# TARGET T0315 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0315.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 891 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 2 L 0.368 0.071 0.012 0.013 0.009 0.022 0.506 3 I 0.625 0.052 0.018 0.009 0.031 0.024 0.241 4 D 0.570 0.013 0.027 0.009 0.087 0.039 0.256 5 T 0.582 0.010 0.047 0.030 0.073 0.079 0.178 6 H 0.568 0.019 0.044 0.040 0.093 0.073 0.163 7 V 0.534 0.030 0.036 0.040 0.063 0.066 0.229 8 H 0.420 0.051 0.014 0.018 0.080 0.078 0.339 9 L 0.177 0.046 0.020 0.011 0.149 0.103 0.495 10 N 0.073 0.054 0.014 0.011 0.233 0.120 0.495 11 D 0.014 0.012 0.099 0.074 0.267 0.094 0.440 12 E 0.001 0.001 0.303 0.169 0.052 0.431 0.042 13 Q 0.002 0.005 0.390 0.119 0.036 0.395 0.053 14 Y 0.009 0.020 0.254 0.175 0.118 0.229 0.195 15 D 0.012 0.024 0.088 0.226 0.103 0.185 0.361 16 D 0.006 0.009 0.038 0.364 0.264 0.207 0.112 17 D 0.007 0.021 0.018 0.384 0.118 0.087 0.365 18 L 0.001 0.001 0.004 0.987 0.001 0.006 0.002 19 S 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 20 E 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 21 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 22 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 23 T 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.005 0.001 24 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 25 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 26 R 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 27 E 0.001 0.001 0.002 0.953 0.002 0.042 0.001 28 A 0.001 0.001 0.001 0.332 0.003 0.662 0.001 29 G 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.972 0.015 30 V 0.011 0.001 0.001 0.001 0.014 0.003 0.970 31 D 0.217 0.002 0.005 0.001 0.409 0.006 0.359 32 R 0.958 0.001 0.002 0.001 0.014 0.002 0.022 33 M 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 34 F 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 35 V 0.959 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.036 36 V 0.713 0.002 0.002 0.002 0.035 0.016 0.230 37 G 0.254 0.010 0.004 0.002 0.186 0.058 0.488 38 F 0.081 0.053 0.003 0.001 0.420 0.035 0.406 39 N 0.051 0.017 0.002 0.002 0.224 0.013 0.691 40 K 0.002 0.001 0.227 0.587 0.021 0.136 0.026 41 S 0.001 0.001 0.197 0.647 0.019 0.125 0.012 42 T 0.001 0.002 0.110 0.787 0.013 0.050 0.037 43 I 0.001 0.001 0.004 0.986 0.001 0.005 0.003 44 E 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.004 0.001 45 R 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.003 0.001 46 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 47 M 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 48 K 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 49 L 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.009 0.001 50 I 0.001 0.001 0.007 0.973 0.002 0.016 0.001 51 D 0.001 0.001 0.024 0.802 0.003 0.168 0.003 52 E 0.001 0.001 0.039 0.495 0.019 0.437 0.009 53 Y 0.006 0.002 0.017 0.049 0.365 0.099 0.463 54 D 0.004 0.001 0.027 0.010 0.243 0.559 0.156 55 F 0.196 0.007 0.031 0.009 0.211 0.406 0.140 56 L 0.871 0.019 0.002 0.002 0.008 0.004 0.093 57 Y 0.974 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.018 58 G 0.959 0.001 0.002 0.002 0.007 0.002 0.026 59 I 0.873 0.003 0.005 0.003 0.020 0.005 0.091 60 I 0.685 0.006 0.009 0.005 0.083 0.020 0.192 61 G 0.433 0.018 0.011 0.006 0.146 0.051 0.334 62 W 0.313 0.043 0.015 0.017 0.209 0.050 0.353 63 H 0.161 0.029 0.010 0.014 0.172 0.030 0.585 64 P 0.053 0.014 0.172 0.125 0.120 0.317 0.199 65 V 0.037 0.011 0.236 0.149 0.145 0.319 0.104 66 D 0.045 0.023 0.262 0.172 0.125 0.197 0.176 67 A 0.031 0.017 0.280 0.272 0.059 0.119 0.222 68 I 0.033 0.009 0.259 0.237 0.074 0.211 0.178 69 D 0.024 0.012 0.173 0.246 0.085 0.271 0.188 70 F 0.020 0.022 0.062 0.176 0.158 0.089 0.473 71 T 0.008 0.008 0.015 0.141 0.093 0.040 0.695 72 E 0.001 0.001 0.034 0.881 0.014 0.052 0.019 73 E 0.001 0.001 0.048 0.872 0.008 0.058 0.013 74 H 0.001 0.001 0.025 0.943 0.002 0.020 0.009 75 L 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.002 0.002 76 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 77 W 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.007 0.001 78 I 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 79 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 80 S 0.001 0.001 0.002 0.984 0.001 0.013 0.001 81 L 0.001 0.001 0.013 0.931 0.001 0.054 0.002 82 A 0.001 0.002 0.046 0.730 0.013 0.197 0.011 83 Q 0.001 0.001 0.046 0.300 0.035 0.598 0.020 84 H 0.004 0.001 0.006 0.009 0.630 0.052 0.298 85 P 0.017 0.002 0.028 0.017 0.318 0.246 0.373 86 K 0.230 0.008 0.016 0.009 0.238 0.190 0.310 87 V 0.844 0.012 0.002 0.002 0.012 0.002 0.126 88 I 0.956 0.003 0.001 0.002 0.004 0.001 0.034 89 G 0.970 0.002 0.001 0.002 0.004 0.001 0.020 90 I 0.902 0.002 0.002 0.006 0.013 0.003 0.072 91 G 0.815 0.002 0.006 0.010 0.051 0.016 0.098 92 E 0.648 0.012 0.013 0.024 0.053 0.023 0.226 93 M 0.492 0.024 0.032 0.045 0.090 0.074 0.244 94 G 0.287 0.010 0.046 0.035 0.147 0.151 0.326 95 L 0.239 0.018 0.112 0.069 0.133 0.160 0.269 96 D 0.198 0.016 0.153 0.100 0.104 0.195 0.233 97 Y 0.162 0.029 0.128 0.122 0.106 0.253 0.201 98 H 0.145 0.041 0.043 0.083 0.132 0.169 0.386 99 W 0.085 0.049 0.035 0.056 0.151 0.134 0.490 100 D 0.045 0.020 0.019 0.029 0.143 0.217 0.527 101 K 0.013 0.008 0.014 0.028 0.343 0.267 0.328 102 S 0.009 0.010 0.006 0.020 0.280 0.070 0.605 103 P 0.007 0.010 0.028 0.253 0.102 0.111 0.491 104 A 0.002 0.002 0.027 0.681 0.040 0.056 0.193 105 D 0.001 0.001 0.009 0.942 0.013 0.012 0.023 106 V 0.001 0.001 0.009 0.970 0.003 0.007 0.010 107 Q 0.001 0.001 0.003 0.985 0.001 0.005 0.004 108 K 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 109 E 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 110 V 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.009 0.001 111 F 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 112 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 113 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 114 Q 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 115 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 116 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 117 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.004 0.001 118 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 119 K 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.007 0.001 120 R 0.001 0.001 0.007 0.905 0.001 0.087 0.001 121 L 0.001 0.001 0.007 0.263 0.004 0.722 0.003 122 K 0.001 0.001 0.004 0.006 0.051 0.899 0.039 123 L 0.008 0.001 0.001 0.001 0.457 0.002 0.531 124 P 0.179 0.006 0.001 0.001 0.122 0.007 0.684 125 I 0.953 0.002 0.001 0.001 0.007 0.003 0.034 126 I 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 127 I 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 128 H 0.898 0.003 0.002 0.002 0.011 0.003 0.082 129 N 0.281 0.006 0.012 0.004 0.086 0.017 0.595 130 R 0.058 0.005 0.109 0.038 0.379 0.123 0.287 131 E 0.028 0.019 0.196 0.149 0.177 0.231 0.200 132 A 0.021 0.022 0.170 0.228 0.079 0.167 0.313 133 T 0.006 0.006 0.057 0.509 0.039 0.062 0.321 134 Q 0.001 0.001 0.035 0.905 0.012 0.041 0.007 135 D 0.001 0.001 0.017 0.942 0.005 0.029 0.005 136 C 0.001 0.001 0.004 0.984 0.001 0.009 0.002 137 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 138 D 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 139 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 140 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 141 L 0.001 0.001 0.002 0.982 0.001 0.015 0.001 142 E 0.001 0.001 0.004 0.894 0.003 0.097 0.002 143 E 0.001 0.001 0.011 0.537 0.012 0.420 0.019 144 H 0.003 0.007 0.031 0.311 0.042 0.467 0.140 145 A 0.017 0.010 0.124 0.157 0.129 0.089 0.474 146 E 0.012 0.001 0.500 0.128 0.073 0.214 0.072 147 E 0.064 0.005 0.306 0.095 0.124 0.270 0.136 148 V 0.197 0.010 0.108 0.020 0.171 0.196 0.298 149 G 0.534 0.005 0.010 0.003 0.123 0.171 0.154 150 G 0.948 0.002 0.002 0.001 0.003 0.005 0.040 151 I 0.990 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 152 M 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 153 H 0.810 0.004 0.003 0.001 0.035 0.006 0.142 154 S 0.380 0.016 0.005 0.001 0.091 0.025 0.482 155 F 0.086 0.013 0.007 0.001 0.311 0.093 0.490 156 S 0.027 0.030 0.008 0.002 0.244 0.195 0.494 157 G 0.008 0.011 0.001 0.002 0.506 0.039 0.432 158 S 0.004 0.009 0.001 0.006 0.137 0.004 0.839 159 P 0.001 0.001 0.006 0.984 0.002 0.007 0.001 160 E 0.001 0.001 0.004 0.992 0.001 0.003 0.001 161 I 0.001 0.001 0.006 0.991 0.001 0.002 0.001 162 A 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.002 0.001 163 D 0.001 0.001 0.007 0.972 0.001 0.018 0.001 164 I 0.001 0.001 0.012 0.910 0.002 0.072 0.003 165 V 0.006 0.005 0.014 0.842 0.009 0.102 0.021 166 T 0.016 0.010 0.022 0.723 0.013 0.183 0.034 167 N 0.007 0.001 0.040 0.450 0.040 0.320 0.141 168 K 0.015 0.002 0.077 0.148 0.078 0.450 0.230 169 L 0.021 0.002 0.050 0.016 0.242 0.504 0.164 170 N 0.094 0.002 0.015 0.002 0.354 0.384 0.149 171 F 0.796 0.004 0.003 0.001 0.016 0.008 0.173 172 Y 0.977 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 173 I 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 174 S 0.957 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.038 175 L 0.828 0.004 0.001 0.001 0.020 0.002 0.145 176 G 0.323 0.007 0.002 0.001 0.223 0.017 0.428 177 G 0.202 0.010 0.007 0.005 0.382 0.050 0.344 178 P 0.201 0.016 0.023 0.017 0.192 0.082 0.469 179 V 0.201 0.041 0.037 0.025 0.158 0.072 0.466 180 T 0.212 0.042 0.033 0.024 0.141 0.079 0.469 181 F 0.092 0.025 0.099 0.045 0.221 0.100 0.418 182 K 0.039 0.014 0.127 0.061 0.197 0.295 0.267 183 N 0.024 0.011 0.124 0.044 0.147 0.302 0.347 184 A 0.021 0.016 0.107 0.108 0.129 0.199 0.421 185 K 0.019 0.014 0.062 0.249 0.222 0.181 0.252 186 Q 0.020 0.014 0.010 0.127 0.289 0.024 0.516 187 P 0.003 0.002 0.015 0.883 0.007 0.017 0.072 188 K 0.002 0.001 0.012 0.959 0.006 0.008 0.013 189 E 0.001 0.001 0.014 0.975 0.002 0.004 0.003 190 V 0.001 0.001 0.016 0.972 0.001 0.007 0.002 191 A 0.002 0.001 0.045 0.914 0.004 0.030 0.002 192 K 0.002 0.001 0.056 0.734 0.006 0.197 0.004 193 H 0.002 0.001 0.060 0.456 0.026 0.437 0.017 194 V 0.013 0.010 0.006 0.060 0.524 0.054 0.333 195 S 0.013 0.013 0.008 0.007 0.057 0.030 0.872 196 M 0.040 0.008 0.374 0.111 0.091 0.247 0.129 197 E 0.086 0.003 0.294 0.084 0.208 0.209 0.116 198 R 0.459 0.004 0.214 0.088 0.065 0.075 0.095 199 L 0.833 0.012 0.011 0.071 0.008 0.011 0.055 200 L 0.893 0.007 0.005 0.059 0.004 0.008 0.024 201 V 0.856 0.003 0.005 0.074 0.007 0.011 0.044 202 E 0.758 0.009 0.004 0.027 0.028 0.018 0.157 203 T 0.365 0.021 0.009 0.013 0.146 0.059 0.385 204 D 0.126 0.027 0.015 0.008 0.263 0.068 0.494 205 A 0.038 0.014 0.142 0.021 0.266 0.073 0.446 206 P 0.013 0.007 0.252 0.024 0.125 0.395 0.184 207 Y 0.021 0.027 0.199 0.018 0.130 0.429 0.175 208 L 0.035 0.042 0.034 0.006 0.338 0.054 0.492 209 S 0.030 0.031 0.008 0.002 0.164 0.072 0.693 210 P 0.037 0.040 0.017 0.009 0.282 0.094 0.521 211 H 0.047 0.024 0.022 0.012 0.294 0.030 0.571 212 P 0.033 0.013 0.082 0.038 0.129 0.211 0.494 213 Y 0.040 0.062 0.093 0.047 0.156 0.231 0.371 214 R 0.027 0.035 0.075 0.042 0.177 0.402 0.243 215 G 0.012 0.009 0.027 0.020 0.219 0.412 0.301 216 K 0.043 0.026 0.026 0.014 0.224 0.090 0.578 217 R 0.068 0.045 0.046 0.027 0.210 0.228 0.377 218 N 0.064 0.038 0.067 0.039 0.212 0.270 0.310 219 E 0.065 0.017 0.038 0.057 0.254 0.038 0.532 220 P 0.034 0.012 0.179 0.269 0.039 0.126 0.341 221 A 0.036 0.012 0.162 0.433 0.075 0.193 0.090 222 R 0.033 0.010 0.117 0.599 0.040 0.112 0.088 223 V 0.020 0.004 0.010 0.835 0.021 0.010 0.100 224 T 0.005 0.001 0.004 0.960 0.004 0.007 0.020 225 L 0.004 0.001 0.002 0.983 0.002 0.004 0.003 226 V 0.002 0.001 0.002 0.990 0.001 0.003 0.003 227 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 228 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 229 Q 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 230 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 231 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 232 E 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.006 0.001 233 L 0.001 0.001 0.004 0.929 0.005 0.057 0.004 234 K 0.001 0.001 0.008 0.371 0.014 0.602 0.004 235 G 0.001 0.001 0.003 0.007 0.036 0.917 0.037 236 L 0.002 0.006 0.001 0.001 0.246 0.001 0.744 237 S 0.004 0.021 0.001 0.001 0.010 0.001 0.964 238 Y 0.001 0.001 0.006 0.990 0.001 0.002 0.001 239 E 0.001 0.001 0.004 0.995 0.001 0.001 0.001 240 E 0.001 0.001 0.004 0.995 0.001 0.001 0.001 241 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 242 C 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 243 E 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.009 0.001 244 Q 0.001 0.001 0.001 0.981 0.001 0.017 0.001 245 T 0.001 0.001 0.003 0.959 0.002 0.028 0.006 246 T 0.001 0.001 0.008 0.906 0.009 0.070 0.006 247 K 0.001 0.001 0.004 0.835 0.031 0.111 0.017 248 N 0.001 0.003 0.003 0.657 0.061 0.042 0.233 249 A 0.001 0.001 0.006 0.974 0.002 0.010 0.008 250 E 0.001 0.001 0.026 0.958 0.003 0.011 0.002 251 K 0.001 0.001 0.032 0.948 0.001 0.016 0.002 252 L 0.001 0.001 0.021 0.904 0.002 0.067 0.004 253 F 0.002 0.004 0.015 0.630 0.019 0.303 0.027 254 N 0.005 0.004 0.024 0.296 0.055 0.448 0.167 255 L 0.007 0.006 0.016 0.090 0.198 0.081 0.602 256 N 0.007 0.006 0.010 0.023 0.117 0.044 0.794 257 S 0.003 0.002 0.009 0.010 0.062 0.016 0.897