# TARGET T0314 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0314.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.50627 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.005 0.893 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.013 0.028 0.002 0.031 0.018 2 S 0.005 0.025 0.689 0.002 0.003 0.009 0.005 0.001 0.046 0.020 0.005 0.016 0.174 3 I 0.015 0.042 0.523 0.010 0.006 0.022 0.012 0.005 0.050 0.068 0.013 0.158 0.076 4 T 0.005 0.034 0.622 0.001 0.004 0.035 0.003 0.001 0.042 0.089 0.010 0.029 0.126 5 S 0.001 0.002 0.134 0.001 0.023 0.726 0.001 0.001 0.007 0.049 0.036 0.003 0.017 6 T 0.001 0.001 0.009 0.001 0.014 0.949 0.001 0.001 0.001 0.007 0.019 0.001 0.001 7 D 0.001 0.001 0.008 0.001 0.018 0.954 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 0.001 0.001 8 I 0.001 0.001 0.008 0.001 0.010 0.963 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.001 0.001 9 C 0.001 0.001 0.011 0.001 0.011 0.955 0.001 0.001 0.001 0.006 0.014 0.001 0.001 10 Q 0.001 0.001 0.007 0.001 0.010 0.944 0.001 0.001 0.001 0.006 0.030 0.001 0.001 11 A 0.001 0.001 0.014 0.001 0.010 0.915 0.001 0.001 0.001 0.008 0.050 0.001 0.001 12 A 0.001 0.002 0.038 0.001 0.034 0.843 0.001 0.001 0.001 0.018 0.063 0.001 0.002 13 D 0.001 0.002 0.034 0.001 0.076 0.724 0.001 0.001 0.001 0.039 0.120 0.002 0.001 14 A 0.001 0.003 0.024 0.001 0.097 0.603 0.001 0.001 0.002 0.019 0.245 0.001 0.004 15 L 0.003 0.005 0.142 0.001 0.092 0.486 0.001 0.004 0.007 0.062 0.184 0.005 0.010 16 K 0.003 0.008 0.105 0.008 0.099 0.288 0.001 0.003 0.004 0.081 0.389 0.004 0.008 17 G 0.011 0.008 0.133 0.021 0.097 0.136 0.003 0.004 0.017 0.167 0.346 0.032 0.026 18 F 0.041 0.021 0.320 0.016 0.065 0.088 0.009 0.007 0.032 0.088 0.111 0.057 0.146 19 V 0.139 0.026 0.157 0.025 0.020 0.054 0.021 0.018 0.053 0.078 0.083 0.128 0.195 20 G 0.171 0.015 0.131 0.028 0.018 0.024 0.015 0.008 0.036 0.059 0.102 0.283 0.111 21 F 0.148 0.029 0.179 0.013 0.016 0.026 0.016 0.005 0.027 0.119 0.078 0.057 0.286 22 N 0.103 0.043 0.238 0.009 0.015 0.026 0.005 0.001 0.016 0.141 0.073 0.157 0.172 23 R 0.020 0.005 0.116 0.006 0.067 0.051 0.001 0.001 0.003 0.144 0.511 0.012 0.064 24 K 0.046 0.010 0.074 0.003 0.074 0.029 0.003 0.001 0.002 0.122 0.507 0.071 0.059 25 T 0.013 0.005 0.086 0.039 0.032 0.009 0.001 0.001 0.001 0.117 0.645 0.026 0.024 26 G 0.021 0.002 0.284 0.019 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.286 0.298 0.033 0.044 27 R 0.144 0.008 0.326 0.013 0.001 0.001 0.027 0.001 0.014 0.075 0.008 0.124 0.258 28 Y 0.297 0.009 0.044 0.005 0.001 0.001 0.117 0.004 0.033 0.010 0.001 0.098 0.381 29 I 0.447 0.002 0.028 0.063 0.001 0.001 0.180 0.016 0.024 0.003 0.001 0.125 0.111 30 V 0.473 0.001 0.019 0.005 0.001 0.001 0.262 0.025 0.035 0.002 0.001 0.076 0.101 31 R 0.342 0.004 0.049 0.006 0.001 0.001 0.134 0.043 0.091 0.004 0.001 0.179 0.146 32 F 0.117 0.006 0.239 0.032 0.002 0.002 0.053 0.022 0.118 0.033 0.007 0.082 0.287 33 S 0.025 0.013 0.455 0.031 0.016 0.005 0.006 0.004 0.060 0.159 0.047 0.085 0.095 34 E 0.004 0.010 0.171 0.009 0.099 0.027 0.001 0.001 0.010 0.396 0.231 0.012 0.030 35 D 0.001 0.013 0.303 0.004 0.211 0.035 0.001 0.001 0.006 0.193 0.208 0.010 0.014 36 S 0.001 0.020 0.171 0.003 0.363 0.035 0.001 0.001 0.004 0.101 0.279 0.005 0.018 37 F 0.004 0.023 0.095 0.002 0.153 0.032 0.001 0.001 0.004 0.104 0.562 0.008 0.011 38 G 0.006 0.023 0.220 0.007 0.128 0.028 0.001 0.002 0.006 0.220 0.327 0.011 0.021 39 M 0.008 0.027 0.379 0.004 0.075 0.038 0.001 0.001 0.006 0.272 0.120 0.032 0.036 40 D 0.010 0.062 0.348 0.008 0.092 0.061 0.002 0.002 0.008 0.161 0.121 0.031 0.096 41 V 0.010 0.025 0.245 0.010 0.191 0.097 0.002 0.002 0.007 0.099 0.257 0.014 0.042 42 A 0.011 0.036 0.223 0.009 0.133 0.122 0.003 0.003 0.007 0.113 0.285 0.027 0.029 43 D 0.005 0.017 0.306 0.015 0.120 0.084 0.001 0.001 0.005 0.183 0.225 0.017 0.022 44 D 0.002 0.009 0.285 0.010 0.082 0.045 0.001 0.001 0.005 0.244 0.285 0.011 0.019 45 S 0.005 0.023 0.376 0.005 0.043 0.026 0.002 0.001 0.009 0.168 0.285 0.018 0.038 46 I 0.012 0.085 0.420 0.007 0.026 0.017 0.005 0.002 0.023 0.211 0.085 0.025 0.082 47 T 0.004 0.025 0.523 0.008 0.008 0.006 0.002 0.001 0.021 0.243 0.017 0.119 0.025 48 P 0.002 0.031 0.658 0.007 0.013 0.007 0.001 0.001 0.013 0.085 0.031 0.009 0.142 49 T 0.005 0.023 0.475 0.021 0.093 0.034 0.002 0.001 0.012 0.109 0.153 0.020 0.053 50 S 0.011 0.012 0.227 0.043 0.135 0.041 0.002 0.001 0.011 0.290 0.118 0.068 0.040 51 E 0.030 0.008 0.212 0.035 0.141 0.068 0.007 0.002 0.023 0.153 0.106 0.041 0.173 52 F 0.155 0.014 0.168 0.034 0.051 0.058 0.028 0.006 0.043 0.040 0.055 0.120 0.227 53 V 0.240 0.017 0.093 0.007 0.012 0.027 0.031 0.004 0.040 0.019 0.024 0.324 0.163 54 W 0.255 0.015 0.102 0.013 0.006 0.016 0.025 0.002 0.023 0.024 0.015 0.051 0.454 55 S 0.086 0.008 0.185 0.020 0.006 0.010 0.007 0.001 0.014 0.054 0.018 0.500 0.091 56 S 0.029 0.008 0.227 0.003 0.010 0.009 0.003 0.001 0.005 0.065 0.052 0.022 0.566 57 V 0.021 0.019 0.307 0.029 0.029 0.019 0.003 0.001 0.003 0.135 0.186 0.160 0.088 58 R 0.012 0.013 0.263 0.009 0.039 0.027 0.001 0.001 0.002 0.225 0.247 0.055 0.107 59 D 0.005 0.003 0.177 0.017 0.060 0.061 0.001 0.001 0.001 0.301 0.327 0.017 0.030 60 D 0.031 0.007 0.221 0.010 0.055 0.106 0.004 0.001 0.003 0.173 0.208 0.086 0.095 61 V 0.172 0.014 0.121 0.015 0.013 0.084 0.022 0.002 0.009 0.044 0.035 0.038 0.430 62 M 0.250 0.006 0.059 0.003 0.004 0.036 0.020 0.001 0.006 0.011 0.007 0.529 0.068 63 R 0.207 0.010 0.077 0.003 0.004 0.045 0.028 0.001 0.007 0.009 0.007 0.047 0.555 64 L 0.097 0.011 0.303 0.042 0.007 0.093 0.011 0.001 0.005 0.038 0.035 0.276 0.082 65 G 0.028 0.006 0.439 0.001 0.007 0.125 0.002 0.001 0.004 0.106 0.050 0.042 0.190 66 R 0.008 0.001 0.059 0.001 0.039 0.734 0.001 0.001 0.001 0.057 0.076 0.007 0.016 67 E 0.006 0.001 0.020 0.001 0.017 0.899 0.001 0.001 0.001 0.013 0.025 0.013 0.004 68 Q 0.004 0.001 0.007 0.001 0.010 0.956 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.009 69 L 0.004 0.001 0.007 0.001 0.002 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 70 Q 0.002 0.001 0.003 0.001 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 71 I 0.003 0.001 0.002 0.001 0.003 0.973 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.001 0.004 72 L 0.005 0.001 0.007 0.001 0.004 0.947 0.002 0.001 0.002 0.005 0.018 0.003 0.004 73 L 0.003 0.003 0.022 0.001 0.005 0.868 0.002 0.003 0.005 0.012 0.069 0.003 0.004 74 E 0.002 0.001 0.039 0.001 0.012 0.750 0.001 0.001 0.002 0.034 0.150 0.003 0.004 75 Q 0.002 0.004 0.111 0.001 0.015 0.505 0.001 0.001 0.003 0.140 0.206 0.006 0.006 76 N 0.001 0.014 0.385 0.002 0.027 0.250 0.001 0.001 0.005 0.092 0.203 0.006 0.015 77 I 0.002 0.019 0.281 0.005 0.046 0.370 0.001 0.002 0.010 0.087 0.149 0.006 0.022 78 N 0.002 0.009 0.279 0.016 0.113 0.237 0.001 0.002 0.008 0.136 0.169 0.017 0.013 79 E 0.003 0.004 0.103 0.005 0.186 0.380 0.001 0.002 0.016 0.110 0.166 0.006 0.016 80 R 0.012 0.021 0.154 0.009 0.104 0.310 0.009 0.011 0.040 0.096 0.179 0.016 0.041 81 L 0.029 0.030 0.276 0.005 0.037 0.136 0.017 0.025 0.080 0.111 0.079 0.099 0.074 82 N 0.019 0.036 0.380 0.010 0.028 0.075 0.008 0.008 0.057 0.102 0.109 0.055 0.112 83 I 0.005 0.014 0.288 0.013 0.033 0.066 0.002 0.001 0.011 0.188 0.314 0.029 0.035 84 G 0.003 0.005 0.277 0.006 0.027 0.038 0.001 0.001 0.002 0.316 0.288 0.006 0.030 85 E 0.003 0.010 0.355 0.008 0.027 0.057 0.001 0.001 0.004 0.395 0.070 0.054 0.015 86 P 0.012 0.024 0.398 0.007 0.030 0.090 0.003 0.001 0.008 0.078 0.064 0.011 0.275 87 L 0.095 0.008 0.274 0.115 0.035 0.119 0.014 0.002 0.017 0.060 0.047 0.121 0.090 88 L 0.436 0.005 0.048 0.010 0.011 0.084 0.040 0.007 0.024 0.011 0.011 0.119 0.192 89 V 0.522 0.001 0.019 0.007 0.005 0.057 0.078 0.009 0.018 0.008 0.004 0.128 0.143 90 Y 0.626 0.003 0.019 0.006 0.003 0.047 0.076 0.006 0.015 0.005 0.005 0.089 0.099 91 L 0.472 0.005 0.049 0.006 0.004 0.031 0.043 0.002 0.011 0.018 0.011 0.173 0.174 92 R 0.185 0.010 0.244 0.008 0.009 0.033 0.012 0.001 0.014 0.038 0.029 0.149 0.270 93 R 0.047 0.009 0.195 0.011 0.181 0.067 0.003 0.001 0.004 0.075 0.217 0.023 0.167 94 Q 0.004 0.002 0.142 0.005 0.211 0.054 0.001 0.001 0.001 0.152 0.379 0.033 0.016 95 D 0.002 0.007 0.169 0.007 0.211 0.047 0.001 0.001 0.002 0.153 0.375 0.004 0.024 96 L 0.001 0.008 0.525 0.002 0.015 0.046 0.001 0.001 0.003 0.333 0.031 0.017 0.019 97 P 0.001 0.006 0.722 0.007 0.014 0.109 0.001 0.001 0.003 0.056 0.046 0.006 0.029 98 E 0.032 0.022 0.196 0.004 0.042 0.413 0.009 0.004 0.036 0.055 0.042 0.038 0.107 99 I 0.080 0.009 0.104 0.028 0.037 0.432 0.018 0.004 0.026 0.038 0.017 0.090 0.116 100 T 0.131 0.006 0.116 0.033 0.021 0.320 0.034 0.008 0.057 0.012 0.018 0.108 0.136 101 A 0.175 0.005 0.099 0.005 0.014 0.237 0.056 0.006 0.043 0.021 0.023 0.156 0.160 102 Q 0.211 0.005 0.122 0.015 0.017 0.233 0.038 0.005 0.029 0.034 0.031 0.104 0.155 103 R 0.120 0.008 0.188 0.020 0.031 0.199 0.019 0.001 0.018 0.086 0.039 0.143 0.127 104 Q 0.032 0.009 0.280 0.004 0.027 0.232 0.007 0.001 0.009 0.079 0.086 0.070 0.163 105 L 0.018 0.015 0.544 0.004 0.019 0.146 0.003 0.001 0.007 0.050 0.075 0.032 0.087 106 R 0.001 0.003 0.922 0.001 0.004 0.023 0.001 0.001 0.001 0.018 0.007 0.006 0.014