# TARGET T0315 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0315.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 199.191 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.007 0.032 0.163 0.111 0.241 0.097 0.201 0.149 2 L 0.007 0.027 0.219 0.126 0.184 0.089 0.173 0.175 3 I 0.044 0.033 0.289 0.115 0.135 0.100 0.098 0.187 4 D 0.052 0.038 0.167 0.059 0.094 0.114 0.214 0.262 5 T 0.025 0.023 0.246 0.035 0.087 0.151 0.123 0.310 6 H 0.021 0.011 0.291 0.040 0.085 0.099 0.150 0.302 7 V 0.026 0.022 0.298 0.060 0.074 0.113 0.089 0.319 8 H 0.056 0.039 0.261 0.047 0.083 0.134 0.062 0.318 9 L 0.026 0.024 0.122 0.038 0.053 0.160 0.065 0.512 10 N 0.116 0.132 0.042 0.016 0.023 0.118 0.108 0.445 11 D 0.331 0.206 0.023 0.006 0.009 0.069 0.116 0.241 12 E 0.107 0.164 0.021 0.010 0.011 0.116 0.074 0.498 13 Q 0.081 0.134 0.022 0.007 0.007 0.087 0.072 0.591 14 Y 0.298 0.211 0.006 0.002 0.003 0.066 0.092 0.322 15 D 0.242 0.255 0.007 0.002 0.002 0.055 0.144 0.293 16 D 0.017 0.297 0.003 0.001 0.001 0.064 0.027 0.590 17 D 0.009 0.905 0.001 0.001 0.001 0.007 0.011 0.066 18 L 0.021 0.951 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.012 19 S 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.968 0.003 20 E 0.002 0.679 0.001 0.001 0.001 0.003 0.308 0.007 21 V 0.007 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 22 I 0.005 0.965 0.003 0.001 0.001 0.002 0.015 0.009 23 T 0.005 0.966 0.005 0.001 0.001 0.002 0.011 0.010 24 R 0.026 0.935 0.004 0.001 0.001 0.004 0.014 0.018 25 A 0.108 0.116 0.257 0.004 0.001 0.016 0.467 0.031 26 R 0.676 0.089 0.011 0.001 0.001 0.017 0.095 0.110 27 E 0.090 0.018 0.013 0.001 0.001 0.027 0.033 0.818 28 A 0.003 0.008 0.082 0.002 0.003 0.151 0.043 0.707 29 G 0.030 0.017 0.029 0.004 0.008 0.108 0.106 0.698 30 V 0.065 0.022 0.033 0.010 0.007 0.154 0.085 0.624 31 D 0.012 0.015 0.286 0.019 0.038 0.122 0.098 0.410 32 R 0.012 0.010 0.425 0.038 0.079 0.079 0.120 0.238 33 M 0.002 0.003 0.699 0.033 0.039 0.034 0.054 0.137 34 F 0.005 0.003 0.793 0.045 0.042 0.022 0.028 0.063 35 V 0.023 0.009 0.456 0.084 0.112 0.059 0.102 0.155 36 V 0.042 0.023 0.315 0.046 0.089 0.121 0.081 0.284 37 G 0.043 0.020 0.126 0.040 0.076 0.147 0.103 0.446 38 F 0.016 0.014 0.063 0.020 0.023 0.124 0.203 0.536 39 N 0.143 0.262 0.021 0.011 0.015 0.075 0.261 0.212 40 K 0.136 0.458 0.008 0.003 0.005 0.078 0.057 0.254 41 S 0.020 0.409 0.006 0.005 0.006 0.065 0.066 0.422 42 T 0.010 0.927 0.001 0.001 0.001 0.006 0.027 0.029 43 I 0.007 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.003 44 E 0.005 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.006 45 R 0.004 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.007 46 A 0.012 0.949 0.002 0.001 0.001 0.002 0.030 0.004 47 M 0.017 0.834 0.011 0.002 0.001 0.004 0.114 0.017 48 K 0.021 0.764 0.015 0.002 0.002 0.012 0.075 0.109 49 L 0.157 0.428 0.032 0.003 0.003 0.027 0.215 0.136 50 I 0.252 0.245 0.027 0.005 0.003 0.051 0.215 0.202 51 D 0.039 0.050 0.011 0.002 0.003 0.048 0.058 0.789 52 E 0.039 0.055 0.007 0.001 0.002 0.076 0.038 0.783 53 Y 0.228 0.101 0.023 0.005 0.005 0.112 0.128 0.398 54 D 0.043 0.053 0.037 0.007 0.012 0.157 0.064 0.627 55 F 0.019 0.033 0.125 0.009 0.023 0.118 0.073 0.600 56 L 0.027 0.047 0.253 0.038 0.045 0.140 0.136 0.315 57 Y 0.018 0.015 0.369 0.048 0.069 0.082 0.125 0.274 58 G 0.056 0.010 0.326 0.081 0.113 0.085 0.095 0.234 59 I 0.026 0.004 0.216 0.063 0.121 0.088 0.077 0.406 60 I 0.013 0.002 0.217 0.091 0.158 0.103 0.040 0.375 61 G 0.009 0.003 0.128 0.081 0.209 0.128 0.038 0.404 62 W 0.008 0.003 0.061 0.052 0.069 0.119 0.022 0.666 63 H 0.192 0.047 0.064 0.074 0.065 0.130 0.079 0.349 64 P 0.202 0.082 0.023 0.013 0.019 0.104 0.053 0.504 65 V 0.080 0.062 0.046 0.018 0.026 0.113 0.059 0.596 66 D 0.209 0.122 0.024 0.015 0.021 0.088 0.074 0.446 67 A 0.119 0.054 0.018 0.013 0.017 0.095 0.229 0.454 68 I 0.066 0.142 0.018 0.015 0.020 0.101 0.116 0.522 69 D 0.064 0.159 0.008 0.008 0.014 0.099 0.042 0.606 70 F 0.037 0.249 0.009 0.008 0.008 0.079 0.062 0.547 71 T 0.056 0.817 0.002 0.001 0.002 0.012 0.053 0.057 72 E 0.038 0.849 0.003 0.001 0.001 0.013 0.030 0.065 73 E 0.008 0.872 0.004 0.002 0.002 0.013 0.036 0.064 74 H 0.008 0.973 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.007 75 L 0.017 0.959 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.007 76 E 0.005 0.253 0.009 0.002 0.001 0.006 0.694 0.028 77 W 0.008 0.771 0.005 0.001 0.001 0.006 0.192 0.017 78 I 0.074 0.857 0.005 0.001 0.001 0.004 0.041 0.016 79 E 0.130 0.352 0.061 0.006 0.003 0.028 0.192 0.228 80 S 0.146 0.120 0.012 0.002 0.003 0.046 0.148 0.523 81 L 0.412 0.026 0.017 0.002 0.001 0.067 0.079 0.396 82 A 0.021 0.004 0.018 0.004 0.004 0.148 0.062 0.739 83 Q 0.016 0.001 0.003 0.001 0.001 0.058 0.009 0.913 84 H 0.272 0.020 0.018 0.001 0.002 0.129 0.059 0.499 85 P 0.008 0.012 0.120 0.004 0.008 0.217 0.038 0.593 86 K 0.004 0.005 0.584 0.007 0.037 0.106 0.056 0.202 87 V 0.003 0.007 0.617 0.034 0.035 0.051 0.094 0.159 88 I 0.002 0.004 0.900 0.020 0.012 0.011 0.012 0.039 89 G 0.010 0.012 0.787 0.020 0.034 0.025 0.058 0.054 90 I 0.008 0.011 0.635 0.043 0.061 0.047 0.068 0.127 91 G 0.116 0.026 0.347 0.050 0.080 0.100 0.073 0.208 92 E 0.081 0.020 0.126 0.050 0.082 0.138 0.118 0.384 93 M 0.030 0.028 0.116 0.037 0.097 0.162 0.046 0.483 94 G 0.022 0.026 0.088 0.049 0.122 0.134 0.086 0.473 95 L 0.053 0.027 0.066 0.056 0.056 0.144 0.068 0.529 96 D 0.253 0.057 0.045 0.058 0.066 0.076 0.192 0.253 97 Y 0.098 0.024 0.032 0.023 0.041 0.126 0.077 0.580 98 H 0.106 0.010 0.029 0.024 0.043 0.096 0.055 0.637 99 W 0.077 0.007 0.015 0.019 0.020 0.110 0.047 0.703 100 D 0.036 0.015 0.006 0.008 0.015 0.123 0.024 0.774 101 K 0.017 0.019 0.005 0.005 0.007 0.112 0.013 0.823 102 S 0.078 0.241 0.004 0.006 0.005 0.090 0.052 0.524 103 P 0.038 0.895 0.001 0.001 0.001 0.008 0.014 0.041 104 A 0.005 0.973 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.014 105 D 0.003 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.008 106 V 0.002 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.003 107 Q 0.001 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.001 108 K 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 109 E 0.001 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.004 110 V 0.003 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.003 111 F 0.004 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.002 112 R 0.005 0.942 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.008 113 K 0.001 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.006 114 Q 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 115 I 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 116 A 0.004 0.974 0.005 0.001 0.001 0.001 0.010 0.005 117 L 0.055 0.828 0.015 0.001 0.001 0.006 0.070 0.025 118 A 0.105 0.032 0.394 0.006 0.001 0.011 0.418 0.033 119 K 0.752 0.012 0.006 0.002 0.001 0.009 0.023 0.194 120 R 0.053 0.001 0.005 0.001 0.001 0.019 0.011 0.912 121 L 0.004 0.001 0.020 0.002 0.004 0.210 0.010 0.749 122 K 0.004 0.001 0.006 0.001 0.002 0.052 0.007 0.928 123 L 0.005 0.001 0.048 0.015 0.008 0.204 0.023 0.696 124 P 0.001 0.001 0.764 0.017 0.040 0.037 0.053 0.086 125 I 0.004 0.004 0.606 0.060 0.075 0.020 0.108 0.122 126 I 0.001 0.003 0.916 0.023 0.015 0.004 0.014 0.025 127 I 0.003 0.008 0.866 0.036 0.027 0.010 0.015 0.035 128 H 0.033 0.088 0.568 0.028 0.037 0.048 0.058 0.140 129 N 0.054 0.073 0.147 0.006 0.008 0.031 0.594 0.087 130 R 0.052 0.334 0.032 0.005 0.006 0.069 0.288 0.213 131 E 0.051 0.426 0.012 0.003 0.004 0.059 0.149 0.296 132 A 0.016 0.810 0.003 0.001 0.001 0.018 0.052 0.098 133 T 0.017 0.913 0.001 0.001 0.001 0.003 0.052 0.015 134 Q 0.005 0.914 0.001 0.001 0.001 0.004 0.058 0.018 135 D 0.001 0.967 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.008 136 C 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 137 I 0.003 0.984 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 138 D 0.005 0.959 0.012 0.001 0.001 0.001 0.014 0.007 139 I 0.030 0.865 0.026 0.001 0.001 0.006 0.049 0.022 140 L 0.109 0.481 0.133 0.004 0.002 0.013 0.216 0.044 141 L 0.170 0.495 0.017 0.002 0.001 0.019 0.041 0.254 142 E 0.095 0.193 0.014 0.001 0.001 0.039 0.032 0.626 143 E 0.038 0.084 0.026 0.007 0.003 0.085 0.089 0.667 144 H 0.170 0.108 0.006 0.003 0.003 0.052 0.102 0.554 145 A 0.146 0.049 0.013 0.002 0.002 0.074 0.107 0.606 146 E 0.067 0.033 0.028 0.007 0.007 0.143 0.095 0.619 147 E 0.120 0.028 0.016 0.003 0.004 0.092 0.073 0.665 148 V 0.023 0.025 0.036 0.006 0.010 0.209 0.048 0.642 149 G 0.012 0.018 0.203 0.014 0.056 0.166 0.103 0.428 150 G 0.009 0.015 0.341 0.047 0.078 0.090 0.193 0.228 151 I 0.004 0.007 0.671 0.047 0.051 0.042 0.084 0.095 152 M 0.006 0.005 0.565 0.072 0.094 0.034 0.127 0.098 153 H 0.011 0.004 0.559 0.085 0.112 0.042 0.095 0.091 154 S 0.028 0.006 0.379 0.050 0.125 0.081 0.110 0.222 155 F 0.046 0.014 0.145 0.058 0.080 0.152 0.090 0.415 156 S 0.012 0.022 0.059 0.022 0.044 0.190 0.041 0.611 157 G 0.016 0.131 0.021 0.009 0.012 0.120 0.043 0.648 158 S 0.050 0.913 0.001 0.001 0.001 0.006 0.012 0.017 159 P 0.014 0.961 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.012 160 E 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 161 I 0.015 0.865 0.002 0.001 0.001 0.003 0.106 0.008 162 A 0.005 0.566 0.001 0.001 0.001 0.005 0.411 0.009 163 D 0.002 0.214 0.001 0.001 0.001 0.003 0.772 0.007 164 I 0.004 0.917 0.001 0.002 0.002 0.004 0.051 0.018 165 V 0.037 0.794 0.012 0.011 0.021 0.018 0.065 0.041 166 T 0.031 0.068 0.081 0.032 0.018 0.046 0.550 0.174 167 N 0.457 0.065 0.023 0.009 0.011 0.064 0.161 0.208 168 K 0.348 0.012 0.012 0.002 0.002 0.068 0.042 0.514 169 L 0.013 0.005 0.042 0.004 0.015 0.263 0.024 0.633 170 N 0.003 0.002 0.095 0.007 0.042 0.108 0.059 0.684 171 F 0.004 0.003 0.332 0.116 0.093 0.104 0.102 0.247 172 Y 0.003 0.001 0.614 0.091 0.086 0.025 0.069 0.110 173 I 0.009 0.002 0.495 0.115 0.113 0.044 0.050 0.172 174 S 0.010 0.003 0.637 0.047 0.071 0.036 0.048 0.148 175 L 0.017 0.006 0.305 0.089 0.123 0.087 0.051 0.322 176 G 0.027 0.008 0.142 0.043 0.091 0.104 0.065 0.520 177 G 0.058 0.040 0.093 0.109 0.176 0.121 0.095 0.309 178 P 0.054 0.042 0.055 0.040 0.076 0.122 0.035 0.575 179 V 0.014 0.030 0.126 0.154 0.164 0.089 0.055 0.368 180 T 0.047 0.086 0.054 0.058 0.089 0.082 0.078 0.506 181 F 0.348 0.078 0.067 0.071 0.054 0.044 0.191 0.148 182 K 0.158 0.038 0.021 0.035 0.033 0.081 0.044 0.591 183 N 0.229 0.028 0.008 0.005 0.008 0.048 0.057 0.617 184 A 0.034 0.041 0.004 0.007 0.009 0.102 0.026 0.776 185 K 0.016 0.057 0.004 0.005 0.010 0.097 0.013 0.797 186 Q 0.048 0.351 0.004 0.013 0.012 0.066 0.069 0.437 187 P 0.031 0.879 0.002 0.003 0.003 0.011 0.030 0.041 188 K 0.029 0.850 0.007 0.005 0.007 0.010 0.036 0.056 189 E 0.040 0.500 0.074 0.064 0.055 0.030 0.093 0.145 190 V 0.324 0.183 0.054 0.035 0.069 0.049 0.126 0.160 191 A 0.308 0.033 0.051 0.024 0.033 0.067 0.169 0.315 192 K 0.019 0.022 0.013 0.026 0.036 0.071 0.029 0.784 193 H 0.003 0.005 0.004 0.003 0.007 0.069 0.005 0.905 194 V 0.043 0.039 0.039 0.057 0.028 0.212 0.051 0.533 195 S 0.377 0.158 0.018 0.012 0.011 0.063 0.061 0.300 196 M 0.227 0.185 0.017 0.006 0.010 0.082 0.083 0.390 197 E 0.020 0.090 0.065 0.026 0.060 0.101 0.109 0.528 198 R 0.032 0.042 0.134 0.059 0.111 0.099 0.157 0.367 199 L 0.021 0.013 0.190 0.094 0.134 0.119 0.148 0.282 200 L 0.013 0.007 0.277 0.088 0.217 0.077 0.117 0.203 201 V 0.047 0.007 0.128 0.111 0.201 0.107 0.058 0.339 202 E 0.085 0.006 0.072 0.063 0.090 0.164 0.065 0.455 203 T 0.016 0.005 0.023 0.024 0.045 0.164 0.038 0.684 204 D 0.052 0.008 0.019 0.010 0.018 0.126 0.036 0.730 205 A 0.371 0.018 0.016 0.023 0.020 0.104 0.079 0.369 206 P 0.085 0.011 0.015 0.014 0.018 0.108 0.043 0.706 207 Y 0.046 0.008 0.017 0.018 0.053 0.121 0.036 0.700 208 L 0.044 0.004 0.015 0.022 0.035 0.115 0.026 0.740 209 S 0.048 0.008 0.023 0.071 0.080 0.137 0.035 0.597 210 P 0.035 0.006 0.015 0.015 0.035 0.098 0.021 0.775 211 H 0.064 0.010 0.040 0.065 0.074 0.169 0.054 0.524 212 P 0.074 0.006 0.020 0.019 0.029 0.113 0.029 0.710 213 Y 0.284 0.012 0.014 0.024 0.029 0.085 0.050 0.502 214 R 0.044 0.006 0.021 0.027 0.057 0.117 0.037 0.691 215 G 0.055 0.005 0.016 0.018 0.050 0.100 0.034 0.723 216 K 0.048 0.004 0.022 0.101 0.075 0.126 0.035 0.590 217 R 0.009 0.003 0.010 0.015 0.031 0.103 0.014 0.815 218 N 0.067 0.019 0.027 0.027 0.043 0.107 0.058 0.652 219 E 0.246 0.079 0.016 0.039 0.038 0.084 0.063 0.435 220 P 0.052 0.110 0.014 0.014 0.025 0.056 0.093 0.637 221 A 0.011 0.293 0.033 0.062 0.113 0.104 0.063 0.321 222 R 0.009 0.635 0.012 0.024 0.050 0.028 0.068 0.176 223 V 0.003 0.952 0.002 0.006 0.005 0.003 0.017 0.013 224 T 0.001 0.949 0.004 0.003 0.004 0.002 0.031 0.006 225 L 0.001 0.933 0.002 0.004 0.003 0.001 0.052 0.003 226 V 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 227 A 0.004 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.002 228 E 0.003 0.938 0.003 0.004 0.003 0.002 0.035 0.012 229 Q 0.007 0.952 0.004 0.002 0.002 0.003 0.013 0.018 230 I 0.096 0.750 0.017 0.007 0.005 0.013 0.073 0.039 231 A 0.089 0.133 0.111 0.046 0.020 0.041 0.354 0.205 232 E 0.324 0.042 0.010 0.004 0.005 0.043 0.027 0.545 233 L 0.432 0.006 0.015 0.004 0.004 0.053 0.066 0.419 234 K 0.017 0.008 0.006 0.002 0.004 0.116 0.017 0.830 235 G 0.005 0.007 0.002 0.001 0.002 0.046 0.003 0.936 236 L 0.008 0.042 0.010 0.010 0.003 0.111 0.014 0.802 237 S 0.047 0.895 0.002 0.001 0.001 0.007 0.017 0.030 238 Y 0.040 0.942 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.010 239 E 0.003 0.964 0.005 0.001 0.001 0.002 0.006 0.018 240 E 0.017 0.937 0.005 0.001 0.001 0.004 0.017 0.019 241 V 0.051 0.193 0.006 0.001 0.001 0.013 0.718 0.017 242 C 0.001 0.040 0.001 0.001 0.001 0.002 0.951 0.005 243 E 0.005 0.855 0.001 0.001 0.001 0.009 0.044 0.084 244 Q 0.010 0.469 0.010 0.008 0.011 0.045 0.319 0.127 245 T 0.016 0.832 0.005 0.003 0.003 0.012 0.113 0.018 246 T 0.046 0.857 0.004 0.001 0.001 0.015 0.030 0.046 247 K 0.014 0.734 0.016 0.005 0.003 0.036 0.037 0.155 248 N 0.038 0.904 0.006 0.001 0.002 0.008 0.027 0.015 249 A 0.120 0.692 0.024 0.002 0.003 0.017 0.086 0.056 250 E 0.071 0.169 0.172 0.031 0.025 0.051 0.172 0.310 251 K 0.173 0.068 0.048 0.018 0.019 0.091 0.060 0.523 252 L 0.099 0.010 0.064 0.014 0.024 0.143 0.058 0.587 253 F 0.025 0.005 0.091 0.046 0.098 0.175 0.043 0.517 254 N 0.014 0.002 0.014 0.010 0.031 0.094 0.028 0.806 255 L 0.056 0.005 0.024 0.061 0.044 0.150 0.048 0.612 256 N 0.127 0.010 0.019 0.019 0.029 0.115 0.062 0.619 257 S 0.067 0.011 0.014 0.009 0.019 0.112 0.041 0.726