# TARGET T0314 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0314.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.48375 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.003 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.261 0.043 0.095 0.559 2 S 0.012 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.135 0.059 0.118 0.645 3 I 0.004 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.003 0.002 0.002 0.219 0.044 0.139 0.557 4 T 0.100 0.537 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.050 0.038 0.246 5 S 0.101 0.677 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.068 0.021 0.121 6 T 0.025 0.606 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.114 0.038 0.201 7 D 0.027 0.794 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.030 0.019 0.107 8 I 0.047 0.791 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.025 0.014 0.109 9 C 0.027 0.663 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.086 0.028 0.163 10 Q 0.047 0.697 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.040 0.026 0.171 11 A 0.137 0.598 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.051 0.024 0.156 12 A 0.134 0.344 0.057 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.142 0.044 0.263 13 D 0.198 0.114 0.020 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.130 0.106 0.410 14 A 0.104 0.057 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.064 0.136 0.582 15 L 0.108 0.051 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.080 0.152 0.542 16 K 0.014 0.041 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.113 0.070 0.158 0.589 17 G 0.040 0.049 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.243 0.069 0.123 0.463 18 F 0.042 0.027 0.005 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.339 0.116 0.110 0.337 19 V 0.027 0.025 0.011 0.002 0.009 0.016 0.014 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.281 0.052 0.108 0.431 20 G 0.020 0.013 0.003 0.002 0.047 0.040 0.409 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.156 0.035 0.043 0.197 21 F 0.043 0.009 0.003 0.010 0.014 0.032 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.177 0.069 0.085 0.544 22 N 0.095 0.020 0.031 0.005 0.032 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.217 0.059 0.493 23 R 0.099 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.028 0.026 0.073 0.759 24 K 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.020 0.085 0.769 25 T 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.006 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.033 0.138 0.714 26 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.026 0.001 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.200 0.061 0.118 0.573 27 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.011 0.400 0.024 0.043 0.020 0.006 0.005 0.234 0.062 0.026 0.148 28 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.028 0.013 0.061 0.003 0.007 0.637 0.069 0.028 0.151 29 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.013 0.120 0.008 0.651 0.063 0.017 0.107 30 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.047 0.065 0.742 0.034 0.016 0.084 31 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.054 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.749 0.040 0.027 0.105 32 F 0.005 0.001 0.001 0.003 0.003 0.008 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.449 0.038 0.079 0.403 33 S 0.086 0.041 0.010 0.006 0.029 0.027 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.147 0.241 0.093 0.311 34 E 0.080 0.040 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.093 0.128 0.596 35 D 0.324 0.045 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.065 0.092 0.418 36 S 0.201 0.046 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.059 0.122 0.499 37 F 0.044 0.044 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.100 0.051 0.135 0.607 38 G 0.025 0.074 0.005 0.001 0.001 0.002 0.009 0.005 0.023 0.005 0.064 0.003 0.006 0.001 0.002 0.001 0.109 0.064 0.109 0.492 39 M 0.032 0.055 0.004 0.002 0.003 0.009 0.003 0.002 0.011 0.063 0.005 0.012 0.004 0.013 0.003 0.003 0.144 0.057 0.108 0.467 40 D 0.147 0.146 0.019 0.002 0.010 0.003 0.004 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.039 0.004 0.014 0.002 0.065 0.193 0.065 0.276 41 V 0.115 0.037 0.007 0.012 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.003 0.007 0.059 0.145 0.109 0.473 42 A 0.074 0.038 0.012 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.119 0.107 0.568 43 D 0.245 0.018 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.105 0.109 0.457 44 D 0.083 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.060 0.150 0.624 45 S 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.007 0.005 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.135 0.045 0.145 0.634 46 I 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.036 0.167 0.719 47 T 0.037 0.010 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.016 0.011 0.002 0.015 0.007 0.007 0.003 0.144 0.073 0.178 0.484 48 P 0.084 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.054 0.131 0.634 49 T 0.102 0.055 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.085 0.067 0.118 0.564 50 S 0.046 0.064 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.176 0.070 0.132 0.504 51 E 0.021 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.391 0.155 0.085 0.304 52 F 0.010 0.029 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.429 0.112 0.093 0.303 53 V 0.014 0.031 0.003 0.001 0.004 0.007 0.022 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.002 0.546 0.063 0.051 0.231 54 W 0.038 0.039 0.003 0.002 0.007 0.016 0.033 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.235 0.066 0.070 0.472 55 S 0.056 0.095 0.005 0.002 0.010 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.146 0.112 0.078 0.474 56 S 0.083 0.107 0.018 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.070 0.088 0.578 57 V 0.127 0.142 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.051 0.083 0.553 58 R 0.144 0.177 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.029 0.065 0.556 59 D 0.066 0.199 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.043 0.067 0.585 60 D 0.066 0.319 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 0.010 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.101 0.063 0.057 0.355 61 V 0.082 0.189 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 0.009 0.003 0.002 0.002 0.002 0.002 0.046 0.061 0.060 0.514 62 M 0.061 0.286 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.005 0.005 0.008 0.003 0.088 0.057 0.062 0.412 63 R 0.061 0.413 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.003 0.046 0.035 0.046 0.377 64 L 0.015 0.533 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.059 0.056 0.297 65 G 0.027 0.854 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.034 0.008 0.070 66 R 0.023 0.851 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.043 0.007 0.070 67 E 0.009 0.872 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.032 0.007 0.073 68 Q 0.008 0.886 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.017 0.007 0.073 69 L 0.013 0.928 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.004 0.037 70 Q 0.035 0.703 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.093 0.020 0.117 71 I 0.040 0.599 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.096 0.053 0.198 72 L 0.193 0.123 0.118 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.390 0.038 0.131 73 L 0.291 0.037 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.095 0.097 0.465 74 E 0.018 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.059 0.084 0.795 75 Q 0.011 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.034 0.140 0.753 76 N 0.113 0.150 0.010 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.117 0.140 0.435 77 I 0.110 0.169 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.078 0.109 0.494 78 N 0.121 0.127 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.139 0.096 0.467 79 E 0.099 0.072 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.110 0.103 0.540 80 R 0.062 0.049 0.019 0.002 0.010 0.005 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.058 0.109 0.615 81 L 0.031 0.054 0.002 0.006 0.007 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.140 0.035 0.108 0.599 82 N 0.176 0.058 0.012 0.001 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.048 0.096 0.082 0.508 83 I 0.013 0.065 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.058 0.132 0.636 84 G 0.054 0.135 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.053 0.111 0.595 85 E 0.054 0.214 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.150 0.065 0.103 0.389 86 P 0.023 0.171 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.118 0.047 0.097 0.531 87 L 0.012 0.224 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.002 0.005 0.005 0.005 0.003 0.431 0.073 0.039 0.186 88 L 0.017 0.171 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.004 0.005 0.009 0.008 0.004 0.009 0.428 0.070 0.037 0.219 89 V 0.006 0.103 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 0.003 0.001 0.635 0.046 0.032 0.152 90 Y 0.023 0.060 0.008 0.002 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.005 0.005 0.500 0.113 0.038 0.233 91 L 0.040 0.020 0.023 0.002 0.012 0.002 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.350 0.157 0.066 0.313 92 R 0.205 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.147 0.117 0.061 0.437 93 R 0.325 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.030 0.069 0.524 94 Q 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.013 0.106 0.834 95 D 0.013 0.057 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.017 0.096 0.795 96 L 0.160 0.058 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.249 0.118 0.367 97 P 0.024 0.297 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.112 0.096 0.428 98 E 0.082 0.271 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.083 0.072 0.054 0.428 99 I 0.041 0.402 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.005 0.001 0.097 0.066 0.045 0.327 100 T 0.048 0.396 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.060 0.096 0.051 0.333 101 A 0.059 0.298 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.004 0.140 0.098 0.041 0.332 102 Q 0.080 0.115 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.082 0.051 0.611 103 R 0.089 0.030 0.003 0.002 0.004 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.141 0.043 0.060 0.619 104 Q 0.013 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.025 0.060 0.852 105 L 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.034 0.094 0.805 106 R 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.024 0.083 0.837