# TARGET T0314 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0314.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.50627 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.073 0.006 0.003 0.004 0.112 0.802 2 S 0.424 0.027 0.005 0.013 0.099 0.432 3 I 0.376 0.045 0.005 0.010 0.084 0.480 4 T 0.155 0.027 0.004 0.027 0.074 0.714 5 S 0.046 0.004 0.018 0.564 0.062 0.306 6 T 0.002 0.001 0.012 0.962 0.012 0.012 7 D 0.003 0.001 0.012 0.966 0.011 0.007 8 I 0.001 0.001 0.013 0.975 0.006 0.004 9 C 0.001 0.001 0.009 0.977 0.007 0.005 10 Q 0.001 0.001 0.015 0.955 0.017 0.011 11 A 0.003 0.002 0.030 0.895 0.038 0.031 12 A 0.005 0.004 0.060 0.811 0.083 0.038 13 D 0.008 0.002 0.122 0.643 0.171 0.054 14 A 0.009 0.003 0.103 0.645 0.168 0.073 15 L 0.024 0.011 0.060 0.516 0.220 0.168 16 K 0.034 0.005 0.071 0.218 0.322 0.351 17 G 0.121 0.005 0.106 0.106 0.314 0.348 18 F 0.380 0.021 0.099 0.140 0.185 0.175 19 V 0.535 0.023 0.056 0.074 0.153 0.158 20 G 0.406 0.020 0.020 0.054 0.304 0.196 21 F 0.427 0.016 0.026 0.030 0.330 0.171 22 N 0.369 0.026 0.019 0.019 0.366 0.201 23 R 0.218 0.024 0.038 0.015 0.631 0.075 24 K 0.202 0.014 0.031 0.008 0.638 0.108 25 T 0.148 0.011 0.022 0.006 0.659 0.153 26 G 0.380 0.010 0.005 0.001 0.422 0.183 27 R 0.751 0.004 0.001 0.001 0.054 0.189 28 Y 0.966 0.002 0.001 0.001 0.009 0.022 29 I 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 30 V 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 31 R 0.979 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 32 F 0.869 0.005 0.001 0.002 0.023 0.101 33 S 0.561 0.015 0.004 0.004 0.263 0.153 34 E 0.157 0.013 0.046 0.016 0.643 0.126 35 D 0.041 0.004 0.067 0.013 0.796 0.079 36 S 0.049 0.012 0.099 0.014 0.765 0.061 37 F 0.102 0.022 0.065 0.021 0.535 0.255 38 G 0.149 0.028 0.056 0.027 0.376 0.364 39 M 0.177 0.027 0.037 0.023 0.241 0.494 40 D 0.270 0.046 0.033 0.026 0.221 0.403 41 V 0.147 0.029 0.179 0.098 0.325 0.223 42 A 0.122 0.024 0.151 0.115 0.334 0.254 43 D 0.106 0.020 0.182 0.085 0.467 0.140 44 D 0.037 0.009 0.181 0.074 0.532 0.167 45 S 0.050 0.011 0.106 0.033 0.508 0.293 46 I 0.186 0.073 0.039 0.015 0.341 0.345 47 T 0.193 0.052 0.009 0.005 0.200 0.542 48 P 0.172 0.049 0.017 0.005 0.294 0.464 49 T 0.065 0.019 0.234 0.020 0.450 0.212 50 S 0.068 0.004 0.301 0.018 0.445 0.164 51 E 0.123 0.005 0.418 0.027 0.343 0.084 52 F 0.343 0.028 0.128 0.052 0.257 0.192 53 V 0.535 0.039 0.035 0.061 0.162 0.167 54 W 0.603 0.033 0.025 0.056 0.127 0.157 55 S 0.449 0.016 0.026 0.049 0.202 0.258 56 S 0.257 0.016 0.039 0.055 0.324 0.309 57 V 0.166 0.021 0.081 0.066 0.435 0.231 58 R 0.149 0.022 0.078 0.069 0.467 0.214 59 D 0.089 0.009 0.114 0.111 0.506 0.171 60 D 0.104 0.008 0.099 0.145 0.428 0.216 61 V 0.281 0.016 0.084 0.155 0.245 0.219 62 M 0.380 0.021 0.040 0.123 0.162 0.274 63 R 0.365 0.028 0.030 0.123 0.174 0.280 64 L 0.152 0.024 0.024 0.224 0.200 0.377 65 G 0.047 0.008 0.015 0.171 0.142 0.617 66 R 0.004 0.001 0.023 0.917 0.029 0.026 67 E 0.003 0.001 0.015 0.962 0.010 0.010 68 Q 0.002 0.001 0.013 0.976 0.006 0.003 69 L 0.003 0.001 0.007 0.978 0.006 0.005 70 Q 0.003 0.001 0.008 0.978 0.007 0.004 71 I 0.003 0.001 0.008 0.979 0.008 0.002 72 L 0.003 0.001 0.009 0.974 0.011 0.003 73 L 0.005 0.001 0.011 0.962 0.013 0.009 74 E 0.008 0.001 0.016 0.920 0.025 0.030 75 Q 0.018 0.004 0.020 0.726 0.068 0.164 76 N 0.022 0.009 0.028 0.241 0.288 0.412 77 I 0.014 0.007 0.143 0.302 0.418 0.116 78 N 0.016 0.003 0.176 0.182 0.548 0.075 79 E 0.043 0.006 0.217 0.156 0.495 0.082 80 R 0.226 0.021 0.070 0.131 0.177 0.375 81 L 0.319 0.068 0.028 0.097 0.098 0.389 82 N 0.323 0.056 0.016 0.044 0.288 0.274 83 I 0.144 0.018 0.015 0.039 0.402 0.382 84 G 0.063 0.007 0.018 0.037 0.571 0.303 85 E 0.120 0.016 0.036 0.053 0.613 0.162 86 P 0.160 0.014 0.071 0.128 0.290 0.336 87 L 0.385 0.025 0.075 0.183 0.187 0.145 88 L 0.586 0.006 0.058 0.148 0.122 0.080 89 V 0.720 0.003 0.031 0.123 0.069 0.054 90 Y 0.773 0.006 0.016 0.094 0.053 0.058 91 L 0.661 0.018 0.012 0.134 0.067 0.108 92 R 0.416 0.012 0.016 0.109 0.156 0.290 93 R 0.064 0.007 0.260 0.254 0.259 0.155 94 Q 0.048 0.009 0.225 0.157 0.339 0.222 95 D 0.035 0.015 0.155 0.114 0.404 0.277 96 L 0.019 0.007 0.017 0.074 0.258 0.625 97 P 0.053 0.006 0.041 0.220 0.248 0.432 98 E 0.166 0.013 0.054 0.411 0.183 0.175 99 I 0.417 0.010 0.029 0.360 0.094 0.090 100 T 0.558 0.005 0.013 0.283 0.068 0.073 101 A 0.517 0.003 0.009 0.377 0.039 0.055 102 Q 0.414 0.003 0.013 0.441 0.052 0.078 103 R 0.392 0.006 0.015 0.380 0.064 0.145 104 Q 0.184 0.008 0.014 0.372 0.076 0.346 105 L 0.076 0.011 0.008 0.158 0.068 0.679 106 R 0.016 0.003 0.001 0.011 0.036 0.933