# TARGET T0315 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0315.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1154 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.088 0.005 0.005 0.009 0.125 0.768 2 L 0.469 0.028 0.007 0.016 0.091 0.389 3 I 0.504 0.061 0.007 0.010 0.081 0.336 4 D 0.385 0.028 0.015 0.013 0.199 0.361 5 T 0.314 0.009 0.023 0.020 0.317 0.317 6 H 0.361 0.013 0.052 0.020 0.289 0.265 7 V 0.482 0.033 0.063 0.024 0.210 0.187 8 H 0.351 0.037 0.044 0.019 0.202 0.347 9 L 0.121 0.042 0.020 0.013 0.146 0.657 10 N 0.065 0.043 0.013 0.014 0.230 0.634 11 D 0.008 0.009 0.213 0.066 0.557 0.147 12 E 0.002 0.002 0.442 0.102 0.414 0.038 13 Q 0.003 0.004 0.434 0.088 0.442 0.028 14 Y 0.006 0.012 0.146 0.110 0.585 0.140 15 D 0.006 0.016 0.067 0.104 0.418 0.389 16 D 0.004 0.017 0.073 0.199 0.404 0.304 17 D 0.004 0.007 0.036 0.211 0.256 0.487 18 L 0.001 0.001 0.016 0.972 0.008 0.004 19 S 0.001 0.001 0.008 0.984 0.005 0.002 20 E 0.001 0.001 0.005 0.991 0.003 0.001 21 V 0.001 0.001 0.003 0.992 0.002 0.003 22 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 23 T 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 24 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 25 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 26 R 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 27 E 0.001 0.001 0.004 0.991 0.002 0.003 28 A 0.001 0.001 0.007 0.900 0.012 0.081 29 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.988 30 V 0.023 0.006 0.003 0.001 0.100 0.868 31 D 0.265 0.002 0.005 0.001 0.136 0.592 32 R 0.946 0.003 0.002 0.001 0.013 0.037 33 M 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 34 F 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 35 V 0.944 0.001 0.001 0.001 0.011 0.042 36 V 0.653 0.007 0.002 0.001 0.066 0.270 37 G 0.197 0.013 0.006 0.002 0.272 0.510 38 F 0.062 0.031 0.004 0.002 0.292 0.609 39 N 0.015 0.008 0.002 0.005 0.293 0.677 40 K 0.006 0.004 0.079 0.475 0.317 0.120 41 S 0.005 0.004 0.063 0.588 0.264 0.076 42 T 0.005 0.005 0.026 0.753 0.131 0.080 43 I 0.001 0.001 0.002 0.980 0.006 0.010 44 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 45 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 46 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 47 M 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 48 K 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 49 L 0.001 0.001 0.004 0.989 0.004 0.003 50 I 0.001 0.001 0.013 0.967 0.013 0.006 51 D 0.001 0.001 0.025 0.935 0.029 0.009 52 E 0.002 0.002 0.031 0.864 0.051 0.051 53 Y 0.006 0.008 0.050 0.264 0.473 0.199 54 D 0.006 0.002 0.060 0.035 0.726 0.171 55 F 0.021 0.001 0.051 0.011 0.739 0.176 56 L 0.624 0.027 0.018 0.010 0.243 0.078 57 Y 0.910 0.008 0.002 0.003 0.020 0.056 58 G 0.963 0.005 0.002 0.002 0.008 0.020 59 I 0.936 0.004 0.002 0.002 0.015 0.040 60 I 0.825 0.005 0.005 0.002 0.047 0.115 61 G 0.641 0.006 0.007 0.002 0.115 0.229 62 W 0.451 0.014 0.013 0.005 0.160 0.355 63 H 0.272 0.022 0.011 0.009 0.253 0.433 64 P 0.160 0.013 0.021 0.021 0.344 0.441 65 V 0.107 0.030 0.056 0.050 0.353 0.405 66 D 0.077 0.038 0.058 0.091 0.438 0.298 67 A 0.018 0.009 0.368 0.185 0.318 0.103 68 I 0.014 0.006 0.344 0.177 0.337 0.122 69 D 0.012 0.007 0.352 0.170 0.351 0.108 70 F 0.010 0.012 0.079 0.269 0.319 0.311 71 T 0.013 0.011 0.020 0.336 0.168 0.452 72 E 0.001 0.001 0.019 0.947 0.021 0.012 73 E 0.001 0.001 0.019 0.948 0.019 0.012 74 H 0.001 0.001 0.008 0.979 0.007 0.005 75 L 0.001 0.001 0.002 0.991 0.003 0.003 76 E 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.002 77 W 0.001 0.001 0.002 0.992 0.003 0.003 78 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 79 E 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 80 S 0.001 0.001 0.004 0.992 0.003 0.002 81 L 0.001 0.001 0.009 0.959 0.018 0.014 82 A 0.001 0.002 0.013 0.864 0.069 0.051 83 Q 0.001 0.002 0.021 0.640 0.165 0.170 84 H 0.003 0.004 0.013 0.030 0.593 0.357 85 P 0.002 0.001 0.033 0.012 0.687 0.265 86 K 0.029 0.002 0.028 0.004 0.646 0.291 87 V 0.505 0.014 0.018 0.007 0.272 0.185 88 I 0.913 0.003 0.002 0.003 0.025 0.054 89 G 0.982 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 90 I 0.977 0.002 0.001 0.002 0.004 0.014 91 G 0.928 0.001 0.001 0.003 0.015 0.053 92 E 0.748 0.004 0.003 0.005 0.066 0.174 93 M 0.529 0.013 0.009 0.007 0.153 0.289 94 G 0.405 0.022 0.019 0.014 0.204 0.337 95 L 0.333 0.013 0.055 0.025 0.227 0.346 96 D 0.302 0.017 0.078 0.027 0.225 0.350 97 Y 0.303 0.049 0.095 0.053 0.204 0.296 98 H 0.226 0.040 0.058 0.042 0.328 0.306 99 W 0.186 0.024 0.071 0.048 0.384 0.287 100 D 0.119 0.021 0.043 0.042 0.471 0.304 101 K 0.068 0.031 0.039 0.047 0.482 0.333 102 S 0.021 0.013 0.011 0.018 0.448 0.489 103 P 0.009 0.007 0.066 0.126 0.443 0.349 104 A 0.012 0.011 0.074 0.251 0.297 0.356 105 D 0.007 0.006 0.067 0.682 0.139 0.099 106 V 0.002 0.001 0.040 0.909 0.028 0.019 107 Q 0.004 0.002 0.015 0.935 0.021 0.023 108 K 0.003 0.001 0.008 0.962 0.012 0.015 109 E 0.001 0.001 0.004 0.988 0.003 0.004 110 V 0.001 0.001 0.003 0.992 0.002 0.002 111 F 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 112 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 113 K 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 114 Q 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 115 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 116 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 117 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 118 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 119 K 0.001 0.001 0.005 0.992 0.002 0.002 120 R 0.001 0.001 0.010 0.973 0.007 0.010 121 L 0.001 0.001 0.015 0.813 0.027 0.145 122 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.982 123 L 0.016 0.004 0.001 0.001 0.056 0.924 124 P 0.141 0.002 0.001 0.001 0.060 0.796 125 I 0.870 0.010 0.001 0.001 0.016 0.103 126 I 0.978 0.003 0.001 0.001 0.006 0.013 127 I 0.966 0.002 0.001 0.001 0.011 0.021 128 H 0.664 0.006 0.002 0.004 0.101 0.223 129 N 0.142 0.003 0.006 0.004 0.293 0.552 130 R 0.063 0.007 0.064 0.051 0.401 0.414 131 E 0.026 0.019 0.129 0.074 0.430 0.321 132 A 0.009 0.011 0.187 0.253 0.372 0.168 133 T 0.006 0.006 0.057 0.488 0.156 0.288 134 Q 0.001 0.001 0.026 0.924 0.031 0.018 135 D 0.001 0.001 0.018 0.957 0.016 0.009 136 C 0.001 0.001 0.006 0.987 0.004 0.003 137 I 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.002 138 D 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 139 I 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 140 L 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.001 141 L 0.001 0.001 0.006 0.988 0.005 0.001 142 E 0.001 0.001 0.007 0.978 0.010 0.004 143 E 0.001 0.001 0.010 0.910 0.033 0.046 144 H 0.004 0.006 0.033 0.192 0.351 0.413 145 A 0.006 0.004 0.121 0.104 0.479 0.286 146 E 0.024 0.005 0.141 0.060 0.542 0.227 147 E 0.078 0.017 0.114 0.073 0.464 0.254 148 V 0.168 0.015 0.038 0.076 0.289 0.414 149 G 0.485 0.009 0.020 0.032 0.173 0.281 150 G 0.841 0.017 0.004 0.009 0.044 0.085 151 I 0.856 0.037 0.003 0.006 0.036 0.061 152 M 0.662 0.035 0.009 0.006 0.126 0.161 153 H 0.288 0.019 0.024 0.010 0.370 0.289 154 S 0.083 0.009 0.045 0.006 0.543 0.314 155 F 0.058 0.029 0.046 0.008 0.536 0.323 156 S 0.028 0.042 0.016 0.007 0.417 0.490 157 G 0.007 0.016 0.002 0.015 0.237 0.723 158 S 0.003 0.006 0.001 0.094 0.115 0.781 159 P 0.001 0.001 0.004 0.990 0.004 0.002 160 E 0.001 0.001 0.007 0.987 0.004 0.001 161 I 0.001 0.001 0.010 0.985 0.003 0.001 162 A 0.001 0.001 0.003 0.990 0.002 0.003 163 D 0.001 0.001 0.004 0.988 0.003 0.003 164 I 0.001 0.001 0.005 0.985 0.006 0.003 165 V 0.001 0.001 0.004 0.984 0.007 0.003 166 T 0.002 0.001 0.009 0.967 0.016 0.006 167 N 0.002 0.001 0.022 0.906 0.036 0.033 168 K 0.005 0.004 0.046 0.510 0.270 0.164 169 L 0.007 0.003 0.047 0.109 0.520 0.313 170 N 0.016 0.001 0.007 0.003 0.451 0.522 171 F 0.530 0.010 0.005 0.001 0.202 0.253 172 Y 0.955 0.004 0.001 0.001 0.007 0.033 173 I 0.983 0.002 0.001 0.001 0.003 0.012 174 S 0.958 0.002 0.001 0.001 0.010 0.030 175 L 0.769 0.006 0.001 0.001 0.043 0.181 176 G 0.344 0.005 0.004 0.001 0.204 0.442 177 G 0.211 0.007 0.005 0.001 0.268 0.509 178 P 0.295 0.025 0.013 0.003 0.257 0.408 179 V 0.317 0.048 0.017 0.004 0.263 0.350 180 T 0.207 0.035 0.015 0.005 0.346 0.391 181 F 0.086 0.019 0.038 0.017 0.454 0.386 182 K 0.075 0.031 0.070 0.030 0.479 0.315 183 N 0.034 0.018 0.046 0.040 0.604 0.257 184 A 0.009 0.007 0.170 0.233 0.454 0.127 185 K 0.016 0.017 0.078 0.250 0.394 0.244 186 Q 0.016 0.012 0.051 0.419 0.249 0.252 187 P 0.002 0.001 0.029 0.914 0.023 0.031 188 K 0.003 0.001 0.023 0.952 0.013 0.008 189 E 0.005 0.001 0.043 0.918 0.025 0.008 190 V 0.006 0.002 0.027 0.930 0.022 0.014 191 A 0.010 0.003 0.047 0.882 0.045 0.013 192 K 0.014 0.002 0.045 0.798 0.095 0.046 193 H 0.019 0.004 0.034 0.584 0.136 0.222 194 V 0.028 0.026 0.011 0.089 0.234 0.611 195 S 0.032 0.014 0.013 0.014 0.290 0.637 196 M 0.017 0.003 0.291 0.076 0.461 0.152 197 E 0.039 0.001 0.287 0.050 0.495 0.129 198 R 0.498 0.010 0.149 0.074 0.201 0.067 199 L 0.848 0.010 0.007 0.040 0.031 0.064 200 L 0.933 0.005 0.003 0.029 0.010 0.020 201 V 0.925 0.003 0.003 0.027 0.013 0.029 202 E 0.805 0.009 0.006 0.030 0.052 0.097 203 T 0.428 0.023 0.013 0.035 0.209 0.292 204 D 0.078 0.018 0.013 0.012 0.515 0.365 205 A 0.021 0.012 0.067 0.018 0.725 0.156 206 P 0.031 0.019 0.112 0.022 0.667 0.149 207 Y 0.037 0.017 0.142 0.026 0.642 0.136 208 L 0.052 0.045 0.042 0.023 0.443 0.394 209 S 0.055 0.045 0.018 0.015 0.330 0.537 210 P 0.059 0.041 0.025 0.018 0.336 0.521 211 H 0.080 0.045 0.048 0.015 0.342 0.471 212 P 0.118 0.072 0.117 0.021 0.388 0.285 213 Y 0.076 0.046 0.156 0.023 0.495 0.204 214 R 0.048 0.027 0.097 0.025 0.556 0.248 215 G 0.030 0.016 0.027 0.011 0.607 0.309 216 K 0.029 0.031 0.023 0.017 0.790 0.109 217 R 0.028 0.046 0.016 0.022 0.668 0.220 218 N 0.010 0.024 0.014 0.030 0.726 0.195 219 E 0.018 0.020 0.017 0.042 0.540 0.364 220 P 0.021 0.014 0.073 0.307 0.243 0.342 221 A 0.030 0.024 0.060 0.577 0.150 0.159 222 R 0.031 0.007 0.033 0.735 0.053 0.142 223 V 0.005 0.001 0.004 0.982 0.003 0.005 224 T 0.010 0.001 0.008 0.963 0.008 0.011 225 L 0.009 0.001 0.006 0.972 0.006 0.007 226 V 0.003 0.001 0.002 0.988 0.003 0.003 227 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 228 E 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 229 Q 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 230 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 231 A 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 232 E 0.001 0.001 0.003 0.988 0.004 0.005 233 L 0.001 0.001 0.010 0.946 0.038 0.005 234 K 0.001 0.001 0.014 0.742 0.189 0.053 235 G 0.001 0.001 0.003 0.007 0.343 0.646 236 L 0.010 0.060 0.002 0.003 0.366 0.558 237 S 0.007 0.008 0.001 0.003 0.023 0.959 238 Y 0.001 0.001 0.021 0.968 0.004 0.007 239 E 0.001 0.001 0.011 0.987 0.001 0.001 240 E 0.001 0.001 0.008 0.990 0.001 0.001 241 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 242 C 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 243 E 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 244 Q 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.002 245 T 0.001 0.001 0.003 0.989 0.004 0.004 246 T 0.001 0.001 0.002 0.991 0.003 0.003 247 K 0.001 0.001 0.002 0.980 0.005 0.012 248 N 0.001 0.001 0.004 0.958 0.011 0.026 249 A 0.001 0.001 0.011 0.977 0.006 0.004 250 E 0.001 0.001 0.014 0.975 0.007 0.002 251 K 0.001 0.001 0.013 0.975 0.007 0.004 252 L 0.001 0.001 0.005 0.985 0.004 0.006 253 F 0.001 0.001 0.007 0.945 0.013 0.033 254 N 0.004 0.004 0.012 0.392 0.123 0.465 255 L 0.003 0.005 0.006 0.086 0.115 0.785 256 N 0.004 0.007 0.001 0.016 0.067 0.904 257 S 0.002 0.001 0.001 0.001 0.023 0.973