# TARGET T0315 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0315.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 891 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.194 0.243 0.214 0.176 0.109 0.052 0.013 2 L 0.029 0.052 0.117 0.213 0.289 0.239 0.061 3 I 0.018 0.023 0.040 0.083 0.176 0.387 0.273 4 D 0.005 0.008 0.016 0.035 0.088 0.318 0.531 5 T 0.001 0.002 0.004 0.010 0.038 0.233 0.711 6 H 0.002 0.005 0.008 0.022 0.071 0.269 0.623 7 V 0.001 0.003 0.008 0.029 0.099 0.355 0.506 8 H 0.002 0.006 0.020 0.067 0.182 0.432 0.291 9 L 0.005 0.013 0.036 0.106 0.259 0.443 0.138 10 N 0.034 0.118 0.227 0.297 0.222 0.093 0.009 11 D 0.090 0.240 0.296 0.244 0.109 0.020 0.001 12 E 0.497 0.325 0.115 0.046 0.014 0.003 0.001 13 Q 0.493 0.296 0.129 0.060 0.017 0.003 0.001 14 Y 0.138 0.147 0.240 0.302 0.149 0.024 0.001 15 D 0.404 0.401 0.150 0.038 0.006 0.001 0.001 16 D 0.601 0.265 0.085 0.033 0.012 0.003 0.001 17 D 0.163 0.362 0.256 0.154 0.054 0.011 0.001 18 L 0.008 0.039 0.174 0.409 0.296 0.071 0.003 19 S 0.207 0.423 0.263 0.085 0.019 0.003 0.001 20 E 0.104 0.470 0.307 0.099 0.018 0.002 0.001 21 V 0.002 0.009 0.035 0.193 0.483 0.269 0.009 22 I 0.004 0.037 0.142 0.324 0.360 0.130 0.004 23 T 0.105 0.569 0.258 0.059 0.009 0.001 0.001 24 R 0.007 0.097 0.352 0.406 0.121 0.015 0.001 25 A 0.001 0.004 0.016 0.120 0.471 0.374 0.013 26 R 0.019 0.205 0.372 0.291 0.099 0.013 0.001 27 E 0.433 0.444 0.097 0.023 0.003 0.001 0.001 28 A 0.029 0.199 0.371 0.296 0.090 0.015 0.001 29 G 0.056 0.283 0.341 0.235 0.074 0.011 0.001 30 V 0.003 0.024 0.072 0.236 0.447 0.204 0.013 31 D 0.007 0.106 0.213 0.316 0.239 0.103 0.018 32 R 0.001 0.002 0.023 0.138 0.358 0.398 0.081 33 M 0.001 0.001 0.001 0.004 0.034 0.458 0.503 34 F 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.214 0.766 35 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.161 0.822 36 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.024 0.237 0.736 37 G 0.001 0.001 0.002 0.013 0.084 0.443 0.457 38 F 0.001 0.002 0.015 0.076 0.275 0.496 0.135 39 N 0.010 0.099 0.242 0.342 0.230 0.072 0.005 40 K 0.056 0.289 0.346 0.221 0.072 0.015 0.001 41 S 0.391 0.372 0.133 0.061 0.028 0.012 0.003 42 T 0.049 0.194 0.256 0.262 0.165 0.069 0.004 43 I 0.006 0.023 0.110 0.333 0.385 0.139 0.006 44 E 0.108 0.472 0.302 0.092 0.022 0.003 0.001 45 R 0.015 0.159 0.367 0.317 0.115 0.025 0.001 46 A 0.001 0.002 0.005 0.037 0.287 0.607 0.062 47 M 0.006 0.059 0.250 0.428 0.211 0.044 0.002 48 K 0.074 0.537 0.309 0.070 0.009 0.001 0.001 49 L 0.005 0.026 0.104 0.362 0.378 0.123 0.003 50 I 0.004 0.018 0.075 0.311 0.442 0.146 0.004 51 D 0.276 0.523 0.163 0.034 0.005 0.001 0.001 52 E 0.439 0.409 0.118 0.031 0.004 0.001 0.001 53 Y 0.013 0.116 0.296 0.349 0.184 0.042 0.001 54 D 0.078 0.348 0.284 0.186 0.081 0.022 0.003 55 F 0.004 0.042 0.158 0.363 0.323 0.098 0.012 56 L 0.001 0.002 0.007 0.036 0.191 0.609 0.155 57 Y 0.001 0.001 0.007 0.038 0.181 0.465 0.308 58 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.183 0.799 59 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.096 0.894 60 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.117 0.864 61 G 0.001 0.001 0.002 0.009 0.039 0.206 0.744 62 W 0.001 0.001 0.004 0.015 0.064 0.296 0.620 63 H 0.001 0.007 0.021 0.065 0.155 0.420 0.330 64 P 0.007 0.028 0.055 0.121 0.243 0.368 0.178 65 V 0.028 0.080 0.141 0.227 0.253 0.206 0.065 66 D 0.031 0.097 0.179 0.240 0.233 0.174 0.046 67 A 0.034 0.044 0.066 0.154 0.307 0.336 0.060 68 I 0.099 0.203 0.236 0.241 0.157 0.057 0.006 69 D 0.191 0.312 0.238 0.153 0.073 0.029 0.004 70 F 0.052 0.114 0.205 0.301 0.231 0.091 0.006 71 T 0.207 0.329 0.246 0.147 0.054 0.017 0.002 72 E 0.594 0.257 0.088 0.039 0.016 0.006 0.001 73 E 0.495 0.347 0.105 0.037 0.012 0.003 0.001 74 H 0.023 0.091 0.198 0.341 0.267 0.078 0.003 75 L 0.010 0.073 0.267 0.403 0.208 0.038 0.001 76 E 0.170 0.564 0.218 0.041 0.007 0.001 0.001 77 W 0.009 0.074 0.310 0.424 0.162 0.021 0.001 78 I 0.001 0.001 0.003 0.029 0.301 0.629 0.038 79 E 0.007 0.084 0.318 0.432 0.141 0.018 0.001 80 S 0.071 0.549 0.286 0.080 0.012 0.002 0.001 81 L 0.003 0.027 0.120 0.384 0.352 0.112 0.002 82 A 0.004 0.017 0.080 0.324 0.440 0.132 0.004 83 Q 0.395 0.488 0.100 0.016 0.002 0.001 0.001 84 H 0.332 0.436 0.172 0.052 0.007 0.001 0.001 85 P 0.069 0.328 0.331 0.204 0.057 0.010 0.001 86 K 0.045 0.229 0.323 0.269 0.113 0.020 0.001 87 V 0.001 0.006 0.021 0.104 0.366 0.435 0.066 88 I 0.001 0.007 0.036 0.131 0.280 0.418 0.127 89 G 0.001 0.004 0.011 0.024 0.073 0.357 0.530 90 I 0.001 0.003 0.005 0.013 0.044 0.243 0.690 91 G 0.001 0.002 0.005 0.017 0.054 0.223 0.697 92 E 0.001 0.003 0.005 0.014 0.051 0.253 0.673 93 M 0.003 0.007 0.016 0.044 0.104 0.303 0.523 94 G 0.006 0.015 0.030 0.061 0.130 0.342 0.417 95 L 0.009 0.017 0.030 0.073 0.174 0.370 0.328 96 D 0.031 0.081 0.130 0.206 0.239 0.232 0.080 97 Y 0.036 0.063 0.107 0.202 0.287 0.250 0.054 98 H 0.099 0.158 0.187 0.226 0.199 0.117 0.015 99 W 0.116 0.131 0.193 0.262 0.209 0.082 0.006 100 D 0.455 0.321 0.140 0.061 0.019 0.004 0.001 101 K 0.522 0.272 0.122 0.059 0.020 0.005 0.001 102 S 0.558 0.242 0.114 0.059 0.021 0.005 0.001 103 P 0.358 0.310 0.187 0.103 0.034 0.008 0.001 104 A 0.258 0.304 0.244 0.134 0.046 0.013 0.001 105 D 0.554 0.289 0.093 0.039 0.018 0.006 0.001 106 V 0.049 0.193 0.299 0.294 0.133 0.030 0.002 107 Q 0.007 0.026 0.083 0.281 0.405 0.188 0.009 108 K 0.023 0.196 0.379 0.302 0.088 0.012 0.001 109 E 0.066 0.419 0.346 0.130 0.033 0.007 0.001 110 V 0.001 0.006 0.031 0.168 0.444 0.330 0.020 111 F 0.001 0.001 0.003 0.034 0.248 0.616 0.098 112 R 0.004 0.077 0.346 0.407 0.139 0.027 0.001 113 K 0.002 0.040 0.223 0.451 0.229 0.053 0.002 114 Q 0.001 0.001 0.001 0.006 0.092 0.682 0.220 115 I 0.001 0.005 0.037 0.183 0.403 0.345 0.026 116 A 0.012 0.301 0.433 0.199 0.045 0.010 0.001 117 L 0.001 0.015 0.109 0.403 0.363 0.104 0.005 118 A 0.001 0.002 0.008 0.080 0.413 0.473 0.023 119 K 0.056 0.354 0.372 0.174 0.039 0.004 0.001 120 R 0.276 0.554 0.145 0.024 0.002 0.001 0.001 121 L 0.002 0.047 0.222 0.454 0.242 0.032 0.001 122 K 0.048 0.450 0.332 0.142 0.027 0.003 0.001 123 L 0.001 0.002 0.024 0.196 0.497 0.265 0.016 124 P 0.001 0.001 0.003 0.020 0.136 0.649 0.191 125 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.028 0.363 0.606 126 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.129 0.864 127 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.105 0.890 128 H 0.001 0.001 0.002 0.010 0.057 0.296 0.635 129 N 0.001 0.002 0.007 0.035 0.165 0.501 0.291 130 R 0.004 0.043 0.130 0.280 0.319 0.192 0.032 131 E 0.033 0.269 0.282 0.213 0.123 0.062 0.017 132 A 0.005 0.028 0.080 0.209 0.334 0.293 0.051 133 T 0.011 0.049 0.132 0.271 0.300 0.210 0.027 134 Q 0.077 0.310 0.346 0.183 0.067 0.016 0.002 135 D 0.017 0.082 0.219 0.331 0.252 0.092 0.006 136 C 0.001 0.003 0.004 0.019 0.143 0.645 0.186 137 I 0.001 0.010 0.064 0.266 0.404 0.240 0.014 138 D 0.020 0.278 0.379 0.227 0.075 0.019 0.001 139 I 0.002 0.011 0.062 0.254 0.404 0.254 0.014 140 L 0.001 0.003 0.012 0.077 0.369 0.506 0.031 141 L 0.047 0.291 0.411 0.207 0.041 0.003 0.001 142 E 0.325 0.503 0.140 0.028 0.003 0.001 0.001 143 E 0.074 0.293 0.329 0.233 0.062 0.009 0.001 144 H 0.340 0.407 0.168 0.070 0.014 0.002 0.001 145 A 0.033 0.105 0.249 0.395 0.197 0.021 0.001 146 E 0.400 0.435 0.126 0.033 0.006 0.001 0.001 147 E 0.169 0.536 0.230 0.057 0.008 0.001 0.001 148 V 0.001 0.019 0.118 0.395 0.382 0.084 0.001 149 G 0.001 0.006 0.057 0.268 0.465 0.189 0.015 150 G 0.001 0.001 0.001 0.006 0.058 0.577 0.357 151 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.285 0.697 152 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.094 0.901 153 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.089 0.906 154 S 0.001 0.001 0.001 0.005 0.038 0.255 0.701 155 F 0.001 0.002 0.008 0.043 0.188 0.485 0.274 156 S 0.002 0.021 0.073 0.189 0.314 0.319 0.083 157 G 0.007 0.047 0.143 0.275 0.295 0.190 0.042 158 S 0.048 0.218 0.260 0.223 0.147 0.087 0.018 159 P 0.057 0.184 0.279 0.269 0.146 0.059 0.006 160 E 0.221 0.437 0.189 0.081 0.047 0.022 0.003 161 I 0.006 0.059 0.203 0.342 0.279 0.102 0.008 162 A 0.001 0.004 0.014 0.088 0.386 0.452 0.055 163 D 0.017 0.267 0.424 0.231 0.054 0.006 0.001 164 I 0.012 0.171 0.420 0.305 0.079 0.013 0.001 165 V 0.003 0.008 0.019 0.114 0.418 0.420 0.017 166 T 0.002 0.025 0.154 0.433 0.324 0.061 0.001 167 N 0.222 0.567 0.166 0.039 0.006 0.001 0.001 168 K 0.066 0.334 0.361 0.193 0.042 0.005 0.001 169 L 0.036 0.190 0.339 0.308 0.107 0.019 0.001 170 N 0.054 0.297 0.299 0.203 0.109 0.034 0.004 171 F 0.001 0.005 0.023 0.120 0.372 0.438 0.042 172 Y 0.001 0.005 0.032 0.114 0.291 0.427 0.129 173 I 0.001 0.002 0.003 0.007 0.038 0.356 0.594 174 S 0.001 0.003 0.012 0.037 0.089 0.281 0.577 175 L 0.001 0.001 0.003 0.011 0.050 0.257 0.677 176 G 0.002 0.007 0.019 0.055 0.138 0.348 0.430 177 G 0.004 0.013 0.030 0.079 0.171 0.403 0.299 178 P 0.006 0.020 0.045 0.109 0.217 0.381 0.222 179 V 0.012 0.019 0.037 0.093 0.213 0.424 0.204 180 T 0.044 0.078 0.121 0.205 0.271 0.236 0.045 181 F 0.057 0.147 0.224 0.285 0.203 0.077 0.008 182 K 0.209 0.295 0.234 0.157 0.074 0.025 0.006 183 N 0.207 0.343 0.229 0.139 0.059 0.021 0.002 184 A 0.046 0.107 0.202 0.309 0.240 0.091 0.006 185 K 0.422 0.367 0.134 0.050 0.020 0.006 0.001 186 Q 0.096 0.335 0.328 0.181 0.050 0.010 0.001 187 P 0.005 0.015 0.045 0.188 0.422 0.307 0.018 188 K 0.033 0.177 0.352 0.324 0.099 0.014 0.001 189 E 0.127 0.507 0.276 0.074 0.014 0.003 0.001 190 V 0.011 0.026 0.075 0.264 0.407 0.210 0.007 191 A 0.005 0.014 0.043 0.176 0.419 0.326 0.017 192 K 0.128 0.421 0.299 0.121 0.026 0.005 0.001 193 H 0.117 0.326 0.293 0.191 0.060 0.013 0.001 194 V 0.009 0.033 0.097 0.248 0.351 0.246 0.016 195 S 0.087 0.239 0.249 0.215 0.135 0.065 0.009 196 M 0.036 0.148 0.221 0.298 0.211 0.075 0.011 197 E 0.026 0.196 0.275 0.273 0.153 0.064 0.013 198 R 0.001 0.007 0.041 0.169 0.359 0.346 0.077 199 L 0.001 0.001 0.002 0.011 0.069 0.435 0.482 200 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.024 0.237 0.734 201 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.115 0.874 202 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.108 0.880 203 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.124 0.864 204 D 0.001 0.001 0.002 0.011 0.050 0.238 0.699 205 A 0.001 0.001 0.004 0.012 0.049 0.268 0.664 206 P 0.001 0.003 0.005 0.016 0.062 0.310 0.603 207 Y 0.002 0.009 0.027 0.079 0.179 0.363 0.340 208 L 0.008 0.017 0.032 0.074 0.185 0.391 0.292 209 S 0.050 0.106 0.154 0.240 0.235 0.170 0.045 210 P 0.077 0.155 0.192 0.226 0.190 0.126 0.034 211 H 0.228 0.233 0.190 0.168 0.108 0.057 0.015 212 P 0.294 0.258 0.178 0.142 0.079 0.040 0.009 213 Y 0.210 0.193 0.194 0.193 0.130 0.066 0.013 214 R 0.296 0.270 0.183 0.131 0.074 0.038 0.007 215 G 0.379 0.216 0.143 0.121 0.079 0.046 0.015 216 K 0.272 0.253 0.185 0.144 0.084 0.049 0.012 217 R 0.163 0.182 0.180 0.185 0.151 0.108 0.031 218 N 0.087 0.100 0.118 0.177 0.212 0.223 0.084 219 E 0.029 0.073 0.117 0.186 0.226 0.257 0.111 220 P 0.023 0.059 0.088 0.150 0.207 0.283 0.191 221 A 0.011 0.032 0.058 0.135 0.240 0.352 0.172 222 R 0.009 0.039 0.103 0.191 0.253 0.277 0.128 223 V 0.001 0.002 0.005 0.025 0.129 0.461 0.378 224 T 0.004 0.027 0.097 0.226 0.315 0.269 0.062 225 L 0.005 0.039 0.130 0.272 0.305 0.210 0.040 226 V 0.001 0.002 0.006 0.025 0.118 0.495 0.353 227 A 0.001 0.001 0.004 0.019 0.123 0.555 0.297 228 E 0.008 0.075 0.236 0.344 0.228 0.097 0.012 229 Q 0.003 0.029 0.161 0.374 0.317 0.108 0.006 230 I 0.003 0.003 0.005 0.038 0.260 0.623 0.068 231 A 0.009 0.063 0.216 0.414 0.255 0.043 0.001 232 E 0.175 0.479 0.253 0.080 0.012 0.001 0.001 233 L 0.040 0.133 0.272 0.355 0.170 0.030 0.001 234 K 0.180 0.268 0.290 0.190 0.060 0.011 0.001 235 G 0.496 0.317 0.113 0.050 0.019 0.004 0.001 236 L 0.116 0.190 0.310 0.265 0.099 0.019 0.001 237 S 0.407 0.391 0.141 0.046 0.012 0.003 0.001 238 Y 0.171 0.305 0.283 0.166 0.058 0.016 0.001 239 E 0.607 0.250 0.086 0.036 0.016 0.005 0.001 240 E 0.158 0.369 0.288 0.144 0.036 0.003 0.001 241 V 0.010 0.022 0.057 0.240 0.448 0.212 0.011 242 C 0.009 0.103 0.273 0.391 0.196 0.027 0.001 243 E 0.084 0.473 0.321 0.099 0.020 0.004 0.001 244 Q 0.003 0.016 0.110 0.393 0.377 0.097 0.003 245 T 0.002 0.005 0.007 0.024 0.153 0.617 0.192 246 T 0.004 0.025 0.117 0.354 0.358 0.135 0.006 247 K 0.011 0.191 0.410 0.275 0.091 0.021 0.001 248 N 0.002 0.005 0.028 0.166 0.403 0.350 0.046 249 A 0.004 0.004 0.005 0.017 0.120 0.591 0.259 250 E 0.042 0.147 0.311 0.345 0.126 0.028 0.002 251 K 0.037 0.189 0.327 0.293 0.123 0.028 0.002 252 L 0.019 0.027 0.047 0.166 0.348 0.360 0.033 253 F 0.022 0.054 0.143 0.310 0.320 0.145 0.006 254 N 0.196 0.370 0.275 0.125 0.029 0.004 0.001 255 L 0.198 0.272 0.279 0.196 0.049 0.005 0.001 256 N 0.699 0.231 0.054 0.013 0.002 0.001 0.001 257 S 0.772 0.152 0.048 0.020 0.006 0.002 0.001