# TARGET T0315 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0315.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1154 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.055 0.004 0.117 0.033 0.040 0.087 0.012 0.652 2 L 0.020 0.003 0.404 0.073 0.074 0.048 0.005 0.375 3 I 0.006 0.003 0.555 0.103 0.122 0.051 0.003 0.158 4 D 0.004 0.004 0.538 0.078 0.136 0.062 0.003 0.174 5 T 0.005 0.004 0.722 0.053 0.092 0.047 0.002 0.074 6 H 0.021 0.005 0.288 0.048 0.113 0.308 0.006 0.210 7 V 0.032 0.006 0.592 0.059 0.074 0.073 0.009 0.156 8 H 0.016 0.019 0.283 0.102 0.098 0.106 0.007 0.370 9 L 0.033 0.011 0.389 0.080 0.188 0.059 0.008 0.231 10 N 0.027 0.011 0.073 0.054 0.150 0.263 0.007 0.414 11 D 0.055 0.010 0.032 0.022 0.077 0.067 0.008 0.728 12 E 0.042 0.009 0.012 0.005 0.012 0.458 0.007 0.455 13 Q 0.153 0.009 0.004 0.002 0.004 0.664 0.015 0.149 14 Y 0.400 0.108 0.018 0.005 0.007 0.223 0.014 0.225 15 D 0.072 0.142 0.033 0.008 0.019 0.118 0.011 0.597 16 D 0.029 0.024 0.010 0.003 0.006 0.095 0.005 0.827 17 D 0.064 0.027 0.004 0.002 0.005 0.611 0.007 0.280 18 L 0.241 0.146 0.010 0.002 0.013 0.120 0.009 0.458 19 S 0.018 0.146 0.006 0.001 0.003 0.314 0.003 0.508 20 E 0.019 0.103 0.001 0.001 0.001 0.586 0.002 0.289 21 V 0.020 0.893 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.076 22 I 0.002 0.960 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.033 23 T 0.001 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 24 R 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 25 A 0.004 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 26 R 0.005 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 27 E 0.004 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 28 A 0.041 0.918 0.002 0.001 0.001 0.001 0.033 0.005 29 G 0.839 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.129 0.011 30 V 0.015 0.010 0.942 0.007 0.004 0.005 0.004 0.013 31 D 0.006 0.026 0.491 0.106 0.107 0.050 0.007 0.207 32 R 0.006 0.006 0.654 0.036 0.054 0.030 0.004 0.210 33 M 0.002 0.002 0.924 0.023 0.019 0.008 0.001 0.021 34 F 0.001 0.001 0.960 0.016 0.010 0.003 0.001 0.009 35 V 0.002 0.002 0.704 0.062 0.090 0.013 0.002 0.125 36 V 0.002 0.001 0.693 0.056 0.101 0.024 0.002 0.122 37 G 0.007 0.002 0.225 0.040 0.078 0.097 0.003 0.548 38 F 0.031 0.002 0.212 0.031 0.064 0.124 0.006 0.530 39 N 0.021 0.004 0.039 0.015 0.026 0.178 0.004 0.712 40 K 0.031 0.005 0.015 0.005 0.018 0.052 0.004 0.870 41 S 0.019 0.006 0.004 0.002 0.004 0.583 0.003 0.378 42 T 0.080 0.012 0.001 0.001 0.001 0.681 0.005 0.218 43 I 0.091 0.531 0.007 0.002 0.004 0.076 0.003 0.286 44 E 0.007 0.563 0.004 0.001 0.004 0.088 0.002 0.331 45 R 0.019 0.549 0.001 0.001 0.002 0.134 0.003 0.291 46 A 0.009 0.953 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.026 47 M 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 48 K 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 49 L 0.007 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 50 I 0.014 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 51 D 0.019 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.017 52 E 0.129 0.756 0.007 0.001 0.001 0.003 0.054 0.050 53 Y 0.149 0.675 0.031 0.003 0.004 0.006 0.049 0.083 54 D 0.045 0.344 0.053 0.012 0.010 0.032 0.035 0.468 55 F 0.082 0.109 0.082 0.013 0.011 0.078 0.049 0.577 56 L 0.305 0.062 0.220 0.019 0.016 0.071 0.040 0.267 57 Y 0.037 0.052 0.580 0.053 0.041 0.059 0.014 0.164 58 G 0.013 0.028 0.432 0.055 0.068 0.058 0.009 0.336 59 I 0.014 0.017 0.522 0.066 0.069 0.054 0.006 0.253 60 I 0.021 0.025 0.315 0.131 0.117 0.061 0.006 0.324 61 G 0.033 0.011 0.371 0.071 0.153 0.065 0.014 0.282 62 W 0.038 0.012 0.309 0.067 0.103 0.047 0.014 0.410 63 H 0.034 0.006 0.200 0.159 0.151 0.083 0.006 0.361 64 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 65 V 0.009 0.003 0.115 0.059 0.171 0.207 0.004 0.432 66 D 0.133 0.006 0.020 0.010 0.013 0.133 0.007 0.678 67 A 0.228 0.043 0.048 0.016 0.058 0.064 0.004 0.539 68 I 0.103 0.026 0.023 0.007 0.021 0.432 0.005 0.383 69 D 0.219 0.040 0.010 0.006 0.007 0.213 0.019 0.486 70 F 0.353 0.147 0.017 0.004 0.006 0.097 0.013 0.363 71 T 0.121 0.130 0.026 0.005 0.013 0.300 0.021 0.384 72 E 0.036 0.116 0.011 0.002 0.010 0.066 0.005 0.753 73 E 0.020 0.112 0.003 0.001 0.003 0.309 0.003 0.548 74 H 0.038 0.216 0.001 0.001 0.001 0.559 0.004 0.180 75 L 0.008 0.953 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.035 76 E 0.002 0.937 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.050 77 W 0.009 0.941 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.042 78 I 0.015 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 79 E 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 80 S 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 81 L 0.020 0.958 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.013 82 A 0.033 0.938 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.016 83 Q 0.198 0.538 0.019 0.005 0.004 0.009 0.161 0.067 84 H 0.426 0.275 0.071 0.011 0.008 0.012 0.074 0.123 85 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 86 K 0.019 0.004 0.070 0.037 0.041 0.107 0.010 0.713 87 V 0.125 0.004 0.345 0.022 0.017 0.036 0.012 0.439 88 I 0.007 0.001 0.886 0.039 0.022 0.008 0.002 0.035 89 G 0.004 0.001 0.720 0.038 0.040 0.024 0.001 0.172 90 I 0.001 0.001 0.909 0.023 0.036 0.005 0.001 0.025 91 G 0.001 0.001 0.822 0.038 0.049 0.022 0.001 0.067 92 E 0.003 0.001 0.694 0.038 0.063 0.036 0.002 0.164 93 M 0.004 0.003 0.443 0.068 0.091 0.063 0.002 0.326 94 G 0.019 0.004 0.173 0.052 0.144 0.131 0.007 0.470 95 L 0.042 0.010 0.232 0.089 0.128 0.098 0.010 0.392 96 D 0.025 0.015 0.066 0.076 0.102 0.108 0.011 0.597 97 Y 0.099 0.012 0.051 0.032 0.081 0.126 0.012 0.586 98 H 0.120 0.058 0.065 0.095 0.099 0.222 0.014 0.327 99 W 0.071 0.031 0.054 0.037 0.048 0.107 0.018 0.634 100 D 0.068 0.071 0.053 0.045 0.063 0.123 0.016 0.561 101 K 0.128 0.033 0.041 0.016 0.034 0.080 0.031 0.636 102 S 0.078 0.013 0.012 0.010 0.016 0.501 0.008 0.362 103 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 104 A 0.005 0.007 0.004 0.005 0.013 0.210 0.001 0.754 105 D 0.096 0.016 0.003 0.002 0.005 0.160 0.005 0.712 106 V 0.166 0.185 0.005 0.005 0.012 0.079 0.003 0.546 107 Q 0.102 0.364 0.007 0.008 0.016 0.249 0.005 0.250 108 K 0.099 0.538 0.008 0.004 0.009 0.053 0.008 0.280 109 E 0.018 0.756 0.002 0.002 0.004 0.021 0.002 0.194 110 V 0.017 0.830 0.002 0.002 0.003 0.018 0.003 0.125 111 F 0.021 0.878 0.002 0.001 0.002 0.013 0.004 0.078 112 R 0.003 0.964 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.028 113 K 0.002 0.957 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.037 114 Q 0.004 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 115 I 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 116 A 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 117 L 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 118 A 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 119 K 0.007 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 120 R 0.014 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 121 L 0.060 0.861 0.008 0.002 0.001 0.001 0.058 0.009 122 K 0.375 0.128 0.029 0.008 0.004 0.004 0.370 0.080 123 L 0.067 0.008 0.671 0.026 0.013 0.020 0.019 0.177 124 P 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.989 125 I 0.004 0.001 0.640 0.071 0.120 0.026 0.001 0.137 126 I 0.004 0.001 0.805 0.059 0.043 0.009 0.001 0.079 127 I 0.001 0.001 0.835 0.044 0.047 0.005 0.001 0.067 128 H 0.003 0.001 0.730 0.067 0.096 0.022 0.001 0.082 129 N 0.006 0.002 0.349 0.053 0.144 0.077 0.001 0.368 130 R 0.016 0.003 0.144 0.024 0.110 0.191 0.004 0.508 131 E 0.033 0.004 0.019 0.010 0.017 0.413 0.007 0.497 132 A 0.152 0.016 0.016 0.005 0.009 0.317 0.011 0.474 133 T 0.103 0.061 0.015 0.005 0.012 0.253 0.012 0.539 134 Q 0.031 0.113 0.009 0.002 0.007 0.075 0.005 0.757 135 D 0.020 0.170 0.002 0.001 0.002 0.244 0.003 0.558 136 C 0.049 0.589 0.002 0.001 0.002 0.147 0.005 0.205 137 I 0.003 0.973 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 138 D 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 139 I 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 140 L 0.005 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 141 L 0.006 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 142 E 0.007 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 143 E 0.041 0.923 0.002 0.001 0.001 0.001 0.020 0.013 144 H 0.106 0.799 0.009 0.002 0.002 0.003 0.028 0.050 145 A 0.045 0.464 0.055 0.008 0.012 0.020 0.021 0.375 146 E 0.084 0.280 0.033 0.011 0.014 0.085 0.044 0.449 147 E 0.364 0.137 0.053 0.008 0.007 0.064 0.067 0.300 148 V 0.106 0.103 0.192 0.024 0.013 0.061 0.031 0.469 149 G 0.030 0.023 0.497 0.063 0.042 0.055 0.020 0.269 150 G 0.028 0.008 0.585 0.053 0.073 0.056 0.008 0.189 151 I 0.008 0.005 0.733 0.064 0.081 0.022 0.003 0.086 152 M 0.004 0.004 0.689 0.077 0.098 0.021 0.002 0.106 153 H 0.005 0.004 0.662 0.054 0.086 0.037 0.003 0.148 154 S 0.010 0.006 0.565 0.069 0.094 0.044 0.003 0.210 155 F 0.024 0.011 0.183 0.055 0.104 0.196 0.009 0.419 156 S 0.040 0.007 0.080 0.021 0.044 0.174 0.013 0.622 157 G 0.086 0.012 0.040 0.010 0.015 0.153 0.020 0.663 158 S 0.113 0.005 0.008 0.003 0.006 0.474 0.007 0.384 159 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 160 E 0.002 0.009 0.001 0.001 0.004 0.428 0.001 0.553 161 I 0.064 0.077 0.001 0.001 0.002 0.559 0.003 0.293 162 A 0.013 0.936 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.045 163 D 0.001 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 164 I 0.005 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 165 V 0.033 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 166 T 0.037 0.924 0.003 0.004 0.005 0.001 0.009 0.018 167 N 0.084 0.734 0.011 0.007 0.008 0.006 0.049 0.101 168 K 0.164 0.447 0.059 0.014 0.013 0.022 0.084 0.196 169 L 0.068 0.229 0.080 0.030 0.018 0.047 0.067 0.461 170 N 0.076 0.032 0.182 0.046 0.029 0.079 0.059 0.496 171 F 0.095 0.006 0.536 0.062 0.046 0.052 0.012 0.191 172 Y 0.008 0.003 0.550 0.083 0.087 0.031 0.002 0.236 173 I 0.004 0.002 0.583 0.120 0.153 0.023 0.002 0.113 174 S 0.003 0.002 0.514 0.121 0.122 0.036 0.002 0.199 175 L 0.008 0.002 0.476 0.089 0.192 0.043 0.003 0.186 176 G 0.009 0.002 0.170 0.042 0.109 0.153 0.005 0.508 177 G 0.038 0.002 0.157 0.056 0.081 0.126 0.010 0.529 178 P 0.002 0.001 0.004 0.003 0.003 0.011 0.001 0.977 179 V 0.027 0.003 0.111 0.061 0.134 0.125 0.005 0.534 180 T 0.043 0.015 0.056 0.078 0.107 0.126 0.005 0.570 181 F 0.038 0.019 0.049 0.046 0.123 0.049 0.005 0.672 182 K 0.057 0.020 0.028 0.026 0.048 0.273 0.005 0.543 183 N 0.096 0.034 0.010 0.011 0.019 0.248 0.012 0.570 184 A 0.191 0.087 0.012 0.007 0.020 0.081 0.010 0.593 185 K 0.062 0.105 0.010 0.009 0.012 0.273 0.027 0.501 186 Q 0.216 0.078 0.007 0.006 0.008 0.218 0.016 0.451 187 P 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.991 188 K 0.006 0.062 0.010 0.011 0.033 0.060 0.002 0.817 189 E 0.026 0.255 0.010 0.009 0.015 0.110 0.005 0.570 190 V 0.043 0.764 0.003 0.003 0.012 0.025 0.003 0.148 191 A 0.018 0.932 0.002 0.002 0.006 0.004 0.001 0.035 192 K 0.016 0.948 0.002 0.002 0.002 0.003 0.005 0.022 193 H 0.150 0.711 0.009 0.005 0.003 0.003 0.057 0.060 194 V 0.238 0.588 0.029 0.015 0.013 0.006 0.038 0.074 195 S 0.023 0.117 0.037 0.020 0.029 0.041 0.019 0.714 196 M 0.051 0.072 0.048 0.023 0.057 0.073 0.017 0.659 197 E 0.097 0.066 0.063 0.015 0.017 0.224 0.030 0.488 198 R 0.384 0.033 0.057 0.012 0.011 0.255 0.033 0.214 199 L 0.164 0.128 0.414 0.071 0.045 0.034 0.016 0.128 200 L 0.012 0.032 0.500 0.095 0.133 0.040 0.008 0.180 201 V 0.011 0.024 0.380 0.135 0.192 0.035 0.005 0.219 202 E 0.014 0.038 0.288 0.128 0.236 0.066 0.007 0.224 203 T 0.022 0.026 0.174 0.080 0.153 0.108 0.014 0.423 204 D 0.033 0.018 0.110 0.036 0.064 0.095 0.025 0.620 205 A 0.130 0.008 0.040 0.031 0.044 0.269 0.013 0.466 206 P 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.010 0.001 0.982 207 Y 0.071 0.009 0.022 0.042 0.112 0.227 0.011 0.505 208 L 0.203 0.036 0.070 0.063 0.096 0.088 0.018 0.425 209 S 0.081 0.017 0.035 0.127 0.173 0.099 0.010 0.457 210 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 211 H 0.027 0.003 0.035 0.098 0.189 0.282 0.004 0.362 212 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 213 Y 0.022 0.015 0.032 0.074 0.193 0.171 0.004 0.488 214 R 0.188 0.020 0.030 0.033 0.036 0.117 0.008 0.569 215 G 0.204 0.031 0.030 0.030 0.044 0.066 0.017 0.578 216 K 0.275 0.023 0.047 0.038 0.046 0.141 0.010 0.420 217 R 0.027 0.014 0.023 0.015 0.021 0.064 0.007 0.829 218 N 0.080 0.048 0.037 0.039 0.074 0.113 0.030 0.579 219 E 0.164 0.027 0.051 0.037 0.044 0.165 0.013 0.499 220 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 221 A 0.016 0.025 0.032 0.036 0.068 0.209 0.004 0.608 222 R 0.131 0.082 0.017 0.012 0.015 0.159 0.007 0.577 223 V 0.124 0.260 0.026 0.019 0.056 0.082 0.006 0.429 224 T 0.026 0.465 0.015 0.013 0.021 0.054 0.002 0.404 225 L 0.024 0.640 0.006 0.008 0.010 0.070 0.005 0.237 226 V 0.024 0.872 0.002 0.002 0.004 0.020 0.004 0.072 227 A 0.007 0.954 0.002 0.001 0.003 0.003 0.001 0.028 228 E 0.002 0.972 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.021 229 Q 0.005 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 230 I 0.005 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 231 A 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 232 E 0.024 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.011 233 L 0.115 0.836 0.011 0.001 0.001 0.001 0.021 0.014 234 K 0.108 0.769 0.016 0.004 0.002 0.004 0.046 0.050 235 G 0.489 0.080 0.041 0.005 0.003 0.011 0.158 0.212 236 L 0.254 0.052 0.481 0.011 0.007 0.040 0.021 0.134 237 S 0.015 0.018 0.045 0.005 0.009 0.273 0.005 0.630 238 Y 0.005 0.010 0.014 0.001 0.008 0.016 0.001 0.945 239 E 0.004 0.015 0.006 0.001 0.002 0.266 0.001 0.705 240 E 0.012 0.024 0.001 0.001 0.001 0.772 0.001 0.189 241 V 0.012 0.923 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.060 242 C 0.001 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 243 E 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 244 Q 0.016 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 245 T 0.015 0.969 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 246 T 0.014 0.941 0.007 0.002 0.002 0.003 0.006 0.025 247 K 0.027 0.855 0.013 0.002 0.002 0.015 0.010 0.075 248 N 0.075 0.685 0.011 0.002 0.003 0.053 0.026 0.144 249 A 0.029 0.819 0.018 0.002 0.006 0.009 0.006 0.110 250 E 0.014 0.567 0.011 0.004 0.007 0.130 0.009 0.256 251 K 0.088 0.542 0.005 0.003 0.005 0.221 0.019 0.117 252 L 0.070 0.894 0.003 0.001 0.002 0.003 0.004 0.023 253 F 0.027 0.882 0.014 0.009 0.008 0.005 0.011 0.042 254 N 0.215 0.306 0.047 0.019 0.021 0.023 0.093 0.277 255 L 0.327 0.188 0.161 0.030 0.043 0.022 0.043 0.187 256 N 0.038 0.054 0.053 0.023 0.036 0.126 0.016 0.654 257 S 0.044 0.025 0.037 0.015 0.025 0.104 0.013 0.737