# TARGET T0314 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t3c1-near-backbone-11-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0314.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.48375 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.042 0.027 0.026 0.053 0.066 0.101 0.186 0.140 0.151 0.121 0.087 2 S 0.197 0.162 0.112 0.214 0.138 0.076 0.049 0.026 0.015 0.007 0.003 3 I 0.019 0.016 0.018 0.030 0.037 0.065 0.152 0.171 0.182 0.173 0.138 4 T 0.076 0.192 0.074 0.156 0.132 0.103 0.097 0.073 0.047 0.028 0.023 5 S 0.068 0.082 0.041 0.123 0.115 0.124 0.157 0.101 0.093 0.061 0.036 6 T 0.419 0.137 0.091 0.150 0.100 0.051 0.025 0.011 0.009 0.004 0.002 7 D 0.101 0.093 0.043 0.171 0.150 0.143 0.158 0.068 0.044 0.020 0.009 8 I 0.010 0.017 0.021 0.040 0.038 0.048 0.120 0.149 0.197 0.200 0.161 9 C 0.006 0.006 0.016 0.023 0.044 0.087 0.193 0.195 0.180 0.145 0.104 10 Q 0.048 0.093 0.347 0.246 0.134 0.070 0.034 0.015 0.008 0.004 0.002 11 A 0.006 0.013 0.026 0.045 0.056 0.089 0.206 0.167 0.162 0.140 0.091 12 A 0.020 0.015 0.015 0.030 0.045 0.068 0.157 0.166 0.202 0.161 0.121 13 D 0.100 0.099 0.149 0.223 0.135 0.102 0.095 0.041 0.030 0.017 0.008 14 A 0.038 0.082 0.115 0.194 0.184 0.147 0.124 0.062 0.030 0.017 0.008 15 L 0.005 0.005 0.006 0.010 0.014 0.028 0.098 0.135 0.225 0.245 0.231 16 K 0.090 0.095 0.085 0.204 0.177 0.138 0.105 0.049 0.032 0.017 0.009 17 G 0.032 0.044 0.099 0.123 0.122 0.125 0.149 0.103 0.093 0.072 0.039 18 F 0.012 0.016 0.016 0.043 0.061 0.090 0.176 0.172 0.164 0.133 0.117 19 V 0.011 0.011 0.011 0.024 0.031 0.050 0.123 0.155 0.217 0.195 0.172 20 G 0.051 0.068 0.087 0.157 0.133 0.108 0.123 0.088 0.077 0.060 0.048 21 F 0.028 0.032 0.029 0.064 0.074 0.093 0.166 0.124 0.149 0.127 0.114 22 N 0.118 0.096 0.044 0.121 0.103 0.096 0.131 0.087 0.092 0.065 0.046 23 R 0.149 0.131 0.058 0.168 0.119 0.098 0.111 0.059 0.049 0.035 0.023 24 K 0.171 0.137 0.059 0.127 0.107 0.103 0.114 0.069 0.054 0.036 0.022 25 T 0.131 0.148 0.052 0.156 0.128 0.108 0.109 0.067 0.049 0.031 0.020 26 G 0.101 0.086 0.048 0.109 0.116 0.130 0.138 0.090 0.086 0.058 0.036 27 R 0.076 0.071 0.060 0.165 0.148 0.135 0.136 0.075 0.065 0.042 0.027 28 Y 0.010 0.015 0.017 0.059 0.077 0.104 0.210 0.157 0.143 0.121 0.086 29 I 0.004 0.006 0.014 0.028 0.031 0.040 0.099 0.125 0.199 0.226 0.228 30 V 0.006 0.007 0.025 0.031 0.041 0.058 0.133 0.142 0.196 0.196 0.165 31 R 0.011 0.026 0.049 0.098 0.112 0.116 0.176 0.143 0.116 0.092 0.063 32 F 0.009 0.013 0.015 0.031 0.041 0.066 0.148 0.159 0.194 0.175 0.150 33 S 0.126 0.102 0.053 0.138 0.123 0.109 0.121 0.082 0.073 0.046 0.027 34 E 0.146 0.112 0.071 0.158 0.126 0.106 0.107 0.056 0.055 0.039 0.025 35 D 0.075 0.072 0.034 0.104 0.111 0.124 0.180 0.102 0.089 0.065 0.044 36 S 0.080 0.082 0.042 0.126 0.106 0.105 0.146 0.107 0.088 0.069 0.049 37 F 0.046 0.054 0.038 0.081 0.094 0.113 0.152 0.132 0.120 0.098 0.072 38 G 0.085 0.096 0.063 0.147 0.137 0.122 0.112 0.084 0.074 0.048 0.033 39 M 0.020 0.016 0.013 0.041 0.054 0.076 0.150 0.127 0.177 0.170 0.157 40 D 0.078 0.075 0.048 0.153 0.137 0.110 0.136 0.089 0.080 0.055 0.038 41 V 0.012 0.016 0.018 0.042 0.040 0.049 0.116 0.122 0.176 0.204 0.206 42 A 0.029 0.044 0.027 0.067 0.084 0.098 0.157 0.147 0.138 0.115 0.094 43 D 0.074 0.089 0.052 0.152 0.130 0.114 0.128 0.085 0.080 0.057 0.040 44 D 0.167 0.107 0.060 0.143 0.132 0.113 0.108 0.059 0.053 0.036 0.022 45 S 0.154 0.110 0.041 0.143 0.130 0.107 0.113 0.075 0.067 0.040 0.020 46 I 0.028 0.019 0.013 0.033 0.045 0.071 0.147 0.149 0.185 0.165 0.145 47 T 0.062 0.080 0.061 0.139 0.121 0.115 0.140 0.098 0.078 0.056 0.049 48 P 0.041 0.075 0.065 0.130 0.110 0.103 0.145 0.109 0.091 0.075 0.056 49 T 0.035 0.048 0.026 0.068 0.081 0.093 0.143 0.133 0.141 0.123 0.107 50 S 0.149 0.118 0.048 0.159 0.145 0.123 0.103 0.059 0.054 0.027 0.014 51 E 0.104 0.070 0.056 0.174 0.159 0.130 0.126 0.069 0.059 0.035 0.018 52 F 0.016 0.015 0.019 0.050 0.062 0.084 0.193 0.155 0.165 0.137 0.104 53 V 0.009 0.016 0.035 0.053 0.048 0.057 0.138 0.145 0.185 0.172 0.143 54 W 0.008 0.015 0.054 0.057 0.078 0.105 0.200 0.153 0.133 0.116 0.082 55 S 0.085 0.091 0.179 0.186 0.137 0.107 0.102 0.051 0.033 0.019 0.010 56 S 0.182 0.126 0.089 0.157 0.118 0.106 0.107 0.054 0.037 0.017 0.008 57 V 0.196 0.139 0.064 0.099 0.087 0.087 0.120 0.078 0.067 0.040 0.024 58 R 0.189 0.190 0.070 0.176 0.127 0.095 0.084 0.035 0.019 0.009 0.004 59 D 0.267 0.149 0.179 0.152 0.105 0.066 0.042 0.019 0.013 0.006 0.003 60 D 0.196 0.128 0.137 0.187 0.121 0.091 0.080 0.032 0.017 0.008 0.003 61 V 0.073 0.065 0.098 0.125 0.115 0.128 0.157 0.096 0.076 0.044 0.022 62 M 0.020 0.024 0.066 0.065 0.071 0.109 0.208 0.139 0.130 0.101 0.067 63 R 0.065 0.116 0.229 0.249 0.147 0.091 0.060 0.026 0.011 0.005 0.002 64 L 0.015 0.018 0.039 0.037 0.042 0.078 0.162 0.175 0.172 0.155 0.108 65 G 0.115 0.234 0.105 0.160 0.130 0.105 0.070 0.043 0.024 0.009 0.004 66 R 0.068 0.064 0.075 0.146 0.133 0.141 0.153 0.079 0.071 0.046 0.024 67 E 0.183 0.116 0.134 0.198 0.126 0.091 0.079 0.037 0.020 0.011 0.005 68 Q 0.018 0.063 0.059 0.173 0.162 0.162 0.172 0.095 0.058 0.028 0.010 69 L 0.001 0.001 0.007 0.005 0.009 0.029 0.088 0.125 0.233 0.275 0.228 70 Q 0.009 0.030 0.103 0.213 0.255 0.198 0.123 0.041 0.017 0.008 0.002 71 I 0.002 0.004 0.033 0.045 0.048 0.086 0.212 0.225 0.143 0.135 0.066 72 L 0.001 0.003 0.015 0.014 0.015 0.022 0.077 0.125 0.227 0.244 0.257 73 L 0.001 0.002 0.009 0.009 0.017 0.042 0.135 0.169 0.242 0.238 0.135 74 E 0.014 0.040 0.225 0.207 0.203 0.137 0.089 0.032 0.026 0.018 0.009 75 Q 0.025 0.034 0.079 0.118 0.093 0.154 0.262 0.100 0.071 0.043 0.022 76 N 0.037 0.059 0.045 0.114 0.077 0.081 0.186 0.147 0.107 0.092 0.056 77 I 0.011 0.013 0.008 0.017 0.025 0.058 0.175 0.199 0.178 0.168 0.147 78 N 0.202 0.188 0.156 0.209 0.130 0.061 0.026 0.012 0.009 0.004 0.003 79 E 0.185 0.108 0.101 0.174 0.137 0.102 0.094 0.036 0.034 0.020 0.009 80 R 0.090 0.052 0.031 0.104 0.102 0.096 0.158 0.108 0.109 0.087 0.063 81 L 0.013 0.012 0.010 0.025 0.031 0.058 0.164 0.165 0.200 0.171 0.150 82 N 0.051 0.104 0.154 0.189 0.135 0.101 0.092 0.070 0.046 0.034 0.024 83 I 0.021 0.033 0.034 0.053 0.067 0.096 0.155 0.147 0.153 0.132 0.110 84 G 0.243 0.152 0.062 0.141 0.121 0.094 0.071 0.046 0.039 0.020 0.012 85 E 0.117 0.091 0.032 0.142 0.118 0.115 0.143 0.082 0.075 0.051 0.033 86 P 0.063 0.082 0.040 0.126 0.129 0.125 0.145 0.096 0.091 0.061 0.041 87 L 0.006 0.012 0.013 0.035 0.040 0.065 0.152 0.142 0.195 0.185 0.156 88 L 0.013 0.026 0.047 0.126 0.161 0.178 0.197 0.108 0.074 0.046 0.026 89 V 0.004 0.006 0.028 0.042 0.046 0.062 0.158 0.157 0.185 0.182 0.131 90 Y 0.006 0.009 0.024 0.053 0.066 0.078 0.187 0.178 0.170 0.137 0.092 91 L 0.002 0.003 0.015 0.010 0.013 0.022 0.073 0.114 0.233 0.277 0.238 92 R 0.016 0.044 0.092 0.156 0.184 0.166 0.188 0.074 0.042 0.024 0.012 93 R 0.076 0.076 0.147 0.167 0.124 0.116 0.134 0.066 0.050 0.030 0.013 94 Q 0.198 0.102 0.106 0.152 0.110 0.103 0.123 0.046 0.032 0.018 0.010 95 D 0.231 0.246 0.091 0.161 0.088 0.064 0.065 0.031 0.015 0.006 0.002 96 L 0.066 0.052 0.035 0.067 0.089 0.118 0.194 0.152 0.100 0.073 0.054 97 P 0.388 0.241 0.126 0.112 0.063 0.035 0.018 0.009 0.005 0.002 0.001 98 E 0.213 0.183 0.123 0.206 0.145 0.073 0.031 0.015 0.008 0.003 0.001 99 I 0.031 0.017 0.014 0.019 0.032 0.063 0.143 0.187 0.207 0.170 0.118 100 T 0.067 0.137 0.089 0.282 0.191 0.117 0.069 0.028 0.014 0.005 0.002 101 A 0.015 0.031 0.134 0.076 0.060 0.089 0.146 0.129 0.135 0.124 0.061 102 Q 0.025 0.054 0.108 0.191 0.190 0.173 0.152 0.056 0.028 0.016 0.007 103 R 0.047 0.044 0.123 0.111 0.076 0.115 0.190 0.103 0.093 0.069 0.028 104 Q 0.067 0.113 0.181 0.268 0.151 0.097 0.074 0.028 0.012 0.007 0.002 105 L 0.028 0.029 0.043 0.037 0.043 0.089 0.208 0.179 0.157 0.120 0.066 106 R 0.154 0.170 0.157 0.204 0.128 0.082 0.057 0.024 0.014 0.007 0.004