# TARGET T0314 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0314.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.50627 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.682 0.184 0.079 0.038 0.013 0.004 0.001 2 S 0.640 0.198 0.092 0.043 0.018 0.007 0.001 3 I 0.460 0.175 0.128 0.121 0.074 0.035 0.006 4 T 0.406 0.274 0.151 0.089 0.048 0.027 0.005 5 S 0.357 0.223 0.177 0.139 0.069 0.031 0.005 6 T 0.529 0.257 0.123 0.056 0.023 0.010 0.003 7 D 0.305 0.282 0.201 0.123 0.059 0.026 0.004 8 I 0.131 0.107 0.128 0.221 0.234 0.159 0.020 9 C 0.145 0.194 0.213 0.247 0.151 0.047 0.003 10 Q 0.308 0.376 0.180 0.090 0.032 0.012 0.002 11 A 0.076 0.111 0.167 0.274 0.241 0.122 0.011 12 A 0.053 0.077 0.132 0.224 0.271 0.214 0.030 13 D 0.232 0.271 0.220 0.161 0.084 0.027 0.004 14 A 0.305 0.316 0.211 0.114 0.040 0.012 0.001 15 L 0.116 0.090 0.120 0.214 0.261 0.180 0.020 16 K 0.351 0.334 0.183 0.086 0.031 0.012 0.003 17 G 0.259 0.191 0.176 0.177 0.118 0.067 0.012 18 F 0.264 0.163 0.143 0.169 0.144 0.100 0.018 19 V 0.164 0.146 0.151 0.183 0.176 0.141 0.039 20 G 0.234 0.186 0.171 0.161 0.121 0.098 0.029 21 F 0.127 0.107 0.109 0.180 0.222 0.200 0.056 22 N 0.264 0.266 0.201 0.149 0.076 0.035 0.007 23 R 0.277 0.304 0.207 0.133 0.057 0.019 0.003 24 K 0.259 0.230 0.194 0.176 0.098 0.037 0.005 25 T 0.392 0.332 0.166 0.077 0.025 0.007 0.001 26 G 0.086 0.137 0.199 0.272 0.211 0.087 0.009 27 R 0.154 0.288 0.248 0.193 0.086 0.028 0.003 28 Y 0.032 0.050 0.098 0.221 0.318 0.250 0.032 29 I 0.034 0.050 0.074 0.131 0.229 0.380 0.103 30 V 0.031 0.041 0.064 0.123 0.215 0.353 0.173 31 R 0.028 0.059 0.107 0.176 0.221 0.270 0.138 32 F 0.025 0.044 0.070 0.149 0.256 0.297 0.159 33 S 0.133 0.195 0.176 0.176 0.139 0.125 0.057 34 E 0.182 0.190 0.160 0.165 0.138 0.114 0.051 35 D 0.216 0.198 0.190 0.168 0.115 0.082 0.030 36 S 0.178 0.179 0.176 0.164 0.141 0.121 0.041 37 F 0.130 0.097 0.109 0.153 0.182 0.212 0.117 38 G 0.160 0.162 0.143 0.154 0.146 0.155 0.079 39 M 0.155 0.112 0.101 0.131 0.160 0.196 0.144 40 D 0.164 0.133 0.133 0.167 0.162 0.158 0.082 41 V 0.171 0.117 0.121 0.154 0.170 0.173 0.093 42 A 0.209 0.173 0.159 0.183 0.143 0.101 0.032 43 D 0.270 0.255 0.172 0.143 0.090 0.054 0.016 44 D 0.313 0.237 0.179 0.143 0.076 0.039 0.013 45 S 0.270 0.224 0.170 0.152 0.103 0.064 0.016 46 I 0.176 0.132 0.136 0.188 0.177 0.148 0.043 47 T 0.223 0.215 0.168 0.146 0.114 0.095 0.039 48 P 0.219 0.173 0.157 0.170 0.138 0.104 0.039 49 T 0.184 0.205 0.175 0.162 0.133 0.107 0.035 50 S 0.210 0.212 0.188 0.172 0.115 0.079 0.024 51 E 0.079 0.176 0.221 0.227 0.161 0.108 0.027 52 F 0.051 0.062 0.076 0.129 0.228 0.340 0.114 53 V 0.028 0.070 0.156 0.260 0.247 0.189 0.051 54 W 0.025 0.043 0.068 0.158 0.295 0.329 0.082 55 S 0.119 0.244 0.260 0.234 0.106 0.033 0.004 56 S 0.272 0.322 0.208 0.136 0.048 0.012 0.001 57 V 0.331 0.286 0.213 0.121 0.039 0.009 0.001 58 R 0.527 0.270 0.121 0.060 0.018 0.004 0.001 59 D 0.602 0.246 0.098 0.040 0.012 0.002 0.001 60 D 0.490 0.276 0.133 0.068 0.025 0.007 0.001 61 V 0.198 0.265 0.242 0.179 0.084 0.029 0.003 62 M 0.130 0.134 0.157 0.228 0.222 0.114 0.014 63 R 0.242 0.309 0.233 0.146 0.052 0.016 0.002 64 L 0.101 0.098 0.146 0.249 0.246 0.140 0.019 65 G 0.240 0.305 0.209 0.140 0.068 0.033 0.004 66 R 0.182 0.229 0.239 0.200 0.109 0.037 0.004 67 E 0.329 0.290 0.182 0.116 0.057 0.023 0.004 68 Q 0.160 0.220 0.234 0.210 0.119 0.051 0.006 69 L 0.045 0.047 0.088 0.223 0.334 0.243 0.021 70 Q 0.170 0.272 0.271 0.192 0.073 0.020 0.002 71 I 0.288 0.208 0.149 0.138 0.111 0.093 0.013 72 L 0.159 0.131 0.140 0.187 0.187 0.165 0.031 73 L 0.137 0.105 0.147 0.236 0.229 0.128 0.017 74 E 0.336 0.308 0.195 0.102 0.041 0.016 0.003 75 Q 0.272 0.218 0.188 0.170 0.100 0.046 0.006 76 N 0.303 0.254 0.205 0.141 0.064 0.028 0.004 77 I 0.231 0.158 0.150 0.201 0.166 0.084 0.009 78 N 0.482 0.264 0.135 0.078 0.029 0.010 0.002 79 E 0.507 0.295 0.118 0.055 0.018 0.006 0.001 80 R 0.310 0.231 0.193 0.156 0.076 0.030 0.004 81 L 0.276 0.160 0.145 0.173 0.150 0.084 0.012 82 N 0.321 0.257 0.193 0.125 0.061 0.034 0.009 83 I 0.201 0.144 0.139 0.174 0.171 0.136 0.035 84 G 0.277 0.217 0.176 0.151 0.099 0.062 0.019 85 E 0.263 0.176 0.149 0.154 0.135 0.098 0.024 86 P 0.240 0.188 0.179 0.167 0.114 0.086 0.026 87 L 0.148 0.082 0.085 0.151 0.226 0.252 0.056 88 L 0.146 0.182 0.218 0.227 0.137 0.074 0.015 89 V 0.177 0.146 0.125 0.170 0.186 0.167 0.028 90 Y 0.091 0.105 0.145 0.228 0.225 0.177 0.030 91 L 0.062 0.064 0.103 0.213 0.294 0.231 0.034 92 R 0.260 0.294 0.219 0.146 0.060 0.019 0.002 93 R 0.304 0.295 0.206 0.133 0.049 0.012 0.001 94 Q 0.499 0.265 0.137 0.066 0.023 0.007 0.001 95 D 0.622 0.236 0.085 0.039 0.013 0.004 0.001 96 L 0.531 0.198 0.134 0.090 0.036 0.010 0.001 97 P 0.750 0.164 0.053 0.024 0.008 0.002 0.001 98 E 0.671 0.193 0.078 0.038 0.015 0.005 0.001 99 I 0.589 0.154 0.105 0.084 0.047 0.020 0.001 100 T 0.588 0.236 0.110 0.046 0.015 0.004 0.001 101 A 0.666 0.151 0.082 0.056 0.031 0.013 0.001 102 Q 0.622 0.220 0.105 0.041 0.009 0.002 0.001 103 R 0.671 0.169 0.086 0.050 0.018 0.005 0.001 104 Q 0.752 0.172 0.053 0.018 0.004 0.001 0.001 105 L 0.734 0.149 0.066 0.037 0.011 0.002 0.001 106 R 0.824 0.125 0.035 0.012 0.003 0.001 0.001