# TARGET T0314 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0314.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.48375 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.088 0.012 0.112 0.083 0.102 0.104 0.012 0.486 2 S 0.087 0.010 0.119 0.071 0.108 0.096 0.010 0.498 3 I 0.051 0.010 0.170 0.087 0.120 0.063 0.006 0.493 4 T 0.024 0.016 0.092 0.067 0.103 0.189 0.004 0.505 5 S 0.028 0.018 0.051 0.028 0.081 0.112 0.005 0.676 6 T 0.019 0.018 0.021 0.007 0.022 0.251 0.003 0.659 7 D 0.040 0.037 0.007 0.004 0.008 0.499 0.006 0.399 8 I 0.069 0.472 0.017 0.006 0.012 0.178 0.007 0.240 9 C 0.008 0.911 0.006 0.004 0.007 0.011 0.002 0.051 10 Q 0.010 0.909 0.006 0.004 0.009 0.013 0.003 0.046 11 A 0.020 0.938 0.004 0.002 0.005 0.006 0.003 0.021 12 A 0.028 0.933 0.002 0.002 0.005 0.006 0.006 0.018 13 D 0.064 0.889 0.003 0.003 0.002 0.005 0.015 0.019 14 A 0.130 0.801 0.009 0.002 0.002 0.005 0.032 0.018 15 L 0.335 0.480 0.039 0.006 0.007 0.018 0.080 0.034 16 K 0.253 0.388 0.128 0.029 0.019 0.022 0.083 0.077 17 G 0.148 0.118 0.249 0.024 0.031 0.043 0.070 0.316 18 F 0.079 0.039 0.472 0.044 0.062 0.056 0.020 0.228 19 V 0.016 0.028 0.325 0.105 0.100 0.054 0.008 0.364 20 G 0.010 0.011 0.155 0.064 0.106 0.061 0.005 0.588 21 F 0.031 0.013 0.281 0.142 0.159 0.080 0.006 0.288 22 N 0.025 0.016 0.079 0.125 0.135 0.118 0.007 0.494 23 R 0.040 0.010 0.067 0.076 0.153 0.101 0.011 0.542 24 K 0.048 0.010 0.033 0.044 0.061 0.431 0.012 0.361 25 T 0.056 0.011 0.023 0.041 0.041 0.216 0.027 0.586 26 G 0.117 0.031 0.100 0.167 0.096 0.101 0.073 0.316 27 R 0.169 0.003 0.155 0.073 0.134 0.234 0.014 0.218 28 Y 0.013 0.001 0.149 0.256 0.256 0.055 0.003 0.266 29 I 0.006 0.001 0.120 0.240 0.551 0.018 0.001 0.063 30 V 0.002 0.001 0.253 0.315 0.364 0.009 0.001 0.055 31 R 0.002 0.002 0.216 0.270 0.367 0.016 0.001 0.127 32 F 0.003 0.002 0.168 0.202 0.472 0.032 0.001 0.119 33 S 0.008 0.004 0.099 0.126 0.366 0.097 0.003 0.298 34 E 0.015 0.005 0.049 0.046 0.154 0.119 0.006 0.606 35 D 0.058 0.016 0.021 0.026 0.047 0.269 0.018 0.545 36 S 0.410 0.024 0.024 0.019 0.030 0.264 0.033 0.196 37 F 0.184 0.099 0.042 0.049 0.046 0.212 0.033 0.336 38 G 0.129 0.056 0.093 0.056 0.090 0.127 0.029 0.420 39 M 0.052 0.108 0.145 0.116 0.142 0.108 0.007 0.321 40 D 0.041 0.078 0.063 0.107 0.217 0.134 0.013 0.348 41 V 0.060 0.097 0.127 0.111 0.231 0.081 0.007 0.287 42 A 0.044 0.163 0.089 0.146 0.204 0.208 0.012 0.135 43 D 0.131 0.150 0.066 0.076 0.122 0.123 0.032 0.300 44 D 0.142 0.146 0.059 0.040 0.053 0.085 0.031 0.443 45 S 0.183 0.038 0.042 0.023 0.040 0.472 0.041 0.161 46 I 0.323 0.067 0.043 0.025 0.038 0.115 0.060 0.328 47 T 0.082 0.059 0.154 0.089 0.091 0.139 0.017 0.368 48 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 49 T 0.015 0.014 0.050 0.038 0.154 0.230 0.006 0.494 50 S 0.091 0.028 0.034 0.032 0.046 0.160 0.013 0.596 51 E 0.162 0.076 0.046 0.046 0.075 0.163 0.011 0.421 52 F 0.163 0.129 0.071 0.081 0.125 0.125 0.008 0.299 53 V 0.100 0.149 0.070 0.142 0.223 0.086 0.014 0.217 54 W 0.063 0.221 0.064 0.131 0.223 0.037 0.009 0.251 55 S 0.085 0.146 0.047 0.125 0.231 0.064 0.021 0.281 56 S 0.041 0.065 0.017 0.036 0.057 0.049 0.013 0.722 57 V 0.089 0.080 0.020 0.028 0.077 0.159 0.017 0.530 58 R 0.071 0.077 0.017 0.014 0.027 0.340 0.017 0.437 59 D 0.076 0.166 0.010 0.009 0.014 0.095 0.014 0.617 60 D 0.078 0.236 0.013 0.007 0.012 0.124 0.012 0.518 61 V 0.130 0.427 0.018 0.011 0.026 0.139 0.012 0.237 62 M 0.046 0.760 0.015 0.018 0.026 0.033 0.009 0.093 63 R 0.073 0.720 0.011 0.017 0.025 0.028 0.010 0.117 64 L 0.082 0.707 0.020 0.021 0.024 0.021 0.012 0.113 65 G 0.125 0.550 0.012 0.016 0.023 0.037 0.024 0.213 66 R 0.065 0.567 0.035 0.012 0.024 0.047 0.013 0.238 67 E 0.018 0.658 0.007 0.006 0.008 0.060 0.006 0.238 68 Q 0.056 0.714 0.006 0.003 0.005 0.040 0.011 0.164 69 L 0.028 0.883 0.009 0.004 0.004 0.010 0.006 0.056 70 Q 0.005 0.942 0.011 0.003 0.004 0.004 0.002 0.029 71 I 0.005 0.951 0.005 0.003 0.004 0.003 0.002 0.028 72 L 0.015 0.938 0.004 0.003 0.006 0.004 0.005 0.025 73 L 0.018 0.937 0.005 0.002 0.004 0.004 0.005 0.025 74 E 0.059 0.857 0.006 0.003 0.003 0.006 0.019 0.046 75 Q 0.325 0.528 0.021 0.005 0.003 0.010 0.063 0.046 76 N 0.401 0.319 0.022 0.008 0.005 0.015 0.087 0.143 77 I 0.089 0.199 0.416 0.024 0.030 0.036 0.032 0.174 78 N 0.031 0.149 0.089 0.022 0.043 0.283 0.016 0.367 79 E 0.106 0.175 0.096 0.015 0.031 0.118 0.030 0.430 80 R 0.130 0.227 0.084 0.013 0.017 0.247 0.020 0.262 81 L 0.142 0.246 0.238 0.049 0.029 0.080 0.042 0.176 82 N 0.170 0.092 0.095 0.064 0.055 0.112 0.045 0.367 83 I 0.075 0.059 0.265 0.080 0.132 0.056 0.017 0.316 84 G 0.036 0.060 0.061 0.054 0.134 0.198 0.025 0.432 85 E 0.136 0.021 0.048 0.054 0.071 0.165 0.015 0.491 86 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.997 87 L 0.035 0.015 0.065 0.146 0.316 0.184 0.009 0.229 88 L 0.131 0.059 0.076 0.180 0.181 0.072 0.008 0.293 89 V 0.024 0.058 0.063 0.283 0.401 0.030 0.004 0.137 90 Y 0.048 0.074 0.063 0.254 0.435 0.033 0.003 0.091 91 L 0.030 0.093 0.078 0.304 0.380 0.022 0.006 0.086 92 R 0.030 0.131 0.050 0.290 0.328 0.033 0.011 0.126 93 R 0.068 0.133 0.056 0.125 0.291 0.041 0.024 0.262 94 Q 0.063 0.105 0.029 0.074 0.114 0.085 0.033 0.498 95 D 0.068 0.037 0.011 0.017 0.024 0.074 0.077 0.692 96 L 0.457 0.017 0.019 0.020 0.019 0.053 0.028 0.387 97 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.997 98 E 0.007 0.007 0.014 0.029 0.071 0.130 0.002 0.740 99 I 0.163 0.130 0.061 0.062 0.102 0.069 0.005 0.409 100 T 0.058 0.176 0.042 0.127 0.178 0.099 0.005 0.315 101 A 0.058 0.325 0.034 0.107 0.139 0.047 0.004 0.286 102 Q 0.054 0.486 0.035 0.059 0.164 0.044 0.007 0.151 103 R 0.048 0.646 0.013 0.061 0.061 0.036 0.015 0.119 104 Q 0.059 0.740 0.011 0.026 0.029 0.015 0.019 0.101 105 L 0.173 0.499 0.029 0.037 0.061 0.026 0.036 0.139 106 R 0.103 0.451 0.033 0.047 0.056 0.045 0.027 0.239