# TARGET T0314 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0314.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.48375 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.005 0.893 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.013 0.028 0.002 0.031 0.018 2 S 0.005 0.025 0.690 0.002 0.003 0.009 0.005 0.001 0.046 0.020 0.005 0.016 0.174 3 I 0.015 0.042 0.524 0.010 0.006 0.022 0.012 0.005 0.050 0.068 0.014 0.157 0.077 4 T 0.005 0.034 0.622 0.001 0.004 0.035 0.003 0.001 0.042 0.090 0.010 0.029 0.125 5 S 0.001 0.002 0.136 0.001 0.023 0.722 0.001 0.001 0.007 0.050 0.037 0.003 0.017 6 T 0.001 0.001 0.009 0.001 0.014 0.948 0.001 0.001 0.001 0.007 0.019 0.001 0.001 7 D 0.001 0.001 0.008 0.001 0.018 0.954 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 0.001 0.001 8 I 0.001 0.001 0.008 0.001 0.010 0.962 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.001 0.001 9 C 0.001 0.001 0.011 0.001 0.011 0.954 0.001 0.001 0.001 0.006 0.014 0.001 0.001 10 Q 0.001 0.001 0.007 0.001 0.010 0.943 0.001 0.001 0.001 0.006 0.030 0.001 0.001 11 A 0.001 0.001 0.014 0.001 0.010 0.914 0.001 0.001 0.001 0.008 0.051 0.001 0.001 12 A 0.001 0.002 0.038 0.001 0.034 0.842 0.001 0.001 0.001 0.018 0.063 0.001 0.002 13 D 0.001 0.002 0.034 0.001 0.076 0.723 0.001 0.001 0.001 0.039 0.120 0.002 0.001 14 A 0.001 0.003 0.024 0.001 0.098 0.603 0.001 0.001 0.002 0.019 0.243 0.001 0.005 15 L 0.003 0.005 0.142 0.001 0.092 0.487 0.001 0.004 0.007 0.062 0.182 0.005 0.010 16 K 0.003 0.008 0.105 0.008 0.098 0.289 0.001 0.003 0.004 0.081 0.388 0.004 0.008 17 G 0.011 0.008 0.132 0.021 0.096 0.136 0.003 0.004 0.017 0.166 0.346 0.032 0.027 18 F 0.041 0.021 0.319 0.016 0.065 0.089 0.009 0.007 0.032 0.088 0.111 0.057 0.146 19 V 0.138 0.026 0.157 0.025 0.020 0.055 0.021 0.018 0.053 0.079 0.083 0.128 0.195 20 G 0.170 0.015 0.131 0.028 0.018 0.024 0.015 0.008 0.036 0.059 0.102 0.283 0.111 21 F 0.147 0.029 0.180 0.013 0.016 0.026 0.016 0.005 0.027 0.119 0.078 0.058 0.285 22 N 0.103 0.043 0.238 0.009 0.015 0.026 0.005 0.001 0.016 0.141 0.073 0.157 0.172 23 R 0.020 0.005 0.117 0.006 0.067 0.052 0.001 0.001 0.003 0.143 0.508 0.013 0.064 24 K 0.046 0.010 0.075 0.003 0.075 0.029 0.003 0.001 0.002 0.121 0.506 0.071 0.059 25 T 0.013 0.005 0.086 0.039 0.032 0.009 0.001 0.001 0.001 0.117 0.646 0.026 0.024 26 G 0.021 0.002 0.283 0.019 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.286 0.298 0.033 0.044 27 R 0.143 0.008 0.327 0.013 0.001 0.001 0.027 0.001 0.014 0.075 0.008 0.125 0.258 28 Y 0.295 0.009 0.045 0.005 0.001 0.001 0.115 0.004 0.033 0.010 0.001 0.098 0.385 29 I 0.447 0.002 0.028 0.064 0.001 0.001 0.177 0.016 0.024 0.003 0.001 0.126 0.112 30 V 0.473 0.001 0.019 0.005 0.001 0.001 0.260 0.024 0.035 0.002 0.001 0.077 0.102 31 R 0.342 0.004 0.049 0.006 0.001 0.001 0.133 0.042 0.090 0.004 0.001 0.179 0.148 32 F 0.117 0.006 0.239 0.033 0.002 0.002 0.053 0.022 0.117 0.033 0.007 0.083 0.287 33 S 0.025 0.013 0.456 0.031 0.016 0.005 0.006 0.004 0.059 0.159 0.047 0.085 0.095 34 E 0.004 0.010 0.170 0.009 0.100 0.027 0.001 0.001 0.010 0.394 0.233 0.012 0.030 35 D 0.001 0.013 0.300 0.005 0.213 0.035 0.001 0.001 0.006 0.194 0.210 0.010 0.014 36 S 0.001 0.020 0.171 0.003 0.363 0.035 0.001 0.001 0.004 0.101 0.278 0.005 0.018 37 F 0.004 0.024 0.096 0.002 0.153 0.032 0.001 0.001 0.004 0.104 0.560 0.008 0.011 38 G 0.007 0.024 0.221 0.007 0.127 0.028 0.001 0.002 0.006 0.220 0.326 0.011 0.021 39 M 0.008 0.028 0.381 0.004 0.074 0.038 0.001 0.001 0.006 0.271 0.118 0.033 0.036 40 D 0.010 0.062 0.350 0.008 0.090 0.060 0.002 0.002 0.008 0.161 0.119 0.031 0.097 41 V 0.010 0.025 0.246 0.010 0.191 0.096 0.002 0.002 0.007 0.099 0.256 0.014 0.042 42 A 0.011 0.036 0.223 0.009 0.132 0.121 0.003 0.003 0.007 0.113 0.286 0.027 0.029 43 D 0.005 0.017 0.306 0.015 0.120 0.083 0.001 0.001 0.005 0.183 0.226 0.017 0.022 44 D 0.002 0.009 0.285 0.010 0.082 0.045 0.001 0.001 0.005 0.245 0.285 0.011 0.019 45 S 0.005 0.023 0.376 0.005 0.043 0.026 0.002 0.001 0.009 0.168 0.285 0.018 0.038 46 I 0.012 0.085 0.420 0.007 0.026 0.017 0.005 0.002 0.023 0.212 0.085 0.025 0.082 47 T 0.004 0.025 0.524 0.008 0.008 0.006 0.002 0.001 0.021 0.242 0.017 0.119 0.025 48 P 0.002 0.031 0.657 0.008 0.013 0.007 0.001 0.001 0.013 0.085 0.031 0.009 0.143 49 T 0.005 0.023 0.476 0.021 0.093 0.034 0.002 0.001 0.012 0.108 0.153 0.021 0.053 50 S 0.011 0.012 0.227 0.043 0.135 0.040 0.002 0.001 0.011 0.290 0.117 0.069 0.041 51 E 0.030 0.008 0.213 0.036 0.142 0.066 0.007 0.002 0.023 0.153 0.105 0.041 0.175 52 F 0.153 0.014 0.170 0.034 0.052 0.059 0.027 0.006 0.043 0.040 0.055 0.119 0.227 53 V 0.235 0.018 0.095 0.007 0.012 0.029 0.031 0.004 0.041 0.020 0.025 0.321 0.163 54 W 0.252 0.015 0.104 0.013 0.006 0.017 0.026 0.002 0.024 0.024 0.015 0.051 0.451 55 S 0.087 0.009 0.188 0.021 0.006 0.011 0.008 0.001 0.015 0.055 0.019 0.490 0.092 56 S 0.028 0.008 0.241 0.003 0.011 0.011 0.003 0.001 0.006 0.068 0.055 0.021 0.546 57 V 0.020 0.019 0.312 0.024 0.029 0.022 0.003 0.001 0.003 0.142 0.187 0.160 0.079 58 R 0.011 0.013 0.268 0.007 0.040 0.037 0.001 0.001 0.002 0.217 0.259 0.046 0.099 59 D 0.004 0.002 0.182 0.014 0.061 0.084 0.001 0.001 0.001 0.292 0.320 0.015 0.025 60 D 0.027 0.009 0.220 0.007 0.060 0.151 0.004 0.001 0.003 0.158 0.203 0.075 0.082 61 V 0.135 0.018 0.133 0.013 0.021 0.137 0.018 0.002 0.008 0.048 0.047 0.030 0.391 62 M 0.203 0.008 0.091 0.005 0.009 0.068 0.017 0.001 0.006 0.019 0.013 0.496 0.065 63 R 0.162 0.012 0.116 0.004 0.008 0.082 0.023 0.001 0.007 0.016 0.016 0.048 0.507 64 L 0.067 0.011 0.353 0.032 0.010 0.138 0.007 0.001 0.004 0.055 0.055 0.202 0.065 65 G 0.019 0.006 0.460 0.001 0.008 0.161 0.002 0.001 0.003 0.113 0.057 0.032 0.138 66 R 0.005 0.001 0.058 0.001 0.036 0.765 0.001 0.001 0.001 0.049 0.067 0.005 0.012 67 E 0.004 0.001 0.020 0.001 0.015 0.909 0.001 0.001 0.001 0.012 0.023 0.010 0.004 68 Q 0.003 0.001 0.007 0.001 0.009 0.960 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.007 69 L 0.003 0.001 0.007 0.001 0.002 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 70 Q 0.002 0.001 0.003 0.001 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 71 I 0.003 0.001 0.002 0.001 0.003 0.974 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.001 0.004 72 L 0.005 0.001 0.007 0.001 0.004 0.948 0.002 0.001 0.002 0.005 0.018 0.003 0.004 73 L 0.003 0.003 0.022 0.001 0.005 0.869 0.002 0.003 0.006 0.012 0.068 0.003 0.004 74 E 0.002 0.001 0.039 0.001 0.012 0.752 0.001 0.001 0.003 0.034 0.148 0.003 0.004 75 Q 0.002 0.004 0.110 0.001 0.015 0.507 0.001 0.001 0.003 0.139 0.206 0.006 0.006 76 N 0.001 0.014 0.381 0.002 0.027 0.255 0.001 0.001 0.005 0.091 0.203 0.006 0.015 77 I 0.002 0.019 0.279 0.005 0.046 0.374 0.001 0.002 0.010 0.086 0.148 0.006 0.022 78 N 0.002 0.009 0.278 0.015 0.112 0.239 0.001 0.001 0.008 0.135 0.169 0.017 0.013 79 E 0.003 0.004 0.103 0.005 0.185 0.382 0.001 0.002 0.016 0.110 0.166 0.006 0.016 80 R 0.012 0.021 0.154 0.009 0.104 0.311 0.009 0.010 0.039 0.095 0.179 0.016 0.041 81 L 0.029 0.030 0.277 0.005 0.037 0.137 0.017 0.025 0.079 0.111 0.079 0.099 0.075 82 N 0.019 0.036 0.381 0.010 0.028 0.075 0.008 0.008 0.056 0.102 0.110 0.055 0.112 83 I 0.005 0.014 0.288 0.013 0.033 0.066 0.002 0.001 0.011 0.188 0.315 0.029 0.034 84 G 0.003 0.005 0.277 0.006 0.027 0.038 0.001 0.001 0.002 0.316 0.289 0.006 0.030 85 E 0.003 0.010 0.356 0.008 0.026 0.056 0.001 0.001 0.004 0.395 0.070 0.054 0.015 86 P 0.012 0.024 0.399 0.007 0.030 0.088 0.003 0.001 0.008 0.077 0.063 0.011 0.276 87 L 0.095 0.008 0.275 0.115 0.035 0.118 0.015 0.002 0.017 0.060 0.047 0.123 0.091 88 L 0.437 0.005 0.048 0.010 0.011 0.083 0.040 0.008 0.024 0.011 0.011 0.119 0.193 89 V 0.522 0.001 0.019 0.007 0.005 0.057 0.079 0.009 0.018 0.008 0.004 0.128 0.143 90 Y 0.625 0.003 0.019 0.006 0.003 0.047 0.076 0.006 0.015 0.005 0.005 0.090 0.100 91 L 0.471 0.005 0.049 0.006 0.004 0.031 0.043 0.002 0.012 0.018 0.011 0.174 0.174 92 R 0.185 0.010 0.244 0.008 0.009 0.033 0.012 0.001 0.014 0.038 0.029 0.149 0.269 93 R 0.047 0.009 0.196 0.011 0.181 0.067 0.003 0.001 0.004 0.075 0.217 0.023 0.167 94 Q 0.004 0.002 0.142 0.005 0.214 0.055 0.001 0.001 0.001 0.153 0.378 0.031 0.015 95 D 0.002 0.006 0.169 0.006 0.210 0.049 0.001 0.001 0.002 0.154 0.377 0.003 0.021 96 L 0.001 0.008 0.524 0.002 0.014 0.054 0.001 0.001 0.003 0.334 0.031 0.014 0.015 97 P 0.001 0.006 0.718 0.005 0.014 0.126 0.001 0.001 0.002 0.054 0.046 0.005 0.022 98 E 0.021 0.019 0.180 0.003 0.040 0.490 0.007 0.004 0.031 0.052 0.043 0.029 0.081 99 I 0.061 0.008 0.098 0.025 0.034 0.522 0.014 0.003 0.022 0.037 0.017 0.070 0.088 100 T 0.110 0.007 0.121 0.022 0.018 0.397 0.030 0.008 0.055 0.012 0.017 0.085 0.119 101 A 0.135 0.005 0.094 0.003 0.015 0.351 0.050 0.007 0.041 0.020 0.024 0.128 0.128 102 Q 0.178 0.005 0.116 0.014 0.023 0.351 0.030 0.005 0.020 0.034 0.031 0.073 0.122 103 R 0.102 0.008 0.150 0.013 0.050 0.306 0.016 0.001 0.013 0.075 0.044 0.130 0.093 104 Q 0.024 0.008 0.215 0.003 0.044 0.366 0.005 0.001 0.006 0.057 0.115 0.039 0.120 105 L 0.015 0.014 0.515 0.003 0.022 0.195 0.002 0.001 0.005 0.047 0.106 0.021 0.055 106 R 0.001 0.002 0.935 0.001 0.004 0.020 0.001 0.001 0.001 0.018 0.007 0.004 0.009