# TARGET T0314 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0314.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.50627 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.012 0.024 0.051 0.090 0.164 0.121 0.132 0.406 2 S 0.014 0.040 0.054 0.068 0.169 0.112 0.155 0.390 3 I 0.017 0.082 0.053 0.096 0.093 0.125 0.078 0.456 4 T 0.049 0.499 0.036 0.029 0.043 0.046 0.104 0.194 5 S 0.041 0.773 0.009 0.007 0.009 0.016 0.087 0.060 6 T 0.019 0.836 0.012 0.005 0.006 0.016 0.043 0.063 7 D 0.019 0.897 0.009 0.004 0.004 0.009 0.024 0.034 8 I 0.023 0.888 0.007 0.001 0.002 0.008 0.043 0.028 9 C 0.042 0.750 0.015 0.003 0.003 0.011 0.135 0.041 10 Q 0.029 0.845 0.008 0.002 0.002 0.011 0.045 0.058 11 A 0.048 0.708 0.008 0.002 0.002 0.013 0.106 0.113 12 A 0.111 0.447 0.027 0.006 0.006 0.039 0.203 0.161 13 D 0.057 0.237 0.020 0.009 0.008 0.068 0.216 0.385 14 A 0.118 0.187 0.027 0.004 0.005 0.082 0.074 0.502 15 L 0.149 0.172 0.024 0.008 0.011 0.124 0.088 0.423 16 K 0.023 0.052 0.045 0.009 0.016 0.116 0.061 0.679 17 G 0.067 0.076 0.192 0.020 0.046 0.116 0.113 0.369 18 F 0.053 0.029 0.161 0.063 0.063 0.106 0.147 0.378 19 V 0.029 0.015 0.251 0.099 0.110 0.086 0.064 0.346 20 G 0.030 0.010 0.097 0.079 0.161 0.092 0.063 0.468 21 F 0.019 0.002 0.064 0.107 0.138 0.094 0.111 0.464 22 N 0.051 0.004 0.041 0.097 0.149 0.095 0.150 0.412 23 R 0.124 0.002 0.018 0.029 0.066 0.100 0.046 0.614 24 K 0.049 0.002 0.028 0.046 0.099 0.133 0.035 0.609 25 T 0.010 0.002 0.039 0.030 0.111 0.111 0.024 0.673 26 G 0.008 0.002 0.074 0.123 0.401 0.085 0.034 0.273 27 R 0.001 0.001 0.091 0.265 0.418 0.026 0.033 0.165 28 Y 0.001 0.001 0.174 0.403 0.369 0.007 0.014 0.031 29 I 0.001 0.001 0.171 0.332 0.426 0.006 0.021 0.043 30 V 0.001 0.001 0.232 0.353 0.322 0.012 0.015 0.063 31 R 0.004 0.003 0.230 0.286 0.374 0.023 0.016 0.063 32 F 0.026 0.011 0.112 0.145 0.157 0.083 0.073 0.393 33 S 0.168 0.100 0.061 0.067 0.070 0.069 0.273 0.191 34 E 0.124 0.071 0.042 0.019 0.034 0.138 0.093 0.478 35 D 0.271 0.078 0.014 0.013 0.023 0.096 0.053 0.452 36 S 0.069 0.048 0.014 0.012 0.019 0.106 0.118 0.614 37 F 0.025 0.074 0.036 0.018 0.054 0.207 0.075 0.510 38 G 0.054 0.118 0.044 0.028 0.067 0.145 0.098 0.445 39 M 0.064 0.096 0.074 0.069 0.049 0.115 0.117 0.416 40 D 0.190 0.151 0.098 0.029 0.059 0.091 0.116 0.265 41 V 0.070 0.045 0.103 0.029 0.040 0.139 0.173 0.401 42 A 0.075 0.026 0.097 0.016 0.026 0.114 0.143 0.504 43 D 0.277 0.026 0.023 0.014 0.023 0.086 0.142 0.409 44 D 0.026 0.010 0.024 0.013 0.028 0.143 0.046 0.709 45 S 0.011 0.007 0.062 0.022 0.072 0.131 0.067 0.627 46 I 0.020 0.006 0.038 0.053 0.065 0.143 0.060 0.615 47 T 0.033 0.012 0.075 0.059 0.063 0.168 0.059 0.530 48 P 0.053 0.042 0.041 0.021 0.033 0.136 0.047 0.627 49 T 0.189 0.128 0.026 0.018 0.028 0.100 0.061 0.449 50 S 0.101 0.141 0.032 0.028 0.047 0.089 0.096 0.466 51 E 0.027 0.065 0.081 0.070 0.204 0.101 0.128 0.325 52 F 0.022 0.030 0.063 0.120 0.209 0.080 0.161 0.315 53 V 0.018 0.045 0.066 0.239 0.240 0.074 0.072 0.245 54 W 0.025 0.036 0.052 0.060 0.138 0.078 0.061 0.551 55 S 0.100 0.099 0.034 0.113 0.096 0.096 0.124 0.339 56 S 0.086 0.111 0.019 0.025 0.029 0.115 0.044 0.570 57 V 0.116 0.299 0.010 0.011 0.019 0.081 0.039 0.425 58 R 0.088 0.549 0.005 0.009 0.014 0.041 0.048 0.246 59 D 0.047 0.575 0.008 0.012 0.017 0.037 0.072 0.231 60 D 0.032 0.671 0.009 0.024 0.030 0.029 0.065 0.141 61 V 0.051 0.453 0.027 0.031 0.044 0.051 0.145 0.199 62 M 0.047 0.598 0.018 0.032 0.035 0.035 0.077 0.158 63 R 0.048 0.604 0.011 0.016 0.024 0.039 0.041 0.217 64 L 0.017 0.483 0.023 0.015 0.016 0.050 0.156 0.239 65 G 0.027 0.874 0.002 0.004 0.005 0.007 0.053 0.029 66 R 0.041 0.831 0.003 0.002 0.003 0.010 0.058 0.052 67 E 0.003 0.907 0.003 0.006 0.007 0.008 0.021 0.045 68 Q 0.006 0.924 0.004 0.002 0.005 0.005 0.027 0.026 69 L 0.006 0.921 0.004 0.004 0.003 0.005 0.041 0.016 70 Q 0.010 0.846 0.029 0.009 0.008 0.006 0.069 0.024 71 I 0.055 0.757 0.024 0.008 0.008 0.018 0.069 0.061 72 L 0.068 0.237 0.123 0.014 0.014 0.030 0.439 0.075 73 L 0.130 0.358 0.022 0.007 0.009 0.039 0.186 0.249 74 E 0.051 0.123 0.015 0.004 0.006 0.059 0.175 0.567 75 Q 0.021 0.139 0.020 0.013 0.011 0.121 0.099 0.575 76 N 0.082 0.219 0.028 0.009 0.012 0.124 0.089 0.437 77 I 0.205 0.151 0.016 0.007 0.007 0.084 0.051 0.478 78 N 0.177 0.145 0.037 0.010 0.014 0.080 0.147 0.391 79 E 0.087 0.107 0.028 0.010 0.016 0.112 0.068 0.572 80 R 0.031 0.022 0.159 0.027 0.049 0.119 0.124 0.469 81 L 0.066 0.017 0.092 0.035 0.048 0.133 0.047 0.562 82 N 0.227 0.013 0.083 0.029 0.034 0.102 0.091 0.421 83 I 0.022 0.020 0.027 0.017 0.032 0.134 0.027 0.720 84 G 0.024 0.027 0.023 0.008 0.025 0.098 0.019 0.775 85 E 0.128 0.159 0.027 0.081 0.077 0.123 0.049 0.356 86 P 0.038 0.260 0.043 0.035 0.093 0.072 0.060 0.400 87 L 0.028 0.282 0.055 0.101 0.201 0.056 0.069 0.207 88 L 0.014 0.142 0.092 0.218 0.283 0.033 0.103 0.115 89 V 0.015 0.193 0.116 0.197 0.235 0.028 0.070 0.145 90 Y 0.031 0.096 0.153 0.220 0.286 0.025 0.093 0.096 91 L 0.045 0.019 0.216 0.209 0.149 0.034 0.157 0.171 92 R 0.180 0.041 0.040 0.081 0.097 0.045 0.095 0.421 93 R 0.198 0.013 0.012 0.012 0.017 0.059 0.025 0.664 94 Q 0.006 0.007 0.008 0.015 0.016 0.107 0.011 0.831 95 D 0.016 0.033 0.003 0.003 0.005 0.051 0.009 0.880 96 L 0.255 0.142 0.013 0.015 0.008 0.086 0.158 0.324 97 P 0.071 0.420 0.016 0.013 0.012 0.063 0.093 0.312 98 E 0.067 0.541 0.018 0.005 0.014 0.031 0.054 0.271 99 I 0.039 0.519 0.045 0.029 0.038 0.056 0.053 0.221 100 T 0.058 0.428 0.063 0.041 0.052 0.045 0.115 0.198 101 A 0.054 0.368 0.044 0.036 0.041 0.056 0.107 0.293 102 Q 0.105 0.194 0.070 0.041 0.065 0.067 0.155 0.303 103 R 0.122 0.066 0.028 0.049 0.047 0.080 0.127 0.482 104 Q 0.064 0.034 0.020 0.027 0.040 0.091 0.082 0.641 105 L 0.038 0.025 0.014 0.024 0.037 0.095 0.061 0.706 106 R 0.050 0.023 0.015 0.031 0.043 0.114 0.056 0.668