 0.003 225 C 0.011 0.026 0.056 0.138 0.302 0.406 0.059 226 L 0.013 0.015 0.030 0.074 0.176 0.443 0.250 227 G 0.010 0.024 0.043 0.095 0.160 0.368 0.300 228 G 0.010 0.035 0.078 0.131 0.185 0.304 0.257 229 G 0.020 0.047 0.075 0.148 0.223 0.296 0.192 230 L 0.013 0.055 0.116 0.226 0.277 0.228 0.085 231 I 0.008 0.013 0.032 0.095 0.271 0.460 0.122 232 D 0.021 0.101 0.177 0.269 0.290 0.125 0.016 233 N 0.070 0.219 0.299 0.236 0.119 0.051 0.006 234 A 0.068 0.135 0.218 0.303 0.218 0.057 0.002 235 Y 0.157 0.283 0.266 0.197 0.086 0.012 0.001 236 R 0.599 0.262 0.100 0.033 0.005 0.001 0.001 237 D 0.867 0.114 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 238 G 0.847 0.123 0.025 0.005 0.001 0.001 0.001 239 Q 0.680 0.223 0.072 0.022 0.004 0.001 0.001 240 V 0.480 0.292 0.129 0.072 0.023 0.004 0.001 241 C 0.279 0.214 0.246 0.180 0.066 0.014 0.001 242 Q 0.469 0.321 0.133 0.055 0.018 0.004 0.001 243 Y 0.295 0.246 0.211 0.175 0.062 0.010 0.001 244 I 0.451 0.188 0.131 0.132 0.078 0.020 0.001