# TARGET T0316 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 25.8903 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.269 0.005 0.006 0.006 0.122 0.592 2 R 0.572 0.009 0.004 0.006 0.075 0.334 3 V 0.672 0.013 0.004 0.005 0.059 0.246 4 A 0.808 0.012 0.005 0.005 0.040 0.131 5 R 0.836 0.019 0.003 0.003 0.036 0.102 6 D 0.585 0.017 0.007 0.003 0.360 0.028 7 E 0.150 0.004 0.012 0.004 0.799 0.031 8 D 0.027 0.001 0.010 0.003 0.929 0.030 9 G 0.120 0.012 0.005 0.002 0.810 0.051 10 T 0.408 0.025 0.003 0.005 0.154 0.406 11 V 0.798 0.022 0.003 0.004 0.050 0.122 12 H 0.879 0.007 0.004 0.006 0.034 0.070 13 M 0.915 0.007 0.005 0.007 0.020 0.047 14 L 0.854 0.006 0.009 0.011 0.049 0.072 15 R 0.638 0.012 0.013 0.019 0.134 0.184 16 G 0.330 0.014 0.024 0.017 0.266 0.348 17 V 0.158 0.041 0.025 0.021 0.276 0.478 18 D 0.037 0.028 0.023 0.026 0.733 0.153 19 N 0.006 0.007 0.026 0.084 0.716 0.161 20 G 0.003 0.004 0.033 0.098 0.612 0.249 21 K 0.017 0.039 0.031 0.294 0.455 0.165 22 D 0.014 0.029 0.015 0.382 0.093 0.469 23 Q 0.004 0.004 0.012 0.931 0.019 0.031 24 T 0.006 0.001 0.013 0.949 0.018 0.013 25 Y 0.005 0.001 0.016 0.955 0.017 0.006 26 F 0.003 0.001 0.009 0.967 0.015 0.006 27 L 0.004 0.002 0.046 0.897 0.042 0.009 28 S 0.007 0.001 0.076 0.747 0.127 0.042 29 Q 0.018 0.005 0.084 0.293 0.260 0.340 30 L 0.014 0.024 0.010 0.095 0.190 0.667 31 S 0.009 0.008 0.001 0.029 0.033 0.919 32 Q 0.001 0.001 0.007 0.986 0.002 0.004 33 E 0.001 0.001 0.006 0.992 0.001 0.001 34 Q 0.001 0.001 0.004 0.994 0.002 0.001 35 L 0.001 0.001 0.003 0.989 0.004 0.003 36 Q 0.001 0.001 0.003 0.981 0.008 0.007 37 K 0.008 0.001 0.007 0.911 0.033 0.039 38 T 0.020 0.004 0.007 0.793 0.058 0.119 39 M 0.087 0.023 0.024 0.327 0.151 0.388 40 F 0.104 0.025 0.045 0.061 0.262 0.504 41 P 0.079 0.016 0.050 0.037 0.376 0.442 42 L 0.027 0.013 0.150 0.053 0.574 0.183 43 G 0.013 0.009 0.136 0.027 0.638 0.177 44 H 0.006 0.007 0.122 0.036 0.660 0.170 45 L 0.009 0.033 0.032 0.060 0.460 0.407 46 E 0.007 0.016 0.008 0.074 0.117 0.778 47 K 0.002 0.002 0.014 0.866 0.038 0.077 48 P 0.001 0.001 0.010 0.963 0.013 0.013 49 E 0.001 0.001 0.011 0.981 0.004 0.002 50 V 0.002 0.001 0.006 0.986 0.002 0.003 51 R 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 52 R 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 53 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 54 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 55 E 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 56 E 0.001 0.001 0.004 0.991 0.003 0.002 57 A 0.001 0.001 0.003 0.959 0.005 0.032 58 G 0.001 0.001 0.001 0.008 0.014 0.977 59 L 0.004 0.003 0.003 0.001 0.050 0.939 60 S 0.049 0.011 0.028 0.004 0.145 0.763 61 T 0.071 0.023 0.292 0.017 0.261 0.336 62 A 0.107 0.018 0.326 0.020 0.289 0.239 63 K 0.157 0.015 0.276 0.021 0.299 0.231 64 K 0.126 0.047 0.161 0.040 0.458 0.168 65 K 0.091 0.022 0.154 0.036 0.536 0.161 66 D 0.059 0.014 0.225 0.023 0.566 0.113 67 S 0.080 0.030 0.099 0.016 0.614 0.161 68 T 0.119 0.011 0.035 0.007 0.473 0.354 69 G 0.234 0.005 0.006 0.002 0.258 0.496 70 I 0.797 0.016 0.002 0.002 0.060 0.123 71 C 0.928 0.013 0.001 0.001 0.019 0.038 72 F 0.923 0.009 0.001 0.001 0.027 0.040 73 I 0.647 0.015 0.002 0.003 0.107 0.226 74 G 0.212 0.009 0.007 0.004 0.377 0.390 75 E 0.055 0.008 0.037 0.018 0.559 0.323 76 K 0.020 0.014 0.066 0.034 0.531 0.334 77 N 0.019 0.021 0.050 0.124 0.427 0.359 78 F 0.002 0.002 0.037 0.920 0.024 0.016 79 K 0.003 0.001 0.027 0.934 0.023 0.012 80 N 0.002 0.001 0.032 0.929 0.030 0.007 81 F 0.002 0.002 0.032 0.936 0.021 0.007 82 L 0.003 0.002 0.041 0.930 0.017 0.007 83 S 0.001 0.001 0.077 0.893 0.018 0.010 84 N 0.002 0.002 0.069 0.843 0.035 0.050 85 Y 0.009 0.019 0.092 0.337 0.197 0.345 86 L 0.015 0.016 0.014 0.017 0.409 0.528 87 P 0.021 0.005 0.027 0.010 0.473 0.464 88 A 0.045 0.027 0.030 0.007 0.419 0.470 89 Q 0.071 0.028 0.015 0.004 0.519 0.362 90 P 0.106 0.013 0.009 0.006 0.476 0.390 91 G 0.194 0.010 0.009 0.007 0.379 0.401 92 R 0.704 0.017 0.005 0.008 0.137 0.130 93 M 0.928 0.003 0.002 0.005 0.020 0.042 94 M 0.963 0.006 0.001 0.002 0.007 0.022 95 T 0.926 0.008 0.001 0.001 0.061 0.005 96 V 0.300 0.003 0.002 0.002 0.690 0.002 97 D 0.019 0.001 0.002 0.002 0.975 0.002 98 G 0.041 0.003 0.002 0.001 0.948 0.005 99 R 0.663 0.063 0.001 0.003 0.197 0.073 100 D 0.827 0.050 0.002 0.003 0.030 0.089 101 M 0.813 0.016 0.011 0.009 0.069 0.081 102 G 0.767 0.004 0.028 0.007 0.080 0.115 103 E 0.673 0.007 0.060 0.013 0.118 0.128 104 H 0.513 0.019 0.042 0.024 0.212 0.190 105 A 0.339 0.007 0.025 0.015 0.327 0.287 106 G 0.402 0.006 0.016 0.009 0.274 0.294 107 L 0.696 0.014 0.012 0.008 0.129 0.142 108 M 0.871 0.007 0.007 0.005 0.045 0.065 109 Y 0.945 0.003 0.003 0.003 0.016 0.030 110 Y 0.944 0.004 0.003 0.005 0.012 0.032 111 T 0.921 0.005 0.004 0.006 0.026 0.037 112 I 0.846 0.005 0.009 0.012 0.062 0.066 113 G 0.597 0.008 0.016 0.012 0.212 0.155 114 Q 0.594 0.022 0.013 0.012 0.242 0.118 115 R 0.410 0.028 0.015 0.010 0.311 0.226 116 G 0.256 0.032 0.027 0.012 0.428 0.245 117 G 0.243 0.030 0.043 0.009 0.408 0.266 118 L 0.320 0.038 0.066 0.013 0.323 0.240 119 G 0.276 0.049 0.043 0.013 0.379 0.240 120 I 0.190 0.055 0.037 0.015 0.420 0.283 121 G 0.151 0.040 0.021 0.011 0.492 0.284 122 G 0.097 0.036 0.033 0.015 0.591 0.229 123 Q 0.063 0.054 0.050 0.022 0.635 0.177 124 H 0.059 0.043 0.043 0.014 0.603 0.239 125 G 0.034 0.019 0.033 0.011 0.659 0.245 126 G 0.027 0.016 0.026 0.006 0.619 0.306 127 D 0.035 0.015 0.031 0.006 0.499 0.414 128 N 0.064 0.030 0.020 0.005 0.426 0.455 129 A 0.077 0.011 0.006 0.002 0.364 0.539 130 P 0.138 0.007 0.004 0.001 0.228 0.622 131 W 0.793 0.011 0.002 0.001 0.048 0.145 132 F 0.976 0.004 0.001 0.001 0.006 0.013 133 V 0.987 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 134 V 0.969 0.001 0.001 0.001 0.008 0.021 135 G 0.851 0.001 0.001 0.002 0.053 0.091 136 K 0.664 0.009 0.007 0.007 0.116 0.197 137 D 0.304 0.052 0.015 0.007 0.372 0.249 138 L 0.027 0.005 0.288 0.022 0.645 0.013 139 S 0.024 0.002 0.365 0.018 0.569 0.022 140 K 0.022 0.002 0.206 0.011 0.734 0.025 141 N 0.151 0.006 0.011 0.002 0.564 0.266 142 I 0.745 0.008 0.001 0.001 0.027 0.219 143 L 0.991 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 144 Y 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 145 V 0.972 0.002 0.001 0.001 0.005 0.020 146 G 0.615 0.004 0.001 0.001 0.160 0.219 147 Q 0.106 0.005 0.005 0.001 0.422 0.461 148 G 0.028 0.008 0.017 0.002 0.575 0.371 149 F 0.029 0.027 0.032 0.014 0.619 0.279 150 Y 0.029 0.024 0.042 0.054 0.439 0.411 151 H 0.023 0.027 0.078 0.228 0.388 0.256 152 D 0.011 0.003 0.207 0.309 0.356 0.114 153 S 0.008 0.004 0.347 0.352 0.233 0.057 154 L 0.027 0.012 0.326 0.270 0.279 0.086 155 M 0.108 0.023 0.164 0.195 0.305 0.205 156 S 0.158 0.010 0.074 0.108 0.348 0.302 157 T 0.244 0.004 0.045 0.066 0.297 0.345 158 S 0.674 0.010 0.014 0.037 0.102 0.162 159 L 0.864 0.014 0.003 0.009 0.029 0.080 160 E 0.861 0.010 0.004 0.010 0.028 0.088 161 A 0.655 0.009 0.035 0.033 0.112 0.155 162 S 0.415 0.005 0.069 0.023 0.256 0.232 163 Q 0.391 0.008 0.110 0.029 0.279 0.184 164 V 0.419 0.018 0.059 0.030 0.227 0.247 165 H 0.537 0.023 0.041 0.031 0.144 0.225 166 F 0.625 0.030 0.036 0.027 0.102 0.181 167 T 0.534 0.027 0.040 0.031 0.167 0.200 168 R 0.440 0.017 0.041 0.022 0.242 0.239 169 E 0.290 0.019 0.037 0.025 0.294 0.334 170 M 0.163 0.035 0.027 0.017 0.338 0.419 171 P 0.076 0.020 0.055 0.018 0.502 0.329 172 E 0.039 0.009 0.211 0.034 0.519 0.188 173 E 0.056 0.009 0.202 0.034 0.517 0.182 174 F 0.107 0.015 0.121 0.024 0.459 0.274 175 T 0.201 0.011 0.031 0.009 0.253 0.495 176 L 0.567 0.013 0.015 0.006 0.126 0.273 177 E 0.834 0.004 0.004 0.002 0.044 0.112 178 C 0.953 0.001 0.001 0.001 0.012 0.032 179 T 0.976 0.001 0.001 0.001 0.006 0.017 180 A 0.982 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 181 K 0.979 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 182 F 0.976 0.001 0.001 0.002 0.005 0.017 183 R 0.960 0.002 0.001 0.002 0.013 0.023 184 Y 0.881 0.004 0.001 0.003 0.045 0.066 185 R 0.489 0.011 0.004 0.004 0.221 0.270 186 Q 0.155 0.011 0.007 0.001 0.627 0.200 187 P 0.045 0.004 0.020 0.001 0.754 0.175 188 D 0.051 0.006 0.033 0.001 0.678 0.231 189 S 0.374 0.025 0.013 0.001 0.393 0.195 190 K 0.583 0.004 0.002 0.001 0.077 0.334 191 V 0.922 0.003 0.001 0.001 0.014 0.059 192 T 0.974 0.001 0.001 0.001 0.006 0.019 193 V 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 194 H 0.974 0.001 0.001 0.001 0.006 0.018 195 V 0.889 0.005 0.001 0.001 0.082 0.023 196 K 0.434 0.006 0.003 0.001 0.516 0.040 197 G 0.069 0.004 0.008 0.001 0.893 0.027 198 E 0.154 0.006 0.005 0.001 0.790 0.045 199 K 0.563 0.008 0.002 0.001 0.207 0.220 200 T 0.908 0.004 0.001 0.001 0.027 0.061 201 E 0.976 0.001 0.001 0.001 0.005 0.018 202 V 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 203 I 0.987 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 204 F 0.924 0.002 0.001 0.001 0.019 0.055 205 A 0.587 0.005 0.002 0.002 0.147 0.257 206 E 0.213 0.008 0.009 0.003 0.411 0.356 207 P 0.140 0.013 0.038 0.014 0.502 0.292 208 Q 0.216 0.021 0.101 0.022 0.411 0.229 209 R 0.492 0.019 0.081 0.030 0.232 0.145 210 A 0.688 0.027 0.038 0.025 0.106 0.115 211 I 0.675 0.051 0.014 0.014 0.097 0.149 212 T 0.405 0.027 0.015 0.008 0.503 0.042 213 P 0.088 0.004 0.006 0.003 0.848 0.051 214 G 0.029 0.001 0.005 0.001 0.878 0.085 215 Q 0.628 0.024 0.001 0.001 0.282 0.064 216 A 0.932 0.003 0.001 0.001 0.015 0.050 217 V 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 218 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 219 F 0.994 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 220 Y 0.947 0.001 0.001 0.001 0.036 0.015 221 D 0.412 0.005 0.002 0.003 0.461 0.117 222 G 0.068 0.006 0.007 0.002 0.824 0.093 223 E 0.111 0.011 0.021 0.002 0.722 0.133 224 E 0.556 0.029 0.027 0.003 0.273 0.111 225 C 0.833 0.022 0.010 0.002 0.081 0.052 226 L 0.839 0.018 0.004 0.002 0.067 0.071 227 G 0.683 0.004 0.005 0.004 0.132 0.172 228 G 0.665 0.004 0.005 0.012 0.128 0.185 229 G 0.783 0.004 0.006 0.016 0.072 0.120 230 L 0.902 0.010 0.005 0.017 0.020 0.047 231 I 0.815 0.009 0.010 0.071 0.037 0.058 232 D 0.574 0.006 0.027 0.160 0.103 0.131 233 N 0.345 0.005 0.101 0.210 0.218 0.121 234 A 0.239 0.017 0.103 0.218 0.280 0.144 235 Y 0.202 0.016 0.095 0.197 0.350 0.139 236 R 0.164 0.014 0.063 0.152 0.369 0.238 237 D 0.100 0.007 0.055 0.183 0.351 0.304 238 G 0.164 0.008 0.045 0.107 0.369 0.308 239 Q 0.290 0.013 0.037 0.122 0.221 0.317 240 V 0.428 0.018 0.049 0.169 0.141 0.194 241 C 0.465 0.011 0.038 0.121 0.127 0.237 242 Q 0.364 0.013 0.035 0.111 0.121 0.356 243 Y 0.260 0.021 0.019 0.080 0.108 0.512 244 I 0.130 0.014 0.006 0.031 0.090 0.730