# TARGET T0315 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0315.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 700 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.393 0.285 0.180 0.101 0.032 0.008 0.001 2 L 0.230 0.152 0.137 0.199 0.196 0.074 0.012 3 I 0.111 0.111 0.102 0.161 0.239 0.191 0.087 4 D 0.144 0.104 0.123 0.160 0.172 0.172 0.124 5 T 0.127 0.191 0.156 0.134 0.097 0.126 0.169 6 H 0.118 0.101 0.124 0.143 0.132 0.184 0.198 7 V 0.088 0.072 0.083 0.129 0.196 0.292 0.139 8 H 0.083 0.123 0.145 0.189 0.220 0.190 0.050 9 L 0.106 0.132 0.168 0.234 0.198 0.125 0.037 10 N 0.204 0.301 0.226 0.175 0.078 0.014 0.001 11 D 0.235 0.275 0.234 0.195 0.055 0.006 0.001 12 E 0.469 0.309 0.139 0.063 0.017 0.003 0.001 13 Q 0.467 0.328 0.136 0.052 0.015 0.002 0.001 14 Y 0.179 0.210 0.255 0.246 0.092 0.016 0.001 15 D 0.479 0.331 0.126 0.047 0.013 0.004 0.001 16 D 0.524 0.318 0.109 0.034 0.011 0.004 0.001 17 D 0.075 0.225 0.271 0.259 0.134 0.033 0.003 18 L 0.009 0.052 0.187 0.332 0.310 0.103 0.006 19 S 0.234 0.489 0.213 0.052 0.009 0.002 0.001 20 E 0.080 0.399 0.354 0.136 0.028 0.004 0.001 21 V 0.002 0.008 0.026 0.135 0.474 0.341 0.014 22 I 0.002 0.025 0.123 0.393 0.371 0.082 0.003 23 T 0.110 0.589 0.222 0.062 0.014 0.003 0.001 24 R 0.006 0.067 0.342 0.439 0.131 0.015 0.001 25 A 0.003 0.009 0.024 0.141 0.475 0.334 0.014 26 R 0.069 0.279 0.341 0.236 0.063 0.012 0.001 27 E 0.450 0.414 0.094 0.032 0.009 0.002 0.001 28 A 0.050 0.233 0.358 0.258 0.086 0.014 0.001 29 G 0.173 0.413 0.246 0.119 0.040 0.009 0.001 30 V 0.011 0.026 0.081 0.232 0.407 0.229 0.013 31 D 0.010 0.071 0.156 0.339 0.310 0.107 0.006 32 R 0.002 0.015 0.050 0.138 0.311 0.390 0.094 33 M 0.001 0.001 0.001 0.008 0.047 0.336 0.607 34 F 0.001 0.001 0.004 0.018 0.068 0.315 0.592 35 V 0.001 0.001 0.004 0.012 0.038 0.220 0.725 36 V 0.001 0.003 0.006 0.019 0.062 0.326 0.583 37 G 0.004 0.008 0.017 0.049 0.139 0.416 0.367 38 F 0.004 0.016 0.035 0.092 0.232 0.385 0.236 39 N 0.026 0.125 0.208 0.265 0.213 0.130 0.033 40 K 0.039 0.117 0.181 0.247 0.240 0.144 0.032 41 S 0.230 0.355 0.203 0.115 0.057 0.029 0.009 42 T 0.040 0.181 0.285 0.270 0.157 0.056 0.011 43 I 0.009 0.052 0.166 0.275 0.336 0.148 0.014 44 E 0.169 0.475 0.240 0.081 0.024 0.010 0.002 45 R 0.025 0.169 0.335 0.282 0.134 0.047 0.009 46 A 0.001 0.005 0.016 0.086 0.368 0.469 0.055 47 M 0.012 0.103 0.281 0.350 0.192 0.058 0.004 48 K 0.079 0.404 0.334 0.143 0.033 0.007 0.001 49 L 0.007 0.035 0.084 0.228 0.410 0.224 0.011 50 I 0.004 0.016 0.076 0.303 0.414 0.179 0.009 51 D 0.191 0.477 0.225 0.081 0.020 0.005 0.001 52 E 0.195 0.414 0.247 0.117 0.024 0.003 0.001 53 Y 0.018 0.099 0.227 0.368 0.247 0.039 0.001 54 D 0.163 0.491 0.247 0.080 0.017 0.002 0.001 55 F 0.018 0.197 0.335 0.339 0.102 0.010 0.001 56 L 0.001 0.003 0.016 0.106 0.411 0.443 0.020 57 Y 0.001 0.001 0.005 0.038 0.265 0.585 0.107 58 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.219 0.765 59 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.077 0.919 60 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.054 0.942 61 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.118 0.869 62 W 0.001 0.001 0.001 0.005 0.046 0.328 0.619 63 H 0.001 0.002 0.008 0.030 0.137 0.386 0.437 64 P 0.002 0.010 0.029 0.070 0.158 0.417 0.313 65 V 0.019 0.057 0.080 0.160 0.281 0.322 0.081 66 D 0.026 0.084 0.187 0.300 0.248 0.135 0.020 67 A 0.036 0.068 0.142 0.244 0.294 0.193 0.023 68 I 0.228 0.303 0.205 0.162 0.070 0.027 0.005 69 D 0.324 0.290 0.175 0.106 0.066 0.032 0.007 70 F 0.140 0.225 0.238 0.217 0.131 0.043 0.006 71 T 0.163 0.275 0.260 0.192 0.080 0.027 0.003 72 E 0.559 0.265 0.101 0.047 0.019 0.008 0.001 73 E 0.357 0.366 0.175 0.065 0.026 0.009 0.002 74 H 0.022 0.090 0.192 0.314 0.286 0.089 0.007 75 L 0.016 0.118 0.314 0.336 0.181 0.033 0.002 76 E 0.266 0.529 0.163 0.035 0.007 0.001 0.001 77 W 0.013 0.095 0.274 0.342 0.220 0.052 0.003 78 I 0.002 0.005 0.020 0.128 0.461 0.363 0.020 79 E 0.019 0.159 0.357 0.327 0.113 0.023 0.002 80 S 0.126 0.412 0.282 0.126 0.041 0.012 0.001 81 L 0.010 0.046 0.081 0.215 0.371 0.259 0.018 82 A 0.008 0.024 0.110 0.330 0.383 0.139 0.005 83 Q 0.337 0.444 0.162 0.048 0.008 0.001 0.001 84 H 0.155 0.345 0.295 0.178 0.026 0.001 0.001 85 P 0.339 0.488 0.131 0.035 0.006 0.001 0.001 86 K 0.022 0.267 0.387 0.241 0.075 0.008 0.001 87 V 0.001 0.001 0.010 0.111 0.474 0.385 0.019 88 I 0.001 0.002 0.011 0.060 0.294 0.554 0.080 89 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.190 0.799 90 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.092 0.902 91 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.065 0.931 92 E 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.131 0.852 93 M 0.001 0.001 0.001 0.006 0.041 0.286 0.666 94 G 0.001 0.003 0.011 0.038 0.142 0.433 0.373 95 L 0.004 0.010 0.024 0.078 0.218 0.460 0.207 96 D 0.022 0.048 0.096 0.166 0.276 0.331 0.061 97 Y 0.064 0.100 0.175 0.286 0.242 0.119 0.013 98 H 0.153 0.246 0.226 0.184 0.133 0.053 0.006 99 W 0.236 0.233 0.238 0.196 0.080 0.017 0.001 100 D 0.467 0.315 0.137 0.061 0.017 0.003 0.001 101 K 0.484 0.283 0.134 0.069 0.024 0.006 0.001 102 S 0.632 0.215 0.093 0.039 0.016 0.004 0.001 103 P 0.412 0.343 0.143 0.075 0.023 0.004 0.001 104 A 0.085 0.247 0.365 0.226 0.069 0.008 0.001 105 D 0.438 0.452 0.091 0.017 0.002 0.001 0.001 106 V 0.027 0.235 0.391 0.273 0.066 0.007 0.001 107 Q 0.001 0.007 0.031 0.150 0.499 0.300 0.013 108 K 0.002 0.063 0.264 0.425 0.220 0.026 0.001 109 E 0.007 0.209 0.406 0.313 0.058 0.007 0.001 110 V 0.001 0.001 0.007 0.071 0.388 0.498 0.035 111 F 0.001 0.001 0.001 0.004 0.088 0.664 0.243 112 R 0.001 0.045 0.278 0.474 0.163 0.037 0.003 113 K 0.001 0.030 0.167 0.431 0.290 0.077 0.004 114 Q 0.001 0.001 0.001 0.004 0.063 0.616 0.317 115 I 0.001 0.002 0.013 0.114 0.360 0.454 0.058 116 A 0.005 0.185 0.362 0.314 0.112 0.021 0.002 117 L 0.001 0.005 0.044 0.304 0.466 0.174 0.006 118 A 0.001 0.007 0.015 0.080 0.426 0.441 0.030 119 K 0.025 0.221 0.395 0.284 0.065 0.010 0.001 120 R 0.117 0.429 0.244 0.157 0.047 0.006 0.001 121 L 0.008 0.081 0.239 0.421 0.225 0.026 0.001 122 K 0.114 0.513 0.274 0.080 0.016 0.002 0.001 123 L 0.002 0.018 0.096 0.278 0.377 0.217 0.011 124 P 0.001 0.008 0.033 0.185 0.435 0.313 0.025 125 I 0.001 0.001 0.004 0.018 0.098 0.528 0.352 126 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.244 0.734 127 I 0.001 0.001 0.002 0.009 0.040 0.277 0.672 128 H 0.001 0.002 0.009 0.034 0.112 0.355 0.487 129 N 0.002 0.009 0.024 0.079 0.226 0.477 0.184 130 R 0.006 0.045 0.119 0.249 0.311 0.226 0.043 131 E 0.079 0.260 0.280 0.199 0.123 0.051 0.009 132 A 0.030 0.162 0.239 0.288 0.198 0.076 0.008 133 T 0.006 0.038 0.124 0.297 0.370 0.156 0.009 134 Q 0.106 0.440 0.334 0.093 0.021 0.006 0.001 135 D 0.041 0.264 0.359 0.231 0.082 0.020 0.003 136 C 0.002 0.005 0.013 0.064 0.339 0.534 0.044 137 I 0.002 0.020 0.106 0.345 0.394 0.130 0.004 138 D 0.026 0.393 0.390 0.147 0.036 0.007 0.001 139 I 0.004 0.032 0.170 0.410 0.309 0.073 0.001 140 L 0.002 0.007 0.020 0.138 0.476 0.346 0.011 141 L 0.079 0.340 0.342 0.188 0.044 0.007 0.001 142 E 0.322 0.490 0.144 0.037 0.006 0.001 0.001 143 E 0.035 0.163 0.342 0.332 0.112 0.015 0.001 144 H 0.262 0.382 0.202 0.116 0.035 0.004 0.001 145 A 0.287 0.289 0.196 0.154 0.063 0.010 0.001 146 E 0.455 0.356 0.129 0.049 0.009 0.001 0.001 147 E 0.196 0.424 0.256 0.099 0.023 0.002 0.001 148 V 0.011 0.071 0.177 0.353 0.319 0.068 0.001 149 G 0.002 0.035 0.146 0.394 0.328 0.093 0.003 150 G 0.001 0.001 0.004 0.034 0.194 0.607 0.160 151 I 0.001 0.001 0.001 0.008 0.061 0.447 0.481 152 M 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.195 0.788 153 H 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.180 0.802 154 S 0.001 0.001 0.002 0.009 0.040 0.280 0.669 155 F 0.001 0.001 0.004 0.024 0.126 0.444 0.400 156 S 0.003 0.028 0.086 0.159 0.270 0.320 0.134 157 G 0.011 0.052 0.109 0.203 0.259 0.261 0.105 158 S 0.035 0.193 0.199 0.245 0.202 0.101 0.024 159 P 0.011 0.058 0.181 0.321 0.296 0.119 0.013 160 E 0.203 0.493 0.225 0.058 0.014 0.005 0.001 161 I 0.025 0.174 0.330 0.292 0.135 0.036 0.009 162 A 0.001 0.006 0.019 0.092 0.403 0.443 0.037 163 D 0.005 0.077 0.230 0.396 0.222 0.063 0.006 164 I 0.125 0.520 0.224 0.088 0.030 0.011 0.002 165 V 0.008 0.052 0.214 0.379 0.263 0.079 0.005 166 T 0.008 0.016 0.035 0.144 0.405 0.365 0.028 167 N 0.080 0.256 0.311 0.229 0.097 0.025 0.002 168 K 0.266 0.391 0.201 0.098 0.034 0.009 0.001 169 L 0.019 0.117 0.227 0.310 0.237 0.084 0.007 170 N 0.014 0.117 0.228 0.313 0.234 0.087 0.006 171 F 0.001 0.005 0.019 0.094 0.277 0.472 0.132 172 Y 0.001 0.002 0.007 0.040 0.172 0.405 0.374 173 I 0.001 0.001 0.001 0.004 0.024 0.212 0.758 174 S 0.001 0.001 0.002 0.007 0.024 0.156 0.812 175 L 0.001 0.002 0.005 0.013 0.035 0.178 0.767 176 G 0.002 0.006 0.013 0.036 0.081 0.251 0.611 177 G 0.003 0.007 0.014 0.042 0.134 0.398 0.401 178 P 0.013 0.036 0.059 0.108 0.205 0.346 0.233 179 V 0.022 0.032 0.062 0.130 0.211 0.340 0.204 180 T 0.037 0.076 0.101 0.172 0.268 0.288 0.057 181 F 0.035 0.100 0.167 0.315 0.254 0.110 0.018 182 K 0.232 0.326 0.218 0.126 0.068 0.026 0.005 183 N 0.200 0.341 0.262 0.143 0.045 0.009 0.001 184 A 0.107 0.226 0.265 0.242 0.123 0.034 0.003 185 K 0.477 0.370 0.112 0.030 0.008 0.002 0.001 186 Q 0.124 0.361 0.319 0.144 0.042 0.009 0.001 187 P 0.011 0.035 0.086 0.233 0.418 0.205 0.012 188 K 0.033 0.198 0.338 0.291 0.118 0.021 0.001 189 E 0.153 0.437 0.273 0.107 0.024 0.005 0.001 190 V 0.014 0.039 0.091 0.239 0.401 0.203 0.013 191 A 0.008 0.014 0.049 0.193 0.379 0.318 0.038 192 K 0.126 0.359 0.258 0.172 0.061 0.021 0.004 193 H 0.090 0.284 0.301 0.205 0.090 0.028 0.003 194 V 0.004 0.014 0.041 0.162 0.364 0.350 0.065 195 S 0.043 0.142 0.228 0.244 0.213 0.117 0.013 196 M 0.036 0.122 0.182 0.296 0.253 0.101 0.010 197 E 0.012 0.085 0.167 0.292 0.289 0.137 0.017 198 R 0.002 0.015 0.036 0.104 0.306 0.408 0.128 199 L 0.001 0.001 0.003 0.013 0.067 0.382 0.533 200 L 0.001 0.002 0.004 0.016 0.055 0.264 0.659 201 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 0.125 0.854 202 E 0.001 0.001 0.002 0.008 0.025 0.162 0.800 203 T 0.001 0.002 0.006 0.019 0.064 0.246 0.662 204 D 0.001 0.003 0.008 0.025 0.091 0.311 0.561 205 A 0.004 0.011 0.019 0.046 0.134 0.349 0.437 206 P 0.029 0.046 0.080 0.137 0.186 0.301 0.221 207 Y 0.064 0.085 0.112 0.165 0.211 0.274 0.090 208 L 0.091 0.106 0.136 0.217 0.227 0.183 0.041 209 S 0.091 0.126 0.152 0.206 0.231 0.156 0.038 210 P 0.153 0.187 0.195 0.200 0.153 0.087 0.024 211 H 0.203 0.237 0.197 0.186 0.115 0.050 0.012 212 P 0.278 0.278 0.193 0.132 0.076 0.034 0.008 213 Y 0.170 0.187 0.201 0.208 0.149 0.071 0.014 214 R 0.376 0.245 0.171 0.113 0.062 0.029 0.005 215 G 0.307 0.236 0.171 0.145 0.087 0.042 0.012 216 K 0.239 0.197 0.157 0.160 0.139 0.086 0.022 217 R 0.103 0.155 0.171 0.196 0.188 0.139 0.049 218 N 0.090 0.101 0.116 0.183 0.210 0.205 0.094 219 E 0.048 0.065 0.094 0.153 0.205 0.285 0.148 220 P 0.036 0.069 0.099 0.184 0.255 0.266 0.091 221 A 0.024 0.087 0.155 0.250 0.265 0.178 0.041 222 R 0.006 0.023 0.052 0.154 0.276 0.374 0.115 223 V 0.002 0.004 0.007 0.028 0.134 0.486 0.340 224 T 0.004 0.036 0.135 0.308 0.322 0.169 0.027 225 L 0.004 0.045 0.177 0.365 0.272 0.124 0.014 226 V 0.001 0.001 0.002 0.014 0.125 0.595 0.262 227 A 0.001 0.002 0.007 0.051 0.234 0.575 0.130 228 E 0.004 0.108 0.317 0.373 0.158 0.038 0.002 229 Q 0.002 0.016 0.085 0.316 0.415 0.160 0.006 230 I 0.001 0.004 0.007 0.039 0.243 0.639 0.067 231 A 0.016 0.090 0.248 0.373 0.219 0.050 0.003 232 E 0.128 0.433 0.302 0.108 0.024 0.004 0.001 233 L 0.028 0.097 0.194 0.370 0.264 0.046 0.001 234 K 0.074 0.242 0.329 0.256 0.085 0.013 0.001 235 G 0.536 0.336 0.094 0.027 0.006 0.001 0.001 236 L 0.208 0.297 0.247 0.180 0.061 0.008 0.001 237 S 0.367 0.393 0.163 0.062 0.014 0.002 0.001 238 Y 0.091 0.256 0.342 0.236 0.067 0.007 0.001 239 E 0.587 0.354 0.051 0.007 0.001 0.001 0.001 240 E 0.103 0.426 0.328 0.121 0.022 0.002 0.001 241 V 0.006 0.019 0.062 0.244 0.478 0.186 0.006 242 C 0.008 0.096 0.229 0.388 0.234 0.043 0.002 243 E 0.052 0.480 0.315 0.122 0.026 0.004 0.001 244 Q 0.001 0.016 0.127 0.437 0.345 0.072 0.003 245 T 0.001 0.003 0.005 0.024 0.170 0.653 0.144 246 T 0.006 0.067 0.166 0.329 0.291 0.123 0.018 247 K 0.012 0.148 0.352 0.353 0.114 0.021 0.001 248 N 0.001 0.005 0.019 0.106 0.381 0.434 0.054 249 A 0.007 0.012 0.009 0.026 0.137 0.549 0.259 250 E 0.012 0.039 0.135 0.399 0.306 0.105 0.004 251 K 0.009 0.072 0.224 0.384 0.242 0.066 0.003 252 L 0.011 0.019 0.035 0.116 0.316 0.440 0.063 253 F 0.018 0.041 0.090 0.225 0.358 0.249 0.018 254 N 0.141 0.395 0.291 0.136 0.032 0.004 0.001 255 L 0.135 0.195 0.232 0.294 0.124 0.019 0.001 256 N 0.681 0.249 0.055 0.012 0.002 0.001 0.001 257 S 0.613 0.203 0.102 0.059 0.020 0.004 0.001