# TARGET T0314 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment /projects/compbio/experiments/protein-predict/casp7/T0314/T0314.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.48375 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.110 0.021 0.286 0.467 0.003 0.019 0.007 0.003 0.007 0.005 0.007 0.008 0.023 0.001 0.003 0.030 2 S 0.047 0.030 0.340 0.489 0.008 0.047 0.004 0.002 0.002 0.001 0.005 0.004 0.012 0.001 0.001 0.008 3 I 0.014 0.038 0.080 0.692 0.026 0.103 0.005 0.003 0.001 0.002 0.015 0.006 0.010 0.001 0.001 0.003 4 T 0.004 0.111 0.022 0.284 0.008 0.470 0.001 0.021 0.003 0.004 0.021 0.032 0.015 0.001 0.001 0.001 5 S 0.002 0.017 0.005 0.038 0.005 0.273 0.001 0.007 0.005 0.006 0.558 0.029 0.048 0.001 0.001 0.002 6 T 0.005 0.078 0.015 0.025 0.001 0.018 0.001 0.005 0.002 0.001 0.178 0.586 0.081 0.001 0.002 0.001 7 D 0.003 0.012 0.022 0.037 0.001 0.049 0.004 0.002 0.003 0.002 0.039 0.233 0.577 0.002 0.003 0.011 8 I 0.003 0.009 0.032 0.017 0.001 0.016 0.005 0.001 0.001 0.001 0.043 0.039 0.819 0.002 0.004 0.008 9 C 0.002 0.003 0.011 0.014 0.001 0.029 0.004 0.001 0.001 0.001 0.019 0.048 0.860 0.001 0.002 0.003 10 Q 0.001 0.006 0.003 0.009 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.023 0.912 0.001 0.001 0.003 11 A 0.001 0.003 0.002 0.004 0.001 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.012 0.038 0.907 0.009 0.002 0.007 12 A 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.017 0.013 0.930 0.007 0.010 0.003 13 D 0.001 0.003 0.003 0.002 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 0.018 0.935 0.002 0.010 0.011 14 A 0.006 0.004 0.005 0.002 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.006 0.010 0.799 0.043 0.006 0.103 15 L 0.007 0.002 0.060 0.002 0.004 0.006 0.195 0.002 0.001 0.001 0.007 0.007 0.460 0.207 0.028 0.013 16 K 0.003 0.058 0.103 0.011 0.001 0.005 0.028 0.027 0.002 0.001 0.006 0.009 0.345 0.006 0.339 0.056 17 G 0.034 0.013 0.045 0.063 0.001 0.007 0.004 0.001 0.063 0.009 0.009 0.008 0.185 0.005 0.006 0.548 18 F 0.343 0.009 0.241 0.039 0.031 0.015 0.122 0.001 0.001 0.001 0.010 0.010 0.099 0.060 0.002 0.016 19 V 0.010 0.061 0.305 0.245 0.013 0.049 0.013 0.110 0.001 0.001 0.018 0.015 0.086 0.004 0.062 0.007 20 G 0.005 0.059 0.036 0.397 0.069 0.094 0.026 0.008 0.067 0.042 0.018 0.013 0.058 0.013 0.003 0.091 21 F 0.134 0.095 0.092 0.387 0.040 0.035 0.026 0.047 0.009 0.005 0.036 0.021 0.040 0.007 0.016 0.010 22 N 0.011 0.051 0.141 0.164 0.018 0.340 0.012 0.061 0.023 0.037 0.025 0.041 0.041 0.002 0.013 0.019 23 R 0.056 0.082 0.047 0.091 0.032 0.179 0.006 0.029 0.024 0.021 0.295 0.042 0.074 0.002 0.005 0.015 24 K 0.038 0.087 0.040 0.048 0.148 0.035 0.113 0.010 0.011 0.005 0.112 0.125 0.021 0.195 0.003 0.009 25 T 0.007 0.075 0.126 0.079 0.001 0.009 0.005 0.135 0.004 0.001 0.006 0.020 0.017 0.001 0.510 0.006 26 G 0.014 0.021 0.116 0.110 0.001 0.023 0.003 0.001 0.238 0.039 0.005 0.004 0.018 0.001 0.001 0.404 27 R 0.630 0.066 0.094 0.199 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 28 Y 0.004 0.003 0.344 0.629 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 I 0.001 0.009 0.100 0.878 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 V 0.001 0.004 0.006 0.984 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 R 0.001 0.006 0.015 0.876 0.023 0.073 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 F 0.001 0.076 0.012 0.767 0.015 0.095 0.001 0.009 0.001 0.003 0.014 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 33 S 0.003 0.090 0.005 0.229 0.026 0.562 0.001 0.011 0.007 0.005 0.029 0.027 0.003 0.001 0.001 0.001 34 E 0.005 0.089 0.025 0.108 0.032 0.175 0.008 0.023 0.006 0.005 0.452 0.044 0.021 0.003 0.002 0.002 35 D 0.005 0.210 0.027 0.060 0.016 0.071 0.006 0.025 0.015 0.005 0.079 0.412 0.044 0.004 0.016 0.006 36 S 0.016 0.021 0.042 0.028 0.130 0.018 0.176 0.008 0.015 0.006 0.061 0.028 0.070 0.319 0.010 0.051 37 F 0.018 0.024 0.146 0.040 0.002 0.014 0.010 0.196 0.005 0.002 0.015 0.035 0.057 0.002 0.425 0.009 38 G 0.014 0.024 0.070 0.050 0.003 0.013 0.011 0.003 0.130 0.062 0.015 0.010 0.076 0.005 0.003 0.511 39 M 0.588 0.018 0.061 0.224 0.001 0.011 0.003 0.005 0.003 0.001 0.012 0.018 0.043 0.001 0.003 0.007 40 D 0.010 0.031 0.202 0.131 0.011 0.469 0.012 0.003 0.004 0.007 0.008 0.033 0.067 0.002 0.001 0.010 41 V 0.010 0.103 0.043 0.263 0.043 0.099 0.014 0.013 0.002 0.001 0.296 0.019 0.082 0.004 0.003 0.006 42 A 0.006 0.109 0.074 0.188 0.038 0.105 0.025 0.034 0.010 0.007 0.049 0.223 0.078 0.028 0.016 0.010 43 D 0.013 0.049 0.055 0.063 0.009 0.177 0.028 0.037 0.012 0.014 0.078 0.049 0.258 0.014 0.113 0.031 44 D 0.041 0.130 0.059 0.056 0.003 0.026 0.023 0.012 0.050 0.012 0.172 0.072 0.136 0.025 0.031 0.153 45 S 0.219 0.075 0.166 0.068 0.003 0.022 0.051 0.004 0.016 0.003 0.020 0.130 0.095 0.013 0.032 0.084 46 I 0.038 0.034 0.695 0.081 0.002 0.006 0.015 0.002 0.004 0.001 0.003 0.004 0.026 0.002 0.005 0.082 47 T 0.038 0.042 0.385 0.405 0.010 0.047 0.020 0.002 0.002 0.003 0.003 0.005 0.018 0.001 0.002 0.018 48 P 0.016 0.047 0.078 0.263 0.026 0.477 0.008 0.015 0.002 0.007 0.030 0.005 0.019 0.001 0.001 0.004 49 T 0.005 0.098 0.014 0.110 0.004 0.374 0.002 0.024 0.009 0.005 0.302 0.033 0.018 0.001 0.001 0.002 50 S 0.008 0.470 0.029 0.088 0.001 0.023 0.002 0.004 0.018 0.002 0.034 0.297 0.019 0.001 0.002 0.004 51 E 0.028 0.030 0.328 0.445 0.001 0.011 0.003 0.003 0.005 0.001 0.027 0.030 0.060 0.001 0.007 0.020 52 F 0.012 0.005 0.745 0.164 0.002 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.033 0.001 0.001 0.011 53 V 0.008 0.036 0.100 0.762 0.008 0.033 0.004 0.002 0.001 0.001 0.006 0.003 0.030 0.002 0.001 0.004 54 W 0.002 0.043 0.032 0.798 0.010 0.075 0.003 0.005 0.001 0.001 0.004 0.003 0.018 0.001 0.001 0.003 55 S 0.007 0.045 0.047 0.602 0.013 0.170 0.003 0.014 0.005 0.007 0.038 0.006 0.033 0.001 0.002 0.007 56 S 0.018 0.104 0.039 0.226 0.028 0.308 0.007 0.012 0.007 0.008 0.128 0.057 0.048 0.002 0.001 0.007 57 V 0.013 0.153 0.046 0.119 0.033 0.151 0.017 0.023 0.004 0.003 0.192 0.139 0.084 0.011 0.006 0.006 58 R 0.006 0.082 0.059 0.062 0.009 0.152 0.016 0.040 0.008 0.006 0.133 0.160 0.194 0.010 0.047 0.015 59 D 0.014 0.044 0.047 0.044 0.003 0.079 0.009 0.014 0.016 0.010 0.174 0.120 0.361 0.004 0.019 0.041 60 D 0.053 0.096 0.052 0.044 0.001 0.034 0.009 0.005 0.016 0.003 0.073 0.227 0.328 0.008 0.008 0.043 61 V 0.027 0.039 0.205 0.087 0.001 0.017 0.012 0.002 0.003 0.001 0.029 0.057 0.474 0.005 0.016 0.026 62 M 0.009 0.011 0.297 0.086 0.002 0.025 0.006 0.002 0.001 0.001 0.017 0.019 0.497 0.001 0.004 0.024 63 R 0.023 0.023 0.070 0.141 0.100 0.080 0.055 0.003 0.002 0.002 0.029 0.020 0.346 0.085 0.001 0.020 64 L 0.007 0.056 0.056 0.144 0.008 0.078 0.008 0.087 0.001 0.001 0.038 0.055 0.378 0.002 0.074 0.005 65 G 0.001 0.014 0.009 0.019 0.001 0.160 0.001 0.006 0.011 0.030 0.077 0.048 0.592 0.001 0.002 0.030 66 R 0.012 0.001 0.001 0.002 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.183 0.130 0.640 0.001 0.001 0.001 67 E 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.380 0.553 0.001 0.001 0.001 68 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.031 0.957 0.001 0.001 0.001 69 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.985 0.001 0.001 0.001 70 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 71 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 0.001 72 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.016 0.001 0.005 73 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.955 0.006 0.031 0.001 74 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.511 0.310 0.013 0.145 75 Q 0.019 0.001 0.013 0.003 0.001 0.001 0.006 0.004 0.001 0.001 0.003 0.003 0.521 0.008 0.381 0.036 76 N 0.008 0.005 0.049 0.001 0.001 0.013 0.029 0.001 0.002 0.002 0.007 0.006 0.481 0.027 0.005 0.362 77 I 0.090 0.016 0.028 0.010 0.002 0.038 0.028 0.011 0.001 0.001 0.100 0.055 0.572 0.019 0.021 0.008 78 N 0.004 0.154 0.049 0.019 0.002 0.043 0.024 0.006 0.008 0.003 0.028 0.190 0.388 0.020 0.035 0.028 79 E 0.024 0.017 0.037 0.044 0.002 0.016 0.018 0.007 0.008 0.002 0.101 0.038 0.540 0.010 0.050 0.087 80 R 0.045 0.068 0.391 0.038 0.005 0.008 0.056 0.002 0.011 0.001 0.007 0.028 0.107 0.051 0.014 0.168 81 L 0.050 0.024 0.608 0.136 0.002 0.010 0.016 0.006 0.001 0.001 0.002 0.005 0.070 0.002 0.038 0.028 82 N 0.013 0.014 0.127 0.037 0.109 0.430 0.111 0.003 0.004 0.018 0.013 0.006 0.062 0.019 0.001 0.034 83 I 0.031 0.086 0.019 0.066 0.003 0.090 0.002 0.205 0.003 0.001 0.415 0.018 0.041 0.001 0.015 0.004 84 G 0.004 0.371 0.049 0.104 0.001 0.012 0.003 0.002 0.111 0.015 0.008 0.273 0.018 0.001 0.001 0.026 85 E 0.195 0.020 0.233 0.291 0.002 0.060 0.006 0.003 0.002 0.001 0.026 0.019 0.130 0.001 0.003 0.010 86 P 0.006 0.042 0.668 0.136 0.001 0.066 0.001 0.002 0.001 0.001 0.024 0.013 0.037 0.001 0.001 0.003 87 L 0.006 0.083 0.046 0.686 0.001 0.063 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.038 0.047 0.001 0.001 0.001 88 L 0.002 0.020 0.058 0.819 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.009 0.052 0.001 0.001 0.001 89 V 0.001 0.008 0.048 0.759 0.002 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.005 0.130 0.001 0.001 0.001 90 Y 0.001 0.042 0.027 0.797 0.010 0.030 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.071 0.002 0.001 0.005 91 L 0.003 0.031 0.021 0.811 0.014 0.055 0.006 0.003 0.001 0.001 0.002 0.004 0.042 0.001 0.002 0.003 92 R 0.003 0.065 0.056 0.227 0.037 0.440 0.008 0.025 0.003 0.009 0.023 0.007 0.075 0.004 0.005 0.013 93 R 0.009 0.033 0.010 0.041 0.071 0.194 0.022 0.018 0.004 0.006 0.464 0.019 0.055 0.043 0.004 0.006 94 Q 0.011 0.214 0.035 0.039 0.002 0.014 0.005 0.122 0.008 0.003 0.129 0.220 0.069 0.004 0.115 0.011 95 D 0.023 0.059 0.072 0.046 0.001 0.041 0.008 0.004 0.064 0.024 0.015 0.124 0.222 0.004 0.015 0.276 96 L 0.178 0.013 0.186 0.034 0.001 0.079 0.010 0.002 0.002 0.002 0.075 0.036 0.362 0.001 0.003 0.015 97 P 0.010 0.066 0.124 0.052 0.001 0.104 0.003 0.004 0.001 0.001 0.147 0.174 0.307 0.001 0.001 0.004 98 E 0.007 0.063 0.024 0.178 0.001 0.058 0.002 0.002 0.005 0.001 0.051 0.142 0.455 0.002 0.001 0.008 99 I 0.002 0.015 0.052 0.090 0.001 0.042 0.004 0.001 0.001 0.001 0.028 0.061 0.698 0.001 0.002 0.003 100 T 0.001 0.023 0.050 0.092 0.001 0.029 0.003 0.001 0.001 0.001 0.016 0.038 0.735 0.001 0.001 0.006 101 A 0.001 0.005 0.008 0.058 0.001 0.058 0.002 0.001 0.001 0.001 0.029 0.016 0.815 0.002 0.001 0.003 102 Q 0.001 0.027 0.024 0.055 0.004 0.013 0.011 0.001 0.001 0.001 0.025 0.025 0.779 0.018 0.006 0.009 103 R 0.002 0.008 0.017 0.063 0.001 0.012 0.006 0.006 0.001 0.001 0.013 0.015 0.808 0.005 0.028 0.015 104 Q 0.009 0.023 0.058 0.050 0.007 0.035 0.028 0.002 0.007 0.003 0.011 0.015 0.563 0.049 0.008 0.134 105 L 0.026 0.022 0.062 0.044 0.038 0.052 0.146 0.008 0.001 0.001 0.034 0.022 0.440 0.053 0.029 0.021 106 R 0.007 0.088 0.116 0.044 0.024 0.039 0.064 0.070 0.005 0.004 0.049 0.035 0.252 0.068 0.077 0.058