# TARGET T0314 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0314.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.010 0.002 0.004 0.014 0.013 0.008 0.949 2 S 0.182 0.026 0.008 0.102 0.016 0.037 0.629 3 I 0.195 0.056 0.015 0.117 0.129 0.049 0.439 4 T 0.148 0.049 0.007 0.122 0.091 0.033 0.549 5 S 0.016 0.004 0.037 0.653 0.037 0.068 0.185 6 T 0.002 0.001 0.065 0.827 0.027 0.067 0.012 7 D 0.002 0.001 0.140 0.783 0.012 0.054 0.009 8 I 0.002 0.002 0.071 0.881 0.007 0.026 0.011 9 C 0.002 0.002 0.050 0.896 0.006 0.034 0.010 10 Q 0.002 0.001 0.036 0.853 0.015 0.081 0.012 11 A 0.002 0.001 0.023 0.872 0.015 0.066 0.021 12 A 0.001 0.002 0.060 0.884 0.008 0.031 0.014 13 D 0.002 0.001 0.121 0.729 0.015 0.119 0.013 14 A 0.002 0.001 0.118 0.644 0.009 0.215 0.010 15 L 0.011 0.013 0.045 0.391 0.165 0.218 0.157 16 K 0.030 0.005 0.022 0.120 0.115 0.555 0.154 17 G 0.152 0.016 0.026 0.087 0.208 0.223 0.288 18 F 0.407 0.034 0.032 0.056 0.085 0.039 0.346 19 V 0.591 0.033 0.024 0.034 0.061 0.045 0.212 20 G 0.395 0.017 0.046 0.051 0.110 0.140 0.241 21 F 0.308 0.021 0.048 0.035 0.137 0.201 0.251 22 N 0.180 0.022 0.050 0.036 0.209 0.289 0.214 23 R 0.105 0.025 0.058 0.023 0.245 0.234 0.309 24 K 0.084 0.024 0.042 0.017 0.248 0.313 0.270 25 T 0.123 0.025 0.020 0.010 0.291 0.339 0.193 26 G 0.187 0.008 0.006 0.003 0.390 0.088 0.319 27 R 0.504 0.012 0.002 0.001 0.073 0.011 0.397 28 Y 0.934 0.005 0.001 0.001 0.014 0.002 0.044 29 I 0.974 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.018 30 V 0.960 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.033 31 R 0.865 0.004 0.001 0.001 0.015 0.002 0.112 32 F 0.488 0.023 0.005 0.003 0.081 0.015 0.386 33 S 0.131 0.014 0.015 0.009 0.233 0.072 0.526 34 E 0.048 0.016 0.102 0.060 0.338 0.236 0.201 35 D 0.020 0.017 0.124 0.089 0.190 0.226 0.333 36 S 0.013 0.013 0.103 0.076 0.213 0.390 0.192 37 F 0.011 0.010 0.059 0.070 0.159 0.587 0.104 38 G 0.019 0.008 0.052 0.063 0.137 0.555 0.165 39 M 0.052 0.011 0.065 0.091 0.141 0.076 0.563 40 D 0.170 0.028 0.095 0.116 0.250 0.104 0.238 41 V 0.335 0.044 0.111 0.167 0.080 0.101 0.162 42 A 0.308 0.046 0.084 0.187 0.056 0.091 0.227 43 D 0.145 0.014 0.108 0.250 0.084 0.149 0.250 44 D 0.045 0.004 0.118 0.180 0.114 0.460 0.080 45 S 0.063 0.006 0.085 0.102 0.174 0.450 0.120 46 I 0.253 0.072 0.037 0.073 0.147 0.140 0.278 47 T 0.272 0.037 0.012 0.027 0.126 0.049 0.478 48 P 0.181 0.037 0.060 0.050 0.164 0.169 0.340 49 T 0.166 0.027 0.097 0.035 0.202 0.171 0.303 50 S 0.180 0.012 0.087 0.027 0.222 0.218 0.254 51 E 0.350 0.013 0.051 0.026 0.139 0.120 0.302 52 F 0.629 0.028 0.018 0.019 0.053 0.043 0.210 53 V 0.637 0.022 0.010 0.013 0.056 0.018 0.244 54 W 0.489 0.041 0.005 0.009 0.070 0.011 0.375 55 S 0.232 0.026 0.006 0.010 0.086 0.017 0.624 56 S 0.092 0.020 0.030 0.035 0.155 0.111 0.556 57 V 0.031 0.010 0.088 0.095 0.205 0.250 0.322 58 R 0.019 0.004 0.136 0.137 0.183 0.316 0.206 59 D 0.017 0.003 0.190 0.294 0.131 0.262 0.104 60 D 0.042 0.014 0.131 0.412 0.116 0.141 0.145 61 V 0.076 0.019 0.066 0.471 0.085 0.087 0.195 62 M 0.087 0.011 0.038 0.565 0.063 0.083 0.152 63 R 0.069 0.008 0.024 0.598 0.062 0.087 0.153 64 L 0.052 0.004 0.016 0.690 0.039 0.054 0.145 65 G 0.036 0.002 0.012 0.809 0.021 0.051 0.069 66 R 0.024 0.001 0.008 0.886 0.023 0.021 0.036 67 E 0.032 0.002 0.008 0.898 0.016 0.011 0.033 68 Q 0.017 0.002 0.005 0.946 0.010 0.008 0.013 69 L 0.014 0.001 0.004 0.959 0.005 0.008 0.010 70 Q 0.008 0.001 0.006 0.958 0.007 0.013 0.008 71 I 0.006 0.001 0.010 0.940 0.010 0.024 0.010 72 L 0.002 0.001 0.023 0.919 0.007 0.039 0.010 73 L 0.002 0.001 0.063 0.682 0.016 0.219 0.017 74 E 0.006 0.002 0.091 0.347 0.042 0.478 0.036 75 Q 0.009 0.011 0.118 0.181 0.172 0.348 0.162 76 N 0.024 0.052 0.047 0.069 0.258 0.188 0.362 77 I 0.030 0.012 0.047 0.061 0.130 0.103 0.617 78 N 0.056 0.034 0.097 0.074 0.161 0.121 0.456 79 E 0.066 0.011 0.189 0.165 0.153 0.243 0.173 80 R 0.076 0.017 0.130 0.150 0.190 0.170 0.267 81 L 0.067 0.026 0.075 0.196 0.204 0.135 0.297 82 N 0.065 0.025 0.058 0.114 0.128 0.162 0.448 83 I 0.017 0.008 0.047 0.222 0.169 0.324 0.213 84 G 0.013 0.011 0.021 0.312 0.259 0.206 0.177 85 E 0.010 0.006 0.012 0.433 0.286 0.061 0.191 86 P 0.024 0.013 0.014 0.542 0.072 0.091 0.244 87 L 0.057 0.011 0.022 0.730 0.022 0.059 0.100 88 L 0.099 0.008 0.060 0.720 0.034 0.027 0.052 89 V 0.148 0.004 0.093 0.663 0.020 0.018 0.054 90 Y 0.141 0.006 0.126 0.624 0.018 0.043 0.042 91 L 0.094 0.015 0.110 0.560 0.032 0.121 0.068 92 R 0.063 0.010 0.070 0.381 0.085 0.224 0.166 93 R 0.027 0.005 0.131 0.194 0.126 0.236 0.280 94 Q 0.009 0.002 0.095 0.127 0.153 0.502 0.111 95 D 0.008 0.006 0.078 0.146 0.193 0.431 0.139 96 L 0.013 0.007 0.009 0.083 0.489 0.026 0.374 97 P 0.030 0.008 0.011 0.124 0.097 0.090 0.640 98 E 0.107 0.021 0.021 0.304 0.048 0.047 0.451 99 I 0.292 0.014 0.024 0.462 0.030 0.031 0.148 100 T 0.353 0.007 0.027 0.424 0.019 0.017 0.154 101 A 0.263 0.008 0.035 0.479 0.048 0.040 0.127 102 Q 0.188 0.009 0.043 0.518 0.048 0.091 0.103 103 R 0.125 0.004 0.041 0.431 0.107 0.132 0.160 104 Q 0.066 0.007 0.042 0.315 0.121 0.228 0.220 105 L 0.029 0.008 0.014 0.093 0.012 0.134 0.712 106 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999